Durante la pandemia de enfermedad por coronavirus de 2020 en Ecuador surgieron varias denuncias por corrupción dentro de la emergencia sanitaria. Los hechos han provocado la salida de miembros del gobierno de Lenín Moreno y la investigación o detención contra autoridades cantonales y provinciales, un expresidente de la República, sus hijos y su círculo cercano.
La revelación de la corrupción en los hospitales se inició con la revelación de los sobreprecios hechos por Ángel Loja Llanos. Para el 14 de mayo, la Fiscalía General del Estado ya contaba con 13 investigaciones por corrupción durante la pandemia. Por otro lado, la Comisión Nacional Anticorrupción (CNA) denunció la existencia de 23 casos de corrupción en hospitales durante el periodo de mayo de 2019 a marzo de 2020, por una suma de USD 32 550 223.
El 22 de marzo de 2020, Ángel Loja Llanos, director del Instituto Ecuatoriano de Seguridad Social (IESS), firmó un contrato de USD 10 millones para la compra de mascarillas y otros insumos con un supuesto sobreprecio. La revelación de este asunto llevara a la salida del director junto con otros funcionarios involucrados el 30 de marzo.
Paúl Granda, presidente del Consejo Directivo del IESS, fue señalado por este asunto, pidiendo su remoción la Comisión de Fiscalización de la Asamblea Nacional. La Secretaría Anticorrupción, dependencia del gobierno de Moreno, deslindó de responsabilidades al presidente del IESS, sin embargo, terminó renunciando el 22 de abril.
El 20 de mayo, la Contraloría General emitió dos informes con indicios de responsabilidad en la compra de bolsas para cadáveres en los hospitales de Los Ceibos y Guasmo Sur, en Guayaquil, ya habiendo sido detenidos dos funcionarios y una persona vinculada a la empresa contratada para este servicio.
Entre los investigados se encuentra el exdirector del Hospital Teodoro Maldonado Carbo, Luis Jairala Zunino, primo del exprefecto del Guayas, Jimmy Jairala. A Jairala Zunino se lo investiga por la adjudicación de contratos irregulares durante su gestión al frente de la casa de salud a proveedores médicos que no cumplían con los requisitos. El 13 de julio, Jairala Zunino recibió orden de prisión preventiva.
El Hospital Teodoro Maldonado de Guayaquil terminaría siendo allanado el 3 de junio junto con la casa del expresidente Abdalá Bucaram Ortiz para investigar un presunto delito de peculado en la compra de insumos médicos, siendo arrestado Bucaram Ortiz al encontrarse 5000 pruebas rápidas, 2000 mascarillas y una serie de insumos médicos que, según fiscalía, coincidían con los adquiridos por el hospital. El mismo día, dos ciudadanos israelíes que se hacían pasar por agentes de la DEA fueron detenidos, al hallarse más de 300 mil dólares relacionados con una estafa en la compra de insumos médicos, uno de ellos era buscado por la INTERPOL ya que contaba con antecedentes penales en Panamá.
Cerca de la medianoche del 4 de junio, el juez de garantías penales, Ismael Figueroa, dictaminó como medida cautelar el arresto domiciliario por 30 días contra Bucaram por el presunto delito de tráfico ilícito de armas de fuego, mientras dura la instrucción fiscal. A Bucaram Ortiz se le halló un arma que supuestamente, fue regalada por el entonces Jefe del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, Paco Moncayo,mientras él fue presidente entre agosto de 1996 y febrero de 1997. Moncayo desmintió a Bucaram, asegurando que él no recuerda haberle regalado el arma por el cual fue detenido.
El 7 de junio, el exasambleísta Abdalá "Dalo" Bucaram Pulley se defendía desde Miami y al día siguiente el canal Teleamazonas denunció que la familia Bucaram se encontraba en la casa de Daniel Salcedo Bonilla, amigo cercano de Bucaram, involucrado también en el caso. En Miami, Dalo pedía asilo político para el y su esposa, Gabriela Pazmiño, y más tarde se afirmó que estaban buscando dejar los Estados Unidos rumbo a Panamá, a la vez que plantones de ecuatorianos cerca de la residencia de Bucaram en Miami exigen su extradición al Ecuador, donde el 13 de junio se emite orden de captura contra Bucaram, su esposa y su hermano Michel Bucaram Pulley, con fines investigativos.
