Un péptido señal está constituido por entre 5 y 30 aminoácidos colocados en un orden particular, que son los primeros que aparecen cuando se está sintetizando la cadena polipeptídica. El péptido señal decide sobre el destino, la ruta de transporte y la eficiencia de secreción de una proteína.
Un péptido señal (dependiendo de proteína Sec, eucariota) tiene tres regiones distintas. Primero la región n, que tiene aminoácidos con carga positiva (Lys, Arg, His) o negativa (Asp, Glu), después la región h, que es hidrofóbica, y por último la región c, que contiene el sitio de reconocimiento para la peptidasa señal (SPase).
H2N-MDWTWRVFCLLAVTPGAHP-
H2N-MLSLRQSIRFKPATRTLCSSRYLL-
Leyenda:
H2N- = extremo aminoterminal de la proteína.
-COOH = extremo carboxiterminal de la proteína.
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