John Knox

(1)Majorie Bowes

Nathaniel Knox (1) Eleazar Knox (1) Martha Knox (2) Margaret Knox (2)

John Knox (Haddington, Reino de Escocia 1514-Edimburgo, Reino de Escocia 24 de noviembre de 1572) fue un predicador protestante escocés, líder de la Reforma Escocesa y considerado el fundador de presbiterianismo. Influido por los primeros reformadores, como George Wishart, se unió al movimiento reformista de la Iglesia escocesa. Estuvo envuelto en los eventos eclesiásticos y políticos relacionados con la muerte del Cardenal Beaton en 1546 y en la intervención de la regente de Escocia, María de Guisa. Fue hecho prisionero por las fuerzas francesas al año siguiente, y tras su puesta en libertad en 1549 se exilió a Inglaterra. Es reconocido como el Padre de la Reforma en Escocia.

Nacido en Giffordgate, se cree que Knox se educó en la Universidad de St Andrews y trabajó como notario-sacerdote. Influido por los reformadores de la iglesia primitiva, como George Wishart, se unió al movimiento para reformar la iglesia escocesa. Se vio envuelto en los acontecimientos eclesiásticos y políticos que involucraron el asesinato del cardenal David Beaton en 1546 y la intervención de la regente de Escocia, María de Guisa, una mujer noble francesa. El año siguiente fue tomado prisionero por las fuerzas francesas y exiliado a Inglaterra en su liberación en 1549.

Mientras estuvo en el exilio, Knox recibió la licencia para trabajar en la Iglesia de Inglaterra, donde se alzó en las filas para servir al rey Eduardo VI de Inglaterra como capellán real. Ejerció una influencia reformadora en el texto del Libro de Oración Común. En Inglaterra, conoció y se casó con su primera esposa, Margery Bowes. Cuando María Tudor ascendió al trono de Inglaterra y restableció el catolicismo romano, Knox se vio obligado a renunciar a su cargo y abandonar el país. Knox se mudó a Ginebra y luego a Fráncfort. En Ginebra, conoció a Juan Calvino, de quien obtuvo experiencia y conocimiento de teología reformada y política presbiteriana. Él creó un nuevo orden de servicio, que finalmente fue adoptado por la iglesia de Escocia. Abandonó Ginebra para dirigir la iglesia de refugiados ingleses en Fráncfort, pero se vio obligado a abandonar las diferencias relativas a la liturgia, lo que puso fin a su asociación con la Iglesia de Inglaterra.

A su regreso a Escocia, Knox dirigió la Reforma protestante de Escocia, en asociación con la nobleza protestante escocesa. El movimiento puede ser visto como una revolución, ya que condujo al derrocamiento de María de Guisa, que gobernó el país en nombre de su hija pequeña María, reina de Escocia. Knox ayudó a escribir la nueva confesión de fe y el orden eclesiástico para la recién creada iglesia reformada, "la Kirk". Continuó sirviendo como el líder religioso de los protestantes durante todo el reinado de María. En varias entrevistas con la Reina, Knox la reprendió por apoyar las prácticas católicas. Cuando fue encarcelada por su presunto papel en el asesinato de su esposo, Lord Darnley, y el Rey Jacobo VI fue entronizado en su lugar, Knox pidió abiertamente su ejecución. Continuó predicando hasta sus últimos días.

Nació en algún momento entre 1505 y 1515 en o cerca de Haddington, la ciudad del condado de East Lothian. Su padre, William Knox, era un comerciante. Todo lo que se sabe de su madre es que su apellido de soltera era Sinclair y que murió cuando John Knox era un niño. Su hijo mayor, William, llevó el negocio de su padre, lo que ayudó en las comunicaciones internacionales de Knox. Knox probablemente fue educado en la escuela de gramática en Haddington. En este tiempo, el sacerdocio era el único camino para aquellos cuyas inclinaciones eran académicas en lugar de mercantiles o agrícolas. Continuó sus estudios en la Universidad de St Andrews o posiblemente en la Universidad de Glasgow. Estudió con John Major, uno de los más grandes eruditos de la época. Knox fue ordenado sacerdote católico en Edimburgo en la víspera de Pascua de 1536 por William Chisholm, obispo de Dunblane. Knox aparece por primera vez en los registros públicos como sacerdote y notario en 1540. Todavía cumplía estas funciones en 1543 cuando se describió a sí mismo como un "ministro del altar sagrado en la diócesis de St Andrews, notario por autoridad apostólica "En escritura notarial de fecha 27 de marzo. En lugar de asumir deberes parroquiales en una parroquia, se convirtió en tutor de dos hijos de Hugh Douglas de Longniddry. También enseñó al hijo de John Cockburn de Ormiston. Ambos de estos lairds habían abrazado las nuevas ideas religiosas de la Reforma.

