Varios según la estructura, las más grandes e importantes son:
Dependiendo de la estructura y su ubicación:
Las disidencias de las FARC-EP, clasificadas por el gobierno de Colombia como Grupos Armados Organizados Residuales (GAOR), son organizaciones armadas conformadas por excombatientes de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia- Ejército del Pueblo (FARC-EP), guerrilla desmovilizada en 2016, cuyos miembros no se acogieron a los acuerdos de paz entre el gobierno de Juan Manuel Santos y las FARC-EP y volvieron a las armas, conformando estos grupos como actores del conflicto armado interno colombiano, para el control territorial y de actividades ilegales en sus zonas de influencia tales como la extorsión, narcotráfico y la minería ilegal. Estos no tienen reconocimiento político del gobierno colombiano ni del partido político Fuerza Alternativa Revolucionaria del Común, conformado por los exguerrilleros de las FARC-EP que sí se desmovilizaron y reincorporaron a la vida civil. Se estima que a 2021, según datos del periódico El Tiempo con base en un documento oficial, estos grupos tenían 4.600 miembros, de los cuales 2.600 están en armas y los 2.000 restantes en redes de apoyo, aunque se cuestiona la veracidad del documento tomando en cuenta que el mismo manifiesta que la guerrilla del ELN presuntamente tiene el mismo número de integrantes desde el inicio de gobierno de Iván Duque (5.000 integrantes).
La primera disidencia importante de las FARC-EP surgió en 1982, llamada Comando Ricardo Franco Frente Sur y estuvo activa hasta finales de los años 80, fue la responsable de la Masacre de Tacueyó en 1985, ejecutada por Hernando Pizarro Leongómez y José Fedor Rey 'Javier Delgado'.
Frente Oliver Sinisterra
Alías Guacho y sus hombres (400 aproximadamente) se declararon en disidencia después de la firma de los acuerdos de paz, escapando de las zonas donde se suponía que dejarían sus armas. No obstante, el Frente Oliver Sinisterra empezó a operar desde mucho antes del final la guerra entre las FARC-EP y el gobierno de Colombia. Su oleada de ataques contra las Fuerzas Armadas del Ecuador por la cooperación antiterrorista de este país con Colombia (secuestro y asesinato de 3 periodistas del diario El Comercio de Ecuador y secuestro y asesinato de los ciudadanos ecuatorianos Óscar Villacís y Katty Velasco), sumado a la muerte de 3 investigadores del CTI de la Fiscalía de Colombia, convirtieron a alias Guacho en un peligroso criminal para ambas naciones, poniendo en estado de máxima alerta a las Fuerzas Armadas de Ecuador y de Colombia, enviando militares ambos países a luchar contra esta estructura criminal en sus fronteras, provocando combates en ambos lados de la frontera contra el Frente Oliver Sinisterra y su líder, alias Guacho.
Estos operativos permitieron incautar armas de alto poder y toneladas de cocaína producidas en territorio colombiano, las cuales eran vendidas al Cártel de Sinaloa, convirtiéndose también en el brazo armado en Colombia de la organización criminal mexicana. Alias Guacho fue abatido el 21 de diciembre de 2018, luego de un operativo conjunto del Ejército, la Policía y el CTI de la Fiscalía en la Vereda Llorente del municipio de Tumaco (Nariño) denominado Operación David, como parte de la Operación Hércules contra los grupos ilegales del Suroccidente del país. Se desconoce quien llegará a sucederlo en el mando de la organización, ya que alias Guacho era el enlace entre el FOS y el Cártel de Sinaloa, además que sus posibles sucesores fueron capturados en septiembre de ese año luego de un operativo de las Fuerzas Militares que dejó prácticamente sin armamento a la organización criminal. En 2020, es desintegrado el FOS cambiando su nombre a Bloque Occidental Alfonso Cano, divididos entre leales a alias Iván Márquez y leales a alias Gentil Duarte por el control del narcotráfico en Nariño, el departamento con más hectáreas sembradas de coca en el país (más de 45.000 a 2019), casi igual al total de hectáreas sembradas en Perú (50.000 a 2019) y casi el doble de las de Bolivia (más de 23.000 a 2019), los otros dos países del mundo con cultivos de coca para procesar cocaína.
