Karl Theodor Ernst von Siebold ( 16 de febrero de 1804, Wurzburgo - 7 de abril de 1885) fue un anatomista, botánico, y zoólogo alemán.
Siebold era hijo de un médico y miembro de una familia con numerosos científicos, era primo hermano del físico y naturalista Philipp Franz von Siebold.
Estudia medicina y ciencias en la Universidad de Berlín y deviene sucesivamente profesor de Zoología, de Fisiología y de Anatomía comparada en Kaliningrado, Erlangen, Friburgo de Brisgovia, Breslau, u Múnich.
En colaboración con Friedrich Hermann Stannius (1808-1883) publican un manual de Anatomía comparada. En 1848, Siebold funda, con Rudolph Albert von Kölliker (1817-1905) una publicación que devendrá rápidamente en una de las más importantes de la literatura científica en Biología : Zeitschrift fur wissenschaftliche Zoologie.
Fue autor de trabajos en Helmintología y en Entomología. Aunque no originó descubrimientos fundamentales, sus actividades le dieron renombre en la biología alemana de su época.
La abreviatura Siebold se emplea para indicar a Karl Theodor Ernst von Siebold como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.
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