Knox no registró cuándo ni cómo se convirtió a la fe protestante, pero tal vez las influencias formativas clave en Knox fueron Patrick Hamilton y George Wishart. Wishart era un reformador que había huido de Escocia en 1538 para escapar del castigo por herejía. Primero se mudó a Inglaterra, donde en Bristol predicó contra la veneración de la Virgen María. Se vio obligado a hacer una retractación pública y fue quemado en efigie en la Iglesia de San Nicolás como un signo de su abjuración. Luego se refugió en Alemania y Suiza. Mientras se encontraba en el continente, tradujo la Primera Confesión Helvética al inglés. Regresó a Escocia en 1544, pero el momento de su regreso fue desafortunado. En diciembre de 1543, James Hamilton, duque de Châtellerault, el regente designado para la infanta María, reina de Escocia, había decidido con la Reina Madre, María de Guisa y el cardenal David Beaton perseguir a la secta protestante que había echado raíces en Escocia. Wishart viajó por toda Escocia predicando a favor de la reforma y cuando llegó a East Lothian, Knox se convirtió en uno de sus socios más cercanos. Knox actuó como su guardaespaldas, portando una espada de dos manos para defenderlo. En diciembre de 1545, Wishart fue capturado por orden de Beaton por el conde de Bothwell y llevado al Castillo de St Andrews. Knox estuvo presente la noche de la detención de Wishart y se preparó para seguirlo en cautiverio, pero Wishart lo convenció para que no tomara este curso diciendo: "No, regresa con tus hijos y que Dios te bendiga. Uno es suficiente para un sacrificio". Wishart fue posteriormente procesado por el acusador público de herejes de Beaton, el archidiácono John Lauder. El 1 de marzo de 1546, fue quemado en la hoguera en presencia de Beaton.

Knox había evitado ser arrestado por Lord Bothwell a través del consejo de Wishart para volver a la tutoría. Se refugió con Douglas en Longniddry. Varios meses después, todavía estaba a cargo de los alumnos, los hijos de Douglas y Cockburn, que se cansaban de moverse de un lugar a otro mientras eran perseguidos. Jugó con la idea de huir a Alemania y llevarse a sus alumnos con él. Mientras Knox seguía siendo un fugitivo, Beaton fue asesinado el 29 de mayo de 1546, en su residencia, el Castillo de St Andrews, por una banda de cinco personas en venganza por la ejecución de Wishart. Los asesinos se apoderaron del castillo y, finalmente, sus familias y amigos se refugiaron con ellos, alrededor de ciento cincuenta hombres en total. Entre sus amigos estaba Henry Balnaves, un exsecretario de estado en el gobierno, que negoció con Inglaterra el apoyo financiero de los rebeldes. Douglas y Cockburn sugirieron a Knox que llevara a sus hijos a la seguridad relativa del castillo para continuar su instrucción en la doctrina reformada. Knox llegó al castillo el 10 de abril de 1547. Los poderes de Knox como predicador llamaron la atención del capellán de la guarnición, John Rough. Mientras Rough predicaba en la iglesia parroquial sobre el principio protestante de la elección popular de un pastor, propuso a Knox a la congregación para ese cargo. A Knox no le gustó la idea. Según su propia cuenta, se echó a llorar y huyó a su habitación. Sin embargo, dentro de una semana, estaba dando su primer sermón a una congregación que incluía a su antiguo maestro, John Major. Expuso el capítulo séptimo del Libro de Daniel, comparando al Papa con el Anticristo. Su sermón estuvo marcado por su consideración de la Biblia como su única autoridad y la doctrina de la justificación solo por la fe, dos elementos que permanecerían en sus pensamientos durante el resto de su vida. Unos días después, se organizó un debate que le permitió emitir tesis adicionales, incluido el rechazo de la misa, el purgatorio y las oraciones por los muertos.

