Johan Ernst Gunnerus ( Christiania (Oslo) , 26 de febrero 1718 - 25 de septiembre de 1773 ), fue un naturalista, profesor, botánico, micólogo, y obispo noruego.
Gunnerus nació en Christiania. Fue obispo de Trondheim desde 1758, y profesor de teología en la Universidad de Copenhague.
Gunnerus tenía un gran interés por historia natural y acumuló una gran colección de especímenes de sus excursiones por el centro y el norte de Noruega. También les solicitaba a otros conocidos que le enviaran especímenes.
Junto con el historiador Gerhard Schönning y con Peter Friederich Suhm fundó la Sociedad Trondheim en 1760.
En 1767 se le reconoció su labor nombrándole miembro de la Real Sociedad de las Ciencias y las Letras de Noruega.
Fue vicepresidente y Director Perpetuus de esta Sociedad desde 1767 a 1773. La sociedad comenzó a publicar un semanario en 1761, titulado Det Trondhiemske Selskabs Skrifter, actualmente publicado como Det Kongelige Norske Videnskabers Selskabs Skrifter. En 1765 Gunnerus publicó la descripción de un tiburón peregrino en este semanario, dándole el nombre científico de Squalus maximius.
Gunnerus fue el primero en sugerir que las luces del norte estaban causadas por el Sol, también podría haber auroras alrededor de la luna, Venus y Mercurio.
La abreviatura Gunnerus se emplea para indicar a Johan Ernst Gunnerus como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.
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