En biogeografía, una especie nativa, especie indígena o autóctona es una especie que pertenece a una región o ecosistema determinados. Su presencia en esa región es el resultado de fenómenos naturales sin intervención humana (pasada o actual). Todos los organismos naturales, en contraste con organismos domesticados, tienen su área de distribución dentro de la cual se consideran nativos. Fuera de esa región si son llevadas por los humanos se les considera especies introducidas.
Una especie nativa no es necesariamente endémica. En biología y ecología endémico quiere decir nativo exclusivamente de una biota específica. Una especie indígena puede ocurrir en más de un local. Por ejemplo dos especies de grullas africanas, la Grus paradisea o grulla del paraíso es nativa y endémica del sur de África, mientras que la grulla Bugeranus carunculatus o grulla carunculada es nativa del sur y norte de África. La última tiene una distribución más amplia, por consiguiente no es considerada endémica.
Tampoco quiere decir que se originó en ese lugar. Las especies pueden trasladarse o ser trasladadas a otros locales donde se establecen en el curso de su historia evolutiva.
El conjunto de especies nativas constituyen la flora y fauna autóctonas. Están bien adaptadas entre sí y forman un ecosistema. Cuando las especies nativas son destruidas u otras especies son introducidas ese equilibrio se altera y el ecosistema puede llegar a degradarse hasta el punto que no pueda restablecerse por sí mismo. En ciertos casos se realizan esfuerzos para restaurar la vegetación y fauna de lugares degradados, lo cual requiere planeamiento cuidadoso. Ciertas especies no pueden restablecerse a menos que ya estén presentes otras, es decir que es necesario seguir un proceso de sucesión empezando por plantar especies pioneras, seguidas por especies secundarias y terminando con las de clímax.
La flora nativa se compone de especies de plantas que pertenecen al ambiente donde habitan naturalmente. Son plantas que sobrevivieron a las condiciones geográficas del ambiente en el cual se desarrollaron y evolucionaron, y están por lo tanto adaptadas a la disponibilidad de recursos locales y a la interacción con otras especies nativas (como los polinizadores).
Algunas de las características de la flora nativa son las siguientes:
Las plantas nativas se utilizan para la reforestación, sobre todo en suelos degradados por actividades como la agricultura. Las plantas nativas en la reforestación también permiten preservar la conservación del germoplasma nativo. Son muy eficientes para evitar la erosión de los suelos. Se utilizan también para combatir a las especies invasoras, ya que en algunos casos las especies invasoras tienen menos capacidad de sobrevivir a las condiciones cambiantes del ambiente. Son buenos agentes de bioacumulación de metales pesados.
La hormiga argentina Linepithema humile es una especie nativa de Argentina, Uruguay, Paraguay y sur de Brasil. Fue llevada accidentalmente a otros lugares del mundo, incluyendo África, Europa, Australia, Nueva Zelanda, Japón y Norteamérica, donde se ha establecido como especie introducida.
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