La capellanía de Knox de la guarnición del castillo no duraría mucho. Mientras que Hamilton estaba dispuesto a negociar con Inglaterra para detener su apoyo a los rebeldes y volver a poner el castillo bajo su control, María de Guisa decidió que solo podía ser tomado por la fuerza y pidió al rey de Francia, Enrique II, que interviniera. El 29 de junio de 1547, 21 galeras francesas se acercaron a St Andrews bajo el mando de Leone Strozzi, antes de Capua. Los franceses sitiaron el castillo y forzaron la rendición de la guarnición el 31 de julio. Los nobles protestantes y otros, incluido Knox, fueron tomados prisioneros y obligados a remar en las galeras francesas. Los esclavos de la galera fueron encadenados a bancos y remaron durante todo el día sin cambiar de postura, mientras que un oficial los vigilaba con un látigo en la mano. Navegaron a Francia y navegaron por el Sena a Ruan. Los nobles, algunos de los cuales tendrían un impacto más adelante en la vida de Knox, como William Kirkcaldy y Henry Balnaves, fueron enviados a varias prisiones de castillos en Francia. Knox y los otros esclavos de galeras continuaron a Nantes y se quedaron en el Loira durante todo el invierno. Fueron amenazados con torturar si no daban los signos apropiados de reverencia cuando se realizaba la misa en la nave. Knox relató un incidente en el que un escocés, posiblemente él mismo, ya que solía narrar anécdotas personales en tercera persona, debía mostrar su devoción a una imagen de la Virgen María. Al prisionero le dijeron que le diera un beso de veneración. Él se negó y cuando la imagen se acercó a su rostro, el prisionero tomó la imagen y la arrojó al mar, diciendo: "Deje que la Virgen se salve a sí misma: es lo suficientemente ligera: que aprenda a nadar". Después de eso, según Knox, los prisioneros escoceses ya no se vieron obligados a realizar tales devociones. En el verano de 1548, las galeras regresaron a Escocia para buscar barcos ingleses. La salud de Knox estaba ahora en su punto más bajo debido a la severidad de su confinamiento. Estaba enfermo de fiebre y otros en el barco temían por su vida. Incluso en este estado, recordó Knox, su mente permaneció aguda y consoló a sus compañeros prisioneros con la esperanza de ser liberados. Mientras los barcos yacían en alta mar entre San Andrews y Dundee, las agujas de la iglesia parroquial donde predicaba aparecieron a la vista. James Balfour, compañero de prisión, le preguntó a Knox si reconocía el hito. Respondió que lo sabía bien, reconoció el campanario del lugar donde predicó por primera vez y declaró que no moriría hasta que hubiera predicado allí de nuevo. En febrero de 1549, después de pasar un total de 19 meses en la prisión de galeras, Knox fue puesto en libertad. Es incierto cómo obtuvo su libertad. Más adelante en el año, Enrique II organizó con Eduardo VI de Inglaterra la liberación de todos los prisioneros castellanos restantes.

En su liberación, Knox se refugió en Inglaterra. La Reforma en Inglaterra fue un movimiento menos radical que sus contrapartes continentales, pero hubo una brecha definitiva con Roma. El arzobispo de Canterbury, Thomas Cranmer, y el regente del rey Eduardo VI, el duque de Somerset, tenían una actitud decididamente protestante. Sin embargo, quedaba mucho trabajo por aportar ideas reformadas al clero y al pueblo. El 7 de abril de 1549, Knox recibió la licencia para trabajar en la Iglesia de Inglaterra. Su primer encargo fue en Berwick-upon-Tweed. Se vio obligado a usar el recientemente publicado Libro de oración común, que mantuvo la estructura del Rito Sarum al tiempo que adaptaba el contenido a la doctrina de la Iglesia reformada de Inglaterra. Knox, sin embargo, modificó su uso para concordar con el énfasis doctrinal de los reformadores continentales. En el púlpito predicó doctrinas protestantes con gran efecto a medida que su congregación creció.

