El filo (phylum, plural phyla) (también denominado tronco o tipo de organización) es una categoría en taxonomía situada entre el reino y la clase. Es usada en los reinos Animalia y Protista, y en los dominios Bacteria y Archaea. En botánica (reino Plantae) y en micología (reino Fungi), se empleaba el término división en lugar de filo, siendo ambos términos equivalentes, aunque en 1993 el Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Hongos y Plantas aceptó la designación «filo». Las investigaciones actuales buscan descubrir las relaciones entre los filos que están dentro de clados más grandes como los Ecdysozoa y los Embryophyta. Actualmente (2018) no existe una definición precisa de filo a nivel filogenético que esté universalmente aceptada, por lo que interviene el criterio de cada taxónomo.
Al igual que ocurre con otros niveles en la taxonomía de los seres vivos, y debido a la necesidad de que las clasificaciones reflejen con la mayor fidelidad posible la filogenia, varios filos pueden agruparse en superfilos, y los individuos de un filo puede organizarse en subfilos (y estos a su vez en infrafilos).
Niveles de clasificación (de general a concreto):
El filo es la subdivisión básica del reino animal y puede definirse como una agrupación de animales basada en su plan general de organización. Así, animales tan diversos como las almejas, los caracoles o los pulpos pueden agruparse en el filo Mollusca al presentar un plan básico de organización común.
A pesar de que existen alrededor de 30 filos, la inmensa mayoría de los animales pertenecen a alguno de los 9 filos siguientes: Arthropoda, Mollusca, Porifera, Cnidaria, Platyhelminthes, Nematoda, Annelida, Echinodermata y Chordata. De hecho, más del 80% de las especies animales están incluidas en el filo Arthropoda. Varios filos contienen de una a unos pocos cientos de especies y son prácticamente desconocidos para el gran público.
En estos últimos años, los análisis filogenéticos moleculares están proporcionando una visión significativamente distinta de las relaciones filogenéticas que guardan los filos (y otros rangos taxonómicos de igual magnitud); descartando muchas hipótesis tradicionales que anteriormente se consideraban muy respaldadas por sus respectivos análisis y estudios. En su mayoría, estos nuevos resultados concuerdan con diversos análisis morfológicos y paleontológicos.
Se ha demostrado que los grupos Echiura, Pogonophora, Sipuncula, Orthonectida, Acanthocephala y Myxozoa, en realidad, provienen de otros grupos mayores (filos) de los cuales perdieron ciertas características distintivas llegando a un proceso de simplificación. Aquellos taxones anteriormente considerados filos fueron reclasificados en el árbol filogenético.
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