Bacteroidetes o Bacteroidota son un grupo grande de bacterias gramnegativas con amplia distribución en el medio ambiente, incluyendo el suelo, sedimentos, agua de mar y el tracto digestivo de los animales.
El grupo incluye cuatro clases. La clase Bacteroidia es con diferencia la más estudiada e incluye el género Bacteroides, un organismo abundante en las heces de animales de sangre caliente incluyendo los seres humanos, y Porphyromonas, un grupo de organismos que habita en la cavidad bucal humana. Los miembros del género Bacteroides son patógenos oportunistas. Las otras clases de Bacteroidetes raramente son patógenas para los seres humanos. Especies representativas de los órdenes Flavobacteriales, Sphingobacteriales y Cytophagales, son Flavobacterium mizutaii, Sphingobacterium antarcticum y Cytophaga columnaris respectivamente.
El investigador Jeffrey Gordon et al. descubrieron que los seres humanos y los ratones obesos tienen una flora intestinal con un porcentaje más bajo de bacterias Bacteroidetes y más alto de Firmicutes. Sin embargo, se desconoce si Bacteroidetes previene la obesidad o que simplemente esta flora intestinal es seleccionada por las condiciones intestinales de los no obesos.
Varias proteínas son comunes de flavobacteriales y bacteroidales, indicando que estos órdenes comparten un común ancestro excluyendo otros bacteroidetes. El ancestro común de Bacteroidetes parece haber sido un termófilo dada la posición basal de los tres grupos termófilos. Chlorobia que antiguamente se consideraba un filo independiente, adquirió la fotosíntesis de un antepasado compartido con los bacteroidetes tradicionales (no termófilos).
Una filogenia algo consensuada en el GTDB database y el Annotree es la siguiente:
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