Las formas propuestas de vida se refiere aquellas formas o entidades que cumplen con algunas características de la definición de vida, pero no con todas ellas o formas de vida que todavía no han sido incluidas en el árbol filogenético a pesar de que sean organismos celulares, especialmente por la falta de especímenes.
Generalmente se afirma que para que un sistema pueda considerarse vivo debe cumplir las siguientes vitales:
Se ha propuesto redefinir la definición de vida.
En 2012 en fuentes hidrotermales de Japón se llevó a cabo el descubrimiento de Parakaryon myojinensis un organismo unicelular que presenta características que no encajan con las células de los otros tres dominios y probablemente constituya su propio dominio Parakaryota. Parakaryon myojinensis al igual que los eucariotas tiene núcleo y otros endosimbiontes en su célula, sin embargo su envoltura nuclear es de una sola capa, no hecha de dos membranas concéntricas como en cualquier eucariota y el material genético está almacenado como en las bacterias, en filamentos y no en cromosomas lineales. Además no presenta retículo endoplásmico, aparato de Golgi, citoesqueleto, mitocondrias, poros nucleares y carece totalmente de flagelo. Los ribosomas se encuentran no solo en el citoplasma sino también en el núcleo. Posee una pared celular compuesta por peptidoglucanos al igual que las bacterias y su modo de nutrición sería osmótrofa.
Parakaryota (?)
Archaea (P)
Es difícil precisar su relación filogenética con los otros seres vivos porque solo se ha encontrado un espécimen y su genoma no ha podido ser secuenciado. Según algunos autores sería un organismo intermediario entre los procariotas y los eucariotas. Este tipo de organismo si será incluido en el árbol filogenético si se logra secuenciar su genoma y compararse con los otros seres vivos.
Los nanobios y nanobacterias son estructuras microscópicas, que fueron halladas en rocas y sedimentos probablemente microorganismos que se han propuesto como formas de vida debido a que su morfología es similar a la de otros organismos. Por ejemplo las nanobacterias se asemejan a bacterias pequeñas, mientras que los nanobios tienen una apariencia similar a las actinobacterias y algunos tipos de hongos, sin embargo otros creen que son estructuras cristalinas ya que su tamaño es demasiado pequeño para almacenar el genoma. No obstante estudios científicos afirman haber detectado posible ADN, ARN de nanobios y nanobacterias, así como otras biomoléculas y un tipo de membrana plasmática que protege el material genético, esto indicaría que son un tipo de células desconocidas o posibles bacterias pequeñas. En los cultivos científicos las colonias de nanobios y nanobacterias crecieron a temperatura ambiente con presencia de oxígeno, teniendo una reproducción autónoma a diferencia de los virus. Por tanto los nanobios y nanobacterias cumplirían con casi todos los atributos que definen la vida de manera natural como por ejemplo la reproducción autónoma, crecimiento o desarrollo, intercambio de energía autónomo, homeostasis, respuesta a estímulos y llevar a cabo una organización celular ya que estarían compuestos de una membrana que protege el material genético, en las nanobacterias se ha sugerido la presencia de una segunda membrana lo que equivaldría a una pared celular.
Aun así no se ha confirmado si evolucionan o de qué modo se nutren, pero lo que si se sabe es que son posibles organismos celulares o seres vivos. A pesar de que sean organismos celulares a menudo no se consideran seres vivos porque son demasiados pequeños para almacenar un genoma estable o porque están en contacto con compuestos inorgánicos. Sin embargo, el tamaño no se ha definido como un atributo para definir la vida, por tanto es controversial. Las nanobacterias se propusieron clasificarse como un género Nanobacterium dentro el filo Proteobacteria, pero se ha sugerido que su relación con ese filo se deba a una posible transferencia horizontal de genes. Mientras que la relación de los nanobios es incierta y podrían representar un nuevo dominio.
