Protuberancias rojas: espículas virales (S) Revestimiento gris: envoltura viral, compuesta principalmente por lípidos, los cuales se pueden destruir con alcohol o jabón Depósitos amarillos: proteínas de la envoltura (E)
El coronavirus de tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo, abreviado SARS-CoV-2 (del inglés severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), es un tipo de coronavirus causante de la enfermedad por coronavirus de 2019, cuya expansión mundial provocó la pandemia de COVID-19. Inicialmente fue llamado 2019-nCoV (en inglés, 2019-novel coronavirus, ‘nuevo coronavirus de 2019’) y también, ocasionalmente, HCoV-19 (en inglés, human coronavirus 2019). Se descubrió y se aisló por primera vez en Wuhan, China. Tiene un origen zoonótico, es decir, se transmitió de un huésped animal a uno humano.
Es un clado dentro de la familia de los Coronaviridae, género Betacoronavirus, subgénero Sarbecovirus, especie virus SARS (virus relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo o grave).
El genoma del virus está formado por una sola cadena de ARN, y se clasifica como un virus ARN monocatenario positivo. Su secuencia genética se ha aislado a partir de una muestra obtenida de un paciente afectado por neumonía en la ciudad china de Wuhan. Se detectó por primera vez el 12 de noviembre de 2019. Puede producir el contagio de una persona a otra mediante las gotas de saliva expulsadas a través de la tos y el estornudo o al espirar (véase gotitas de Flügge). Puede provocar enfermedad respiratoria aguda y neumonía grave en los seres humanos.
Aunque previamente no había ningún tratamiento específico aprobado oficialmente, ya se habían desarrollado algunos antivirales existentes, así como el tratamiento con plasma convaleciente y la dexametasona, que parecen tener una mayor eficacia en el manejo de los síntomas o que parecen acortar el periodo de recuperación en poblaciones especiales. En diciembre de 2020 comenzó una campaña de vacunación de la vacuna Tozinamerán, que se prolongará durante los primeros meses de 2021.[cita requerida] Fue Pfizer el laboratorio pionero en patentar una vacuna y posteriormente, los laboratorios Moderna y BioNTech se unieron a esta carrera por la vacuna.
El 17 de noviembre de 2019, se efectuó el primer contacto entre el SARS-CoV-2 y un individuo humano por infección zoonótica. La fecha ha sido estimada asumiendo un período máximo de incubación de 24 días. Esto supone que el virus se transmitió de manera silente hasta la detección oficial del primer caso confirmado.
El 30 de diciembre de 2019, las autoridades sanitarias de la ciudad de Wuhan informaron sobre la aparición de veintisiete personas diagnosticadas de síndrome respiratorio agudo grave de origen desconocido; la mayor parte de los casos estaban relacionados con el Mercado Mayorista de Mariscos del Sur de China ubicado en la ciudad. El 7 de enero de 2020 las autoridades chinas declararon que habían descubierto que la causa de la enfermedad era un nuevo virus de la familia de los coronavirus que fue nombrado provisionalmente como 2019-nCoV (coronavirus de Wuhan). El 10 de enero se anunció que se había aislado y se publicaría el primer genoma secuenciado del nuevo coronavirus.
El 13 de enero se detectó un caso en Tailandia confirmado por pruebas de laboratorio. El 14 de enero se detectó un caso en Japón de una persona que había viajado recientemente a Wuhan. El 21 de enero se informó de la existencia de casos en Estados Unidos también en personas que habían viajado a Wuhan.
Al 29 de enero de 2020 se habían descrito casos en: Bangkok (Tailandia), Tokio (Japón), Seúl (Corea del Sur), Pekín (China), Shanghái (China), Guangdong (China), Hong Kong (China), Macao (China), Estados Unidos, Reino Unido, Vietnam, Singapur, Francia y Alemania. Hasta ese día había provocado 169 muertes, principalmente en Wuhan y alrededores.