Dos días después del pronunciamiento de Bucaram, Daniel Salcedo Bonilla, uno de los principales implicados en los sobreprecios en los hospitales públicos, se accidenta en Perú en una avioneta propiedad de Alfredo Adum, exprefecto del Guayas y amigo cercano de Abdalá Bucaram Ortiz, quien salió de Guayaquil y que cruzó la frontera pese a la cuarentena nacional. Es trasladado a Guayaquil junto con Jocelyn Mieles, su novia, procesada por la fuga de Salcedo y puesta bajo la medida cautelar del grillete electrónico. El piloto de la aeronave, Franklin Lara, y el propio Adum y su hijo Samuel Adum fueron vinculados a proceso por el delito de fraude procesal por la fuga de Salcedo.
A raíz de la detención de Salcedo, se vinculó a rostros de la farándula como presentadores de televisión, actrices y exparticipantes de realities de competencia, algunos de los cuales fueron cercanos a Salcedo. Entre los involucrados que rindieron su declaración se encontraron el presentador de televisión Emilio Pinargote, las actrices y conductoras Flor María Palomeque y Carolina Jaume, además de los hermanos Allan y Federico Zenck, esposo y cuñado de Jaume, respectivamente, quienes rindieron su versión en la Fiscalía. Los ex "chicos reality" Oswaldo Vargas y Sara Medina, amigos cercanos a los hermanos Salcedo, también fueron mencionados.
También se mencionó el nombre de Abraham Muñoz, amigo cercano y entrenador personal de Daniel Salcedo Bonilla, quien el 6 de julio acudió a la Fiscalía del Guayas a denunciar a Salcedo por suplantacion de identidad al descubrirse que Salcedo usó su nombre en su intento de fuga del país. Sin embargo, días después se difundió que Muñoz vendía medicamentos que eran distribuidos de manera gratuita a los hospitales del IESS, entre ellos un medicamento utilizado para el tratamiento de los pacientes con COVID-19, el cual Muñoz llegaba a vender en más de $850, llegando a valer hasta más de $2000. La noche del 11 de julio y la madrugada del 12 de julio, Muñoz y otras cuatro personas fueron detenidas por la presunta comercialización ilegal de medicamentos.
El 20 de julio, los ciudadanos israelíes detenidos por la Fiscalía mencionaron en sus declaraciones el nombre de Jacobo Bucaram Pulley como uno de los compradores de los insumos médicos por más de USD 300 000. Uno de los israelíes manifestó haber grabado con su celular la conversación que mantuvo con Bucaram. La Fiscalía dispuso que se extraiga toda la información de los teléfonos de los detenidos para las investigaciones del caso.
El 22 de julio, la Fuerza de Tarea Conjunta de la Fiscalía General del Estado pidió la formulación de cargos en contra de los hermanos Daniel y Noé Salcedo Bonilla, además de los hermanos Michel, Jacobo y Abdalá Bucaram Pulley y la esposa de este último, Gabriela Pazmiño, y Federico Zenck por el delito de asociación ilícita para la venta de medicinas en los hospitales públicos. El 23 de julio, la Fiscalía solicita la vinculación a un nuevo proceso judicial en contra del expresidente Abdalá Bucaram Ortiz y su hijo Jacobo Bucaram Pulley, por el presunto delito de transporte y comercialización ilícitos y tráfico de bienes de patrimonio cultural, relacionado con artesanías halladas en su domicilio el mismo día que se allanó su casa y se encontraron el arma de fuego por el cual el expresidente Bucaram fue vinculado al proceso de tráfico de armas, además de varios insumos médicos.