Nunca ha habido una respuesta por parte de la comunidad científica sobre si son seres vivos o no, debido a que no se han vuelto a ver, ni tampoco se ha sugerido si incluirlos en el árbol filogenético de la vida, si es que merecen tal rango.
Los virus y los agentes subvirales viroides, virus satélite y virusoides son agentes infecciosos microscopícos acelulares, capaces de multiplicarse dentro de células huéspedes. Se les relaciona con los seres vivos porque poseen material genético propio (ADN, ARN), proteínas, lípidos. Porque son parasitarios. Evolucionan por selección natural ya que desarrollan estrategias que le permiten infectar un organismo, un ejemplo es el virus de la gripe que se hace resistente a las vacunas. Se multiplican creando varias copias de si. Sin embargo los virus y agentes subvirales no tienen metabolismo propio de manera que no se nutren, no responden a estímulos, no tienen regulación térmica y no crecen. Se multiplican pero por replicación esto significa que son pasados por el proceso de sintetización molecular del huésped por tanto los virus y agentes subvirales son fabricados por las células, además al ingresar a las células los virus se desintegraran totalmente que sólo quedaran como simples ácidos nucleicos y proteínas que comenzaran a replicarse. Evolucionan pero solo en las células. Esto demuestra que los virus no cumplen ninguno de los atributos que define la vida. Existen otras entidades similares a los virus y agentes subvirales pero que nunca se han considerado seres vivos como los plásmidos que se replican y se transmiten entre huéspedes. A diferencia de los virus y agentes subvirales, los plásmidos se replican independientemente del genoma, por tanto los plásmidos si cumplirían con la reproducción. Por ello muchos científicos consideran que es mejor comparar a los virus y agentes subvirales con los elementos genéticos móviles o los priones debido al mismo comportamiento replicativo, transmisión entre huéspedes o por ser vectores de genes. Partículas idénticas a los virus pero sin genoma, también se han detectado como órganulos en las bacterias y arqueas, como los microcompartimientos bacterianos y los nanocompartimientos de encapsulina, que desempeñan funciones metabólicas y nutricionales.
David Moreira y Purificación-López García en un comunicado en (2009) exponen las diez razones para excluir a los virus del árbol filogenético de la vida y así mencionan:
2. Los virus "van por libre" filogenéticamente hablando. En un árbol filogenético, las características de los miembros de un taxón se heredan de los antepasados. Los virus no se pueden incluir en el árbol de la vida porque no comparten características con las células, y no hay un solo gen que sea compartido por todos los virus. Si bien la vida celular tiene un origen único y común, los virus son polifiléticos: tienen muchos orígenes evolutivos.
3. No hay linajes virales ancestrales. No se ha identificado un solo gen que sea compartido por todos los virus. Existen motivos proteicos comunes en las cápsides virales, pero estos probablemente se han producido a través de la evolución convergente o la transferencia horizontal de genes.
4. ¿El hecho de que los virus de hoy en día infecten a hospedadores primitivos significa que sean antiguos?. No se ha podido demostrar con certeza que los primeros virus aparecieron junto con las primeras células. El problema es que los virus se mueven fácilmente entre diversos huéspedes. La capacidad de un virus para infectar una especie en particular podría llevar a conclusiones falsas sobre la antigüedad de ese virus.
5. Los virus no tienen una estructura derivada de un ancestro común. Las células obtienen membranas de otras células durante la división celular. Por lo tanto, se puede decir que "heredan la membrana", y es correcto afirmar que las células actuales han heredado las membranas de las primeras células. Los virus no tienen esas estructuras heredada. Todo es de nueva síntesis.
6. Los genes metabólicos virales tienen su origen en las células. Muchos genomas virales codifican proteínas involucradas en el metabolismo energético, el carbono y el metabolismo celular. Se ha argumentado que la presencia de estos genes indica que los virus son ancestros de las células. Pero no es así, los genes metabólicos no están presentes en los antepasados de estos virus. Esto implica que los virus no pueden ser ancestros de las células.
