El 30 de abril de 2003, el Cuarteto de Madrid, constituido por Estados Unidos, la Unión Europea, Rusia y las Naciones Unidas, presentó una Hoja de Ruta para la Paz (en hebreo: מפת הדרכים Mapa had'rakhim, en árabe: خارطة طريق السلام Khāriṭa ṭarīq as-salāmu) con el fin de acabar con el conflicto entre Israel y Palestina y crear un Estado de Palestina independiente y soberano, para lo que fijó como plazo máximo el año 2005. Los principios básicos del plan fueron diseñados originalmente por Donald Blome, funcionario del Departamento de Estado de los Estados Unidos, y se presentaron por primera vez en público en un discurso de George W. Bush el 24 de junio de 2002, en el que pedía la creación de un Estado de Palestina independiente que viva en paz con Israel. Un boceto de la administración Bush fue publicado el 14 de noviembre de 2002. El texto definitivo apareció el 30 de abril de 2003. El proceso alcanzó un punto muerto en su primera fase y el plan nunca llegó a implementarse.
La Hoja de Ruta para la Paz estaba dividida en 3 fases delimitadas por fechas. La primera fase establece las bases para alcanzar la paz entre ambos países y plantea la creación de instituciones palestinas hasta mediados de 2003. La segunda fase establece la retirada de las fuerzas israelíes de los territorios reocupados por Israel desde septiembre de 2000, el desmantelamiento de organizaciones terroristas y la consolidación de las instituciones palestinas hasta finales de 2003. La tercera fase instaura las bases para un acuerdo de estatus permanente y la conclusión definitiva del conflicto antes del año 2005.
Por su parte, el Cuarteto se comprometió a llevar a cabo reuniones periódicas con el fin de evaluar la implicación de ambas partes en su aplicación del Plan. En junio de 2003, el presidente de la Autoridad Nacional Palestina Mahmoud Abbas, el presidente de los Estados Unidos George W. Bush y el primer ministro de Israel Ariel Sharon celebraron una reunión en la ciudad jordana de Aqaba en la que dieron su visto bueno a la puesta en funcionamiento de la Hoja de ruta. Seis meses más tarde nació como complemento el Acuerdo de Ginebra, centrado en la repartición de Jerusalén y los asuntos relacionados con las fronteras. El 19 de noviembre, tras casi 7 meses de su presentación, la ONU decidió adoptar como propia la Hoja de ruta por el escaso apoyo recibido por parte de Israel y Palestina, para lo cual formuló la resolución 1515 del Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas, en la que demanda la colaboración de ambas partes con el fin de encontrar una solución al conflicto.
El Cuarteto se formó en 2002 con el objetivo de acabar con el círculo de violencia y desesperación iniciado con el estallido de la Segunda Intifada contra la ocupación israelí de Cisjordania y la Franja de Gaza, seguida de la represión por parte del gobierno de Ariel Sharón. El año 2002 fue uno de los más sangrientos de la historia del conflicto palestino-israelí. Tan solo en marzo de ese año murieron 230 palestinos y 116 israelíes en diversas acciones de ataque y represalia. El 27 de marzo de 2002, un atentado suicida palestino mató a 30 civiles israelíes en un hotel de Netanya, lo que pasó a conocerse como la masacre de la Pascua Judía. Israel lanzó entonces una gran operación militar en toda Cisjordania, denominada Escudo Defensivo, que destruyó prácticamente por completo las infraestructuras y la administración pública palestinas. El ejército israelí volvió a ocupar la totalidad de Cisjordania y a imponer la ley marcial sobre sus habitantes, incluido en las áreas A y B que, según los Acuerdos de Oslo, habían de estar gestionadas por la Autoridad Nacional Palestina. El ejército israelí destruyó también la Muqataa, el complejo presidencial de Yaser Arafat en Ramala, y estableció un sitio sobre dicho edificio. La ONU calcula que 497 palestinos murieron en el curso de la operación Escudo Defensivo.
