Karl Reinhold Ernst von Baer (en ruso: Карл Эрнст фон Бэр)? conocido en Rusia como Karl Maksimovich Baer (en ruso, Карл Макси́мович Бэр, (Piibe, 17 de febrero de 1792 - 26 de noviembre de 1876) fue un naturalista, biólogo, geólogo, meteorólogo, geógrafo, botánico de origen ruso, y uno de los fundadores de la embriología. Partiendo del concepto de las láminas germinales propuesto por Heinz Christian Pander, Baer amplió las investigaciones a un gran número de especies animales, extendiendo este principio a todos los vertebrados. Baer fue también reconocido por el descubrimiento de la blástula. Publicó sus descubrimientos, incluyendo su trabajo sobre las capas germinales, en un libro de texto titulado Sobre el desarrollo de los Animales en 1828.
Karl Ernst von Baer nació en Piibe, ciudad por aquel entonces del Imperio ruso y actualmente perteneciente a Estonia. Educado en la escuela catedral de Reval (Tallin) y la Universidad de Dorpat (Tartu), continuó sus estudios universitarios en Berlín, Viena y Wurzburgo, donde Ignatius Döllinger le introdujo, junto a Pander y d'Alton, en el nuevo campo de la embriología. A partir de 1817 von Baer ejerce como profesor de zoología y anatomía en la Universidad de Königsberg. En 1834 se traslada a San Petersburgo, integrándose en la Academia de las Ciencias, primero en zoología (1834-46) y más tarde en anatomía comparada y fisiología (1846-62). Los últimos años de su vida (1867-76) los pasó en Dorpat, donde se convirtió en uno de los principales críticos de la teoría de la evolución de Charles Darwin.
Karl Ernst von Baer estuvo influido tanto por la Naturphilosophie como por Cuvier. Su visión de la forma orgánica privilegió las consideraciones funcionales, adaptando la perspectiva teleológica recomendada por Kant en su Crítica del Juicio.
En "Ovi Mammalium et Hominis genesi" (1827) von Baer describió el desarrollo de los mamíferos a partir del óvulo. Se probaba, así, por vez primera, no sólo la existencia del óvulo, sino también los estadios de blástula y notocordio.
Su obra más importante es Über Entwickelungsgeschichte der Thiere ("Sobre la historia del desarrollo de los animales"), publicada en 1828. Dividida en dos partes (una descriptiva y otra teórica agrupada en seis "scholia") en ella desarrolla su teoría epigenetista del desarrollo y se opone a la teoría del paralelismo tal y como había sido enunciada en la llamada Ley de Meckel-Serres.
Von Baer refuta la teoría preformacionista, demostrando la inexistencia de ningún rasgo de organismos en miniatura en los inicios del desarrollo. Frente a ella, propone una teoría epigenetista del desarrollo según la cual, la ontogénesis procede de lo general a lo particular, comenzando por un estado homogéneo que va diferenciándose sucesivamente en partes heterogéneas. En primer lugar, el organismo se diferencia en hojas germinales, una teoría que tomada de Heinz Christian Pander y Caspar Friedrich Wolff, extiende a la totalidad de los animales, fundando así la embriología comparada. Von Baer distingue entre la "hoja vegetal" y la "hoja animal", que, a su vez, se dividirían en otras dos hojas secundarias (diferenciación secundaria) y, finalmente, darían lugar a los órganos (diferenciación terciaria o morfológica).
Karl Ernst von Baer se opuso radicalmente a la teoría del paralelismo formulada por Meckel y Serres, a la que enfrentó numerosos contraejemplos empíricos, resumiendo todas sus objeciones en cuatro grandes leyes:
La concepción del desarrollo de von Baer (y con ella la de la sistemática) no es, por tanto, serial sino ramificada o arborescente. Los embriones divergen progresivamente a partir de estadios relativamente homogéneos que se van diferenciando en función de la clasificación taxonómica, desde los grandes grupos hasta la especie.
Von Baer creyó, con Georges Cuvier, en la existencia de cuatro planes estructurales en el reino animal: el de los radiados, el de los moluscos, el de los articulados y el de los vertebrados. Los planes estructurales eran mutuamente independientes y las series de un mismo plan no implicaban una sucesión por transmutación en el tiempo. De hecho, von Baer se enfrentó a la teoría de la evolución de Darwin, aunque no llegó a rechazar el transformismo.
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