El Gobierno de Maynas fue una de las gobernaciones establecidas al oriente de la Presidencia de Quito durante el siglo XVII, que formaba parte primero del Virreinato del Perú y luego del Virreinato de la Nueva Granada.
De las gobernaciones establecidas en el oriente de la Real Audiencia de Quito, fue la de Maynas la más importante, por su organización y porque cimentó las bases de la Presidencia de Quito en la Amazonia. Estas regiones fueron descubiertas por el gobernador de Yaguarsongo, Juan de Salinas y Loyola, entre 1557 y 1559. El Gobierno de Yaguarsongo formaba uno de los gobiernos de la Presidencia de Quito.
El territorio del Gobierno de Maynas principiaba en el pueblo de San Francisco de Borja y se extendía hasta el límite de las posesiones españolas en el Amazonas; en los grandes afluentes del Amazonas. No tuvo límites fijos y determinados; pues, se iba dilatando en extensión a medida que los misioneros jesuitas de Quito avanzaban en sus excursiones apostólicas; así es que llegó hasta el río Ucayali, por una parte, y hasta el río Negro por otra.
A pesar de sus vínculos con Quito, primero desde su creación como gobernación en el siglo XVII y posteriormente como parte de la Gran Colombia (entre 1820 y 1830) -tiempo en el cual política y administrativamente pertenecía al Distrito del Sur y al Departamento de Azuay, que luego conformarían la República del Ecuador- el territorio de Jaén de Bracamoros y Maynas fue reclamado y posteriormente anexado a la República del Perú en 1941 y ratificado en 1998 luego de una larga disputa territorial entre Perú y Ecuador.
El primer gobernador de Maynas fue Diego Vaca de Vega, quien en 1619 obtuvo de la Audiencia de Quito la autorización y los auxilios necesarios para la formación de un nuevo gobierno. El 9 de diciembre de 1619 se firmó el acta de la fundación de la ciudad de San Francisco de Borja; en 1634 terminó la fundación y eligió ayuntamiento, regidores y demás oficiales. Repartió la Nación Maynas en 24 encomiendas.
En 1637 obtuvo el gobernador de Maynas, Vaca de la Cadena, los primeros jesuitas de Quito. Fueron designados por provisión de la Audiencia de Quito, previa colación del obispo de Quito, los PP. Cuxia y Cueva para fundadores de las Misiones de Mainas teniendo como escala el Curato de Borja, a donde llegaron el 6 de febrero de 1638. Los jesuitas de Quito inician las misiones en el Gobierno de Maynas para luego extenderse a lo largo de los ríos Amazonas y Ucayali.
El año 1656, el Gobierno de Maynas, dependiente de la Presidencia de Quito, debía comprender la Ciudad de San Francisco de Borja y todas las provincias, naciones y ríos, donde los religiosos de la Compañía de Jesús llamados jesuitas quiteños, estuvieron fundando las misiones. Por esta decisión el Gobierno de Maynas comprendió el río Ucayali en forma general e indefinida, porque desde años anteriores los jesuitas se habían extendido a lo largo del río Ucayali hasta los altos pajonales cuya posesión la ratificó el rey de España Carlos II según la Real Cédula de 1689 que declara:
Sobre la conformidad de los hechos de la conquista de los misioneros de Quito, el Gobierno de Maynas se extendió sobre el río Ucayali hasta la zona ocupada por las naciones de los indios Campas o Cambas, o sea bañada por los ríos Paucartambo, Santa Anna, Urubamba, Apurimac y Jauja, es decir, hasta los linderos del Real Audiencia de Charcas actualmente Bolivia. El virrey del Perú no solamente no presto ayuda a los jesuitas sino que era su más grande opositor tanto que el rey de España Carlos II intervino por medio de la Real Cédula de 1689 en defensa de los derechos de los jesuitas de Quito y la Presidencia de Quito.
En 1685 el padre Samuel Fritz que era uno de los jesuitas quiteños de origen alemán se había extendido a lo largo de la Amazonia hasta cerca de las bocas en el océano Atlántico; pero fue despojado de sus Misiones de la Gran Omagua por los portugueses. En 1698 fue martirizado el padre Ricter y el clérigo Bárgez.
El 12 de diciembre de 1744, a la muerte del gobernador de Toledo, los jesuitas obtuvieron de la Presidencia de Quito la supresión del Gobierno de Maynas. Para Borja se eligió un justicia mayor, Francisco Matías de Rioja. Esta disposición fue aprobada por el virrey de Nueva Granada el 28 de noviembre de 1746 y por el rey de España en 1748.
En 1745 una Real Provision dispuso: "que se agregue la jurisdicción del río Napo al Gobierno de Quijos" esto es, reincorporar a Quijos el territorio del bajo Napo que le pertenecía por cédula de erección.
El 1 de mayo de 1754, según el Informe de Basabé, Maynas era sólo tenencia y el territorio del Bajo Napo estaba reincorporado en el Gobierno de Quijos.
La Real Cédula de 2 de septiembre de 1772 dispuso:
En 1773 el rey de España nombró gobernador de Maynas a Juan Francisco Goméz de Arce.
El 15 de febrero de 1779, el Consejo estudió el proyecto de erigir "una villa episcopal en la Ciudad de Huánuco", "cuya jurisdicción abrazase todo la ceja de aquellas montañas de Tarma de Cajamarquilla ...; se resuelve consultar si no sea del caso erigirse "poniendo un Obispo que tenga residencia en la Ciudad de Borja ... informe V.E. lo que se ofreciere y paraciere."
La Real Cédula de 12 de julio de 1790, ordenó entregar las Misiones de Maynas a los franciscanos de Quito:
El 24 de marzo de 1794, el nombramento de Calvo distingue clara y explícitamente el gobierno militar del político. Y previene: "en inteligiencia de quo no os corresponde sueldo ninguno por lo político de este gobierno, mediante estaros considerado en lo militar." El gobierno de Calvo era puramente de defensa.
El 21 de septiembre de 1795, Calvo tomó posesión del Gobierno de Maynas, en Quito; presentó 2 documentos: el uno el título de Comandante Militar (puramente jurisdiccional - para la defensa contra las invasiones portuguesas), y el otro de Gobernador Político de la Provincia, esto es, tenía el cargo de Gobernador de la Provincia de Maynas y el de Comandante Militar "en materia de guerra".
En 1802 por Real Cédula, la gobernación de Maynas fue segregada del Virreinato de Nueva Granada y formó parte integrante del Virreinato del Perú con el cual, después de la Independencia y por el principio de Uti Possidetis pasó a formar parte del territorio de la República del Perú.
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