En este contexto, el 24 de junio de 2002, el presidente de los Estados Unidos, George W. Bush, manifestó en un discurso la necesidad de llegar a un acuerdo amplio y definitivo que acabase con el conflicto palestino-israelí, en consonancia con las resoluciones 1397, 242 y 338 del Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas, y pidió el cese inmediato de la violencia, la aplicación del plan de trabajo Tenet y las recomendaciones del informe Mitchell. Así mismo, el 16 de julio y el 17 de septiembre de ese mismo año, Rusia, la ONU y la Unión Europea ratificaron esta idea en las declaraciones ministeriales del Cuarteto.
La Hoja de Ruta para la Paz está basada en un discurso que el presidente de los Estados Unidos George W. Bush dio el 24 de junio de 2002. Un primer boceto realizado por la Unión Europea en septiembre de 2002 se vio relegado por un boceto estadounidense algo posterior. El boceto de la administración Bush vio la luz el 14 de noviembre de 2002. La Unión Europea animó al Cuarteto para que presentase un texto definitivo el 20 de diciembre de 2002, pero no lo consiguió debido a la oposición de Israel. El plan vio la luz el 30 de abril de 2003, solo después de que Ariel Sharon hubiese sido reelegido como primer ministro israelí, Mahmoud Abbas hubiese sido nominado como primer ministro palestino y de que hubiese tomado posesión un nuevo gobierno palestino. Su publicación coincidió con el final de la fase de invasión de la Guerra de Irak. George W. Bush dejó claro en unas declaraciones públicas que el plan había sido desarrollado por los Estados Unidos, no por el Cuarteto.
El plan fue descrito como una "hoja de ruta basada en los hechos y dirigida por objetivos" y consta de una serie de objetivos que no entran en detalles. En resumen, trata sobre el fin de la violencia, la detención de la construcción de asentamientos, la aceptación del derecho de Israel a existir, el establecimiento de un Estado de Palestina soberano y viable, y la obtención de un acuerdo definitivo sobre todos los asuntos clave para 2005. Sin embargo, dado que era un plan basado en el desarrollo de los objetivos, su progreso dependía de la buena fe y los esfuerzos de ambas partes, así como del cumplimiento de cada una de las obligaciones que el Cuarteto había introducido en el plan. Esta característica diferenciaba la Hoja de Ruta del resto de planes de paz precedentes, dado que carecía un calendario poco realista para alcanzar el objetivo final del establecimiento del Estado de Palestina.
La Hoja de Ruta consta de tres fases: I. Satisfacer las condiciones previas necesarias para un Estado de Palestina; II. Crear un Estado de Palestina independiente con fronteras "provisionales"; III. Negociaciones sobre un acuerdo definitivo, reconocimiento del Estado de Palestina con fronteras "definitivas" y fin del conflicto.
“Acabar con el terror y la violencia, normalizar la vida palestina y construir las instituciones palestinas. Desde ahora hasta mayo de 2003. En la Fase I, los palestinos emprenden inmediatamente un cese incondicional de la violencia, de acuerdo con las etapas trazadas más abajo. Dicha acción debe ir acompañada de medidas de apoyo por parte de Israel. Los palestinos y los israelíes reanudan la cooperación en materia de seguridad, basada en el plan de trabajo de Tenet para acabar con la violencia, el terrorismo y la incitación, a través de unos servicios palestinos de seguridad reestructurados y eficaces. Los palestinos emprenden una amplia reforma política como preparación para la condición de Estado, que incluye un borrador de constitución palestina y unas elecciones libres, justas y abiertas basadas en dichas medidas. Israel toma todas las medidas necesarias para ayudar a normalizar la vida palestina. Israel se retira de las zonas palestinas ocupadas desde el 28 de septiembre de 2000 y ambas partes restablecen el statu quo que existía en aquel momento, mientras avanzan la cooperación y los resultados en materia de seguridad. Asimismo, Israel paraliza toda la actividad de los asentamientos, de acuerdo con lo establecido en el informe Mitchell."
"La dirección palestina emite una declaración inequívoca que reitere el derecho de Israel a existir en paz y seguridad y reclame un alto el fuego inmediato e incondicional para acabar con la actividad armada y todos los actos de violencia contra los israelíes en cualquier lugar. Todas las instituciones oficiales palestinas abandonan las incitaciones contra Israel. "La dirección israelí emite una declaración inequívoca que reafirme su compromiso con la idea de los dos Estados, un Estado palestino independiente, viable y soberano que viva en paz y seguridad al lado de Israel, tal como expresó el presidente Bush, y reclame el fin inmediato de la violencia contra los palestinos en todas partes. Todas las instituciones oficiales israelíes abandonan las incitaciones contra los palestinos.
