Este artículo contiene resúmenes de los episodios de la primera temporada de la serie de televisión americana Alias. La temporada comenzó con la emisión del primer capítulo el 30 de septiembre de 2001 (Estados Unidos) y concluyó el 12 de mayo de 2002.
Aparte del episodio piloto, los episodios de Alias de manera poco convencional se estructuran con la aparición de los créditos una vez empezado el capítulo y expuesto el argumento del mismo. También, por lo general el argumento termina a mediados del episodio y un nuevo argumento comienza, terminando así cada episodio con un cliffhanger. La impresión que se crea en el espectador es que, en un episodio concluye el argumento anterior y planta las semillas del siguiente.
A pesar del valor obvio innovador de esta técnica, los que siguen la serie desde el principio no podrán dejar de verla, pero para captar nuevos televidentes será más complicado puesto que los giros en la trama y en el argumento harán que el nuevo espectador se sienta desorientando.
Sydney Bristow es una chica aparentemente normal, que compagina sus estudios universitarios con un trabajo a tiempo parcial en Credit Dauphine, un banco que absorbe tiempo del que su prometido y amigos desean. Sin embargo, dista mucho de ser una mujer del montón, ya que su trabajo es una tapadera de su verdadera vida: Sydney es una agente del SD-6, una rama secreta de la CIA.
Huérfana de madre y con un padre al que apenas ve, su vida está punto de cambiar ya que pronto se irá a vivir con Danny, su prometido.
Con el firme propósito de sincerarse con su prometido toma todas las precauciones para revelarle la verdad: que trabaja para el gobierno. Pero toda precaución es poca y al regreso de una misión en Taiwán, Sydney encuentra a Danny muerto, asesinado por sus propios compañeros del SD-6, cuando estos descubren que Danny conoce la pertenencia de Sydney a la agencia.
Confusa y dolida, Sydney irrumpe en las instalaciones del SD-6 donde se enfrenta con su jefe, Arvin Sloane, y tras pasar unas pruebas para determinar su lealtad, Sydney obtiene un permiso de un mes y desaparece.
Pero Sloane se impacienta y después de tres meses da un ultimátum a Sydney a través de Dixon, su compañero: o vuelve al trabajo o tendrá que lidiar con las consecuencias. Para su propia sorpresa, en su ayuda acude su padre, Jack Bristow, el cual le confiesa que también es agente del SD-6 (y no un vendedor de piezas de aviones, como le había dicho). Junto a esa revelación otra sale a la luz: el SD-6 no es parte de la CIA sino que es una organización secreta que lucha por sus propios intereses. Sydney lleva siete trabajando para el enemigo contra el que creía estar luchando. Y ahora ese enemigo no parará hasta que la encuentre y la ejecute. Y lo que es peor, su padre es uno de los fundadores de la Alianza de los Doce, que controlan, entre otras cosas, el SD-6.
Sydney hace acopio de fuerzas para plantearse su situación una posible salida a esta carrera donde no tiene aliados, solo enemigos por lo que decide finalizar la misión en Taiwán que dejó sin acabar meses atrás, ¿El objetivo? Ganarse de nuevo la confianza de su jefe y compañeros, los cuales no saben para quien están trabajando. No sin muchas dificultades, Sydney lo consigue.
Tras verificar que tiene de nuevo un lugar en el SD-6 y que cuenta con el beneplácito de su superior, se encamina hacia el edificio central de la CIA, donde confiesa que es una agente del SD-6 y se pone en manos del servicio de inteligencia. Ellos tienen un plan mejor: Sydney trabajará para la CIA como agente doble en el SD-6, donde seguirá realizando las misiones con normalidad, pero informando pormenorizadamente a sus nuevos jefes. Sydney acepta con un solo fin: destruir a la organización y al hombre que ha roto en mil pedazos su vida, Arvin Sloane.
Pero Sydney se encuentra con otra sorpresa: su padre también es un agente doble de la CIA y, aunque no puede perdonarle, deberá aprender a confiar en él para cumplir sus misiones.
Nota
Sydney recibe otra dura dosis de realidad por parte de su enlace con la CIA, Michael Vaughn: el entramado del SD-6 es muy extenso y ramificado por lo que su trabajo, en contra de lo que ella pensaba, tiene un objetivo a largo plazo.
Pero los problemas no vienen solos; su amigo Will Tippin, le pide explicaciones sobre su misteriosa desaparición así como las extrañas condiciones de la misma. Además, le informa de que está decidido a desenmascarar al asesino de Danny, a lo cual Sydney le ruega que lo deje estar. Pero la curiosidad de Will es más poderosa y descubre que Danny había reservado un billete a Singapur horas antes de su muerte. Esto es una historia que un periodista como Will no puede dejar escapar.
En la oficina del SD-6, Sloane encarga a Sydney que intercepte la venta de una ojiva nuclear en Moscú. Su padre la está esperando y ambos se confrontan. Sydney le pregunta si él estaba al tanto del plan para asesinar a Danny. Más tarde, Jack admite que el billete para Singapur lo había comprado él con el propósito de esconder a Danny de los pistoleros del SD-6.
La CIA pasa los planes de la contramisión a Sydney a través de Vaughn justo antes de que ella y Dixon, su compañero, salgan hacia Moscú. A pesar de las complicaciones, la misión es un éxito y tanto el SD-6 como la CIA quedan complacidos con Sydney.
Siguiendo el rastro, Sydney llega a un cementerio de Virginia donde está enterrada una ojiva nuclear la cual se activa cuando se abre el ataúd. Aterrorizada, Sydney llama a Marshall, el experto en aparatos del SD-6 y este la guía en el proceso de desactivación. Como consecuencia, el SD-6 descubre la existencia de la bomba y decide vendérsela a Aninni Hassan, un conocido traficante de armas.
