El Club de Fútbol Cobras de Ciudad Juárez fue un equipo de fútbol mexicano que jugó en la Primera División de México. Tenía como sede la ciudad fronteriza de Ciudad Juárez, Chihuahua.
El Club Cobras de Querétaro fue fundado en 1983, tras la desaparición del Atletas Campesinos. El equipo era manejado por Grupo Televisa y fue creado como filial del Club América con la intención de enviar a los jugadores veteranos a retirarse y también darle fogueo a los juveniles.[cita requerida] Tres años después de su fundación, la temporada 1985-86, de la mano de Jorge "Coco" Gómez, logró el ascenso a la Primera División de México tras derrotar a Pachuca en la final con un gol de Alberto Parra.
El equipo debutó en primera el 2 de agosto de 1986, perdiendo ante Monterrey por marcador de 2-0. Alinearon: Arturo Báez; Pedro Vega (Miguel Quintana), Víctor Orihuela, Héctor Mendoza y Mario Aguilar; Arturo Bustamante, Dimitri Haik (Vinicio Bravo), Carlos de los Cobos y Raúl Martínez; Miguel Segura y Manuel Calderón. El club tuvo una mala temporada en la 86-87, cambió de técnico dos veces y el 16 de mayo de 1987, después de empatar 0-0 con Cruz Azul, se consumó su regreso a Segunda División al registrar sólo 31 puntos en 40 partidos.
Al descender Cobras, la familia De la Vega compró la franquicia y la mudó a Ciudad Juárez, manteniendo el nombre de Cobras. En su regreso a la Segunda División de México, la temporada 1987-88, llegaron a la final y se enfrentaron a León. El juego de ida en Juárez terminó empatado a cero goles y el de vuelta en León a uno, vino un tercer y decisivo encuentro que se jugó el 12 de julio de 1988 en el Estadio Azteca, Cobras ganó el juego 1-0 con autogol de la defensa del León que se derivó de un tiro-centro que envió Mauricio "Kalimán" Baeza al corazón del área y "Guayú" Galván no pudo conectar de palomita; ascendió a Primera División, el director técnico del equipo en ese entonces era Joaquín Mendoza.
El primer encuentro que jugó Cobras en el máximo circuito fue ante Cruz Azul de visitante, en un partido de Copa México. Su primer juego de local en el Estadio Olímpico Benito Juárez fue ante Correcaminos de la UAT. El 15 de octubre de 1988 disputaron su primer juego de Primera División ante América, empatando a cero goles en el Azteca. Los jugadores que disputaron ese encuentro fueron: Rubí Valencia; Manuel Moreno, Alejandro Cisneros, Armando Manzo y Carlos Rizo; Héctor Islas, Enrique López Zarza, Víctor Cossío (César Santiago) y José Luis López; Sergio Saucedo (Antonio Piña) y Omar Sánchez; dirigidos por Rubén Ayala. En casa debutó con una victoria por 3-0 sobre Correcaminos. Como resultado de su primer torneo de liga el equipo finalizó en la 12va posición general y tercero del grupo 4.
Para la temporada 1989-90, llegó a la dirección técnica el uruguayo Carlos Miloc, quien a pesar de haber hecho un buen trabajo, fue cesado y su auxiliar, Héctor Hugo Eugui, tomó el cargo. En el último partido de la temporada regular empataron a un gol con el Deportivo Toluca y con esto se quedaron a un punto calificar a la liguilla. En la temporada 1990-91 Héctor Hugo Eugui empezó como técnico y el argentino Carlos Rodríguez entró en su reemplazo. La temporada fue mediocre y el equipo terminó último lugar del grupo 4 y 17 general.
En la temporada 1991-92 disputó el torneo de Copa, donde llegaron hasta la final y fueron derrotados por Rayados del Monterrey por marcador de 4 a 2, obteniendo así el subcampeonato de la copa. El torneo de liga fue muy contrario a lo demostrado en la copa, se tuvo un bajo desempeño, a mitad de temporada "Chamaco" Rodríguez fue cesado y reemplazado por Joaquín Mendoza, mismo entrenador que ascendió al equipo en la temporada 1988. En 38 partidos de la temporada, Cobras obtuvo 6 victorias y 21 derrotas, lo que significó el descenso del equipo. Su último partido lo jugó en Veracruz el 9 de mayo de 1992, cayendo 5-2 con los Tiburones Rojos.
Tras volver a la Segunda División, Cobras jugó durante dos temporadas, en 1993-94 estuvo cerca del ascenso, pero fue eliminado por Zacatepec en la ronda de semifinales. A partir de 1994, se creó la Primera División "A", el equipo comenzó a sufrir debido a problemas económicos y entonces se optó por desaparecer.
En el Invierno 2001 el equipo de Saltillo Soccer se mudan a la ciudad fronteriza y Cobras renació, como filial y dependiente de los Rayados de Monterrey. Al mando de Sergio Orduña el equipo logró disputar la final del Torneo Apertura 2003, la cual perdieron ante Dorados. El equipo jugó 3 torneos más en la división de plata con malos resultados hasta que al terminar el Clausura 2005 el equipo desapareció por deudas y en su lugar aparecieron de los Indios de Ciudad Juárez.
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