En Inglaterra, Knox conoció a su esposa, Margery Bowes (murió c. 1560). Su padre, Richard Bowes (fallecido en 1558), era descendiente de una antigua familia de Durham y su madre, Elizabeth Aske, era la heredera de una familia de Yorkshire, los Askes de Richmondshire. Elizabeth Bowes presumiblemente conoció a Knox cuando estaba empleado en Berwick. Varias cartas revelan una estrecha amistad entre ellos. No se registra cuando Knox se casó con Margery Bowes. Knox intentó obtener el consentimiento de la familia Bowes, pero su padre y su hermano Robert Bowes se oponían al matrimonio. Hacia el final de 1550, Knox fue nombrado predicador de la Iglesia de San Nicolás en Newcastle upon Tyne. Al año siguiente fue nombrado uno de los seis capellanes reales que sirven al Rey. El 16 de octubre de 1551, John Dudley, primer duque de Northumberland, derrocó al duque de Somerset para convertirse en el nuevo regente del joven rey. Knox condenó el golpe de estado en un sermón en el Día de Todos los Santos. Cuando Dudley visitó Newcastle y escuchó su predicación en junio de 1552, tuvo sentimientos encontrados sobre el predicador de la marca de fuego, pero vio a Knox como un activo potencial. Se le pidió a Knox que viniera a Londres a predicar ante la Corte. En su primer sermón, abogó por un cambio para la segunda edición del Libro de Oración Común. La liturgia requería que los fieles se arrodillaran durante la comunión. Knox y los otros capellanes consideraron esto como una idolatría. Se desencadenó un debate en el que el arzobispo Cranmer fue llamado a defender la práctica. El resultado final fue un compromiso en el que se incluyó en la segunda edición la famosa Rúbrica Negra, que declaró que no se pretende la adoración mientras se arrodilla, Poco después, Dudley, quien veía a Knox como una herramienta política útil, le ofreció el obispado de Rochester. Knox se negó, y regresó a Newcastle. El 2 de febrero de 1553, Cranmer recibió la orden de nombrar a Knox como vicario de la Iglesia Allhallows en Londres, y lo colocó bajo la autoridad del obispo de Londres, Nicholas Ridley. Knox regresó a Londres para entregar un sermón ante el Rey y la Corte durante la Cuaresma y nuevamente se negó a tomar el puesto asignado. Entonces le dijeron a Knox que predicara en Buckinghamshire y permaneció allí hasta la muerte de Edward el 6 de julio. La sucesora de Edward, Mary Tudor, restableció el catolicismo romano en Inglaterra y restauró la misa en todas las iglesias. Como el país ya no es seguro para los predicadores protestantes, Knox partió para el continente en enero de 1554 con el consejo de sus amigos.

Knox desembarcó en Dieppe, Francia, y continuó a Ginebra, donde Calvino había establecido su ministerio pastoral. Cuando Knox llegó, Calvino estaba en una posición difícil. Recientemente el consejo de Ginebra había ejecutado por herejía al erudito Miguel Servet. Knox le hizo a Calvino cuatro preguntas políticas difíciles: si un menor podía gobernar por derecho divino, si una mujer podía gobernar y transferir la soberanía a su marido, si la gente debía obedecer a los gobernantes impíos o idólatras, y qué partido deberían seguir las personas piadosas si se resistían a un idólatra gobernante. Calvino dio respuestas cautelosas y lo remitió al reformador suizo Heinrich Bullinger en Zúrich. Las respuestas de Bullinger fueron igualmente cautelosas; Pero Knox ya había tomado una decisión. El 20 de julio de 1554, publicó un folleto en el que atacaba a María Tudor y a los obispos que la habían llevado al trono [46]. También atacó al Sacro Emperador Romano, Carlos V, llamándolo "no menos enemigo de Cristo que Nerón".

Pero Knox se encontró con un conflicto a su llegada. El primer grupo de refugiados que llegaron a Fráncfort se suscribió a una liturgia reformada y usó una versión modificada del Libro de Oración Común. Sin embargo, los refugiados recién llegados recientemente, incluido Edmund Grindal, el futuro arzobispo de Canterbury, favorecieron una aplicación más estricta del libro. Cuando Knox y su colega, William Whittingham, escribieron a Calvino para pedirle consejo, se les dijo que evitaran la discusión. Por lo tanto, Knox acordó una orden de servicio temporal basada en un compromiso entre las dos partes. Este delicado equilibrio se alteró cuando llegó un nuevo grupo de refugiados que incluía a Richard Cox, uno de los principales autores del Libro de Oración Común. Cox llevó el folleto de Knox que atacaba al emperador a la atención de las autoridades de Fráncfort, quienes informaron a Knox que se fuera. Su salida de Fráncfort el 26 de marzo de 1555 marcó su última ruptura con la Iglesia de Inglaterra. Después de su regreso a Ginebra, Knox fue elegido para ser ministro en un nuevo lugar de culto solicitado por Calvino. Mientras tanto, Elizabeth Bowes escribió a Knox, pidiéndole que regresara a Margery en Escocia, lo que hizo a fines de agosto. A pesar de las dudas iniciales sobre el estado de la Reforma en Escocia, Knox descubrió que el país había cambiado significativamente desde que se lo llevaron a la cocina en 1547. Cuando recorrió varias partes de Escocia predicando las doctrinas reformadas y la liturgia, muchos de los presentes le dieron la bienvenida. La nobleza incluía dos futuros regentes de Escocia, el Conde de Moray y el Conde de Mar. Aunque la reina regente, María de Guisa, no hizo ningún movimiento contra Knox, sus actividades causaron preocupación entre las autoridades de la iglesia. Los obispos de Escocia lo vieron como una amenaza para su autoridad y lo convocaron a aparecer en Edimburgo el 15 de mayo de 1556. Fue acompañado al juicio por tantas personas influyentes que los obispos decidieron anular la audiencia. Knox ahora era libre de predicar abiertamente en Edimburgo. William Keith, el conde Mariscal, quedó impresionado e instó a Knox a escribir a la reina regente. La carta de Knox, inusualmente respetuosa, la instó a apoyar la Reforma y derrocar a la jerarquía de la iglesia. La reina María tomó la carta como una broma y la ignoró.