Sydney decide arreglar el desaguisado ella misma y, como conoce a Hassan, se ofrece a viajar hasta El Cairo para tratar de rescatar la ojiva nuclear. Mientras, en Los Ángeles, Michael Vaughn es destinado a otros menesteres porque el director Devlin desea que un oficial más experimentado sea el enlace de Sydney.
Syd tras escapar a duras penas de El Cairo con la ayuda de la CIA, Sydney ha de lidiar con sus estudios, los cuales está descuidando demasiado debido a lo absorbente de su trabajo secreto (lo cual no le sirve de excusa).
En la reunión informativa, Sloane hace saber a los agentes que el artefacto que Sydney recuperó en Taiwán no ha podido ser comprendido pero lo que se sabe es que fue diseñado por un hombre llamado Milo Rambaldi en el siglo XV. Debido a este misterio, Rambaldi se convierte en la primera prioridad del SD-6.
La siguiente misión del SD-6 encamina los pasos de Sydney y Dixon a Madrid, donde han de recuperar un código cifrado que posee un coleccionista español. Además de robarlo han de evitar toparse con la antítesis de Sydney, Anna Espinosa, una agente del Directorio K, la agencia rusa homónima del SD-6
Al recibir su contramisión por parte de Vaughn, le informa a Sydney de que ha sido relevado como su enlace en la CIA y que a partir de ese momento otra persona se encargará de proporcionarle las misiones.
Tras una ardua pelea con Anna, Sydney consigue escapar con la caja, pero al llegar a Los Ángeles, Marshall es incapaz de abrirla y tiene miedo a forzarla ante la posibilidad de que exista algún tipo de mecanismo de seguridad. De este modo, sabiendo que el Directorio K tiene la llave, Sloane acuerda un encuentro entre Anna y Sydney en Berlín para proceder a su apertura.
En casa, Will sigue dándole vueltas a la muerte de Danny y trata de conseguir los videos de las cámaras de tráfico del barrio de Danny. Sin embargo, las cámaras de un kilómetro a la redonda de la casa de Danny estuvieron inoperantes precisamente esa noche. Francie, por su parte, descubre una caja de cerillas con el nombre de otra mujer entre las pertenencias de su novio, Charlie.
Por otro lado, Sydney tiene una reunión bastante desagradable con su nuevo enlace y deja claro que si nó trabaja con Vaughn se acabará su cooperación. Cuando le dicen que es un agente de bajo rango, ella lo tiene claro: que lo asciendan.
En Berlín Anna y Sydney (conectada por satélite con la CIA) proceden a abrir la caja pero cuando lo hacen, sus caras muestran sorpresa y horror mientras la caja emite un sonido extraño.
Nota
El maletín contenía una sorpresa: un mecanismo de autodestrucción junto con un papel de papiro antiguo en el cual hay un código numérico de unos y ceros, de modo que Anna y Sydney han de hacer todo lo posible por obtener el código antes de su inminente destrucción.
Las iniciales reticencias de Sydney a facilitar el código al SD-6 producen un nuevo enfrentamiento entre ella y Vaughn, que ha sido ascendido y de nuevo es su contacto, el cual le advierte seriamente que su trabajo como doble agente la sitúa constantemente en medio de un grave peligro.
Cuando el SD-6 revela el código, ahora completo, obtiene una localización geográfica, una pequeña Iglesia de Málaga en España a la cual Sydney tiene que viajar para recuperar algo llamado "Sol Dorado". En su misión se cruza de nuevo con Anna, y deben luchar para obtener el mismo objeto.
Tras concluir la misión cuatro personas muy diferentes hacen frente a sus sentimientos. Los de Jack sobre la mentira y el misterio que rodea a la muerte de su esposa, los de Sydney frente a la muerte de un amigo, los de Vaughn hacia la propia Sydney y la sospecha de Francie de que su novio Charly la engaña con otra. Mientras tanto, Will continúa la investigación sobre la muerte de Danny.
Tras una nueva sesión informativa, Sydney y Dixon viajan a São Paulo donde Sydney, camuflada en un tubo de ventilación es testigo de como un grupo de cirujanos instalan una bomba en el corazón del Premio nobel de la Paz...
Nota
Dixon y Sydney han de emplearse a fondo para evitar la muerte del Nobel de la Paz, incluyendo la conducción temeraria y la cirugía de urgencia en una ambulancia perseguida por la persona que posee el detonador de la bomba instalada en su corazón.
Will consigue reunirse con Kate Jones, la mujer con la cual Danny iba a viajar a Hong Kong la noche de su muerte. Kate reconoce que tenía una aventura con Danny y que pensaban pasar un tiempo juntos en Hong Kong. Pero Will la sorprende cuando dice que según sus datos oficiales, ella debería estar muerta desde 1973, por lo que Kate sale corriendo.
La nueva misión de Sydney y Dixon les lleva a Berlín donde deben contactar con Jeroen Schiller, un microbiólogo con información importante sobre la guerra biológica, e introducirle discretamente en el territorio de los Estados Unidos. La contramisión de la CIA para Sydney conlleva sustituir a Schiller por Paul Kelvin, con el que guarda gran parecido, para que el SD-6 no obtenga tan valiosa información. Ya en Los Ángeles, Kelvin introduce un troyano en el ordenador del SD-6 mientras se hace pasar por Schiller. Pero cuando es interrogado por Sloane, queda claro que no sabe todo lo que se supone que Schiller debería saber, de modo que Sloane comienza a sospechar. Las sospechas se agravan cuando en el informe de la misión observa que Sydney cambió el lugar de encuentro con Dixon.
Por si esto fuera poco, el verdadero Schiller se niega a colaborar con la CIA, pensando que son el enemigo y no accede a las peticiones de Sydney de información para Kelvin. Al final Jack consigue obtener la información lo cual salva la piel de Kelvin en el último momento: la planta biológica se encuentra en Alemania.