El 30 de enero de 2020, el Comité de Emergencias del Reglamento Sanitario Internacional (2005) de la Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró la situación como emergencia de salud internacional por el brote de SARS-CoV-2. Hasta ese día se habían producido 7711 casos confirmados en la República Popular China, con 170 víctimas mortales. En el resto del mundo se habían confirmado 83 casos en 18 países, casi todos los pacientes procedían de China. Solamente 7 no tenían antecedentes de haber viajado recientemente a este país.
El 13 de febrero se habían notificado 46 997 casos a nivel mundial, de los que 46 550 correspondían a la China continental y 447 en otros países. El número de fallecidos ascendía a 1339.
El 11 de marzo, la Organización Mundial de la Salud caracterizó como pandemia a la infección por SARS-CoV-2 y la enfermedad denominada COVID-19, mientras los casos confirmados a nivel mundial superaban los 118 000 en 114 países y el número de fallecidos ascendía a 4 291.
Al 7 de abril, el GenBank contaba ya con más de quinientas secuencias genómicas del virus a partir de muestras colectadas en diferentes partes del mundo, como parte de un impulso colaborativo para facilitar su investigación y encontrar soluciones contra la infección.
En la taxonomía de los virus, los coronavirus se corresponden con la subfamilia Orthocoronavirinae, que está incluida dentro de la familia Coronaviridae. Esta subfamilia se compone de cuatro géneros, según su estructura genética: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus y Deltacoronavirus. El SARS-CoV-2 se clasifica dentro del género Betacoronavirus.
Los coronavirus forman una gran familia de virus. Tanto los alfacoronavirus como los betacoronavirus provocan distintas enfermedades en diferentes especies de mamíferos: infecciones respiratorias en humanos y procesos de gastroenteritis en algunos animales. Existen CoVs que circulan globalmente en la población humana, y en raras ocasiones, los coronavirus procedentes de otros mamíferos pueden mutar e infectar al ser humano para después propagarse de una persona a otra, causando desde un simple resfriado común hasta enfermedades más graves como el síndrome respiratorio agudo grave (SARS) que apareció por primera vez en noviembre de 2002 en la provincia de Cantón (China) y el síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS) que fue identificado por primera vez en el año 2012 en Arabia Saudita. Solo se habían descubierto seis CoVs relacionados con enfermedades en humanos. El coronavirus de Wuhan (SARS-CoV-2) sería el séptimo:
La secuenciación de genomas de SARS-CoV-2 en personas infectadas por todo el mundo ha permitido el desarrollo de un árbol filogenético de sus distintas cepas. La comparación de más de 4700 genomas virales disponibles en repositorios públicos como GISAID o Nextstrain, permitió la caracterización viral basada es sus mutaciones diferenciales.
Los virus analizados por todo el globo presentaban una alta identidad de secuencias, con un 99.98% de similitud. Se compararon con los coronavirus precursores más cercanos en otras especies como RaTG13 de murciélago (similitud del 98%, 1100pb diferentes), o en pangolín (similitud 92%, 1600pb diferentes).
Tras las primeras infecciones el virus se dividió en dos macro-haplogrupos, el A (afectación internacional) y el B (afectación principalmente Asiática). Aunque ambas cepas aparecieron prácticamente a la vez, se ha demostrado que lo más probable es que la cepa original sea la A. Esto se explica porque la cepa B1 tendría que haber existido dos meses antes que la A, lo que es improbable ya que esta no se detectó hasta el 19 de enero de 2020.
Cada haplogrupo y los sub-haplogrupos correspondientes poseen mutaciones puntuales en posiciones características que los diferencian del resto. El virus cambia a un ritmo aproximado de 1-2 mutaciones por mes, y cuando acumula más de dos mutaciones no existentes en la cepa original las cepas pasan a considerarse como novedosas. De esta manera, el haplogrupo B por ejemplo tiene mutaciones en los aminoácidos [C8782T, C18060T, T28144C] que lo diferencian del A, y así para todos los distintos sub-haplogrupos.
