La asimilación genética es aquel proceso mediante el cual una respuesta fenotípica a un factor ambiental es asimilada (a través de la selección natural) por el genotipo de modo que se vuelve independiente del inductor ambiental. El término "asimilación genética" fue acuñado por C. H. Waddington. En la misma época, Ivan I. Schmalhausen desarrolló el mismo concepto bajo el nombre de "estabilización genética".
Diversos autores han señalado las correspondencias entre tasas de innovación macroevolutiva y patrones ecológicos.
El ejemplo utilizado por Waddington para ilustrar la asimilación genética es el de la formación del callo en el avestruz. Los avestruces nacen con los callos ya formados, lo que aparenta ser un caso de evolución lamarquiana por la que la piel adulta se habría formado por abrasión, de modo que la descendencia habría heredado ese rasgo adquirido. Waddington explica la adquisición evolutiva de los callos a partir de la asimilación genética, invocando una transferencia de competencia de un inductor externo a uno interno: la piel del avestruz habría adquirido, por selección natural, la capacidad (genética) de desarrollar callos en respuesta a la fricción. En un segundo paso, la piel se habría vuelto capaz de formar callos por inducción embriológica (inductor interno).
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