El SD-6 ordena a Dixon y Sydney que vuelen la planta mientras que la CIA da la contraorden a Syd de que recupere los inhaladores para su estudio. Vaughn informa a Sydney de algo desagradable: su padre fue investigado en el pasado por el FBI, lo cual podría significar que se dedique a vender secretos clasificados a otros países.
En Badenweiler, Sydney consigue inutilizar el detonador de Dixon para evitar la destrucción de la fábrica. Pero Dixon saca un segundo detonador y lo activa, para la sorpresa de Sydney, y la fábrica, con los detonadores y los agentes de la CIA en su interior, es destruida...
Sydney sufre un shock al ver como la fábrica de Badenweiler es destruida y Dixon ha de tirar de ella para huir de la zona, ya que se encuentra totalmente bloqueada.
De vuelta en Los Ángeles, Sydney decide investigar por su cuenta la conexión entre el FBI y su padre y sus pesquisas la llevan a conocer a la viuda de un agente del FBI. De su conversación se desprende una sospecha horrible: la muerte de la madre de Sydney podría ser consecuencia de las actividades ilegales de Jack.
Y siguen las malas noticias. La CIA, a través del troyano cargado en los servidores del SD-6, estaba obteniendo mucha información sobre el SD-6 pero Marshall descubre la puerta trasera y decide cerrarla, avisando a Sloane, el cual inicia una investigació para desenmascarar al agente traidor.
Los amigos de Sydney continúan ambos con sus investigaciones. Francie descubre que Charlie no la estaba engañando sino que en realidad se estaba preparando para debutar como cantante y toda la pandilla va al local a presenciar su debut. Will localiza a la mujer que se hace llamar Kate Jones, cuyo verdadero nombre es Eloise Kurtz, y cuando va a verla, encuentra su apartamento completamente vacío y ningún rastro de la mujer.
La nueva misión de Sydney y Dixon tiene una serie de ramificaciones que implican el hecho de que Sydney deba infiltrarse en un manicomio de Rumanía donde Sydney ha de localizar a un paciente que debería indicar la sepultura de Gareth Parkashoff, para obtener su huella digital, necesaria para activar un artefacto anteriormente recuperado. Pero cuando el contacto en el interior del manicomio es asesinado, Sydney se ve atrapada como un paciente y sin posibilidades de escapar...
Doblemente en peligro, Sydney ha de tratar de escapar del manicomio rumano además de evitar a su médico jefe, un agente del Directorio K que busca la misma información que Sydney y no dudará en utilizar todos los medios posibles para hacer que la agente Bristow se la facilite. Así que llegan a un acuerdo: Sydney les facilitará la información que consiga extraer a cambio de un mejor trato. Ellos le dicen que pospondrán su ejecución pero no mucho tiempo.
Pero Syd no espera a que se cumpla el plazo y consigue escapar junto a Shepard a un refugio de la CIA donde consigue extraerle información útil, a pesar del lavado de cerebro al que ha sido sometido. Y al final revela una información tan chocante como inesperada: que fue él quien asesinó a Danny, el prometido de Syd.
Mientras tanto, Jack y Vaughn tienen un encuentro, y dejan claro lo poco que se gustan el uno al otro, especialmente Jack, muy molesto porque Vaughn haya filtrado documentos clasificados a Sydney, en los que su padre no queda bien parado.
En el SD-6, Sloane despista a Marshall diciéndole que el virus encontrado era una prueba de la sección de seguridad y que se olvide del asunto pero acto seguido, se reúne con Christophe (un pez gordo de la Alianza y del SD-6) y le informa de que sospecha la presencia de uno o incluso dos infiltrados en el seno del SD-6. De este modo, la sección de seguridad ha puesto una serie de trampas para cazarlos.
Will decide dejar de investigar la muerte de Danny y tras una pelea con la editora del periódico, le avisa que ha encontrado algo gordo y que si él no la escribe, otro lo hará. Mientras, en una cena en casa de Sydney, Charly propone matrimonio a Francie delante de todos.
Jack y Sloane tienen una discusión sobre Eloise Kurtz y al final se descubre que Sloane encargó asesinarla, puesto que no confiaba en ella. Sloane está muy preocupado por la posible existencia de un topo en el seno de la agencia y hace seguir a todos sus agentes, incluyendo a Sydney, que es informada por su padre de este hecho. Además, Jack advierte a Sydney que debería entrenarse para poder pasar un detector de mentiras, algo que muy posiblemente tenga que hacer pronto.
Sydney ha de viajar a Italia para que un maestro relojero arregle un reloj construido por Rambaldi que parece no funcionar y que es clave para desenmarañar el enorme rompecabezas del visionario italiano. El relojero arregla el invento mientras mantiene una conversación extraña con Sydney donde deja caer, quizá intencionadamente, que Rambaldi podría estar vivo y salva la vida de Sydney cuando se interpone (parece que conscientemente) entre Sydney y un francotirador: el Directorio K en forma de Anna Espinosa ha seguido a Sydney hasta Italia.
La editora de Will rechaza la historia de la muerte de Danny y Eloise Kurtz, tachándola de fantasía y argumentando que son una serie de hechos circunstanciales e inconexos demasiado cogidos con alfileres para soportar lo que Will ha escrito e incluso insinúa que Will miente. Lejos de dejar el caso, Will continúa sus pesquisas y en registro del coche de Eloise halla un pendiente que, más tarde, descubre que se trata de un micrófono muy sofisticado.
En el SD-6 descubren que el disco dorado recuperado en Málaga por Sydney encaja en el reloj perfectamente, conformando un rudimentario sistema de GPS que indica unas coordenadas en el monte Aconcagua, en la frontera argentinochilena. Dixon y Sydney han de viajar allí para descubrir que nuevo enigma se haya oculto en los montes. Antes de marchar, Dreyer somete a Sydney a la prueba de imagen funcional tal y como le comentó su padre.