Poco después de que Knox enviara la carta a la reina regente, repentinamente anunció que sentía que su deber era regresar a Ginebra. El año anterior, el 1 de noviembre de 1555, la congregación en Ginebra había elegido a Knox como su ministro y él decidió ocupar el cargo. Escribió una carta final de consejo a sus partidarios y se fue de Escocia con su esposa y su suegra. Llegó a Ginebra el 13 de septiembre de 1556.

Knox llevó una vida ajetreada en Ginebra. Predicó tres sermones por semana, cada uno de los cuales duró más de dos horas. Los servicios utilizaron una liturgia derivada de Knox y otros ministros de las Formes des Prières Ecclésiastiques de Calvin. La iglesia en la que predicaba, la Iglesia de Notre Dame la Neuve, ahora conocida como el Auditorio de Calvin, había sido otorgada por las autoridades municipales, a solicitud de Calvin, para el uso de las congregaciones inglesas e italianas. Los dos hijos de Knox, Nathaniel y Eleazar, nacieron en Ginebra, con Whittingham y Myles Coverdale como sus respectivos padrinos. En el verano de 1558, Knox publicó su folleto más conocido, La primera explosión de la trompeta contra el monstruo regimiento de mujeres. Al llamar "régimen" o regla de las mujeres "monstruosa", quiso decir que era "antinatural". Knox afirma que su propósito era demostrar "cuán abominable ante Dios es el Imperio o la Regla de una mujer malvada, sí, de un traiteresse y un bastardo". Las gobernantes que Knox tenía en mente eran la reina Mary I de Inglaterra y Mary of Guise, la reina viuda de Escocia y regente en nombre de su hija, Mary, la reina de Escocia. Esta posición bíblica no era inusual en los días de Knox; sin embargo, incluso él sabía que el panfleto era peligrosamente sedicioso. Por lo tanto, lo publicó anónimamente y no le dijo a Calvin, quien negó conocerlo hasta un año después de su publicación, que lo había escrito. En Inglaterra, el panfleto fue condenado oficialmente por la proclamación real. El impacto del documento se complicó más tarde ese año, cuando Elizabeth Tudor se convirtió en reina de Inglaterra. Aunque Knox no había apuntado a Elizabeth, la había ofendido profundamente, y ella nunca lo perdonó. Con un protestante en el trono, los refugiados ingleses en Ginebra se prepararon para regresar a casa. El propio Knox decidió regresar a Escocia. Antes de su partida, se le otorgaron diversos honores, incluida la libertad de la ciudad de Ginebra. Knox se fue en enero de 1559, pero no llegó a Escocia hasta el 2 de mayo de 1559, debido a la negativa de Elizabeth a emitirle un pasaporte a través de Inglaterra.

