Paphinia rugosa es una especie de orquídea endémica de Colombia.
La clasificación de esta especie de orquídea fue publicada por Heinrich Gustav Reichenbach (1824–1889) en Linnaea; Ein Journal für die Botanik in ihrem ganzen Umfange, xli. 110, 1877 - Berlín, Alemania. Esta especie se encuentra a una altitud de aproximadamente 2400 metros.
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