En el Aconcagua, Syd encuentra el objeto: un manuscrito de Rambaldi. Cuando vuelve para reunirse con Dixon oye un tiroteo y aparece Anna Espinosa, la cual arrebata el libro a Sydney tras un forcejeo que concluye con Syd cayendo al vacío...
En Los Ángeles, Dreyer informa a Sloane de que han encontrado al topo.
Sydney consigue salir de la galería y encuentra a Dixon malherido por lo que decide pedir asistencia inmediata, pero lo hace a la CIA y no al SD-6, cosa que Dixon, en su estado semiconsciente, escucha perfectamente. Para empeorar aún más las cosas Dreyer afirma ante Sloane que Sydney es el topo tras observar la perfección con la que pasó la prueba.
Sloane es reacio a creer que Sydney pero finalmente contacta con el SD-4 y ordena la ejecución de Sydney durante su próxima misión en la Toscana. Afortunadamente, la CIA intercepta la orden y Vaughn ordena formar un equipo de extracción para salvar a Sydney de la situación. Jack dedide investigar un poco más y descubre que la orden al SD-4 se realizó de una manera descuidada y que puede ser una trampa de Sloane para intentar sacar la presunta afiliación de Sydney con la CIA. Tras una agria discusión entre Vaughn y Jack, este ordena la no intervención y al no producirse el asesinato (como bien dijo Jack), Sydney sale ilesa, además de alejar toda duda sobre su lealtad.
Will descubre que el micrófono está activo y que ha estado registrando todo lo que ha dicho y ha contado durante los últimos días. Después de enseñárselo a Francie y de hacer el tonto con él, recibe una llamada que le indica que "deje de hablar del micrófono". Unos días después, la misma misteriosa voz llama de nuevo a Will y le hace saber que si quiere, le ayudará a desenterrar la trama que está empezando a conocer.
Sydney vuelve a arriesgarse cuando en la siguiente misión abre un canal de comunicaciones adicional para hablar con la CIA y este es detectado por Marshall, que informa a Dreyer y este a Sloane, que ordena la detención inmediata de Sydney...
Sydney despierta en una sala de torturas y es sujeta a una serie de técnicas para hacer que confiese. Mientras tanto, Jack siembra algunas pistas falsas que implican a Russek y Sydney es liberada, aunque muy confusa y algo asustada ante la frialdad de su padre, que ha culpado y hecho ejecutar a un hombre inocente.
La nueva misión de Sydney le lleva a Kenia para intentar confirmar si Hassan está realizando negocios con armas por la zona. Allí Syd descubre que Hassan se ha sometido a cirugía estética y ahora su nueva identidad es Nebseni Saad. Sloane manda a Jack a Cuba para asesinar a Hassan, dado que sospecha que quiere cambiarse de bando, pero la CIA ordena a Jack que extraiga a Hassan de Cuba y lo traiga para custiodarlo y obtener su lista de clientes. La cosa no sale como cabría esperar y Jack es hecho prisionero por Hassan.
Will escucha la cinta que encontró y junto a un amigo suyo, consigue obtener una palabra del galimatías grabado en el casete: SD-6. Su búsqueda le lleva hasta David McNeal, un matemático cumpliendo una condena por malversación de fondos. Will descubre que McNeal se declaró inocente en todo momento y que sólo admitió su culpabilidad tras el suicidio de su esposa. Intrigado, Will le visita en la cárcel, pero McNeil echa a Will, asustado al oír las siglas SD6.
Sydney viaja a Cuba para rescatar a su padre. Hassan, para cerciorarse de que Jack ya no es leal al SD6, le pide como prueba que mate al agente del SD6 que han capturado. Naturalmente, habla de Sydney...
Como cabría esperar, Sydney se zafa de la amenaza y entre ella y su padre reducen a Hassan y llegan a un acuerdo: él fingirá su muerte y luego se entregará a la CIA para ser interrogado. De ese modo, el SD-6 cree que Hassan a muerto.
Mientras, Vaughn informa a Sydney de que las extrañas anotaciones en los libros de su madre resultan ser caracteres cirílicos, órdenes y nombres de agentes de la CIA que debían de ser asesinados. Sydney se convence de que su padre era (y quizá aún sea) un doble agente del KGB infiltrado en los Estados Unidos aunque informar de tal hecho a sus superiores es algo para lo que no está preparada. Vaughn lo tiene mucho más claro e incluso graba su conversación con Sydney. Esta se enfada cuando Vaughn le confiesa lo que ha hecho, a pesar de haber sido incapaz de entregar la cinta.
Hassan confiesa poseer un silo en Creta donde se encuentra "el paquete", un dispositivo vital para la CIA (y el SD-6), y envían a Sydney para inspeccionarlo. Hassan demanda de la CIA que traigan a su mujer y a su hijo a suelo estadounidense para su propia protección, pero la agencia aún no quiere discutir tales hechos. La misión de Sydney se revela como una trampa y Hassan demanda un acuerdo por escrito sobre su familia para salvar la vida de Sydney. Weiss y Vaughn vuelan para conseguir que el director de la CIA firme el acuerdo.
Tras el viaje, Sydney ha reflexionado y decide convocar una reunión de las altas esferas de la CIA para delatar a su padre. Sorprendentemente, su padre acude a la reunión y bajo la conformidad de todos los presentes, se dirige a Sydney para informarle de que si bien sus argumentos son válidos no lo son sus conclusiones. Jack le informa de la verdad, revelando un terrible secreto familiar.