El 31 de julio, la jueza Gianella Noritz dictó orden de prisión preventiva para los hermanos Michel, Jacobo y Abdalá Bucaram Pulley, los hermanos Daniel y Noé Salcedo Bonilla, y otras 6 personas por el delito de asociación ilícita, además de la presentación periódica en la Fiscalía de Gabriela Pazmiño y otras dos personas. Sin embargo, Pazmiño no se presentó por encontrarse fuera del país, haciendo que sus medidas cautelares sean revocadas y se dicte también para ella la prisión preventiva.
El 8 de agosto, Shy Dahan, uno de los ciudadanos israelíes detenidos, es asesinado en la Penitenciaría del Litoral de Guayaquil, mientras que Oren Sheinman, el otro extranjero involucrado, resultó herido de gravedad horas antes de que estos sean trasladados al Centro de Rehabilitación Social Sierra Centro en la ciudad de Latacunga, provincia de Cotopaxi. El mismo fin de semana que ocurrió el asesinato del ciudadano israelí en prisión, salieron a la luz una serie de audios en los cuales el expresidente Abdalá Bucaram le aseguraba al israelí pagarle su defensa, sin costo alguno. En los mismos audios, Bucaram aseguró que tenía a su gente dentro del Consejo de la Judicatura, alertando una posible injerencia en la Función Judicial. A raíz de esta denuncia, la presidenta del Consejo de la Judicatura María del Carmen Maldonado, anunció el inicio de una investigación administrativa y una denuncia penal en contra de los funcionarios que podrían estar implicados en este caso.
El 10 de agosto, una publicación del medio digital La Posta revela los movimientos de los ciudadanos israelíes dentro de la ciudad de Quito, en los cuales se involucra a dos agentes de tránsito metropolitanos que formaban parte de la caravana presidencial del exvicepresidente Otto Sonnenholzner. La misma investigación indicó que Shy Dahan arrendaba un departamento en la zona norte de la capital, cuyo propietario es el futbolista ecuatoriano Antonio Valencia, en el cual se almacenaban los insumos médicos que eran llevados en carros del Municipio de Quito. El exvicepresidente Sonnenholzner indicó que no conoce a los ciudadanos israelíes, pidiendo que este acto no quede en la impunidad, al señalarse que miembros de su equipo en la vicepresidencia vendieron las credenciales falsas a los israelitas en más de $2000. Mientras tanto, Antonio Valencia aseguró no conocer a los israelíes, ya que la renta de su departamento se gestionó a través de una corredora de bienes raíces.
Durante la madrugada del 12 de agosto, la Fuerza de Tarea Conjunta de la Fiscalía realiza una serie de allanamientos y detenciones con relación al asesinato del ciudadano israelí, resultando nuevamente en la detención del expresidente Abdalá Bucaram Ortiz, esta vez por el delito de delincuencia organizada con relación al asesinato de Shy Dahan, siendo trasladado al Hospital Abel Gilbert Pontón de Guayaquil para realizarle una valoración médica a Bucaram por su delicado estado de salud para poder ser trasladado a Quito, donde se le formularán cargos. Por el mismo delito, los dos agentes metropolitanos de tránsito involucrados en la misma red delincuencial que involucra a los israelíes y Jacobo Bucaram Pulley, también fueron detenidos, a la par que la Agencia Metropolitana de Tránsito de Quito anunció la apertura de dos procesos administrativos en contra de los involucrados.
La noche del 24 de septiembre, la estación Caracol Radio de Colombia y el canal Ecuavisa reportan de la supuesta detención de Jacobo Bucaram Pulley en Medellín, Colombia, quien se encontraba en condición de ilegal en dicho país. Horas más tarde, la radio rectifica y señala que la Policía y Fiscalía no tenían conocimiento del procedimiento y que fuentes de Migración habían asegurado que seguían la pista de Bucaram desde hace algunas semanas. Para desmentir dichas acusaciones, el propio Jacobo Bucaram publica un video en sus redes sociales asegurando que se encuentra en Ecuador, y anuncia demandas contra dichos medios de comunicación por "atentar contra su honra".
