Un pseudogén se trata de un gen que deriva de otros genes ya conocidos y cuyas funciones son distintas, pueden haber perdido su funcionalidad o haberla cambiado radicalmente.
Se han propuesto varios escenarios para explicar el origen de un pseudogén:
Los pseudogenes pueden complicar los estudios de genética molecular. Por ejemplo, un investigador que quiera amplificar un gen mediante PCR puede amplificar simultáneamente un pseudogén que comparta secuencias similares. Además, en ocasiones los pseudogenes se registran como genes en la secuenciación de genomas.
Es típico en biología molecular encontrar ejemplos raros que cuestionan cualquier definición sencilla de un término, y el de pseudogén no es una excepción. Hay cierta división entre los genetistas sobre la naturaleza del producto final. Si el producto final tiene que ser una proteína, entonces algunos pseudogenes pueden funcionar como ARN. Por ejemplo, Hirotsune et al (2003) descubrieron una secuencia en el genoma humano que se había identificado como pseudogen pero que aparentemente tiene una función reguladora para su gen homólogo codificador. Sin embargo, esta definición no permite pseudogenes de ARNt o ARNr, tal y como usan el término otros genetistas.
En 2008, varios estudios en moscas y en ratones, proporcionan nueva información: en estos estudios, se sugiere una conexión entre RNAi y pseudogenes. En general, el proceso de RNAi implica varios tipos de pequeñas secuencias de ARN "guía" que regulan los niveles de la proteína diana al direccionar para su degradación el ARNm de esta. En los seis estudios indicados, siRNAs procedentes de pseudogenes generan dos de las cuatro categorías de siRNAs naturales o endo-siRNAs (ir a ARN interferente para más información). Recientemente un trabajo ha mostrado cómo los transcritos de un pseudogén del supresor de tumores PTEN (PTEN1) secuestra secuencias de los miARNs que reducen la experesión de este gen, aumentando por consiguiente los niveles de PTEN. En realidad, el transcrito de PTEN actúa del mismo modo con el transcrito de PTEN1, regulándose mutuamente. Se ha visto que en algunos tipos de cáncer, como el de colon, el pseudogen PTEN1 está inactivo, lo cual hace que a su vez PTEN esté infrarregulado, aumentando de ese modo la probabilidad de que se produzcan tumores.
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