Tras la revelación sobre su madre, Sydney acude al SD6 decidida a poner fin a la vida de intrigas y falsedades que tiene que aguantar día a día. Su padre acude tras ella para impedir tal hecho, que bien podría implicar que la sección de seguridad la "silenciara" para siempre.
Pero el destino les tiene reservada una sorpresa; un antiguo agente del SD-6 llamado McKenas Cole irrumpe en las instalaciones y se hace con el control de la agencia. Afortunadamente, Sloane es capaz de iniciar el proceso de bloqueo del SD-6 antes de que Cole se haga con el control total. Ese bloqueo deja a Sydney y a Jack encerrados en el ascensor, por lo que huyen por los pasadizos secretos de la agencia para reagruparse y decidir el curso de sus acciones.
Cole afirma trabajar para un nuevo grupo terrorista liderado por una persona conocida simplemente como "El Hombre". Su objetivo es abrir la cámara de seguridad del SD-6 y obtener un valioso objeto allí guardado. Sloane está dispuesto a sacrificarse para que el misterioso objeto no salga de la cámara, consciente, además, de que abrir la cámara bajo un procedimiento de cierre hará que las cargas de C4 instaladas en los bajos del edificio no deje piedra sobre piedra, sepultando al SD-6 y a todos sus integrantes de un plumazo. A través de las cámaras de seguridad, las cuales han pirateado Jack y Sydney, se enteran del plan.
Mientras tanto, Will recibe una llamada de su confidente misterioso pero el periodista le informa de que no quiere continuar la historia sobre el misterio de las muertes de Daniel Hetche y Eloise Kurtz. Sin embargo, la voz no parece dispuesto a dejar que la historia sea enterrada y facilita información a Will. Además, aparece en la palestra la hija de David McNeal, que le suplica ayuda para desenterrar a los asesinos de su madre y limpiar el nombre de su padre. Finalmente Will accede a seguir con el caso.
Tras la revelación sobre Laura Bristow, la CIA ordena a Vaughn que acuda a hablar con una terapeuta de la agencia y esta le pregunta cómo concilia el hecho de ser el enlace de Sydney, la hija de la asesina de su propio padre. Vaughn insiste en que se encuentra perfectamente, pero Barnett le presiona, preguntándole si es cierto que le hizo un regalo a Syd por navidades y si considera apropiada la relación que tiene con su enlace.
Sydney decide avanzar por los túneles de ventilación hacia el despacho de Marshall para obtener un objeto que les permitirá cambiar las claves de seguridad de la cámara, por si se diera el caso de que Sloane revelara la clave. Sin embargo, tras cambiar las claves, Cole oye a Syd avanzar por los tubos y comienzan a disparar para detener al intruso...
Jack actúa con celeridad y se entrega, salvando a Sydney, y haciendo creer a Cole que él era el intruso y que ese problema queda ya eliminado. Sydney vuelve al "centro de operaciones" improvisado y encuentra una nota de su padre con las localizaciones de los explosivos y las instrucciones para desactivarlos. Jack comprende que es cuestión de tiempo que Cole abra la cámara y no pueden permitir que el SD-6 desaparezca.
Dixon consigue alcanzar una agenda electrónica y, en contra de las advertencias de Jack, envía un mensaje de socorro a la CIA (a la que cree que el SD-6 pertenece) para que monten un operativo de rescate y salven al SD-6. El agente de la CIA Haladki piensa que se trata de una trampa por parte de Sloane y rechaza tomar cualquier acción hasta contar con más pruebas. Vaughn obtiene las pruebas pero aun así Haladki rechaza tomar partido. De ese modo, arriesgándose a ser descubierto, se une a Sydney para desactivar los explosivos.
En su camino se interpone Toni, una de las integrantes del equipo de Cole, que intenta reducir a los dos agentes. Al final la amordazan pero Toni les informa de que es una espía doble del MI5 británico en una misión encubierta para descubrir a "El Hombre" y que deberían trabajar juntos. Como prueba, dirá a Cole que hay un agente libre y no dos. Ni Syd ni Vaughn se lo creen y la dejan amordazada para proseguir la desactivación de explosivos.
Weiss accede al registro de llamadas y descubre el ataque al SD-6, que considera suficientemente probado, y decide montar un equipo de asalto para impedir que los atacantes desconocidos puedan obtener lo que quiera que se encuentre en el interior de la cámara sellada de la agencia.
Toni es liberada por uno de sus compañeros y, como dijo, informa de que hay un agente más deambulando por las galerías del SD-6. Cole conecta la megafonía e informa a la "querida persona" que si no se entrega, comenzará a ejecutar a todos los agentes uno por uno, comenzando por Jack. Sydney se entrega y es atada junto a sus compañeros. Afortunadamente, entre sus pertenencias se encuentra un pendiente explosivo cortesía de Marshall, que utiliza contra sus captores, permitiendo una vuelta de las tornas, y zafándose de ellos, no así de Cole que se encuentra en la cámara, a punto de abrirla.
Will encuentra la cerradura de la llave que le facilitó la voz misteriosa. Es una taquilla que contiene un sobre con la autopsia de la mujer de McNeil, que sugiere una causa diferente a la apuntada en el juicio. Will le da el sobre a Kelly, pidiéndole que se lo entregue a su padre y advirtiéndola que se esconda, que desaparezca, por su propia seguridad.
Sloane indica a Jack que si no desactivan el bloqueo, las cargas explotarán. Dado que Jack no sabe si Vaughn ha desactivado todos, intenta librar a Sloane de sus ataduras metálicas a la silla de tortura. Sloane comprende que tal cosa no es posible y que hay prisa de modo que ordena a Jack que le corte su dedo índice para desactivar el proceso. Jack lo consigue segundos antes de que la cámara sea abierta y Cole se hace con el preciado objeto: una pequeña caja metálica con el símbolo de Rambaldi <o> en su tapa.