Mientras que el primer ministro palestino Mahmoud Abbas aceptó la Hoja de Ruta, los ministros de derechas del gobierno israelí se opusieron al plan. Sharon solo podría aceptar el plan con "cierto lenguaje ingenioso", por lo que su gobierno aceptó "los pasos establecidos en la Hoja de Ruta", aunque no la Hoja de Ruta propiamente dicha. El primer ministro israelí Ariel Sharon declaró su apoyo a la Hoja de Ruta siempre y cuando el Estado de Palestina quedase restringido al 42% de Cisjordania y al 70% de la Franja de Gaza, y todo ello bajo pleno control israelí. Israel rechazó de plano la división de Jerusalén y el derecho de retorno de los refugiados palestinos, además de exigir más de cien modificaciones de la Hoja de Ruta. El 12 de mayo de 2003, la BBC informaba de que Ariel Sharon había afirmado que la detención de la construcción de asentamientos, uno de los compromisos primordiales de la Hoja de Ruta, sería "imposible" debido a la necesidad de construir nuevas casas para colonos que creasen nuevas familias. Ariel Sharon le preguntó al entonces Secretario de Estado de los Estados Unidos Colin Powell: "¿"Qué quieres, que una mujer embarazada aborte solo porque es una colona?".
El 25 de mayo de 2003, el gabinete del primer ministro aprobó la Hoja de Ruta con 14 condiciones, que incluían:
En principio, la Hoja de Ruta había sido propuesta para su aceptación "tal cual", sin posibilidad de modificaciones. Sin embargo, la declaración del gobierno israelí del 25 de mayo de 2003 parecía dejar claro que Israel consideraba sus condiciones como parte de la propia Hoja de Ruta:
"El gobierno de Israel reafirma el anuncio del Primer Ministro y concluye que todos los comentarios de Israel, tal y como aparecen en la declaración de la administración, se implementarán por completo durante la fase de implementación de la Hoja de Ruta".
Además, el gobierno israelí descartó definitivamente el derecho de retorno:
"El gobierno de Israel aclara además que, tanto durante como después del proceso político, la resolución del asunto de los refugiados no incluirá su entrada o su asentamiento dentro del Estado de Israel".
Sin embargo, un funcionario de la administración estadounidense declaró que el apoyo de su país no significaba que todas las exigencias de Israel fuesen a ser aceptadas. El líder palestino Mahmoud Abbas definió las condiciones israelíes a la Hoja de Ruta como "no son parte de de la Hoja de Ruta (...) no son importantes para su implementación, y (...) no son aceptables para los palestinos".
El primer paso de la Hoja de Ruta era el nombramiento del primer primer ministro palestino de la historia, Mahmoud Abbas (también conocido como Abu Mazen) por parte del presidente palestino Yasser Arafat. Tanto Estados Unidos como Israel exigieron que Arafat fuese apartado o neutralizado en el proceso de la Hoja de Ruta, acusándole de no haber hecho lo suficiente para detener los ataques palestinos contra israelíes que tuvieron lugar bajo su mandato. Los Estados Unidos se negaron a publicar la Hoja de Ruta hasta que hubiese un primer ministro palestino en el cargo. Abbas tomó posesión el 19 de marzo de 2003, lo que allanaba el camino para la publicación de los detalles de la Hoja de Ruta el 30 de abril de 2003.
