Synchytrium endobioticum es un hongo del grupo de los quitidriomicetos perteneciente a la familia Synchytriaceae. Se trata de un patógeno de plantas que ataca a órganos subterráneos, tubérculos, de las patatas: la enfermedad que produce se denomina verruga negra de la papa. S. endobioticum procede de la región andina de Sudamérica, si bien ahora se distribuye por todo el mundo, de acuerdo a los cultivos de patata, salvo en África tropical, Oriente Medio, la mayor parte de Canadá, Japón y Australia.
En la taxonomía antigua, S. endobioticum se consideraba perteneciente al subgénero Mesochytrium, aunque se ha sugerido que debería trasladarse al subgénero Microsynchytrium debido a su forma de germinación.
Se han descrito 18 patotipos, la mayoría de los cuales se circunscriben a zonas concretas de Europa central. El patotipo más extendido es el 1.
Como otros hongos quitridios, S. endobioticum no desarrolla micelio. Estos hongos invernan en forma de esporas de resistencia o dentro de otras plantas, en forma de un talo de aspecto esférico o irregular. Dichas esporas de resistencia germinan y producen de una a muchas zoosporas cuando las condiciones son benignas, y dichas zoosporas infectan a las células vegetales, produciendo un talo, o a veces un zoosporangio, que ya ocasionan la infección. Se requiere una alta humedad ambiental para que la infección prospere.
La especie fue incluida en 2002 en la lista estadounidense de fitopatógenos de posible uso en bioterrorismo.
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