7. Los genes de traducción viral tienen su origen en las células. Algunos virus, como el caso del Mimivirus alberga genes que codifican elementos de la maquinaria de síntesis de proteínas. Se ha interpretado que esta observación significa que los virus no siempre dependieron de las células para la traducción. Sin embargo, el análisis de su secuencia indica que estos genes son derivados de las células mediante transferencia horizontal de genes, y por lo tanto no permite que los virus puedan ser incluidos en el árbol filogenético.
8. Los virus roban genes de las células. Los genomas virales codifican muchos genes que no tienen homólogos en las células. Por esto se ha sugerido que los virus han influido en la evolución de las células al donar nuevos genes. Sin embargo, los análisis moleculares no han podido confirmar esta hipótesis. De hecho, como veremos en el siguiente punto, los virus son "ladrones de genes", no inventores de genes y proveedores genéticos masivos.
9. La transferencia genética mayoritaria es de células a virus. Como corolario a los puntos 7 y 8 podemos afirmar que el movimiento de genes es principalmente de las células a virus. La transferencia en la dirección inversa es mínima. Por lo tanto, los virus no han tenido un papel significativo en la configuración del contenido genético de las células, sino más bien al contrario, han "cogido" genes de las células y luego, mediante una capacidad de evolución y recombinación enorme, los han modificado.
10. ¿El hecho de que los virus sean simples significa que sean primitivos?. Una visión de la evolución es que es un proceso por el cual los organismos simples se vuelven más complejos. La simplicidad de muchos virus conduce a su ubicación en el origen de la vida. Sin embargo esta hipótesis ignora el hecho de que los genomas virales están sujetos a una presión selectiva para mantener un tamaño mínimo para garantizar tasas de replicación rápidas.
De todos modos, aunque la conclusión sea que los virus no están vivos y no deberían incluirse en el árbol de la vida, no implica que no sean importantes para "la vida". Los virus juegan y han jugado un papel importante en la evolución de la vida en la Tierra, aunque solo por el hecho de la presión selectiva que ejercen para que los huéspedes se defiendan y libren de ellos. Además, junto con los elementos genéticos móviles como transposones y retrotransposones, pueden acabar formando parte del genoma de sus huéspedes, lo que contribuye a la creación de variabilidad genética; pueden contribuir a la transferencia horizontal de genes y por supuesto, a regular la población y la biodiversidad.
Las razones por las cuales se han excluido a los virus del árbol filogenético de la vida es porque no cumplen todas los atributos que definen la vida. Además a todos los virus les falta un ácido nucleico, no tienen ribosomas, por tanto no tienen los componentes necesarios para agruparlos de una manera fiable en el árbol filogenético de la vida. Los virus también pueden intercambiar genes con sus huéspedes lo que impide reconstruir su historia evolutiva.
En cuanto a su origen y filogenia los virus son parafiléticos porque su origen es antiguo al de los organismos celulares y son polifiléticos debido a los repetidos orígenes que han tenido sus viriones dentro las células. El origen parafilético de los virus y el origen polifilético de sus viriones esta respaldado por la mayoría de los análisis moleculares. Por ello el ICTV clasifica a los virus en 6 dominios y varios reinos.
Al observar las características y reacciones químicas que presentan los cristales minerales y las rocas se ha reportado que muchas de estas características están relacionadas con la definición de vida debido a que ellos también consumen energía y la expulsan, crecen y se propagan de manera autónoma, responden a los cambios ambientales puesto que pueden alternar su composición o su patrón de colores y por supuesto sufren cambios con el paso del tiempo. Para muchos las similitudes pueden considerarse una coincidencia. Sin embargo las similitudes con rocas y cristales minerales da entender que la definición de vida también puede llegar a incluir cosas inesperadas. Las rocas y cristales minerales habían sido clasificados por Linneo en su Systema naturae como uno de los reinos de la naturaleza llamado Mineralia. Tanto los minerales como las formas biológicas son sistemas abiertos.
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