Dos días después de que Knox llegó a Edimburgo, se dirigió a Dundee, donde se había reunido un gran número de simpatizantes protestantes. Knox fue declarado fuera de la ley, y la reina regente convocó a los protestantes a Stirling. Ante el temor de la posibilidad de un juicio sumario y ejecución, los protestantes procedieron en cambio a Perth, una ciudad amurallada que podría defenderse en caso de un asedio. En la iglesia de San Juan Bautista, Knox predicó un sermón de fuego y un pequeño incidente precipitó en un motín. Una muchedumbre entró en la iglesia y pronto fue destruida. La mafia luego atacó a dos frailes en la ciudad, saqueando sus imágenes de oro y plata y rompiendo. María de Guisa reunió a esos nobles leales a ella y a un pequeño ejército francés. Ella envió al conde de Argyll y lord Moray a ofrecer términos y evitar una guerra. Ella prometió no enviar tropas francesas a Perth si los protestantes evacuaban la ciudad. Los protestantes estuvieron de acuerdo, pero cuando la reina regente entró en Perth, ella se quedó con soldados escoceses en la nómina francesa. Lord Argyll y Lord Moray consideraron que esto era traicionero. Ambos cambiaron de bando y se unieron a Knox, que ahora se basaba en St Andrews. El regreso de Knox a St Andrews cumplió la profecía que hizo en las galeras de que un día predicaría nuevamente en su iglesia. Cuando dio un sermón, el efecto fue el mismo que en Perth. La gente se dedicaba al vandalismo y al saqueo.

Con los refuerzos protestantes que llegaban de los condados vecinos, la reina regente se retiró a Dunbar. Por ahora, la furia de la mafia se había extendido por el centro de Escocia. Sus propias tropas estaban al borde del motín. El 30 de junio, los Señores Protestantes de la Congregación ocuparon Edimburgo, aunque solo pudieron mantenerla durante un mes. Pero incluso antes de su llegada, la mafia ya había despedido a las iglesias y los frailes. El 1 de julio, Knox predicó desde el púlpito de St Giles, el más influyente de la capital. Los Lores de la Congregación negociaron su retiro de Edimburgo por los Artículos de Leith firmados el 25 de julio de 1559, y María de Guisa prometió libertad de conciencia. Knox sabía que la reina regente pediría ayuda a Francia. Así que negoció por carta con el nombre falso John Sinclair con William Cecil, el asesor principal de Isabel I de Inglaterra, para obtener apoyo inglés. Knox navegó en secreto a Lindisfarne, en la costa noreste de Inglaterra a fines de julio, para encontrarse con James Croft y Sir Henry Percy en Berwick upon Tweed. Knox era indiscreto y las noticias de su misión pronto llegaron a María de Guisa. Regresó a Edimburgo y le dijo a Croft que tenía que regresar a su rebaño, y sugirió que Henry Balnaves debería ir con Cecil. Cuando las tropas francesas adicionales llegaron a Leith, el puerto marítimo de Edimburgo, los protestantes respondieron retomando Edimburgo. Esta vez, el 24 de octubre de 1559, la nobleza escocesa depuso formalmente a María de Guisa de la regencia. Su secretario, William Maitland de Lethington, desertó al lado protestante, trayendo sus habilidades administrativas. A partir de entonces, Maitland asumió las tareas políticas, liberando a Knox para el papel de líder religioso. Para la etapa final de la revolución, Maitland apeló al patriotismo escocés para luchar contra la dominación francesa. Tras el Tratado de Berwick, finalmente llegó el apoyo de Inglaterra y, a fines de marzo, un importante ejército inglés se unió a las fuerzas protestantes escocesas. La repentina muerte de Mary of Guise en el Castillo de Edimburgo el 10 de junio de 1560 allanó el camino para poner fin a las hostilidades, la firma del Tratado de Edimburgo y la retirada de las tropas francesas e inglesas de Escocia. El 19 de julio, Knox celebró un Servicio Nacional de Acción de Gracias en St Giles.

El 1 de agosto, el Parlamento escocés se reunió para resolver cuestiones religiosas. Knox y otros cinco ministros fueron llamados a redactar una nueva confesión de fe. Dentro de cuatro días, la Confesión Escocesa fue presentada al Parlamento, votada y aprobada. Una semana después, el Parlamento aprobó tres actos en un día: el primero abolió la jurisdicción del Papa en Escocia, el segundo condenó todas las doctrinas y prácticas contrarias a la fe reformada, y el tercero prohibió la celebración de la misa en Escocia. Antes de la disolución del Parlamento, a Knox y los otros ministros se les encomendó la tarea de organizar la iglesia recientemente reformada o la Kirk. Trabajarían durante varios meses en el Libro de Disciplina, el documento que describe la organización de la nueva iglesia. Durante este período, en diciembre de 1560, la esposa de Knox, Margery, murió, dejando a Knox para cuidar a sus dos hijos, de tres años y medio y dos años. John Calvin, que había perdido a su propia esposa en 1549, escribió una carta de condolencia. El parlamento volvió a reunirse el 15 de enero de 1561 para considerar el Libro de Disciplina. El Kirk se iba a ejecutar en líneas democráticas. Cada congregación era libre de elegir o rechazar a su propio pastor, pero una vez que fue elegido no podía ser despedido. Cada parroquia debía ser autosuficiente, en la medida de lo posible. Los obispos fueron reemplazados por diez a doce "superintendentes". El plan incluía un sistema de educación nacional basado en la universalidad como principio fundamental. Ciertas áreas de la ley fueron colocadas bajo la autoridad eclesiástica. Sin embargo, el Parlamento no aprobó el plan, principalmente por razones de financiación. El Kirk iba a ser financiado con el patrimonio de la Iglesia católica en Escocia. Gran parte de esto estaba ahora en manos de los nobles, quienes se mostraron reacios a renunciar a sus posesiones. La decisión final sobre el plan se retrasó debido al inminente regreso de Mary, la reina de Escocia.