La violencia de la Segunda Intifada no se detuvo por la publicación de la Hoja de Ruta. Tan solo en el mes de abril, un total de 59 palestinos y 6 israelíes (4 de ellos soldados) murieron como consecuencia de los enfrentamientos relacionados con esta revuelta. Hamás rechazó la Hoja de Ruta afirmando que "Abu Mazen está traicionando la lucha del pueblo palestino y su yihad con el fin de apaciguar a los Estados Unidos y de no enfadar a Israel". En mayo de 2003, 61 palestinos y 13 israelíes murieron a causa de la violencia. El 18 de mayo tuvo lugar un ataque suicida palestino que dejó 6 víctimas mortales, tras lo que el ejército israelí demolió 53 viviendas palestinas como represalia. El 27 de mayo, el primer ministro israelí Ariel Sharon declaró que la ocupación de los territorios palestinos era "algo terrible para Israel y para los palestinos" y que "no puede continuar para siempre". Las palabras elegidas por Sharon causaron una enorme sorpresa en Israel que le obligó a aclarar que con "ocupación" se refería al control del millones de palestinos y no a la propia ocupación física de la tierra. El 20 de junio, mientras Colin Powell se encontraba en Jerusalén para tomar parte en las negociaciones, miembros de Hamás emboscaron a un coche que viajaba en dirección a Jerusalén y mataron a uno de sus ocupantes, hiriendo a los otros tres. Al día siguiente, en Hebrón, un equipo de policías israelíes disfrazados de trabajadores palestinos mató a tiros a Abbedullah Qawasmeh cuando este salía de una mezquita. Este asesinato fue condenado internacionalmente y Colin Powell, Secretario de Estado de los Estados Unidos, declaró que era un acto innecesario y que suponía “un posible impedimento para el progreso” hacia la paz.
Como parte de su viaje de siete días por Europa y Rusia, George W. Bush visitó Oriente Medio entre el 2 y el 4 de junio de 2003 para asistir a dos cumbres en un intento de impulsar la Hoja de Ruta. El 2 de junio, Israel liberó a unos 100 presos palestinos como gesto de buena voluntad antes de la primera cumbre en Egipto. La mayoría de estos presos habían sido detenidos por delitos administrativos y ya estaban a punto de ser liberados. Las siguientes liberaciones de presos implicaban a miembros de Hamás y de la Yihad Islámica, pero el gobierno insistió en que los que liberase no tendrían "sangre (israelí) en sus manos". En Egipto, el 3 de junio, Bush se reunió con los líderes de Egipto, Arabia Saudí, Jordania y Baréin, así como con el primer ministro palestino Mahmoud Abbas. Los líderes árabes anunciaron su apoyo a la Hoja de Ruta y se comprometieron a cortar la financiación a organizaciones terroristas. El 4 de junio, Bush se dirigió a Jordania para reunirse directamente con Ariel Sharon y Mahmoud Abbas. La violencia volvió tan pronto como Bush se marchó de la zona, amenazando con hacer descarrilar la Hora de Ruta.
El 29 de junio de 2003, la Autoridad Nacional Palestina y cuatro de los más importantes grupos palestinos declararon una tentativa de alto el fuego unilateral (conocido como hudna en árabe). La Yihad Islámica palestina y Hamás anunciaron un alto el fuego conjunto de tres meses, mientras que el partido Fatah de Yasser Arafat declaró una tregua de seis meses. Al alto el fuego se unió posteriormente el Frente Democrático por la Liberación de Palestina. Una de las condiciones declaradas para el mantenimiento de la tregua era la liberación de presos de las cárceles israelíes, algo que no aparecía en la Hoja de Ruta. El anuncio coincidió con la visita a la región de la Consejera de Seguridad Nacional de los Estados Unidos, Condoleezza Rice.
El 1 de julio de 2003, en Jerusalén, Sharon y Abbas participaron en la primera ceremonia de apertura de negociaciones de la historia, televisada en directo tanto en árabe como en hebreo. Ambos líderes declararon que la violencia había durado demasiado y que se comprometían a seguir la Hoja de Ruta para la Paz. El 2 de julio, las tropas israelíes se retiraron de Belén y transfirieron el control de seguridad de esta ciudad a las fuerzas de seguridad palestinas de acuerdo con lo exigido por el plan, que también demandada de las fuerzas palestinas que luchasen por detener todo ataque de los milicianos palestinos contra Israel. A su vez, Estados Unidos anunció un paquete de ayudas de 30 millones de dólares a la Autoridad Nacional Palestina para colaborar con la reconstrucción de la infraestructura destruida por las incursiones israelíes.
