El Biotrén es un sistema de ferrocarril metropolitano suburbano chileno, que cubre parte del Gran Concepción. Brinda servicio a las comunas de Concepción, Talcahuano, Hualpén, San Pedro de la Paz, Coronel, Chiguayante y Hualqui, todas de la región del Biobío. Fue inaugurado en 1999 remodelado por Ferrocarriles del Sur (FESUR) en 2005 y administrado por la Gerencia Zonal del Biobío de la Empresa de los Ferrocarriles del Estado (EFE) hasta septiembre de 2006, cuando se reestructuraron las gerencias de esa empresa. Forma parte del Sistema de Transporte Integrado de Concepción, Biovías. Desde mayo de 2008, es administrado por EFE Sur empresa filial de la Empresa de los Ferrocarriles del Estado (EFE). Es el segundo de los tres sistemas de ferrocarriles metropolitanos de Chile, liderado por el Metro de Santiago (1975) y seguido por Tren Limache-Puerto (2005) de Valparaíso. Además, es el sexto sistema de tren suburbano más grande de Latinoamérica en relación a la longitud total del sistema y el octavo en pasajeros anuales.
La inauguración del nuevo Biotrén se realizó el 24 de noviembre de 2005, en presencia del presidente Ricardo Lagos. La extensión de la Línea 2 del Biotrén hasta Coronel se anunció en febrero de 2013. El 29 de febrero de 2016 comenzó la venta de pasajes y tarjetas de usuarios, y a las 06:45 horas del 1 de marzo de 2016 salió el primer servicio desde Coronel hasta Concepción.
El Biotrén se puso en marcha en diciembre de 1999. En un principio solo contaba con tres estaciones y dos paraderos (I generación). Para el funcionamiento se reacondicionaron cuatro automotores japoneses de la serie AEL.
En 2001 se terminaron los nuevos paraderos (II generación) y empezó a operar el Taller Ferroviario Hualqui. Quedó pendiente el tramo a Puerta Los Leones, la combinación con buses y la doble vía Chiguayante - La Leonera. Luego llegaron dos automotores AES.
En 2003 se construyó la estación Plaza el Ancla. Luego se construyeron las vías hacia dicha estación y se electrificaron hasta el cruce La Unión. Sin embargo no se ocupó sino hasta 2005, después de reacondicionamiento.
El 5 de enero de 2004 se presentó Biovías, el Sistema de Transporte Integrado del Gran Concepción, que incluyó la renovación del Biotrén.
Se solicitó a Ferrocarriles Suburbanos de Concepción S.A. la licitación de las obras. Por otro lado, la Empresa de los Ferrocarriles del Estado incluyó obras en su proyecto de seguridad ferroviaria y en sus Contratos de Provisión de Infraestructura Ferroviaria (CPIF) del Proyecto Zona Centro (PZC) y del Proyecto Señalización, Electrificación y Comunicaciones (SEC).
En 2005 ocurrió un recambio de equipos en las vías, siendo automotores UT 440 españoles los nuevos ferrocarriles que llegaron al servicio. Se reformaron tres UT 440 del servicio Metrotrén y quedaron siete automotores reformados renombrados como UT440MC (Modelo Concepción). Aunque los UT440MC y los UT440 son estéticamente diferentes, mecánicamente son iguales.
Si bien los UT440MC solo habían sido destinados al Biotrén, estos automotores prestaron servicio también en el servicio Metrotrén, de igual manera que los UT440 de Metrotrén prestaron servicio ocasional al Biotrén.
El 1 de mayo de 2008, Ferrocarriles Suburbanos de Concepción S.A. asume la administración del servicio de pasajeros Biotrén.
En 2013, FESUB S.A. llevó a cabo el proyecto del aumento de las frecuencias en Línea 2. Se construyó una nueva estación con dos andenes en el sector de Michaihue, específicamente en la esquina de Av. Michaihue y en la Ruta 160, así como nuevos desvíos para el cruce de trenes. Además se construyeron nuevos andenes en la estación Juan Pablo II (andén norte) y en Lomas Coloradas (oriente). En los primeros días de septiembre del mismo año, las frecuencias en las mañanas aumentaron de 30 minutos a 18 minutos.
El 29 de febrero de 2016 comenzó a operar la Línea 2 del Biotrén hasta Coronel. Para marzo de 2017, tenía un uso de 19 mil pasajeros diarios.
El 26 de octubre de 2018 se anuncia la adquisición de 13 nuevos ferrocarriles para los servicios del sur: 10 de ellos serán destinados para Biotrén. Los nuevos trenes deberían llegar a Chile en 2020.
Durante la cuenta pública de junio de 2019 del presidente Sebastián Piñera anunció las intenciones de extender el servicio desde la estación de Coronel hasta Lota y desde la estación de Concepción hasta Penco, esto además sumado con la construcción de un nuevo puente ferroviario sobre el río Bíobío.
En junio de 2007, se llamó a licitación para el estudio de la extensión del Biotrén hasta Coronel.