El 19 de agosto de 1561, se dispararon cañones en Leith para anunciar la llegada de Queen Mary a Escocia. Cuando asistió a la misa celebrada en la capilla real en el Palacio de Holyrood cinco días después, esto provocó una protesta en la que uno de sus sirvientes fue empujado. Al día siguiente, emitió una proclamación de que no habría alteración en el estado actual de la religión y que sus sirvientes no deberían ser molestados o molestados. Muchos nobles aceptaron esto, pero no Knox. El domingo siguiente, protestó desde el púlpito de San Giles. Como resultado, solo dos semanas después de su regreso, Mary convocó a Knox. Ella lo acusó de incitar a una rebelión contra su madre y de escribir un libro contra su propia autoridad. Knox respondió que mientras sus súbditos consideraran que su gobierno era conveniente, él estuvo dispuesto a aceptar su gobierno, y señaló que el Apóstol Pablo había estado dispuesto a vivir bajo el gobierno de Nerón. Mary notó, sin embargo, que él había escrito contra el principio del propio gobierno femenino. Él respondió que no debía preocuparse por lo que nunca le había hecho daño. Cuando Mary le preguntó si los sujetos tenían derecho a resistir a su gobernante, él respondió que si los monarcas excedían sus límites legales, podrían resistirlos, incluso por la fuerza.

El 13 de diciembre de 1562, Mary volvió a llamar a Knox después de que pronunciara un sermón en el que denunciaba ciertas celebraciones que Knox había interpretado como regocijadas a costa de la Reforma. Ella acusó a Knox de que hablaba irreverentemente de la Reina para que pareciera despreciable a sus súbditos. Después de que Knox dio una explicación del sermón, Mary declaró que no culpó a Knox por las diferencias de opinión y le pidió que en el futuro acudiera directamente a ella si se enteraba de algo que no le gustaba. A pesar de su gesto amistoso, Knox respondió que él continuaría expresando sus convicciones en sus sermones y no la esperaría. Durante la Pascua de 1563, algunos sacerdotes de Ayrshire celebraron la misa, desafiando así la ley. Algunos protestantes intentaron hacer cumplir la ley ellos mismos deteniendo a estos sacerdotes. Esto llevó a Mary a convocar a Knox por tercera vez. Ella le pidió a Knox que usara su influencia para promover la tolerancia religiosa. Él defendió sus acciones y notó que ella estaba obligada a respetar las leyes y, si no lo hacía, otros lo harían. Mary sorprendió a Knox al aceptar que los sacerdotes serían llevados ante la justicia.

El último encuentro de Knox con Mary se debió a un incidente en Holyrood. Mientras Mary estaba ausente de Edimburgo en su progreso de verano en 1563, una multitud se abrió camino hacia su capilla privada mientras se celebraba la misa. Durante el altercado, la vida del sacerdote fue amenazada. Como resultado, dos de los cabecillas, los burgueses de Edimburgo, iban a ser juzgados el 24 de octubre de 1563. Para defender a estos hombres, Knox envió cartas llamando a los nobles para que se reunieran. María obtuvo una de estas cartas y le preguntó a sus asesores si esto no era un acto de traición. Stewart y Maitland, queriendo mantener buenas relaciones tanto con Kirk como con la Reina, le pidieron a Knox que admitiera que estaba equivocado y que resolviera el asunto en silencio. Knox se negó y se defendió frente a Mary y al Consejo Privado. Argumentó que había convocado una asamblea legal, no ilegal, como parte de sus deberes como ministro de Kirk. Después de que se fue, los concejales votaron por no acusarlo de traición.