En general, la tregua se mantuvo con éxito durante su primer mes en vigor, puesto que en julio de 2003 tan solo se registraron 4 víctimas palestinas y 2 israelíes como consecuencia de actos de violencia relacionados con la Segunda Intifada. Sin embargo, la hudna no duró mucho más allá. El 3 de julio, el ejército israelí mató a dos civiles palestinos. Durante una incursión para detener a miembros de Hamás, un intercambio de disparos causó la muerte de dos supuestos miembros de Hamás y un soldado israelí. El 25 de julio, un tanque israelí disparó sobre un vehículo palestino que esperaba para cruzar un puesto de control, causando la muerte de un niño de 3 años. El 3 de agosto, otro palestino fue abatido por la policía de fronteras israelí de un disparo en la cabeza, mientras que otro joven palestino murió por los disparos de los soldados israelíes que lo perseguían al día siguiente. El 8 de agosto, una incursión israelí en el campamento de refugiados de Askar dejó un saldo de tres palestinos (dos milicianos y un civil) y un soldado israelí muertos. Hamás respondió con un atentado suicida el 12 de agosto que mató a un civil israelí. Fatah reclamó la autoría de un segundo atentado suicida ese mismo día que también mató a un ciudadano israelí. A pesar de esta violación de facto de la hudna, Hamás declaró que el alto el fuego seguiría en vigor.
Las hostilidades fueron a más. El ejército israelí mató al miembro de la Yihad Islámica Muhammad Seeder el 14 de agosto de 2003, cuando se negó a entregarse y bombardearon su casa con misiles. El 19 de agosto, la respuesta coordinada de Hamás y la Yihad islámica fue devastadora, con una bomba en un autobús que mató a 23 israelíes (entre ellos, 7 niños) e hirió a 136 más. Israel reaccionó entonces causando una gran devastación en los centros de población palestinos. El 20 de agosto, tropas israelíes mataron a un chico palestino de 15 años mientras jugaba a las cartas en su casa de Tulkarem, y al día siguiente Israel asesinaba al líder de Hamás Ismail Abu Shanab, considerado uno de los líderes más moderados y pragmáticos del grupo islamista, radicalmente contrario a los atentados suicidas y partidario del alto el fuego y de la solución de dos Estados. El misil que mató a Shanab, disparado desde un helicóptero israelí, mató también a sus dos guardaespaldas y a un anciano de 74 años. El 22 de agosto, el cuerpo de Khaled Amin Muhammad a-Nimroti, buscado por Israel, apareció sin vida y con signos de extrema violencia. Otros cuatro miembros de Hamás murieron por un misil israelí en la ciudad de Gaza dos días después, y el 26 de agosto Israel llevó a cabo el asesinato selectivo de Khaled Masud, en el que también murieron una niña de 9 años, un chico de 16 y un anciano de 74 que caminaban por la zona donde impactó el misil israelí. Los asesinatos de Seeder y Shanab ocasionaron la cancelación del alto el fuego por parte de Hamás. Israel recibió entonces una creciente condena internacional por la extendida creencia de que no tenía interés en respetar la tregua.
En noviembre de 2003, el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas hizo suya la Hoja de Ruta para la Paz mediante la aprobación de la resolución 1515, que llamaba al fin de toda violencia, lo que abarcaba "terrorismo, provocación, incitación y destrucción". A finales de 2003, la Autoridad Nacional Palestina no había logrado detener el terrorismo palestino, mientras que Israel no se había retirado de las zonas palestinas reocupadas el 28 de septiembre de 2000 ni había congelado la expansión de los asentamientos. Por lo tanto, no se cumplieron los requisitos de la Fase I de la Hoja de Ruta, que desde entonces entró en un punto muerto.
En 2004, el proceso de paz todavía se vio ensombrecido por la Segunda Intifada, caracterizada por la violencia de ambas partes. El de 2004 fue un año mucho más sangriento en cuanto al número de víctimas entre los palestinos, con 829 muertos, a la par que se redujo considerablemente el número de víctimas israelíes, con 108 víctimas mortales. De entre las víctimas israelíes, 40 eran militares, 15 eran colonos de asentamientos judíos en Cisjordania o la Franja de Gaza, y 53 eran civiles muertos en la propia Israel. En cuanto a las víctimas palestinas, algo más de la mitad eran civiles no relacionados con las hostilidades. La inmensa mayoría de las cuales murieron en suelo palestino, la ONG israelí B'Tselem calificó a 398 de ellos como "no participantes en las hostilidades", 368 como "participantes en las hostilidades", 38 fueron víctimas de asesinatos selectivos y otros 56 eran civiles muertos en el curso de estos asesinatos ocurridos a su alrededor, mientras que de 16 de ellos se desconoce si participaban en hostilidades o no.
