La diversidad microbiana del suelo está dada por el gran número de microorganismos que lo habitan. Los principales grupos microbianos que se encuentran en el son: hongos, bacterias, protozoos, algas y virus, estos últimos principalmente representados por los fagos.
Los hongos representan la diversidad morfológica en tanto que las bacterias representan la diversidad metabólica.
Las algas son similares a las que se encuentran en el agua, sin embargo en este ambiente pueden mostrar morfologías aberrantes.
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