La tesis de conflicto establece una desavenencia intelectual entre la religión y la ciencia. El uso histórico del término denota la perpetua oposición de estas irreconciliables manifestaciones del intelecto humano. Los usos posteriores del vocablo corroboran la antítesis entre epistemología y teología.
El caso más conocido históricamente es el de Galileo Galilei, tal como sucedió en su juicio ante el Santo oficio, en 1614–1615.
La tesis de conflicto histórica fue una investigación popular historiográfica en la historia de la ciencia durante las postrimerías del siglo XIX y los albores del s. XX, aunque posteriormente casi no se utiliza su formulación inicial. A pesar de ello, la tesis de conflicto aún goza de cierto apoyo popular: ha resurgido por el buen éxito del libro de Richard Dawkins El espejismo de dios y de otras ediciones de «superventas» (best sellers) relacionadas con el movimiento denominado «nuevo ateísmo».
También conocido como «tesis Draper-White», el conflicto interpreta la relación entre religión y ciencia como una vía que conduce a hostilidad pública, cuando la religión ataca agresivamente los retos de las nuevas ideas científicas. La denominación de esta tesis es por el científico John William Draper y el intelectual Andrew Dickson White, quienes protagonizaron las disquisiciones inherentes a favor de la ciencia.
Por solicitud, Draper escribió una History of the Conflict between the Religión and Science (1874), en la cual replicaba las tesis contemporáneas del catolicismo, tales como la infalibilidad papal, y sobre todo criticaba el antiintelectualismo de tradición católica, y aún aseveraba que en el islamismo y en el protestantismo existía poco conflicto con la ciencia.
En 1896, White publicó la History of the Warfare of Science with Theology in Christendom (Historia de la contienda de la ciencia con la teología en el cristianismo), culminación de más de 30 años de investigación y publicación acerca del tema, en la cual criticaba lo restrictivo y dogmático de la cristiandad. Enfatizaba que llegó a esa posición luego de las dificultades de colaboración con Ezra Cornell para fundar una universidad sin afiliación religiosa oficial: la Cornell University.
James Joseph Walsh, médico e historiador de la medicina, en una obra dedicada al Papa Pío X, escribe:
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