El 14 de abril de 2004, el primer ministro Ariel Sharon escribió una carta al presidente estadounidense George W. Bush para reafirmarle su compromiso con la Hoja de Ruta y para denunciar que, desde su punto de vista, la Autoridad Nacional Palestina no estaba cumpliendo con sus responsabilidades según la Hoja de Ruta. Afirmó que "no hay un socio palestino con quien avanzar pacíficamente hacia un acuerdo" y anunció su plan de retirada unilateral de la Franja de Gaza, que implicaría el desmantelamiento de todos los asentamientos israelíes de la Franja de Gaza y de cuatro asentamientos de Cisjordania. Sharon ya había sugerido algo parecido el 18 de diciembre de 2003 en la Cuarta Conferencia Herzliya.
Aunque no formaba parte de la Hoja de Ruta, Sharon decaró que su paso unilateral no era contrario a la misma. El presidente Bush dio su apoyo a la medida, a la que calificó de "una iniciativa valiente e histórica que puede hacer una importante contribución a la paz".
Hasta 2004, la posición oficial de los Estados Unidos se había regido por el principio básico de que Israel debía volver a las líneas del armisticio de 1949 (conocidas como la Línea Verde) y que los cambios que afectasen a estas líneas deberían ser adoptados de mutuo acuerdo en negociaciones para un acuerdo de paz definitivo. La constante construcción de asentamientos israelíes en territorio palestino estaba sujeta a crítica, dado que influía en dichas negociaciones finales.
En su respuesta a la carta de Ariel Sharon del 14 de abril, Bush se distanció de este principio básico al afirmar que "a la luz de las nuevas realidades sobre el terreno, incluida la existencia de grandes centros de población israelíes, no es realista que el resultado de las negociaciones para un acuerdo de paz definitivo sea una completa retirada a las líneas de armisticio de 1949. (...) Lo realista es esperar que cualquier acuerdo definitivo se alcance sobre la base de cambios decididos de mutuo acuerdo que reflejen estas realidades".
En cuanto a los refugiados palestinos, Bush afirmó que "parece claro que un marco acordado, justo, equitativo y realista para una solución al problema de los refugiados palestinos como parte de cualquier acuerdo de paz definitivo tendrá que buscarse en el establecimiento de un Estado de Palestina y en el asentamiento de los refugiados palestinos allí en lugar de en Israel".
El contenido de esta carta se consideró como un éxito para Ariel Sharon, dado que Bush parecía aceptar la política israelí de hechos sobre el terreno y su punto de vista, que declara que el paso del tiempo y las nuevas realidades (es decir, los asentamientos israelíes en territorio palestino) liberaban a Israel de su obligación de retirarse a más o menos las líneas de 1967 a cambio de paz, reconocimiento y seguridad.
El 26 de mayo de 2005, en una conferencia de prensa conjunta con el primer ministro palestino Mahmoud Abbas en la Casa Blanca, el presidente Bush declaró: "Cualquier acuerdo de paz definitivo debe ser alcanzado entre las dos partes, y los cambios que afecten a las líneas de armisticio de 1949 deben ser adoptados de mutuo acuerdo. Una solución de dos Estados viable debe asegurar la contigüidad de Cisjordania, y un Estado formado por territorios dispersos no funcionará. Debe haber conexiones significativas entre Cisjordania y la Franja de Gaza. Esta es la posición de los Estados Unidos hoy y será la posición de los Estados Unidos cuando se acometan las negociaciones para un acuerdo de paz definitivo".
Esta nueva declaración fue considerada un triunfo para Abbas, dado que muchos comentaristas apreciaron la contradicción que suponía con la carta del 14 de abril de 2004. La administración Bush no hizo intento alguno por aclarar las aparentes discrepancias entre ambas declaraciones.
