La complejidad irreducible es un argumento de los partidarios del diseño inteligente que sostiene que ciertos sistemas biológicos son demasiado complejos para haber evolucionado a partir de predecesores más simples, o «menos completos», a través de la selección natural actuando sobre una serie de mutaciones beneficiosas de naturaleza azarosa y natural. El argumento es central en el diseño inteligente y es ampliamente rechazado por la comunidad científica, la cual considera al diseño inteligente unánimemente como una pseudociencia. La complejidad irreducible es uno de los dos principales argumentos usados por los defensores del diseño inteligente, mientras que el otro es la complejidad específica.
Michael Behe, el creador del término «complejidad irreducible» («irreducible complexity»), define un sistema de complejidad irreducible como uno «compuesto de varias partes que interactúan en conjunto para contribuir a su función básica, tal que la eliminación de una parte cualquiera causa la ineficacia de todo el mecanismo». Biólogos evolucionistas han demostrado cómo tales sistemas pudieron haber evolucionado, y describen la afirmación de Behe como un argumentum ad ignorantiam. En el Caso Kitzmiller contra el Distrito Escolar de Dover de 2005, Behe dio su testimonio sobre el tema de la complejidad irreducible. La corte encontró que «la afirmación sobre la complejidad irreducible del profesor Behe ha sido refutada en artículos de revisión por pares y ha sido ampliamente rechazada por la comunidad científica».
La complejidad irreducible es en su núcleo un argumento contra la evolución. Si fuesen encontrados auténticos sistemas irreducibles, el argumento funciona y entonces el diseño inteligente debe ser una correcta explicación de sus existencias. Sin embargo, esta conclusión está basada en el supuesto de que la actual teoría evolutiva y el diseño inteligente son los dos únicos modelos válidos para explicar la vida, es decir, presenta un falso dilema. También se le ha criticado de utilizar un argumento ad ignorantiam en favor del Dios de los vacíos.
Michael Behe, creador del concepto, define un sistema irreducible como «un sistema individual compuesto de varias partes bien coordinadas que interaccionan para desempeñar la función básica de este, de modo que si se eliminara cualquiera de esas partes dejaría de funcionar por completo». En otras palabras, un sistema irreducible es el nivel más sencillo en el que puede funcionar ese sistema. El argumento busca demostrar que los seres vivos debieron de haber sido manipulados a lo largo de su evolución para que su funcionamiento fuese el correcto, apoyándose en que desde una bacteria hasta un ser humano tienen partes en su organismo cuya eliminación evita que este pueda funcionar.
El ejemplo primordial de este argumento es el del flagelo bacteriano y el cómo, al ser esta una de las estructuras más simples, muestra ciertos indicios de ser parte de un diseño inteligente ya que la estructura química de este depende exclusivamente de sus proteínas en su estructura molecular. En su libro La caja negra de Darwin, Michael Behe analiza seis ejemplos de supuestos sistemas de complejidad irreducible: el cilio y el flagelo bacteriano, el sistema de coagulación de la sangre, el sistema de transporte de materiales dentro de la célula, el sistema inmunológico en el nivel celular, el sistema de construcción de proteínas dentro de la célula y el ojo.
El argumento de la complejidad irreducible es un descendiente del argumento teleológico. Esto indica que debido a que ciertas cosas en la naturaleza parecen muy complicadas, deben haber sido diseñadas. William Paley argumentó, en su analogía de relojero, que la complejidad en la naturaleza implica un Dios por la misma razón que la existencia de un reloj implica la existencia de un relojero. El usó el ejemplo del ojo humano como evidencia de un mecanismo complejo diseñado.
El concepto de Behe se desarrolló alrededor de 1992, en los primeros días de la Estrategia Wedge. Sus ideas fueron presentadas en junio de 1993, y fueron plasmadas en el libro de nivel escolar Of Pandas and People, donde se revisó exclusivamente el capítulo 6, que hablaba de la coagulación y el origen de las proteínas.
La primera vez que usó el término «complejidad irreducible» fue en su libro La Caja Negra de Darwin (1996), para referirse a ciertos complejos bioquímicos de las células. Sostiene que la ciencia no puede explicar el desarrollo de algunos sistemas de complejidad irreducible. Behe le da el crédito de dicha idea al filósofo William Paley y sugiere que la aplicación de sus conceptos a los sistemas biológicos es completamente original.
