Endothyra es un género de foraminífero bentónico de la subfamilia Endothyrinae, de la familia Endothyridae, de la superfamilia Endothyroidea, del suborden Fusulinina y del orden Fusulinida. Su especie tipo es Endothyra bowmani. Su rango cronoestratigráfico abarca desde el Mississippiense (Carbonífero inferior) hasta el Moscoviense (Carbonífero superior).
Clasificaciones más recientes incluyen Endothyra en el suborden Endothyrina, del orden Endothyrida, de la subclase Fusulinana de la clase Fusulinata.
Se han descrito numerosas especies de Endothyra. Entre las especies más interesantes o más conocidas destacan:
Un listado completo de las especies descritas en el género Endothyra puede verse en el siguiente anexo.
En Endothyra se han considerado los siguientes subgéneros:
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