La segunda temporada de Lost se estrenó en Estados Unidos el 21 de septiembre de 2005 y finalizó el 24 de mayo de 2006, con un total de 24 episodios. Son mostrados por primera vez los otros supervivientes del avión, así como los otros enigmáticos habitantes de la isla. Además, tanto en esta como en las sucesivas temporadas, se sigue profundizando en el pasado de los personajes.
La escotilla que los personajes habían conseguido abrir al final de la primera temporada resulta ser una especie de búnker que cuenta con agua corriente, electricidad, comida, etc. También tiene una computadora en la que, de acuerdo al ocupante del búnker (un hombre llamado Desmond), debe introducirse la serie de números "4, 8, 15, 16, 23 y 42" cada 108 minutos o el mundo se acabará. Un aparato en la pared muestra la cuenta atrás, y una alarma suena justo 4 minutos antes de que se cumpla el plazo de tiempo. Los supervivientes que han entrado en el búnker, Jack, Kate y Locke, debaten acerca de si deberían o no creer en lo que Desmond les dice. Jack, de carácter más racional, dice que todo eso suena absurdo, mientras que Locke tiene más dudas y siente que deberían tener fe en lo que les ha contado Desmond. Progresivamente, y gracias entre otras cosas a un vídeo informativo que había en el búnker, aprenden que lo que hasta ahora habían estado llamando "la escotilla" es "La estación Cisne", una de las estaciones de La Iniciativa DHARMA. Después de habérselo contado todo, Desmond se marcha.
Mientras tanto, Sawyer y Michael, cuya balsa había sido destruida al final de la primera temporada (con la consiguiente desaparición de Jin y Walt) consiguen con dificultades regresar a la isla. Allí se encuentran con un Jin que huye aterrorizado de quienes parecen ser Los Otros. Al principio son capturados los tres, pero posteriormente se enteran de que sus captores son en realidad más supervivientes del accidente de avión, que simplemente habían ido a parar a otra parte de la isla. Este grupo de supervivientes está liderado por una expolicía llamada Ana Lucia e integrado por el Sr. Eko, de origen africano. Finalmente se ponen de acuerdo para viajar todos juntos hacia el otro lado de la isla para reunirse con el resto de los supervivientes, aunque de camino, y accidentalmente, Ana Lucia dispara y mata a Shannon. Mientras tanto, las preocupaciones de Michael se centran en tratar de encontrar a su hijo Walt.
Rousseau captura a un hombre que dice llamarse Henry Gale, y haber llegado a la isla accidentalmente en globo. Él insiste en que no es uno de Los Otros, pero los supervivientes no confían en él y le encierran en La estación Cisne, donde le interrogan con dureza. Entre tanto, en una ocasión Locke queda atrapado dentro de la estación pero sin poder llegar hasta el ordenador para introducir los números, por lo que pide ayuda a Henry. La alarma empieza a sonar y se produce un gran caos, durante el cual Locke consigue ver un mapa pintado en la pared que era solo visible a la luz ultravioleta, pero luego la situación vuelve a la normalidad y se restablece la cuenta atrás. Henry afirma no haber escrito nada en el ordenador, lo que llena de dudas a Locke con respecto a si la tarea que está llevando a cabo sirve realmente para algo. También se descubre que Henry estaba mintiendo y era en realidad uno de Los Otros, por lo que deciden mantenerle encerrado.
Siguiendo pistas de sus sueños, y del mapa que Locke pudo ver durante unos segundos en La estación Cisne, él y Eko buscan y encuentran la que parece ser la estación central, La estación de La Perla. Esta estación parece diseñada para observar a los ocupantes de las otras estaciones, lo que hace a Locke convencerse de que en realidad todo el asunto de introducir los números cada 108 minutos es sólo un experimento psicológico y no "salva el mundo".
Mientras tanto Michael continúa buscando a su hijo secuestrado, Walt. Un día, mientras se encuentra en La estación Cisne, cree tener una conversación con su hijo a través del ordenador, lo que le conduce a tratar de llegar hasta el campamento de Los Otros por su cuenta. Allí le permiten hablar con su hijo, y le prometen que lo dejarán ir si él libera a Henry y trae a Jack, Kate, Sawyer y Hurley hasta el campamento. Michael vuelve a La estación Cisne, mata a Ana Lucia y a Libby, libera a Henry, y se dispara a sí mismo en el hombro para poder fingir que Henry consiguió escapar por la fuerza. Poco después de eso, Desmond regresa a la isla en el barco en el que había tratado de abandonarla.
Michael convence a Jack, Kate, Sawyer y Hurley para ir hasta el campamento de Los Otros a rescatar a Walt, pero Sayid intuye que es una trampa y avisa a Jack. Él, por su parte, los seguirá en el barco de Desmond a cierta distancia. Para esta tarea lleva también a Jin y a Sun.
A pesar de que Jack estaba prevenido, la expedición de supervivientes sufre una emboscada. Henry, aparente líder de Los Otros, cumple su parte del trato y libera a Michael y a Walt, a los que además les proporciona un barco para abandonar la isla. Esto lo ven sus compañeros, y comprenden que Michael les había traicionado. Los Otros secuestran entonces a Jack, Sawyer y Kate, pero permiten que Hurley vuelva al campamento.
Locke y Desmond entran en La estación Cisne y encierran a Eko para que no pueda introducir los números. En el último momento, Desmond se da cuenta de que la última vez que los números no fueron introducidos justo a tiempo fue el día en que el avión se estrelló en la isla. Cuando el contador llega a cero se hace patente una enorme fuerza magnética, creando el caos dentro de la habitación. Desmond le dice a Locke que va a salvarle, y baja a un punto que hay bajo la estación para activar un mecanismo. El resultado inmediato no se muestra, pero la isla entera se ve envuelta en una luz cegadora y un sonido atronador.
La segunda temporada acaba mostrando una estación científica en el Polo, en la que dos hombres observan una "anomalía" en un monitor y llaman a Penélope, la antigua novia de Desmond, para decirle que han encontrado lo que estaban buscando.
En el último capítulo de la serie de la segunda temporada, «Live Together, Die Alone», se ve que a Desmond en los flashbacks, un policía le entrega un libro llamado "Our Mutual Friend" de Charles Dickens, al entregarle sus pertenencias. En el primer capítulo de la tercera temporada que se llama "La historia de dos ciudades", en inglés quiere decir "A Tale of Two Cities", y este es un libro escrito por Charles Dickens, acerca de la revolución francesa y los problemas de Inglaterra en 1800. Así que el último capítulo de la segunda temporada, y el primer capítulo de la tercera temporada, están conectados por la literatura de Charles Dickens.
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