NAMD

NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program)^[1]​ es un software para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares. Se hizo acreedor de un premio Gordon Bell en 2002.^[2]​ Está basado en objetos paralelos Charm++ y es escalable a cientos de procesadores en plataformas de punta y decenas de procesadores en cómodos clusters usando ethernet gigabit. NAMD usa el popular programa de presentación gráfica molecular VMD para configurar la simulación y analizar las trayectorias, siendo también parcialmente compatible con AMBER, CHARMM y X-PLOR.