En junio de 2009, se aprobó el soterramiento de la línea férrea de Biotrén en Concepción desde Av. Los Carrera hasta Av. Esmeralda, lo que implica la construcción de un túnel de 1055 metros de longitud a 7,5 metros de profundidad en la ribera norte del Biobío. Con esto se iba a llamar a licitación para el estudio a mediados de 2010 y la ejecución de las obras se tenía proyectada para 2011. Sin embargo, el terremoto de Chile de 2010 cambió los presupuestos, descartándose el soterramiento como prioridad. Aun así, la idea se mantuvo en el inconsciente colectivo, y en 2014 volvió a surgir dicho plan tras el conflicto de los vecinos de la población Aurora de Chile (aledaña a la línea) con las autoridades por el proyecto de prolongación de la Av. Chacabuco para conectarla con su puente homónimo sobre el río Biobío que, en principio, sería por viaducto elevado. Sin embargo, frente al tema, las autoridades revaluaron dicha situación y propusieron como solución que Av. Chacabuco fuese a ras de suelo mientras que la línea de tren se soterraría.
Próximamente, se agilizarán los estudios para que el Biotrén llegue al centro de Concepción, donde se ubican el Hospital Regional y el Terminal de Buses Collao (interurbano), lo que significa una extensión de cinco kilómetros. Esto permitirá aumentar la demanda del Biotrén, sumado a la extensión Lomas Coloradas-Coronel, extensión cuya entrada en operación fue el 1 de marzo de 2016. Además, el actual puente ferroviario que une Concepción con el sur del río Biobío (San Pedro de la Paz, Coronel, Lota y la Provincia de Arauco) será reemplazado por otro de tres pistas, cuya extensión será de dos kilómetros, con el fin de compatibilizar el desarrollo de la carga con el incremento en los servicios de pasajeros a Coronel.
El 1 de marzo de 2016 comenzó a funcionar el servicio Coronel-Concepción, lo cual significó una ampliación de la línea 2 en 17 km, con siete nuevas estaciones. Ello se tradujo en ahorros de tiempo de viaje de hasta una hora. El ministro de Transportes y Telecomunicaciones anunció, el 1 de abril de 2016, que tras el fin de la etapa de marcha blanca, los trenes que hagan el recorrido de 23 km entre Concepción y Coronel tendrán una frecuencia de 15 minutos y no cada media hora. También anunció que los siguientes dos proyectos del Biotrén serán el reemplazo del actual puente ferroviario sobre el río Biobío, que data del siglo XIX, y el soterramiento de la vía, para llegar al centro de Concepción.
Las mencionadas estaciones intermodales (EIM) tenían, en un principio, las características de poseer estacionamientos personales cerrados de tipo casillero (lockers) para bicicletas para aquellos que lleguen por ciclovías (excepto El Arenal) a tomar el Biotrén, característica que hoy en día posee la mayoría de las estaciones de Línea 2. Las EIM, en la actualidad, cuentan con un servicio de sincronización de buses integradores o microbuses de acercamiento llamado Biobús. Las estaciones de Concepción y Coronel son las únicas intermodales en toda la red de estaciones. Actualmente, se encuentra en operaciones el servicio de buses integradores Biobuses sólo de la EIM Concepción, con los recorridos:
El Biotrén funciona exclusivamente a través de una tarjeta recargable, que también sirve para viajes integrados con el servicio de Biobús (a través de la compra de Boletos Integradores en estaciones). Los valores de los viajes son diferidos dependiendo de la longitud del trayecto. Además existen valores especiales para estudiantes, adultos mayores y convenios.
En junio de 2018 se terminó el estudio de la factibilidad de la extensión del Biotrén hacia Lota, obteniéndose un resultado aprobatorio. El actual subsecretario de Transporte señaló que el estudio considera la extensión de la línea en 10 km y adicción de estaciones en Playa Blanca y otra en Lota tienen una alta factibilidad en rentabilidad social. Se buscará el financiamiento del proyecto.
Aunque ya existía la vía que actualmente se utiliza como carga, la decisión de crear un servicio de transporte de pasajeros que se extienda desde el centro de Concepción hasta la comuna de Penco, siendo necesaria la habilitación de 16 kilómetros de vía para el flujo de trenes eléctricos, y la construcción de al menos cuatro nuevas estaciones. Aun cuando existe un acuerdo unilateral para la construcción de este nuevo servicio, aún existe la interrogante de si se construirá una segunda vía dedicada para el servicio, lo que aumentaría el valor de la construcción ya que implicaría construir un segundo puente ferroviario sobre el río Andalién. Se espera que la extensión de este servicio esté listo en 2026. Se ha tenido como idea que este servicio llegase incluso hasta Tomé, como parte de un posible escenario futuro en el cual se construya un servicio más rápido entre Santiago y Concepción, utilizando el antiguo ramal Rucapequén-Concepción.
Aunque ya existe un interés de hace mucho tiempo de construir un servicio de metro en la ciudad de Concepción, desde el año 2019 ha existido un movimiento social y de organizaciones públicas que buscan que sea construido un metro en el centro de Concepción. Se busca que la estación terminal de este servicio propuesto sea una estación intermodal con la estación de ferrocarriles de Concepción.
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