La Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada es un inventario de la naturaleza del Virreinato de Nueva Granada realizado por José Celestino Mutis durante el reinado de Carlos III. Conocido en la Historiografía Colombiana como la Expedición Botánica, sus objetivos científicos dieron como resultado la herborización y clasificación de 20 000 especies vegetales y 7000 animales de un territorio que corresponde con la actual república de Colombia, la fundación del observatorio astronómico de Santa Fe (de Bogotá), uno de los primeros de América meridional, la creación de un selecto grupo de científicos y artistas que dio fundamentos para la concienciación de las riquezas naturales del Nuevo Mundo. Se inició en 1783 y acabó aproximadamente en 1813, treinta años después.
El reinado de Carlos III de España no fue indiferente a los progresos de la fisiocracia en Francia y decidió, a través del virrey Antonio Caballero y Góngora autorizar y apoyar el inventario de la naturaleza del Virreinato de Nueva Granada, nombrando como director del proyecto a su médico personal, el sacerdote gaditano José Celestino Mutis.
El arzobispo y virrey Antonio Caballero y Góngora, acometió en 1783, la trascendental obra de iniciar la Expedición Botánica, aprovechando los conocimientos, talento y sabiduría de Mutis. Para ello el virrey aportó personalmente recursos económicos, mientras se gestaba la aprobación de las Cortes, la cual obtuvo a fines de ese mismo año.
Es importante resaltar que el espíritu de la Ilustración, eminentemente práctico, sobre el dominio de tierras y recursos naturales para su uso beneficioso para la sociedad, la industria, la agricultura, la ganadería y los negocios primó sobre el interés científico del estudio de la naturaleza; esfuerzos, que con el tiempo se convirtieron en inventarios, y no tuvieron trascendencia en la fundamentación científica que permitiera generar economías de escala en la agricultura y ganadería del Virreinato de Nueva Granada.
A pesar de ello, como consecuencia de la Expedición Botánica, a mediados del siglo XIX se realizaron expediciones de la denominada Comisión Corográfica, un órgano investigador creado para la exploración del territorio del país, en las cuales se descubrieron muchas nuevas especies de plantas y animales. Esta comisión estuvo conformada por los naturalistas Agustín Codazzi, Manuel Ancízar, José Jerónimo Triana, además de artistas que tenían como labor elaborar acuarelas para ilustrar la flora y fauna clasificada. Actualmente las acuarelas en las cuales se recopiló toda la información reunida se encuentran en la Biblioteca Nacional de Colombia.
La Expedición Botánica comenzó en el año 1783 y se desvaneció en el año 1810. El virrey Antonio Caballero y Góngora designó a José Celestino Mutis como jefe de esta tarea, que tenía como objetivo elaborar un estudio de historia natural de la Nueva Granada y un mapa del reino con su flora y sus recursos naturales. Asimismo, en estas fechas, empresas científicas similares se establecieron en Chile, Perú y Nueva España. Los trabajos de la expedición se concentraron en las cercanías del río Magdalena, saliendo de Santa Fe hasta llegar a Mariquita. Luego de 1791, la expedición se ubicó en Santa Fe de Bogotá. Para la labor, Mutis preparó a una serie de jóvenes criollos que le ayudaron en diferentes tipos de tareas: unos trabajaban de botánicos estudiando la naturaleza, otros como herbolarios recolectando muestras, unos más como delineadores o dibujantes de las muestras, y otros, como comisionados o viajeros que iban a regiones apartadas del virreinato a recolectar muestras.
Entre los criollos que se destacaron en esta gran expedición se encuentran Francisco Antonio Zea, Francisco José de Caldas, Pedro Fermín de Vargas, Jorge Tadeo Lozano y José María Carbonell. La Expedición Botánica despertó en los criollos un sentimiento de identidad con lo americano y la Nueva Granada. Gracias a ella, surgió una generación de criollos que cultivó la esperanza de un próspero futuro económico para el virreinato, con base en las riquezas y recursos descubiertos por la Expedición
José Celestino Mutis y sus colaboradores, descubrieron la quina en el Nuevo Reino de Granada, así como el té de Bogotá; las propiedades del guaco o bejuco como preservativo contra mordeduras de serpientes, la yuca, la papa y la ipecacuana del río Magdalena. Hizo ensayos para aclimatar el canelo, el anís y la nuez moscada. Igualmente descubrió varias minas. Además de eso, impulsó la idea de sacar los cementerios a las afueras de las ciudades, como medida de higiene
Parte del herbario y la clasificación hecha por Mutis se encuentran en Valladolid.
Colaboraron con Mutis en la Expedición Botánica el presbítero Juan Eloy Valenzuela y Mantilla como subdirector, y Pablo Antonio García como dibujante. Luego entró a prestar sus servicios el pintor de flores Francisco Javier Matiz, de Guaduas (Cundinamarca). Se destacaron igualmente en la obra de la expedición, Sinforoso Mutis Consuegra, Francisco Antonio Zea, Jorge Tadeo Lozano, José Manuel Restrepo y Francisco José de Caldas, quien fue uno de los mejores colaboradores de Mutis en la Expedición.
Luego del Grito de independencia, en 1810, y la reconquista española en 1816, los bienes de la Expedición Botánica fueron embalados y enviados a España por Pablo Morillo, quien además ordenó llevar al patíbulo a varios de los miembros criollos de la expedición, como Jorge Tadeo Lozano y Francisco José de Caldas.
Los discípulos de José Celestino Mutis fueron todos decididos sostenedores de la causa de la Independencia de Colombia, próceres militares y civiles, y mártires de la guerra de independencia colombiana. Se señala a Sinforoso Mutis Consuegra como uno de los más eficaces precursores de la independencia de Colombia y a la Expedición como el génesis de la misma. Sus integrantes formaron un núcleo granadino de fuerte influencia, que irradió por todo el país las ideas revolucionarias por medio del periódico publicado bajo la dirección de Francisco José de Caldas.
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