Disidencias de Gentil Duarte o Frente 1
Surgieron disidencias antes de la firma de los acuerdos de paz por parte del Frente 1 de las FARC-EP comandados por alias Gentil Duarte, con reductos de los Frentes 3, 7, 10, 14, 15, 17, 32, 40, 48, 49, 62, 63 y de las Columnas Acacio Medina y Teófilo Forero, todos basados en el sur del país, principalmente en la Amazonía, retomando el control de actividades ilegales de la antigua guerrilla como el narcotráfico. Posteriormente, se le sumaron distintos grupos independientes de disidencias en la Orinoquía y de los departamentos del Cauca, Nariño y Arauca, además de la Región del Catatumbo (Norte de Santander), buscando el control del narcotráfico en estas zonas.
El 10 de junio de 2016, en un comunicado, afirmaron que no estarían en disposición de desmovilizarse, en detrimento de los diálogos de paz de La Habana: «Hemos decidido no desmovilizarnos, continuaremos la lucha por la toma del poder por el pueblo y para el pueblo. Independientemente de la decisión que tome el resto de integrantes de la organización guerrillera. Respetamos la decisión de quienes desistan de la lucha armada, dejen las armas y se reincorporen a la vida civil, no los consideramos nuestros enemigos». En medio de la Décima Conferencia Guerrillera de las FARC-EP (la última que efectuaron como grupo alzado en armas), se aclaró que una parte de este frente es la que no se desmovilizó ni aceptará los Acuerdos de La Habana (60 hombres de los 110 que lo conformaban), que incluyen la entrega de armas a la ONU. Precisamente, la primera acción importante de esta disidencia va contra este organismo, al secuestrar el 4 de mayo de 2017 a un funcionario de nacionalidad colombiana que estaba realizando acompañamiento al Programa Nacional de Sustitución de Cultivos de Uso Ilícito del gobierno colombiano, dado que en esta región prima el cultivo ilegal de hoja de coca para la fabricación de cocaína en laboratorios clandestinos, cuyo control busca ejercer esta disidencia. El funcionario fue liberado de manera voluntaria dos meses después.
Segunda Marquetalia
En 2019, aparece el grupo Segunda Marquetalia de los alias Iván Márquez, El Paisa, Romaña y Jesús Santrich, quienes volvieron a las armas con un nutrido grupo de antiguos comandantes de las extintas FARC-EP y buscan reunir a las demás disidencias para recuperar el proyecto político de la antigua guerrilla, debido a presuntos incumplimientos del gobierno con los acuerdos de paz (expulsados también del partido Fuerza Alternativa Revolucionaria del Común y de la Jurisdicción Especial de Paz), aunque la verdadera razón de sus deserciones sería la operación de entrampamiento entre la Fiscalía Colombiana y la DEA buscando establecer vínculos entre estos con el narcotráfico después de la firma de los acuerdos de paz. Pese a ser líderes importantes de la antigua guerrilla, la gran mayoría de excombatientes de las FARC-EP siguen desmovilizados y reinsertados a la vida civil, pese al asesinato sistemático de líderes sociales y excombatientes de la guerrilla. Las disidencias de alias Gentil Duarte se negaron a unirse al "proyecto" de alias Iván Márquez y, por el contrario, le declararon la guerra a Segunda Marquetalia desde 2020.
Los disidentes de la Segunda Marquetalia, reaparecieron en septiembre de 2020 leyendo un comunicado, donde critican al gobierno de Iván Duque y sus medidas económicas, usando uniformes y armamento de la FANB venezolana. Los dos líderes principales de Nueva Marquetalia, alias Iván Márquez y alias Jesús Santrich, estarían refugiados en Venezuela supuestamente bajo la protección del gobierno de Nicolás Maduro, otra información dice que estarían en el Cauca buscando conformar un grupo de disidencias. Alias El Paisa y alias Romaña estarían en la zona de frontera por el Río Orinoco, dirigiendo las tareas militares y logísticas de este grupo, aunque se dice que El Paisa estaría intentado reorganizar el antiguo Frente Oliver Sinisterra en Nariño luego de la muerte de alias Guacho, enfrentándose por esta región y por el mando de este grupo contra disidentes que son afines a alias Gentil Duarte.
