El Mesoproterozoico, una división de la escala temporal geológica, es la segunda era geológica de las tres que componen el Eón Proterozoico y que comienza hace 1600 millones de años y termina hace 1000 millones de años. Los principales eventos de esta era son la ruptura del supercontinente Columbia y la formación del supercontinente Rodinia. En esta era se alcanza la máxima diversidad y abundancia de los estromatolitos formados por cianobacterias, con un pico hace unos 1300 millones de años.
En el Mesoproterozoico también empiezan a aparecer fósiles, tales como Bangiomorpha pubescens, que se parecen a ciertas algas rojas actuales, aunque resultan dudosos, pues podrían ser colonias de cianobacterias. Se tiene una muestra del Mesoproterozoico de Ourasphaira, que quizá fue el predecesor del linaje que condujo a los hongos.
El Mesoproterozoico se divide en tres períodos:
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