Sydney intenta detener a Cole pero no lo consigue. Sin embargo, tras salir del edificio, Cole se enfrenta con el equipo de asalto de Weiss y Vaughn. Intenta huir pero en este caso Sydney logra detenerlo en un enfrentamiento cuerpo a cuerpo. Como resultado, la CIA se hace con la cajita mientras que Sloane y la Alianza piensan que Cole y "El Hombre" son poseedores de su contenido: un pequeño frasquito con un líquido en su interior.
Vaughn convence a Sydney de que todo esto ha sido posible gracias a ella y que aunque esté tentada de abandonar el SD-6, desde que comenzaron a trabajar juntos han hecho grandes progresos, y todo gracias a su buen hacer. Sydney opta por no dejar la vida de espía y continuar con su labor.
Sloane se encuentra conmocionado por la pérdida de la caja, de modo que comienza a hacer pesquisas respecto al nuevo grupo misterioso y descubre que se va a producir un encuentro entre el Directorio K y ellos. De ese modo, Syd y Dixon viajan a Las Vegas para implantar un dispositivo de escucha en un agente del Directorio K y así poder averiguar el objeto de las conversaciones.
En Las Vegas, Sydney ve a Charlie y a Francie entrando en una capilla y acude al rescate de su amiga, avisando a Charlie de que si no le confiesa a Francie su infidelidad, de la cual Sydney se ha enterado días antes, antes de la boda, ella lo hará. Finalmente la pareja no sólo no se casa, sino que Francie pone fin a la relación.
McNeil informa a Will de que instaló un troyano en su programa a través del cual podría entrar cuando lo deseara, de modo que el periodista puede obtener una lista de las personas que han usado el programa y así iniciar una serie de pesquisas que le ayuden a continuar su investigación.
Sloane envía a Dixon y a Sydney a Moscú, el lugar de encuentro que ambas agencias rivales han acordado para el intercambio. El jefe de la delegación de "El Hombre", un individuo llamado Sr. Sark ofrece comprar al Directorio K sus artefactos Rambaldi y cuando estos se niegan, matan a su líder, dejando a su acompañante como nuevo jefe. Este accede a la transacción, justo en el momento en que Sydney, suspendida de una cuerda para observarlo todo, se descuelga peligrosamente, quedando expuesta a las armas de ambos bandos...
A duras penas consigue Sydney zafarse del fuego enemigo y regresar a Los Ángeles, donde informa al SD6 y a la CIA de lo acontecido en Moscú.
De vuelta en casa, Francie comparte confidencias con Sydney. Fran considera quitarse el anillo de prometida y llegan al acuerdo de que lo harán juntas, puesto que Syd aún lleva puesto el que le regaló Danny. Las cosas no pintan mucho mejor para Will, ya que su investigación está atrayendo la atención del SD-6 y Sloane comenta a Jack que desea que el periodista sea eliminado.
Sydney y Dixon son enviados a Túnez donde han de recuperar el libro que Anna les robó en Aconcagua, antes de que le sea entregado a Sark. El SD-6 recibirá el libro y la CIA las fotografías que Sydney ha de hacerle antes de entregarlo.
Will es secuestrado y llevado a un viejo almacén donde le advierten que abandone su investigación sobre el SD-6 o sus amigos y familia serán asesinados. El amenazador no es otro que Jack que intenta alejar a Will del SD-6 para proteger su vida. Asustado y consternado, Will informa a McNeil de que ha de dejar de seguir las pistas.
Sydney acude a cenar a casa de Sloane. Todo es un plan urdido por la CIA para aprovechar la relación de Sydney con Emily Sloane y tratar de implantar un micrófono en casa del jefe del SD-6. Sydney es reticente a usar a una mujer en estado terminal a la que realmente considera su amiga para estos fines pero de nuevo comprende que todo esto será bueno a la larga y accede al plan.
Pero la CIA quiere más. La página 47 del manuscrito de Rambaldi está en blanco por lo que la CIA quiere obtener la página verdadera para proceder a su estudio. Dado que la página está en casa de Sloane, Sydney ha de recuperarla durante la cena.
No sin dificultades lo consigue y la CIA "revela" la página con el líquido que estaba en la misteriosa cajita de la cámara del SD-6. En ella se muestra una cara de una mujer: ¡¡la cara de Sydney!!.
Entra en juego el Departamento de Investigaciones Especiales (DIE), una sección secreta del gobierno encargada de la investigación de cuestiones...poco usuales. Naturalmente, el Manuscrito de Rambaldi les tiene ocupados y fascinados. Su principal pista es Sydney, de modo que la "invitan" a que colabore con ellos para descifrar el texto del libro, al que se refieren como "La Profecía". Tras someterse voluntariamente a gran cantidad de pruebas, finalmente Sydney decide no colaborar más con el DIE y se marcha.
El SD-6 acude a la reunión de emergencia de la Alianza de los Doce donde expone que creen haber identificado al Hombre, cuya verdadera identidad es Alexander Khasinau, una persona con conexiones con la mafia rusa. Sloane hace todo lo posible para urdir una trama dentro de la Alianza que incline la balanza de los votos hacia la guerra directa contra el Hombre. Para ello pacta con el jefe del SD-9, Edward Poole, el cual le pide a Sloane que mate a John Briault, viejo amigo personal de Sloane y miembro de la Alianza, a cambio de su voto positivo. Pero, como siempre con esta gente, no todo es lo que parece.
Mientras, Sydney y Vaughn han de viajar a la Ciudad del Vaticano para obtener una clave para descifrar el código de Rambaldi, una especie de piedra Rosetta que les permita comenzar a traducir el libro. Lo consiguen, naturalmente, pero la traducción arrojada por el libro pone a Sydney en una complicada situación y es detenida por el DIE ¡basados en una profecía de hace siglos!.
