La flora de Japón se caracteriza por ser enormemente exuberante y variada, con hasta 4500 plantas autóctonas. Esto se deriva de la diversidad climática del archipiélago japonés, con un amplio margen de temperaturas y una elevada pluviosidad, y a sus veranos húmedos y cálidos.
En Japón se pueden encontrar más de 17000 especies de plantas con o sin flores, muchas de ellas muy cultivadas y muy populares, como los ciruelos blancos y rojos, los cerezos, azaleas, peonías, lotos y, en especial, el crisantemo, la flor nacional de Japón.
Otras especies importantes son la pimpinela, la campanula, el gladiolo y muchas variedades de lilas. Hay pocas flores silvestres.
Casi el 70% de la superficie de Japón está cubierta por bosques. La variedad de árbol predominante es la conífera. Una especie común es el sugi, o cedro japonés, que puede llegar a medir 46 m de altura. Otros perennifolios notables son la pícea y muchas variedades de abetos.
Los árboles frutales más comunes en Japón son los melocotoneros, los perales y los naranjos.
En Japón predominan los bosques de montaña, los cuales varían según la altitud. Si tomamos como ejemplo el flanco oriental del Pacífico del Japón central, tenemos las siguientes zonas altitudinales:
Los japoneses practican un tipo único de jardinería paisajística, en la que reproducen en miniatura los paisajes naturales de forma estilizada. También cultivan árboles enanos llamados bonsáis, los cuales consisten en plantas ornamentales que al ser sometidas a técnicas de cultivo especiales como el corte de raíces y poda de ramas, se impide su crecimiento, logrando así que su altura bordee los 30cm.
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