Sin embargo, la tarde del 25 de septiembre, la Policía colombiana confirma la detención de Bucaram Pulley en su país, al reportarse su ingreso de forma irregular al país desde mediados de año, a pesar de que en Ecuador tuviera una orden de prisión preventiva en su contra. El departamento de Migración colombiano decidió expulsar de su país a Bucaram y prohibirle la entrada a territorio colombiano por un lapso de 10 años. Durante la noche del 25 de septiembre, Jacobo Bucaram Pulley es extraditado desde Colombia hacia Quito, donde fue detenido por el delito de delincuencia organizada que se juzga en su contra, por el asesinato del ciudadano israelí Shy Dahan. La Justicia ecuatoriana dictamina que Bucaram permanezca detenido en el Centro de Rehabilitación Social de Cotopaxi mientras termina la instrucción fiscal por el delito en el que se lo vincula. En el mismo centro penitenciario en el que se encuentra Bucaram también se encuentran recluidos el exvicepresidente Jorge Glas y el exsecretario jurídico de la presidencia, Alexis Mera, sentenciados a 8 años de prisión por el Caso Sobornos 2012-2016.
El 14 de mayo, se dio a conocer una red de corrupción dentro de la construcción del hospital de Pedernales, afectado por el terremoto de Manabí del 16 de abril de 2016. La Contraloría determinó indicios de responsabilidad penal por cerca de $15 millones por un contrato realizado por el Servicio de Contratación de Obras (SECOB) en 2019, en el cual se solicitó el pago del anticipo de la obra, pese a que los funcionarios a cargo de la adjudicación y de revisar los documentos, no habían verificado la validez legal de las garantías de buen uso del anticipo que había emitido la Cooperativa de Ahorro y Crédito "La pequeña empresa de Pastaza".
Dentro del proceso se involucró a Jean Carlos Benavides, asesor del asambleísta de Alianza País, Daniel Mendoza y a otras 9 personas, quienes fueron detenidos. En los allanamientos se encontraron equipos electrónicos, armas de fuego, sellos de entidades públicas y cerca de $1'700.000 en efectivo, mientras Mendoza decidió mantenerse en el anonimato e inasistiendo a la sesión de la Asamblea Nacional, donde justamente ese día Mendoza iba a actuar como ponente de la Ley de Ordenamiento de las Finanzas Públicas, y a través de su cuenta de Twitter, pidió independencia de la justicia. De acuerdo a la ministra de gobierno, María Paula Romo, las investigaciones sobre el hospital de Pedernales se encontraban en ejecución meses antes de que estallara el escándalo.
La madrugada del viernes 5 de junio, se realizó una nueva serie de allanamientos en Quito, Portoviejo y Bahía de Caráquez en el caso del hospital de Pedernales, en los cuales fueron detenidos el asambleísta Daniel Mendoza y René Tamayo, director del Servicio de Contratación de Obras (SECOB), por el presunto delito de delincuencia organizada. Mendoza fue trasladado desde la ciudad de Portoviejo hacia la ciudad de Quito para la audiencia de formulación de cargos en su contra, donde recibió prisión preventiva en la Cárcel 4 de la ciudad de Quito.
El 15 de junio, una investigación colaborativa de entre los portales Periodismo de Investigación, de Fernando Villavicencio, y la Historia denuncian que la corrupción existente en los hospitales proviene de un reparto existente en la Asamblea Nacional con miras a formar una mayoría legislativa favorable al gobierno de Moreno y que se llegaría a usar en acontecimientos como el juicio político fallido a Diana Atamaint, presidenta del Consejo Nacional Electoral (CNE). Para el 17, la bancada del movimiento CREO denunciaría el acto en la Fiscalía. El 23 de junio, la Corte Nacional de Justicia rechazó el pedido de la defensa de Mendoza de revocar la prisión preventiva en su contra, y el mismo día, la Asamblea conformó una comisión para tratar la destitución de Mendoza de su curul. Días después, Mendoza renunció a su cargo de asambleísta.
