Thermus thermophilus es una bacteria gram negativa utilizada en una gran variedad de aplicaciones en biotecnología, incluyéndolo como organismo modelo en la manipulación genética, genómica estructural y biología de sistemas. La bacteria es un termófilo extremo, con una temperatura de crecimiento óptimo a una temperatura de unos 65 °C.Thermus thermophilus fue aislado originalmente en un ambiente de fumarolas hidrotermales en Japón por Tairo Oshima and Kazutomo Imahori. También se ha visto que el organismo es importante en la degradación de materia orgánica en la fase termogénica del compostaje. T. thermophilus se clasifica en varias cadenas, en las cuales HB8 y HB27 son las más comunes y el análisis de su genoma fue completado independientemente en 2004.
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