Un río de aguas negras es aquel curso fluvial que lleva en disolución una gran cantidad de materia orgánica y apenas minerales, en contraposición a los ríos de aguas blancas. Sus aguas son claras y transparentes, pero la materia orgánica les confiere un color muy oscuro, marrón o negruzco, a causa de los taninos y compuestos fenólicos.
Suelen atravesar zonas de suelos pobres, con escasez de minerales, lo que hace que sus aguas sean pobres en nutrientes, y normalmente bastante ácidas. Esto suele acarrear una menor riqueza (menos diversidad y menos productividad) en los ecosistemas cercanos. Generalmente ocurren en zonas donde esos suelos han sido sometidos a una erosión intensiva durante largos períodos de tiempo y apenas quedan nutrientes en ellos.
La mayoría de los ríos de aguas negras se encuentran en zonas tropicales (como el río Negro o el Caroní), pero también se pueden encontrar en zonas templadas de todo el mundo.
No debe confundirse el término con aguas residuales, error muy frecuente dada la costumbre de llamarlas "aguas negras".
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