Un museo de historia natural o museo de ciencias naturales es una institución científica con colecciones de historia natural que sirven de referentes del mundo natural, principalmente para la comunidad científica (proporcionándole tipos nomenclaturales) pero también para el gran público en tanto que herramientas de divulgación del conocimiento. Las colecciones de un museo de historia natural incluyen normalmente registros actuales e históricos de animales, plantas, hongos, ecosistemas, geología, paleontología, climatología y mucho más.
La principal función de un museo de historia natural consiste en proporcionar a la comunidad científica especímenes y muestras, tanto actuales como históricos, para sus investigaciones y experimentos, con el objetivo de mejorar la comprensión del mundo natural. Algunos museos tienen exposiciones públicas para compartir la belleza y las maravillas del mundo natural con el gran público. A estos museos se les llama museos públicos. Algunos tienen colecciones de historia no natural, además de sus colecciones principales, como son por ejemplo las colecciones de objetos relacionados con la historia, el arte y la ciencia.
Los actuales museos de historia natural tuvieron un antecedente con los así llamados gabinetes de curiosidades. Iniciados durante el Renacimiento, estos gabinetes eran colecciones privadas que normalmente incluían especímenes exóticos de historia natural, a veces incluso falsificados, junto con otros tipos de objetos. El primer museo de historia natural fue posiblemente el del erudito suizo Conrad Gessner, establecido en Zúrich a mediados del siglo XVI. El Museo Nacional de Historia Natural de Francia, establecido en París en 1635, fue la primera institución que tuvo la forma que hoy en día se reconoce como la de un museo de historia natural. Los primeros museos de historia natural ofrecían un acceso limitado, ya que en general eran colecciones privadas o eran propiedad de sociedades científicas. El Museo Ashmolean, inaugurado en 1683, fue el primer museo de historia natural que admitió la entrada al público en general.
El siglo XIX puede considerarse verdaderamente la edad de oro de la creación de museos de historia natural. Durante ese siglo, la mayoría de las grandes ciudades tuvieron este tipo de instituciones. El número de museos disminuirá significativamente en el siglo XX debido a una serie de factores: un cambio en la naturaleza del ocio, la disminución del ocio y las colecciones científicas, la creciente urbanización o el surgimiento de los medios modernos que facilitan el acceso al conocimiento del mundo.
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