Microsporidium es un género de hongos microsporidios que es patógeno para humanos y otros animales. Es un parásito intracelular que requiere de las células animales para su reproducción y así poder distribuir sus esporas. Se han descrito alrededor de 118 especies.
Causa la microsporidiosis, una enfermedad que afecta principalmente a niños y pacientes con inmunodeficiencia, que produce vómitos y diarreas que pueden llegar a ser crónicas. Microsporidium se transmite por el consumo de aguas contaminadas, inhalación de esporas, el contacto con enfermos y animales enfermos. Inclusive se ha detectado la presencia de Microsporidium en aguas potables y estanques de hospitales.
Se han descrito las siguientes especies:
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