Sydney se encuentra bajo la custodia del FBI. Estos hacen a Sydney relatar sus conexiones con el SD-6, su vida como espía y sus últimos meses como doble agente. El interrogatorio se extiende durante muchas horas (¿días?) y Jack advierte a Vaughn de que si Sydney permanece mucho más tiempo detenida, su condición de agente doble podría ser revelada. Ambos acuerdan rescatarla y desafiar a la Profecía, para sembrar la duda razonable en el DIE de que Sydney no es la mujer de la que habla Rambaldi.
Vaughn descubre que Haladki fue agente del FBI pero no sólo no obtiene ayuda por su parte sino que además este informa del FBI de que puede que Vaughn y Weiss intenten rescatar a Sydney.
Esta escapa lanzándose con el coche a las aguas del Pacífico y respirando el aire de las ruedas. Un pensamiento cruza su cabeza, ¿no podría su madre, espía del KGB entrenada para arriesgadas misiones, haber sobrevivido haciendo lo mismo?.
Tras escapar del FBI y viajar a Italia para probar que la profecía de Rambaldi era errónea, Sydney regresa a Estados Unidos y se entrega. Allí su padre le informa de que la agencia dirige sus pesquisas a la búsqueda de su madre, Laura Bristow, ya que nunca se probó que muriera en el accidente de tráfico y que, de hecho, se cree que sigue viva.
Sydney decide centrar sus esfuerzos en encontrar ella misma a su madre y solicita a Sloane un permiso especial, pero este envía a Sydney a una misión relacionada con Khasinau. Sloane le dice que este era el superior de su madre en el KGB y que por ello la misión está directamente relacionada con Irina Durevko, el verdadero nombre de Laura Bristow.
La misión les lleva a Austria pero su contacto es asesinado y Sydney escapa gracias a Noah Hicks, un antiguo novio que también es agente del SD-6 y que fue asignado a una misión de larga duración fuera de Estados Unidos. Syd y Noah extraen el chip del difunto contacto y Noah, habiendo descubierto su condición de espía, consigue escapar de allí gracias a Dixon y Sydney.
Días más tarde, ambos tienen que realizar una misión en Rusia, donde Sydney aprovecha para investigar más sobre su madre y confirmar parte de los datos de los que ya dispone. Allí, la vieja llama entre ambos agentes es puesta a prueba. Después de su misión, Sidney y Noah llegan a la casa de refugio y Noah le confiesa a Sidney que lo atrae. Acto seguido, Sidney se levanta y lo besa y hacen el amor.
Mientras, Jack está furioso con Sloane por haberle ocultado el informe que recogía la creencia de que Laura seguía viva y decide ahogar sus penas en alcohol, a pesar de la oferta de Sydney para intentar hablar sobre sus sentimientos. La CIA ordena a Jack que vea a la Dra Barnett, pero este rechaza la orden, aunque más tarde se obliga a sí mismo a acudir a la terapia.
La CIA descubre que el Directorio K ha contratado a un mercenario, conocido como el Hombre de Nieve para asesinar a Kashinau ya que fue su mano derecha, Sark, el que mató al jefe del Directorio K.
Noah propone a Sydney que ambos abandonen el SD-6 y huyan juntos gracias al dinero que secretamente ha ido guardando durante años. Aunque tentada, Sydney decide rechazar la oferta porque encontrar a su madre es ahora su prioridad.
El chip recuperado por Syd y Noah resulta inservible para localizar a Kashinau pero contiene vídeos de Irina posteriores a su supuesta muerte en los que es interrogada por Kashinau y otro hombre sobre su misión en EE. UU. En ellos cuenta como su misión era seducir a Jack y usarle para extraer información vital que luego pasaba al KGB. Cuando Jack ve el video, se ve visiblemente afectado por su contenido. El otro agente que interroga a Irina no es otro que Calder, el agente del FBI que teóricamente perseguía a Irina la noche en que su coche chocó.
La CIA y el SD-6 siguen diferentes líneas de investigación para localizar a Kashinau. Sloane es reacio a dejar participar a Noah, en el cual no confía, pero al final Jack le convence. Sydney y Noah viajan a Ciudad del Cabo para mientras que Vaughn viaja a Bogotá. Noah y Sydney obtienen un disco duro con gran dificultad pero cuando vuelven a EE. UU. descubren que ha sido borrado de un modo automático. Noah propone de nuevo a Syd que huyan juntos pero de nuevo lo rechaza y poco después Syd oye que Noah ha sido transferido de nuevo a otro destino secreto.
Marshall consigue recuperar parte del contenido del disco duro y la información en él contenida apunta a Mackay, en Australia. Allí, Sydney y Dixon tratan de adelantarse a Kashinau. La CIA descubre que el Hombre de Nieve también está en Mackay pero Vaughn no es capaz de avisar a Syd, la cual ha de luchar contra él y finalmente, descubre cuál es la verdadera identidad del mercenario, que no es otro que Noah.
Will recibe una llamada de su contacto misterioso que le da una nueva pista: la persona que le secuestró no es otro que Jack Bristow. Will decide enfrentarse a Jack, que niega los hechos aunque más tarde confiesa a Will que de hecho, él le dio el pendiente a Eloise Kurtz, aunque no la mató. A su vez, Jack le dice a Devlin que sospecha de Haladki y que cree que es él, el que está filtrando información. Will remite un sobre con un dossier sobre todo lo que sabe sobre el SD-6 a otra periodista de su diario, instándola a publicar el reportaje si a Will le sucede algo malo.
Sydney sugiere a Vaughn que pongan una trampa a Kashinau a través de los inventos de Rambaldi, atrayéndole a un territorio donde puedan capturarle y de ese modo también conocer el paradero de Laura Bristow. Sin embargo, Sloane descubre este plan y sin saber que es una trampa, ordena a Dixon que sabotee el encuentro y obtenga el líquido de Rambaldi, que Sloane cree fue robado por Cole (La Caja, segunda parte).