Se ha especulado sobre ciertas mutaciones como la transversión A23403T, que provoca el cambio de un aminoácido de aspártico (Asp, D) a una glicina (Gly, G) en la posición 614 de la proteína Spike viral. Parece que esta mutación le aporta una ventaja de transmisibilidad, lo que explicaría su rápida propagación por Europa a principio de febrero de 2020 y la selección natural de sub-haplogrupos más virulentos sobre otros. Esta mutación parece afectar a la habilidad de transmisión del virus al alterar la interacción entre los dominios de la proteína Spike. Esto puede suponer un problema para el desarrollo de vacunas por los posibles cambios en la antigenicidad de la misma.
El patrón de propagación de SARS-CoV-2 parece estar basado en la transmisión por supercontagiadores. Estos son individuos con una capacidad superior de transmitir el virus, los cuales suponen una ventaja para el mismo. Cuando uno de estos individuos llega a una zona nueva comienza a transmitir el virus rápidamente con un patrón de propagación característico.
Los focos por supercontagiadores alcanzan incidencias altas en la población afectada, aparecen en un período breve de tiempo (normalmente días), y son específicos de cada región infectada. Como los aparecidos en Europa (A2a2), Estados Unidos (B1a1), Reino Unido - Australia (A2a4), o en Asia (B).
En los focos por supercontagiadores existe una variedad alélica escasa, puesto que todos los individuos se contagian desde una única cepa de virus. Esto se conoce como efecto fundador, en el que ese virus en concreto sirve como único origen para la formación de nuevos sub-haplogrupos. Por ejemplo, el haplotipo A2a2a que se encuentra únicamente en Islandia.
Así pues, estos factores contribuyeron a la rápida propagación del virus y al establecimiento de la pandemia del COVID-19.
El tamaño de los viriones de SARS-CoV-2 es de aproximadamente 50 a 200 nm de diámetro, y su genoma es de ARN monocatenario de sentido positivo. La secuencia del betacoronavirus de Wuhan muestra semejanzas con los betacoronavirus encontrados en murciélagos, pero son genéticamente distintos de otros coronavirus como el SARS-CoV y el MERS-CoV.
Su secuencia de ARN es de aproximadamente treinta mil nucleótidos de longitud. Consta de cuatro genes para las proteínas estructurales características de los coronavirus que se designan con las letras S (homotrímero de glicoproteína cuyo ensanchamiento distal de sus pliegues forma las puntas de la superficie), E (pequeña proteína de la envoltura), M (proteína de la matriz que une la envoltura con el núcleo vírico) y N (fosfoproteína de la nucleocápside), además de los ORFs que codifican proteínas no estructurales incluyendo las enzimas que aparecen durante su ciclo reproductivo intrahospedero.
Se cree que la fuente del virus es animal. Es probable que el brote se haya originado por contacto directo con animales en el mercado de la ciudad de Wuhan. Una vez que el virus se encuentra en una persona puede transmitirse a otra. Aunque no se ha logrado averiguar el reservorio específico, se han propuesto diversas posibilidades, entre ellas murciélagos, serpientes o pangolines. Por ejemplo el 22 de enero de 2020, el Journal of Medical Virology publicó un informe con el análisis genómico del virus, que refleja que las serpientes de la zona de Wuhan, infectadas con el virus por murciélagos, son el reservorio más probable del virus; sin embargo, se requieren más investigaciones para dar por segura esta posibilidad. El 26 de enero, se inició una investigación para estudiar la posibilidad de que la fuente sea una sopa de murciélago que se consume habitualmente en la zona, ya que estos animales podrían actuar como reservorio del virus. Un informe prematuro sobre un estudio de investigadores chinos, postulaba a los pangolines salvajes como posible intermediario del SARS-CoV-2, cuya captura y venta es ilegal en China aunque se trafica con ellos de forma clandestina, pero los resultados finales concluyeron que los metagenomas del virus encontrado en estos y los del ser humano eran similares solo en un 90 por ciento y no tenía el motivo RRAR, una inserción peptídica única en el virus SARS-CoV-2 humano posiblemente involucrado en la escisión proteolítica de la spike y el rango de hospedadores y la transmisibilidad, lo que sugiere que el virus SARS-CoV-2 humano no provino directamente de los pangolines.