El sistema de coagulación en los vertebrados es un complejo sistema biológico, que de acuerdo a Behe es un caso de complejidad irreducible. Sin embargo, la comunidad científica argumenta que «cualquier sistema no necesariamente necesita tener la misma función que el sistema ancestral del cual evolucionó»; por ejemplo las aletas de los delfines tienen una función distinta a las patas de los mamíferos terrestres. Francis Collins, líder del "Proyecto Genoma Humano", ha argumentado que la duplicación de genes puede explicar el sistema de coagulación.
El flagelo de ciertas bacterias constituye un motor molecular que requiere la interacción de alrededor de 40 proteínas diferentes. Behe lo presentó como su primer ejemplo de una estructura de complejidad irreducible definida como «un sistema único compuesto de varias partes que interactúan en conjunto para contribuir a su función básica, tal que la remoción de una parte cualquiera causa la ineficacia de todo el mecanismo» y sostuvo que debido a que «un sistema de complejidad irreducible que pierde una parte por definición es disfuncional», no podría haber evolucionado gradualmente mediante la selección natural.
Los científicos consideran que este argumento ha sido refutado a la luz de investigaciones que datan de 1996 y de descubrimientos más recientes. Señalan que se ha descubierto que el cuerpo basal del flagelo es similar al sistema de secreción tipo III (SSTT), una estructura con forma de aguja que gérmenes patógenos como la Salmonella y la Yersinia pestis usan para inyectar toxinas a células eucariótida vivas. La base de la aguja tiene diez elementos en común con el flagelo, pero le faltan cuarenta de las proteínas que hacen funcionar al flagelo, es decir, el SSTT niega la afirmación de Behe que quitándole una parte cualquiera impedirá que el sistema funcione. Sobre esta base, Kenneth Miller menciona que "las partes de este supuesto sistema de complejidad irreducible poseen sus propias funciones".
Dembski ha argumentado que el SSTT se encuentra filogénicamente en un reducido rango de bacterias, mientras que el flagelo está extendido por muchos grupos bacterianos, lo que le hace pensar que el SSTT es una innovación anterior al flagelo. Contrario al argumento de Dembski, distintos flagelos usan mecanismos completamente diferentes y ciertas publicaciones muestran un camino plausible mediante el cual el flagelo bacteriano pudo evolucionar a partir de un sistema de secreción.
Estudios más a fondo han mostrado que, contrario a la hipótesis de la complejidad irreducible, el flagelo y mecanismos de transporte proteínico relacionados muestran la evidencia de la evolución a través de procesos darwinianos, aportando estudios de casos en los que sistemas complejos pueden evolucionar a partir de componentes más simples. Kenneth Miller mostró que los flagelos bacterianos es una variación de un sistema cuya función principal no está asociada con el desplazamiento a través del espacio, sino más bien atacar y realizar la desintoxicación celular.
Para algunos el ojo es un ejemplo de un órgano extremadamente complejo y perfecto, cuya supuesta unidad funcional indivisible no pudo haberse creado por procesos naturales.
A menudo se cita un pasaje de El origen de las especies de manera tergiversada, en donde Charles Darwin parece reconocer que el desarrollo del ojo es una dificultad para su teoría. Sin embargo, la cita en contexto muestra en realidad que Darwin poseía una gran compresión de la evolución del ojo (véase falacia de cita fuera de contexto). Menciona que «Parece absurdo de todo punto ―lo confieso abiertamente― suponer que el ojo [...] pudo haberse formado por selección natural», aunque esta observación fue meramente una prolepsis utilizada por Darwin. Luego explica que si la evolución gradual es posible «la dificultad de creer que un ojo perfecto y complejo pudo formarse por selección natural [...] difícilmente puede considerarse real». Dicho esto, procedió a trazar a grandes rasgos un plausible curso de evolución, desde organismos sin ojos hasta el ojo humano, usando para ello ejemplos de ojos gradualmente más complejos de varias especies actuales, demostrando así que la evolución gradual es viable.
Desde los días de Darwin hasta el presente, se ha comprendido mucho mejor la ascendencia del ojo. Aunque estudiar la estructura del ojo ancestral a través de la evidencia fósil es problemático debido a que los tejidos blandos no dejan marcas o remanentes, la evidencia proveniente de la genética y la anatomía comparada ha respaldado cada vez más la idea de un ancestro común para todos los ojos.
Véase también el artículo en la Wikipedia en inglés «List of scientific societies explicitly rejecting intelligent design» (‘lista de grupos científicos que han rechazado explícitamente el diseño inteligente’)
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