La Comisión científica del Pacífico fue una expedición de naturalistas, humanistas, fotógrafos españoles enviada al continente americano entre 1862 y 1865 que se convirtió en la principal empresa de la ciencia imperial o neocolonial en el reinado de Isabel II, relacionada con un programa promovido por la Societé Impériale Zoologique d’Acclimatation y desarrollada en el marco de un movimiento político-cultural panhispanista.
Debido al prestigio de Alejandro de Humboldt, el continente americano fue uno de los espacios geográficos que más atrajo la atención de los naturalistas europeos a mediados del siglo XIX. En pocos años salieron diversas empresas colectivas destinadas a la exploración y estudio de la naturaleza y las culturas de ese mundo, nuevo para una óptica europea. Entre esas expediciones científicas cabe destacar tres de ellas organizadas en Viena, Madrid y París: el viaje de circunnavegación que la fragata Novara (1857-1859), la Commission scientifique du Mexique, realizada tras la retirada de las tropas españolas e inglesas de México.:§7
Los miembros de la expedición eran tres zoólogos, un geólogo, un botánico y un antropólogo:
Como fotógrafo y pintor, acompañaba a la expedición Rafael Castro y Ordóñez, fotógrafo oficial de la Casa Real.
López-Ocón divide la expedición en tres etapas.:§28
Esta primera etapa comienza el 10 de agosto de 1862 con la salida de Cádiz hasta mayo de 1863 cuando toda la expedición se reunió nuevamente en Valparaíso. Tras el cruce del Atlántico, las fragatas Triunfo y Resolución y la corbeta Vencedora atracaron en Río de Janeiro, Santa Catalina y Montevideo, donde encontraron, como estaba previsto, a la goleta Virgen de la Covadonga para seguir a Buenos Aires. En la capital argentina una parte de la expedición continuó por tierra a través de la pampa hasta Santiago de Chile y Valparaíso donde reencontró a los que siguieron la ruta marítima.
Las fragatas Resolución y Triunfo siguieron el derrotero de las Islas Malvinas y el Cabo de Hornos para llegar a Valparaíso.
La goleta Virgen de la Covadonga siguió por el Estrecho de Magallanes, Punta Arenas, San Carlos de Chiloé y Lota hasta Valparaíso.
En mayo de 1863 los cuatro navíos estaban en el principal puerto chileno.
La Virgen de la Covadonga salió desde Valparaíso hacia Cobija, Iquique, Arica, Islay, islas Chincha, Callao. El resto siguió directamente al Callao, adonde llegaron el 10 de julio, dos días después, la Virgen de la Covadonga arribó.
En julio de 1863 Francisco María Paz y Membiela dimite como presidente de la Comisión.
El 4 de agosto de 1863 ocurre el incidente de Talambo entre colonos españoles y agricultores peruanos, que termina con un saldo de dos muertos.
La comisión continúa su viaje hasta San Francisco, California, donde Pinzón conoce a Eusebio Salazar y Mazarredo. Fernando Amor fallece en San Francisco el 21 de octubre de 1863. El 13 de diciembre de 1863 la flota de Pinzón estaba de regreso en el Callao, se entera del incidente acaecido en agosto y el 28 de diciembre se reúne una junta de oficiales en la fragata Resolución.
En marzo de 1864, Pinzón, disimulando su plan de ocupar las islas Chincha, arriba a Valparaíso. El 3 de abril los miembros de la CCP dejaron de pertenecer a la escuadra:119 y el 14 de abril de 1864 las islas Chinchas fueron ocupadas por los españoles.
A partir del 3 de abril, los científicos toman caminos diferentes. Puig se queda en Chile y Castro regreso a España. Los zoólogos Martínez y Jiménez de la Espada, el antropólogo Almagro y el botánico Isern, continuaron su viaje desde Guayaquil, a través del Amazonas hasta Belén.
El deseo de 1862 de lograr un renacimiento en España del cultivo de las ciencias naturales se convirtió tres años después en una derrota para los expedicionarios. El botánico Isern falleció en enero de 1866, no mucho tiempo después de su llegada a Madrid.
La comisión envió más de ochenta mil muestras de la naturaleza y de las culturas americanas a Madrid.:§36
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