La transmisión del virus entre humanos es posible a través de las secreciones respiratorias de las personas infectadas, sobre todo mediante la expulsión, a través de la tos o el estornudo, de pequeñas gotas y aerosoles que pueden cruzar el aire, también mediante contacto directo con estas secreciones o por objetos contaminados por las mismas o fómites.
El período de incubación, es decir el tiempo que transcurre desde que una persona se infecta por el virus hasta que presenta síntomas, oscila en general entre los 4 y los 7 días, en el 95 % de las ocasiones es menor a 12.5 días. Los límites extremos se han establecido entre 2 y 14 días después del contagio, aunque se han reportado casos inusuales de hasta 24 días.
Los síntomas iniciales de la infección pueden consistir en fiebre, tos, estornudos, dolor de garganta y manifestaciones generales como dolor articular, por lo que el cuadro sería similar al de la gripe. En algunas ocasiones se producen complicaciones como neumonía y dificultad respiratoria que puede conducir a la muerte. A veces la única manifestación de la infección es el delirium (alteración aguda/fluctuante de la conciencia con fallos de la atención, la comprensión y el ciclo sueño-vigilia), que si es grave puede indicar riesgo de muerte en pacientes críticamente enfermos. Son más propensos a presentar complicaciones graves los varones de más de 60 años, sobre todo los que presentan enfermedades previas. La fiebre no aparece en todos los pacientes; en ocasiones no existe fiebre en pacientes muy jóvenes, ancianos, personas con la respuesta inmune disminuida o personas que toman ciertos medicamentos. En los pacientes con COVID-19, la circunferencia del cuello se ha objetivado como un factor predictivo de necesidad de ventilación mecánica invasiva.
El 22 de enero de 2020, el gobierno chino declaró la cuarentena en las ciudades de Wuhan, Huanggang, Ezhou y otras, en un intento de contener la diseminación del brote viral. Las autoridades chinas suspendieron viajes en avión, tren, autobuses y transbordadores dentro y fuera de Wuhan; para ayudar a limitar la propagación del virus, las autoridades sanitarias de Wuhan han hecho obligatorio el uso de mascarillas en lugares públicos.
Como medidas preventivas, se ha recomendado:
El 7 de julio de 2020, la OMS dijo en una conferencia de prensa que emitirá nuevas directrices sobre la transmisión en entornos con contacto cercano y falta de ventilación.
Varias organizaciones están intentando conseguir una vacuna. Los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos hicieron ensayos en humanos de una vacuna en abril de 2020. El Centro Chino para el Control y Prevención de Enfermedades (CCDC) ha comenzado a desarrollar vacunas contra el nuevo coronavirus y está probando la efectividad de los medicamentos existentes para tratar la enfermedad. La Coalición para las Innovaciones en Preparación para Epidemias (CEPI) está financiando tres proyectos de vacunas, por lo que espera disponer de una vacuna en ensayos para junio de 2020, para aprobarla y tenerla lista en un año. Investigaciones de laboratorio así como trabajos teóricos muy recientes han destacado que los derivados del ácido benzoico son prometedores para inhibir el SARS-CoV.
La Universidad Johns Hopkins (JHU), la Organización Mundial de la Salud (OMS) y la cadena de televisión estadounidense NBC han desarrollado mapas interactivos que muestran cómo avanza el número de personas contagiadas. El mapa más completo es el de la Universidad Johns Hopkins, que «ilustra la ubicación y el número de casos confirmados de COVID-19, (además de) fallecimientos y recuperaciones para todos los países afectados.» El mapa de la OMS es más sencillo, pues permite ver el número de personas contagiadas, los fallecimientos por COVID-19 y el número de personas afectadas por país, mientras que el mapa generado por la NBC «muestra una animación sobre cómo se ha ido propagando la COVID-19 en todo el mundo desde finales del mes de enero del 2020».
Las variantes del SARS-CoV-2 corresponden a la presencia de alteraciones puntuales a nivel de diferentes proteínas del virus. A la fecha de abril de 2021 se han descrito al menos 5 variantes con significado clínico.
Variantes descritas:
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