El 26 de marzo de 1564, Knox despertó nuevamente la controversia cuando se casó con Margaret Stewart, hija de un viejo amigo, Andrew Stewart, 2.º Lord Ochiltree, miembro de la familia Stuart y un pariente lejano de la Reina, Mary Stuart. El matrimonio era inusual porque era un viudo de cincuenta años, mientras que la novia solo tenía diecisiete años. Se conocen muy pocos detalles de su vida doméstica. Tenían tres hijas, Martha, Margaret y Elizabeth. Cuando la Asamblea General se reunió en junio de 1564, estalló una discusión entre Knox y Maitland sobre la autoridad del gobierno civil. Maitland le dijo a Knox que se abstuviera de provocar emociones debido a la insistencia de María en celebrar una misa y citó a Martin Luther y John Calvin sobre la obediencia a los gobernantes terrenales. Knox replicó que la Biblia señala que Israel fue castigado cuando siguió a un rey infiel y que los reformadores continentales estaban refutando los argumentos hechos por los anabaptistas que rechazaron todas las formas de gobierno. El debate reveló su influencia menguante en los acontecimientos políticos, mientras la nobleza continuaba apoyando a María. El 29 de julio de 1565, cuando Mary se casó con Henry Stuart, Lord Darnley, algunos de los nobles protestantes, entre ellos James Stewart, primer conde de Moray, se alzaron en rebelión. Knox reveló su propia objeción mientras predicaba en presencia del nuevo Rey consorte el 19 de agosto de 1565. Hizo alusiones pasivas a los gobernantes impíos que hicieron que Darnley se marchara. Knox fue convocado y se le prohibió predicar mientras el tribunal estaba en Edimburgo.

El 9 de marzo de 1566, el secretario de Mary, David Rizzio, fue asesinado por conspiradores leales a Darnley. Mary escapó de Edimburgo a Dunbar y el 18 de marzo regresó con una fuerza formidable. Knox huyó a Kyle en Ayrshire, donde completó la mayor parte de su obra magna, Historia de la Reforma en Escocia. Cuando regresó a Edimburgo, encontró a los nobles protestantes divididos sobre qué hacer con María. Lord Darnley había sido asesinado y la reina casi de inmediato se casó con el principal sospechoso, el conde de Bothwell. La acusación de asesinato por lo tanto sobre ella, se había visto obligada a abdicar y fue encarcelada en el castillo de Loch Leven. Lord Moray se había convertido en regente del rey Jacobo VI. Otros viejos amigos de Knox, Lord Argyll y William Kirkcaldy, estuvieron junto a María. El 29 de julio de 1567, Knox predicó el sermón de coronación de Jacobo VI en la iglesia de Stirling. Durante este período Knox tronó contra ella en sus sermones, incluso hasta el punto de pedir su muerte. Sin embargo, la reina pudo escapar el 2 de mayo de 1568. La lucha en Escocia continuó como una guerra civil. Lord Moray fue asesinado el 23 de enero de 1570. El regente que lo sucedió, el conde de Lennox, también fue víctima de violencia. El 30 de abril de 1571, el controlador del Castillo de Edimburgo, Kirkcaldy de Grange, ordenó a todos los enemigos de la Reina que abandonaran la ciudad. Pero para Knox, su antiguo amigo y compañero de cocina, hizo una excepción. Si Knox no se iba, podría quedarse en Edimburgo, pero solo si permanecía cautivo en el castillo. Knox optó por irse, y el 5 de mayo partió hacia St Andrews. Continuó predicando, habló a los estudiantes y trabajó en su Historia. A finales de julio de 1572, luego de una tregua, regresó a Edimburgo. Aunque en ese momento era extremadamente débil y su voz débil, continuó predicando en St Giles. Después de inducir a su sucesor, Lawson de Aberdeen, como ministro de St Giles el 9 de noviembre, Knox regresó a su casa por última vez. Con sus amigos y algunos de los mejores nobles escoceses que lo rodeaban, pidió que se leyera la Biblia en voz alta. En su último día, el 24 de noviembre de 1572, su joven esposa leyó la primera carta de Pablo a los corintios. Un testimonio de Knox fue pronunciado en su tumba en el cementerio de St Giles por James Douglas, IV conde de Morton y recién elegido regente de Escocia: "Aquí está uno que nunca temió a ninguna carne".