Emily, en la fase terminal de su enfermedad, recibe la visita de Sydney en el hospital y le confiesa que conoce todo lo relativo a su trabajo, a su marido y al SD-6. Sydney se asusta mucho al conocer las consecuencias de que un civil conozca la verdad sobre el SD-6. El Jefe de Seguridad de la Alianza informa a Sloane de que su mujer ha de ser asesinada pero Sloane se niega tajantemente. Sin embargo, un vídeo sobre la muerte de Briault deja a Sloane en muy mala posición y se ve obligado a claudicar.
Sark es capturado en medio del tiroteo entre el grupo de Kashinau (el Hombre), la CIA y el SD-6, pero Vaughn consigue esposar y capturar a Sark, el segundo al mando de Kashinau. Sin embargo, tras desobedecer a Weiss para proteger a Sydney, Sark escapa. Vaughn es gravemente abroncado por sus superiores y por el propio Weiss hasta el punto de preguntarse si sus sentimientos por Sydney han podido alterar su juicio en una situación de máxima concentración. Sark, sin embargo, no ha escapado sino que está bajo la custodia del SD-6.
Sloane acude a una reunión de la Alianza, donde realiza todo lo posible por tratar de salvar la vida de su mujer. La Alianza le informa de que han descubierto el juego de Poole y las circunstancias que rodearon la muerte de Briault y que, dado que Emily morirá pronto, dejarán que su muerte sea algo natural. Sin embargo, poco después Sloane es informado de que el cáncer de su esposa está remitiendo.
Dixon y Sydney han de viajar a París para tratar de recuperar el frasquito de líquido que Sark va a entregar a Kashinau además de robar algunas páginas del manuscrito de Rambaldi. Mientras, Will solicita una reunión con su informador a través de unas claves dadas por Jack. El encuentro tendrá lugar en París. La reunión es desastrosa y Will es capturado. No obstante, Sydney arriesga su personalidad oculta y libera a Will, el cual la descubre y grita alarmado ante esta sorpresa. Syd reprocha a su padre el involucrar a Will en este peligroso juego pero Jack cuenta Sydney las circunstancias que le llevaron a realizar este arriesgado encuentro. Will es llevado a un refugio de la CIA para su propia protección.
A través de una sustancia introducida en la sangre de Sark gracias al vino que bebió con Sloane, un equipo del SD-6 le localiza y cuando se disponen a apresarlo, descubren un laboratorio donde Sark ha sido trasfundido, separándose del trazador que el SD-6 perseguía.
Dixon comienza a sospechar que Sydney es una doble agente, tras recordar los acontecimientos de Argentina (Mea Culpa) y unirlos a la lesión que Sydney tiene en el hombro y que él mismo le hizo sin saberlo (La Solución).
El engaño de Jack le sale caro a Will, que es interrogado y torturado por Traje y Gafas a petición de Sark para sacar una información que Will no conoce. Desesperado, Sark llama Sydney y organiza un intercambio de su amigo por los objetos robados. Will es torturado, donde le quitan una muela y luego le inyectan suero de la verdad Se plantea así una carrera contrarreloj (el encuentro es en 24 horas) donde Sydney y Jack han de robar material de la CIA para poder realizar el intercambio. Dixon descubre a Sydney intentando entrar en una instalación de máxima seguridad de la agencia gubernamental y, aunque la deja escapar, confiesa que no sabe si informará de su actitud o no. A su vez, padre e hija han de trabajar a solas ya que Jack está seguro de que el topo de la CIA podría ponerlos en peligro.
Sloane se ve en una disyuntiva: si asesina a su mujer, como demanda la Alianza, se convertirá en miembro de pleno derecho de esta nefaria organización. De este modo, Sloane organiza una romántica cena con Emily donde le cuenta toda la verdad sobre el SD-6 y toma una decisión final.
La desaparición de Will hace que Abby entregue el sobre con el artículo sobre el SD-6 a Litvack, la editora del periódico, tal y como era deseo de Will. Litvack decide publicar la historia en portada.
Jack captura a Haladki y tras interrogarle, este admite que es el topo y que ha estado trabajando para Kashinau. Jack, furioso por la actitud de Haladki, que ha puesto conscientemente a Sydney en peligro, decide acabar drásticamente con el problema.
Con los objetos en la mano y el plan trazado, Sydney y Jack están listos para volar a Taipéi, pero se les une un nuevo aliado: Vaughn, que ha descubierto los planes de la pareja y quiere ayudarlos. El encuentro entre Sark y Jack tiene los resultados esperados y Will, visiblemente asustado y herido, es rescatado sin problemas.
Syd y Vaughn se dirigen al laboratorio taiwanés para detonarlo y eliminar el artefacto Rambaldi que se está construyendo a partir del prototipo que Sydney tuvo que robar tiempo atrás (La Verdad sea Dicha). En su misión Sidney destruye el artefacto de rambaldi y este estalla lleno de agua.Sidney corre y ve a Vaughn y los dos juntos empiezan a correr mientras que la puerta se está cerrando.Sidney logra pasar la puerta y vaughn no y queda atrapado en un pasillo inundado con agua, mientras que Sydney es apresada al intentar salvar a su amigo.
La agente Bristow despierta encadenada a una silla, en el mismo sitio donde fue interrogada hace un año, y frente a ella se encuentra Alexander Kashinau. Sydney habla con él, pero Kashinau le informa de que será ella la que deba responder a las preguntas que su jefe tiene que hacerle. Resulta que él no es el Hombre. El Hombre entra en la habitación y con una voz vagamente familiar se dirige a Sydney: "Llevo casi treinta años esperando este momento..." y Sydney responde: "¡¡¿MAMA?!!..."
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