Se registran los Enfrentamientos de Apure de 2021, entre grupos de las disidencias de las FARC-EP y las Fuerza Armada Nacional Bolivariana (FANB), generando el desplazamiento de miles de venezolanos hacia la población colombiana de Arauquita. Seis militares venezolanos han muertos en medio de los emboscadas y se denuncian posibles masacres por parte de la FANB a la población civil haciéndolos pasar por guerrilleros de las disidencias de las FARC-EP, entre ellos, cinco miembros de una misma familia. Analistas políticos y militares de ambos países manifiestan que las acciones de la FANB tienen como único objetivo expulsar de territorio venezolano a las disidencias de alias Gentil Duarte, dejando claro que el gobierno de Nicolás Maduro sólo hará negocios y tratos con Segunda Marquetalia de los alias Iván Márquez y Jesús Santrich.
Los grupos disidentes de las FARC-EP se estiman, a 2020, en 1.800 hombres, de los cuales 300 o 400 no tienen relación alguna con la antigua guerrilla. Estas disidencias están divididas en 23 grupos esparcidas en 25 municipios del país. Los principales grupos disidentes son:
Bloque suroriental
Néstor Gregorio Vera Fernández, alias Iván Mordisco
Géner García Molina, alias John 40
Alias Jonnier
Luis Alfonso Lizcano Gualdrón, alias Euclides Mora
Miguel Díaz Sanmarín, alias Julian Chollo
Mesías Salgado Aragón, alias Rodrigo Cadete
Eulícer Hernández Fonseca, alias Alirio Matavaca,
Alexánder Díaz Mendoza, alias Calarcá
Jorge Eliécer Jiménez, alias Arturo o Jerónimo
Hernán Darío Velásquez, alias El Paisa
Seuxis Pausias Hernández, alias Jesús Santrich
Henry Castellanos Garzón, alias Romaña
José Vicente Lesmes, alias Walter Mendoza
José Manuel Sierra, alias Zarco Aldinever
Olivio Merchán, alias Loco Iván
Alberto Cruz Lobo, alias Enrique Marulanda
Nelson Enrique Días, alias Iván Alí.
Posibilidad de aliarse con el ELN en caso de requerirlo. En guerra contra alias Gentil Duarte y su grupo disidente, además de sus aliados. Abatido alias Loco Iván por parte de la FANB en Venezuela, pese a una posible alianza del gobierno de Nicolás Maduro con Segunda Marquetalia. Intento frustrado de formar un grupo disidente en el Cauca.
Erlinson Echavarría Escobar, alias Ramiro.
Columnas Móviles Jaime Martínez, Dagoberto Ramos, Franco Benavides, Miller Perdomo y Jacobo Arenas.
Frentes: Carlos Patiño, Ismael Ruiz y Rafael Aguilera. Manuel Marulanda Vélez
Leider Johani Noscue, alias Mayimbú
Germán López Llanos, alias El Renco'
Alias Martín
Julián Martínez alias Chumbi
Alias El Renco y Martín, junto a otros cabecillas y combatientes, fueron capturados. Al servicio de alias Gentil Duarte
Bloque Occidental Alfonso Cano (Nuevo nombre)
Alias Andres (al servicio de alias Gentil Duarte)
Carlos Arturo Landázuri, alias Comandante Gringo o Fabian (al servicio de alias Iván Márquez)
El grupo está dividido y en guerra entre leales a alias Iván Márquez y a alias Gentil Duarte por el control del narcotráfico en el Pacífico.
José Luis Carvajal López, alias Jhiovany
Aliado con el Frente Oliver Sinisterra y La Constru.
En guerra con los Comandos de la Frontera
Estructura Séptima del Frente 1
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