La Segunda Intifada continuó durante todo 2004 y se fue apagando lentamente a lo largo de 2005. En 2004, la mayoría de las víctimas mortales israelíes fallecieron tras seis ataques con bomba en el interior de Israel. El ejército israelí invadió y asedió el sur de Gaza en mayo en lo que bautizó como Operación Arcoíris, invadió y asedió durante 37 días de verano la localidad de Beit Hanoun, en el norte de la Franja de Gaza, y volvió a invadir esa zona del 29 de septiembre al 16 de octubre en una operación bautizada Días de Penitencia.
La idea subyacente de la Hoja de Ruta para la Paz era el concepto de George Bush de que el terrorismo palestino era el principal obstáculo para la consecución de un acuerdo de paz, de que la Autoridad Nacional Palestina estaba patrocinando el terrorismo y de que el desmantelamiento de toda la cúpula palestina era un prerrequisito para la creación de un Estado de Palestina. En un discurso enunciado el 24 de junio de 2002, Bush declaró:
"La paz requiere un liderazgo palestino nuevo y diferente para que pueda nacer un Estado de Palestina". Llamo al pueblo palestino a elegir a nuevos líderes, líderes que no estén comprometidos con el terrorismo. (...) Y cuando el pueblo palestino tenga nuevos líderes, nuevas instituciones y nuevos acuerdos de seguridad con sus vecinos, los Estados de Unidos de América apoyarán la creación de un Estado de Palestina cuyas fronteras y ciertos aspectos de su soberanía serán provisionales hasta que se llegue a un acuerdo final en Oriente Medio. (...) Hoy, las autoridades palestinas están animando a y no luchando contra el terrorismo. (...) La Autoridad Nacional Palestina ha rechazado vuestra oferta (la israelí) y ha negociado con terroristas".
Israel estuvo de acuerdo con esta idea, y quería expulsar a Arafat de Palestina, pero Estados Unidos se opuso a la medida. En cambio, propusieron la creación del cargo de primer ministro palestino. En octubre de 2003, el gobierno estadounidense declaró que "Arafat es el principal obstáculo para cualquier progreso en el proceso de paz de Oriente Medio". El primer ministro Sharon afirmó que no habría esperanza alguna de un acuerdo "mientras Arafat esté por aquí", aunque consideraba que la expulsión del líder palestino no sería buena para Israel.
Aunque el presidente palestino Yaser Arafat había llevado a cabo significativas reformas desde mayo de 2002, el proceso de cambio se había estancado en marzo de 2003 debido tanto a las medidas israelíes como a factores políticos internos. En marzo de 2003, Arafat nominó a Mahmoud Abbas para el cargo de Primer Ministro de Palestina. El 29 de abril, el parlamento palestino aprobó el nombramiento del Primer Ministro y de su nuevo gobierno. Sin embargo, el nuevo gobierno se vio paralizado por el estallido de una lucha de poder entre Abbas y Arafat, así como entre el primero y algunos miembros de la vieja guardia del liderazgo palestino. Mahmoud Abbas se encontraba en una posición de inferioridad debido a que no supo responder a los israelíes, que se habían negado a liberar prisioneros y continuaban ocupando las ciudades palestinas, construyendo asentamientos en territorio ocupado, realizando asesinatos selectivos e incursiones y gestionando puestos de control en territorio palestino. Abbas dimitió en septiembre de 2003, pero tampoco su sucesor, Ahmed Qurei (también conocido como Abu Alaa), consiguió llevar a cabo las reformas necesarias. Un grupo de trabajo internacional llegó a la conclusión de que solo unas elecciones generales podían transformar el sistema político, pero este tipo de elecciones resultaría imposible bajo la continuada ocupación israelí. Tras la muerte de Yaser Arafat en noviembre de 2004, Abbas se convirtió en el segundo Presidente de Palestina.
