La pandemia de COVID-19 se confirmó en Colombia el 6 de marzo de 2020 en Bogotá, con la llegada de una mujer infectada, de 19 años procedente de Milán, Italia. Hasta el 18 de mayo de 2021, se han reportado 3 144 547 casos confirmados, 82 291 fallecidos y 2 947 661 recuperados de COVID-19 en Colombia.
Por motivo de la pandemia, se declaró emergencia sanitaria y se impusieron restricciones, como la cancelación de eventos públicos de más de 500 personas. Con el fin de contener el contagio, se decretó cuarentena total en Colombia desde el 25 de marzo de 2020, hasta el 31 de agosto.
A continuación se detallan los casos por cada departamento. Para el cálculo de casos, muertes y casos activos por millón de habitantes se usa la población estimada por el DANE para el 2020.
El 12 de marzo de 2020, el gobierno nacional declaró la emergencia sanitaria con el fin de tomar medidas rápidas frente a la COVID-19. Esa declaración vino acompañada de medidas como cancelar todos los eventos públicos con más de 500 participantes y suspender el tráfico de cruceros. Durante el transcurso de la pandemia, a nivel nacional y local, se han tomado medidas como el «pico y género», donde los días pares salen los hombres y los impares las mujeres y los transgénero, según la identidad que les correspondiera. Otra medida ha sido el «pico y cédula», que impide la circulación de personas y entrada a establecimientos comerciales, ciertos días a la semana, según el dígito final del documento de identidad.
Entre estas medidas de aislamiento se impuso la restricción de la movilidad a las personas mayores de 70 años, que se confinaban en sus casas y no se les permitía salir de sus casas sino una hora al día tres veces por semana. El gobierno fue acusado de discriminación y de violentar el derecho a la igualdad de todos los ciudadanos.
El Aislamiento Preventivo Obligatorio en Colombia o confinamiento de Colombia de 2020, fue un periodo de distanciamiento físico y social durante la pandemia de COVID-19 que incluyó un conjunto de medidas sanitarias y cambios de rutina diaria a nivel económico, social y político con el fin de controlar la crisis por COVID-19. Fue decretado por el gobierno de Colombia en cabeza del presidente Iván Duque y comenzó a regir el 25 de marzo de 2020. Inicialmente se había decretado por 19 días, sin embargo, se extendió progresivamente por fases, indicando cada vez nuevas excepciones. El 17 de abril se dio a conocer el decálogo de lo que sería el «Aislamiento Preventivo Obligatorio Colaborativo e Inteligente», en una nueva etapa de la cuarentena.
El gobierno de Colombia, desde el 4 de mayo de 2020, comenzó el plan de apertura para algunos sectores de la industria como la manufactura y la construcción con el fin de reducir la crisis económica transcurrida durante la pandemia. También anunció al día siguiente la extensión de la cuarentena por dos semanas más, abriendo más sectores de la industria y levantando ciertas restricciones. El 28 de mayo de 2020, se extiende el aislamiento hasta el 1 de julio de 2020.[cita requerida] El 23 de junio de 2020, el gobierno extiende el aislamiento hasta el 15 de julio de 2020, agregando más excepciones para la apertura de nuevos sectores económicos. El 28 de julio el presidente Iván Duque Márquez indicó que el aislamiento preventivo se extiende hasta el 31 de agosto, levantando las restricciones de movilidad impuestas para los adultos mayores de 70 años.
A partir del 1 de septiembre se abre todo el país, sin ninguna restricción y también se reabren los aeropuertos a pasajeros, excepto para quienes tengan síntomas de COVID-19 o sus familiares. Adicionalmente a las restricciones impuestas por el gobierno nacional, algunos gobiernos locales impusieron otras restricciones, tales como el pico y cédula. Este consiste en que, para actividades comerciales, bancarias o notariales, solo pueden salir aquellos cuyo número de la cédula de ciudadanía termina en dígitos pares o impares.
El Instituto Nacional de Salud se ha encargado de reportar la propagación de contagio en tiempo real, mostrando estadísticas por edad, por sexo, el sitio de atención del paciente, los contagios por ciudad, entre otros. El portal Agua y Sig ha tomado estos datos y ha construido un mapa interactivo donde se puede consultar como se propaga la enfermedad en el país.
Amnistía Internacional ha advertido sobre la situación de las comunidades indígenas : «Los pueblos indígenas en Colombia están en alerta máxima. El gobierno está implementando medidas preventivas para el COVID-19 en el país, sin garantizar adecuadamente sus derechos fundamentales. Si históricamente no han tenido acceso a la salud, al agua o a la alimentación, en el contexto de esta pandemia esta situación es muchísimo más grave porque no cuentan con condiciones sanitarias y sociales para enfrentar adecuadamente el COVID-19».
El 13 de febrero de 2021 fallece por complicaciones de COVID-19, el líder indígena kankuamo, Luis Fernando Arias, consejero mayor de la Organización nacional Indígena de Colombia, ONIC. El observatorio de los derechos territoriales de los indígenas ha informado que las comunidades se encuentran inmersas en la pandemia en situación de inseguridad jurídica, territorial y alimentaria, con pocas garantías para acceder al derecho a la salud, con gran rezago frente a las condiciones de vida del resto del país, siendo también afectados por situaciones de violencia. Las recomendaciones que ha hecho el Ministerio de Salud están relacionadas con la permanencia en el territorio, que se limite el acceso de personas ajenas en el territorio; se emprendan acciones de vigilancia comunitaria, se difunda información clara sobre la situación y cuenten con intérpretes para difundir información sobre las medidas tomadas por el gobierno, en su lengua. Debido a que las comunidades no contaban con recursos para implementar estas medidas, hubo muchos pronunciamientos en contra. La vulnerabilidad y afectación que enfrentan actualmente los pueblos indígenas de Colombia frente a la pandemia del COVID-19, hace urgente el fortalecimiento inmediato de respuestas coordinadas con las autoridades étnicas, las comunidades y las organizaciones indígenas y afrodescendientes a nivel nacional y local. Estas comunidades continúan expuestas a riesgos de violencia y desplazamiento forzado por lo que la protección de estas comunidades se hace urgente.
Otro de los reportes más inquietantes de la situación pandémica de Colombia ha sido que la situación sanitaria en las diferentes prisiones de Colombia ha entrado en una crisis carcelaria, la cual se suma a la ya existente sobrepoblación de las cárceles. Desde finales de marzo hasta el primer caso reportado de COVID-19 en prisión el 5 de abril, con antesala a este problema se presentó una serie de motines que preocupó a los propios reos sobre la falta de garantías acerca del tratamiento sanitario y víveres así como de la vulnerabilidad en el proceso de protección de los derechos humanos en las cárceles, que conllevó a desatar en diferentes prisiones saqueos, motines y muertos. Para el 19 de mayo se reportaban casos de COVID-19 en internos, guardias y trabajadores de la cárcel municipal de Villavicencio, con 867 casos; en Leticia, con 90 casos; en La Picota de Bogotá, con 5 casos; en Las Heliconias de Caquetá con 8 casos; en Picaleña de Ibagué con 24 casos; en Guaduas con 1 caso, en la cárcel El Bosque de Barranquilla con 1 caso, en la cárcel Rodrigo de Bastidas de Santa Marta, con 2 casos; y en la Cárcel de Ternera en Cartagena con 241 caso.
Para el 24 de Julio se reportaron 6 casos de Covid-19 en la Cárcel de Cómbita.[cita requerida]
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