El gobierno de Andrés Pastrana inició el 7 de agosto de 1998 y finalizó el 7 de agosto de 2002, su predecesor fue el gobierno de Ernesto Samper y su sucesor fue el gobierno de Álvaro Uribe.
Luego de cuatro años de una oposición al entonces presidente Samper, Pastrana se enfrentó por la candidatura conservadora al senador y exministro de Minas Juan Camilo Restrepo, a quien derrotó. En la segunda vuelta de las Elecciones Presidenciales, en junio de 1998 fue elegido presidente con el 51 % de los votos, tras derrotar al candidato liberal Horacio Serpa Uribe.
Durante su campaña a la presidencia Pastrana adelantó conversaciones con la guerrilla de las FARC-EP y prometió un diálogo de paz si resultaba elegido, Pastrana se tomó una foto con el guerrillero Manuel Marulanda en la que este portaba un reloj símbolo de la campaña de Pastrana. Una vez elegido, Pastrana inició inmediatamente un proceso de diálogo con la guerrilla. Siendo candidato Pastrana había ofrecido a la guerrilla una zona de despeje, en los municipios de La Uribe, Mesetas, La Macarena y Vista Hermosa (Meta), y por San Vicente del Caguán (Caquetá), para llevar a cabo allí los diálogos.
Su Plan de Gobierno contemplaba un Proceso de Paz con los sectores del Conflicto Armado Colombiano, Reducción IVA del 16% al 12%, un nuevo Programa Económico por el Empleo, contemplando exenciones tributarias, fomento a las exportaciones, nuevos mercados, emprendimientos, y globalización, también la modernización y actualización del Sistema de Seguridad Social.
En este momento del conflicto armado, que puede llamarse la guerra por la coca entre guerrillas y paramilitares, el presidente Andrés Pastrana Arango intentó una negociación de paz con las FARC-EP y como garantía para los negociadores de las guerrillas despejó de fuerza pública cuatro municipios del Meta y uno del Caquetá, en la región del río Caguán, desde el 7 de noviembre de 1998. Los diálogos de paz, con participación de organizaciones de la sociedad civil en mesas de discusión temática, fracasaron por exceso de temas de negociación y falta de estrategia negociadora del gobierno, pues se acordó una amplia agenda de temas de 110 puntos, que comprendían todas las instituciones y problemas políticos, sociales y económicos del país.
El área desmilitarizada de 42 000 km² (kilómetros cuadrados) se le conoció como zona de distensión la cual originalmente debería durar seis meses. Después de una controvertida extensión de su vigencia y de varios acontecimientos como secuestros, asesinatos y reportes de actividades ilícitas en la zona de despeje, el 20 de febrero de 2002, después de casi cuatro años de existencia de la zona de despeje y a pocos meses de terminar su mandato, Pastrana informó al país que el proceso había fracasado y que la zona de distensión quedaba efectivamente cancelada, argumentando que Manuel Marulanda lo había asaltado en su buena fe. El mandatario dio a los guerrilleros hasta las doce de la noche para que abandonar el área.
Paralelamente a la negociación con las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC-EP), el presidente Pastrana selló una renovada alianza militar con el gobierno Clinton de los Estados Unidos en 1999, conocido como el «Plan Colombia», que comprometió recursos de los dos gobiernos para fortalecer las Fuerzas Militares y la justicia en su lucha contra las guerrillas y el narcotráfico. Esta alianza militar implicó también la subordinación de la estrategia de seguridad interna a los intereses de política externa de Washington y especialmente, al cabildeo de los grandes contratistas privados de servicios de seguridad de Estados Unidos, como Dynamics Corporation, beneficiaria de los contratos de fumigación aérea de cultivos ilícitos, auspiciada por el representante Benjamin Gilman, quien fue presidente del Comité de Relaciones Exteriores de la Cámara por muchos años.
En virtud del Plan Colombia, por ejemplo, se vinculó al ejército en la lucha contra las drogas, al considerarla una amenaza a la seguridad nacional. Como había ocurrido con el anterior proceso de negociaciones de Belisario Betancur en 1983, la oposición militar a la negociación de Andrés Pastrana se hizo explícita en diversas oportunidades, hasta llegar a la renuncia del Ministro de Defensa Rodrigo Lloreda Caicedo, cuando planteó su desacuerdo con el Comisionado de Paz Víctor G. Ricardo frente a la falta de reglas y condiciones para la guerrilla en la zona de despeje del Caguán. Igualmente, esta oposición de las fuerzas militares se expresó en la condescendencia con los grupos paramilitares de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), en plena expansión (masacres y expansión territorial), que bajo el mando de Carlos Castaño asumieron el liderazgo de la oposición de las sociedades regionales a la negociaciones con las FARC-EP y el ELN.
Creación del Escuadrón Móvil Antidisturbios (ESMAD).
A raíz del fallo emitido por la Corte Internacional de Justicia de la Haya, el 19 de diciembre de 2012, que delimitó la frontera en el mar Caribe entre Nicaragua y Colombia, y donde este último perdió una considerable área marítima, se desató una fuerte polémica nacional frente a la responsabilidad política y jurídica que le correspondería a los gobiernos intervinientes, en la que el Gobierno del presidente Juan Manuel Santos señaló que su gobierno no tenía responsabilidad y que la misma recaería sobre la reacción del gobierno de Andrés Pastrana Arango ante la demanda instaurada por Nicaragua en el año 2001, pues consideran que dicho gobierno debió retirarse del Pacto de Bogotá como medida cautelar y sin embargo, pese a presuntas recomendaciones recibidas inclusive del que fuera su canciller, habría optado por seguir el proceso adelante, que a la postre terminó desembocando en el fallo adverso.
Sin embargo el exmandatario, se defendió de tales acusaciones señalando que era una forma de eludir la responsabilidad que le correspondía al gobierno Santos en torno al fallo,Fernando Carrillo al que calificó de “camarero de Pablo Escobar”, a lo que el funcionario respondió que la descalificación era una forma de evadir la discusión de la responsabilidad por el fallo de la Haya que le correspondería; A la fecha el debate permanece activo, sin definir o esclarecer si cabe algún tipo de responsabilidad por la forma en que se atendió dicho proceso judicial por parte de algún (os) gobierno(s).
a lo cual el Gobierno del presidente de la República de Colombia Juan Manuel Santos, indicó en un principio que se harían públicas las actas reservadas de la Comisión Asesora de Relaciones Exteriores que demostrarían que su gobierno no sería el responsable, con lo cual la fuerte discusión escaló de nivel, ya que el expresidente Andrés Pastrana se retiró de la Comisión Asesora de Relaciones Exteriores en protesta y criticó fuertemente tal anuncio, ante lo cual el gobierno santos desistió de hacer públicas las actas, sin embargo el enfrentamiento continuó, y el expresidente Pastrana contrapunteó con agravios en contra de algunas políticas del gobierno Santos, como el proceso de negociaciones con las FARC-EP y en contra del Ministro del InteriorEscribe un comentario o lo que quieras sobre Gobierno de Andrés Pastrana (directo, no tienes que registrarte)
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