Los Acuerdos de Oslo supusieron el nacimiento de la Autoridad Nacional Palestina (ANP), cuyo funcionamiento quedaba detallado en este tratado. La ANP tenía el deber de combatir el terrorismo palestino, pero sus fuerzas de seguridad tenían prohibido acceder al 60% de Cisjordania, en la conocida como Área C, donde Israel tiene una responsabilidad exclusiva sobre asuntos de seguridad. Además, las fuerzas palestinas ni siquiera podían moverse libremente entre todas las zonas bajo control palestino, dado que estas se encuentran dispersas en más de 160 enclaves rodeados por la propia Área C. Sin embargo, Israel hizo responsable de los ataques terroristas a la Autoridad Nacional Palestina y, en especial, al presidente Yaser Arafat, incluso aunque la mayoría de estos fueron realizados por grupos que no estaban relacionados con él. Tras dos atentados suicidas de Hamás ejecutados en Israel y en Jerusalén, el gabinete de seguridad israelí declaró: "Israel actuará para eliminar este obstáculo (Arafat) de la manera, en el momento y del modo que se decida".
Israel se negó en principio a aceptar altos el fuego de grupos palestinos alegando que "Israel solo trata con la Autoridad Nacional Palestina" y que "Los israelíes no tratan con esas organizaciones terroristas", por lo que mantuvo su política de asesinatos selectivos. En cambio, Israel reaccionaba a los atentados terroristas atacando a las fuerzas de seguridad palestinas y a sus infraestructuras.
Cuando comenzó la Segunda Intifada, Israel pasó a destruir sistemáticamente las oficinas de los servicios de seguridad palestinos, hasta el punto de que cerca del 90% de los mismos estaban arrasados en 2003. Tres cuartas partes de los policías palestinos fueron encerrados en campos de detención y otros muchos asesinados. Los ataques israelíes se concentraron principalmente en las fuerzas de seguridad palestinas incluso aunque Hamás fuese la organización responsable de los atentados y los tiroteos. En marzo de 2002, en el contexto de la operación Escudo Defensivo, Israel sitió la Muqataa, el complejo presidencial de Yaser Arafat, y la mantuvo bajo asedio durante todo 2003 y 2004, hasta que Arafat murió de una manera misteriosa.
Con la destrucción de cientos de oficinas de la Autoridad Nacional Palestina, incluidas las del Ministerio de Educación y el Ministerio de Sanidad, así como de su equipamiento, ordenadores y ficheros, el ejército israelí eliminó bancos de datos públicos para, según la periodista israelí Amira Hass, supuestamente destruir las instituciones civiles palestinas y sabotear el objetivo palestino de independencia en los años venideros.
Israel no se retiró nunca a las posiciones del 28 de septiembre de 2000, un requisito clave de la Fase I de la Hoja de Ruta para la Paz. En lugar de eso, instauró numerosos cortes de carreteras, montículos de tierra y puestos de control para impedir en gran medida el movimiento de los palestinos, además de hacer prácticamente imposibles los viajes entre Cisjordania y la Franja de Gaza. Según Israel, dado que los palestinos no habían cumplido con su obligación de acabar con la violencia, ellos no se veían comprometidos a retirarse.
Israel tampoco paralizó la expansión de los asentamientos ni desmanteló los asentamientos ilegales construidos desde 2001, lo cual constituía otra exigencia de la Hoja de Ruta. De hecho, el número de colonos israelíes en territorio ocupado palestino continuó creciendo a un alto ritmo, incluso durante la Segunda Intifada. Del año 2000 al 2004, el número de colonos en Cisjordania (incluida Jerusalén Este) creció en más de 50.000 personas. De 2004 a 2008, la población judía en los asentamientos aumentó en otros 70.000 habitantes. Sin embargo, las nuevas construcciones en asentamientos entre 2004 y 2008 se limitaron a 6.868 viviendas.
Además, Israel continuó confiscando terrenos palestinos y anexionándoselos mediante el muro israelí de separación. A pesar de un veredicto de la Corte Internacional de Justicia que declara la barrera ilegal allá donde se aleja de la Línea Verde, Israel decidió construir el muro hasta 22 kilómetros en el interior de Cisjordania, al este de Ariel y de otros grandes bloques de asentamientos. Por otro lado, más de 1.500 hogares palestinos fueron demolidos a lo largo y ancho de los territorios ocupados mientras se denegaba prácticamente toda nueva construcción palestina.
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