ClustalW

Clustal es un programa de computadora ampliamente utilizado para realizar alineamientos múltiples de secuencias. La última versión es la 2.0.12 (2009), cuya principal novedad es que fue completamente reescrita en C++.^[1]​ Hay dos variantes:

El programa está disponible en European Bioinformatics Institute ftp server o en www.clustal.org.

Este programa acepta un amplio rango de formatos de entrada. Incluyendo NBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swissprot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF y GDE.

El formato de salida puede ser alguno de los siguientes: Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE o NEXUS.

Hay tres etapas importantes:

Esto es hecho automáticamente cuando seleccionas "Do Complete Alignment" ("Hacer el alineamiento completo", en español). Otras opciones son "Do Alignment from guide tree" ("Hacer el alienamiento con el árbol guía") y "Produce guide tree only" ("Sólo producir el árbol guía).

Los alineamientos de parejas son computados con un método todos contra todos y las similitudes son guardadas en una matriz. Esta es luego convertida en una matriz de distancias, donde la longitud de la distancia refleja la distancia evolutiva entre cada par de secuencias.

De esta matriz de distancias, es creado un árbol de guía o filogenético utilizando un algoritmo de clustering neighbour-joining para determinar el orden en que los pares de secuencias serán alineados y combinados con alineamientos previos. Las secuencias son alineadas progresivamente en cada punto de ramificación empezando por los pares de secuencias más cercanos.

Los usuarios pueden alinear las secuencias usando las configuraciones por defecto, pero ocasionalmente es más útil personalizar los parámetros. Los principales parámetros son la penalización por abrir huecos ("gaps") y por extenderlos.

Una versión basada en FPGA del algoritmo ClustalW es ofrecida por Progeniq, mostrando ser 20 veces más veloz que otras implementaciones.