La temporada 1999–2000 de la Segunda División de España de fútbol corresponde a la 69ª edición del campeonato y se disputó entre el 21 de agosto de 1999 y el 4 de junio de 2000.
El campeón de Segunda División fue la UD Las Palmas.
La Segunda División de España 1999/2000 fue organizada por la Liga de Fútbol Profesional (LFP).
El campeonato contó con la participación de 22 clubes y se disputó siguiendo un sistema de liga, de modo que todos los equipos se enfrentaron entre sí, todos contra todos en dos ocasiones -una en campo propio y otra en campo contrario- sumando un total de 42 jornadas. El orden de los encuentros se decidió por sorteo antes de empezar la competición.
Los tres primeros clasificados ascendieron directamente a Primera División, y los cuatro últimos clasificados descendieron directamente a Segunda División B.
Málaga CF, CD Numancia, Sevilla FC y Rayo Vallecano ascienden a Primera División.
RCD Mallorca "B", FC Barcelona "B", Hércules CF y CD Ourense descienden a Segunda División B.
Córdoba CF, Elche CF, Getafe CF y Levante UD ascienden a Segunda División.
J = Partidos jugados; G = Partidos ganados; E = Partidos empatados; P = Partidos perdidos; GF = Goles a favor ; GC = Goles en contra; GA = Diferencia de goles; Pts = Puntos
Trofeo que otorga el Diario Marca al máximo goleador de la Segunda División.
Nuno, guardameta del CP Mérida, consiguió el trofeo al portero menos goleado encajando 31 goles en 41 partido (0,75). Para optar al premio fue necesario disputar 60 minutos en, como mínimo, 28 partidos.
Premio otorgado por el Diario Marca al mejor árbitro del torneo.
Campeón de Segunda División:
Ascienden a Primera División:
Descienden a Segunda División B:
Desciende a Tercera División:
Desciende y desaparece:
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