El 16 de julio, el canal Ecuavisa revela una conversación entre Daniel Mendoza y Eliseo Azuero, que estaría involucrando a María Paula Romo, al presidente de la Asamblea, César Litardo, y a varios legisladores del BADI como Franco Romero, María Mercedes Cuesta, Freddy Alarcón, Washington Paredes, Rosa Verdezoto, Raúl Tello y Fernando Burbano, dándose con ello más pruebas a las acusaciones de los portales Periodismo de Investigación y La Historia. Esto en medio de un proceso de elección del nuevo Vicepresidente de la República en la que participaba la ministra Romo como cabeza de la terna enviada por el presidente Lenín Moreno, tras la renuncia de Otto Sonnenholzner. Esa misma semana, se había anunciado la vinculación de Azuero en el caso del hospital de Pedernales, dictándose orden de prisión preventiva en su contra. Durante la semana del 20 al 24 de julio, la Fiscalía solicita la declaración de Romo, Litardo y los siete asambleístas mencionados en el audio entre Mendoza y Azuero.
El 8 de septiembre, Eliseo Azuero presenta su renuncia irrevocable a su curul en la Asamblea Nacional, en medio de las investigaciones en su contra por parte de la Comisión multipartidista de la Asamblea que tramitaba su censura y destitución del cargo.
A finales de agosto de 2020, el medio digital La Posta publica una investigación sobre el reparto de hospitales que involucra como pieza principal a la ministra de Gobierno, María Paula Romo, basada en la declaración ampliada del exasambleísta Daniel Mendoza tras la investigación en el caso Hospital de Pedernales. En dicha investigación, se pone a la cabeza a Romo, y detrás de ella al viceministro de Gobernanza, Fausto Holguín, y a Andrés Alarcón, exasesor del Ministerio de Salud en el tiempo en que Catalina Andramuño estaba a cargo de dicha cartera de Estado. En dicha revelación se menciona además a los legisladores involucrados, la mayoría de Alianza País, quienes estarían a cargo de varios hospitales públicos en algunas provincias del Ecuador. Entre los asambleístas involucrados se encuentran:
La misma investigación que vincula a Romo y a Mendoza además difundió una serie de conversaciones entre ambos, en las cuales Mendoza sugería varios nombres a Romo como cuota política dentro del gobierno de Lenín Moreno, a cambio de archivarse los procesos de juicio político contra Romo en la Asamblea. Entre los nombres mencionados se encuentra el de Tito Nilton Mendoza, actual gobernador de la provincia de Manabí. Romo reconoció que habló con Mendoza en varias ocasiones, pero dijo que dichos chats no son evidencia de que ella haya participado en el reparto de instituciones, afirmando además de que goza con el respaldo del presidente Moreno y que no dejará su cargo ante las presiones.
El 30 de agosto, la ministra Romo publicó un video en sus redes sociales en el que se defendía de las acusaciones en su contra, además recordando que ella fue quien denunció el caso del Hospital de Pedernales. Además señaló que el nombramiento del Gobernador de Manabí no tiene relación alguna con el exasambleísta Mendoza y que fue recomendado por varias personas manabitas, además de que antes de su nombramiento tuvo reuniones previas con el presidente Moreno y el entonces vicepresidente Otto Sonnenholzner.
En mayo, la Fiscalía General del Estado comenzó a revisar compras de 7 000 kits de alimentos por un valor de USD 1 055 740 más IVA, es decir que por cada kit se acordó un pago de USD 150.82, hecho por el Servicio de Gestión de Riesgos, administrado por Alexandra Ocles. Ocles afirmo que el valor de la canasta, que llevaría un aparente sobreprecio del 40,2% según la Contraloría General del Estado, no cubre solo los productos alimenticios, sino también el envase, etiquetado, embalaje y transporte a los domicilios de los beneficiarios; mas el 11 de mayo terminó renunciando a su cargo ante estos cuestionamientos.
Para el 18 del mismo mes, la jueza Daniella Camacho llama a la audiencia para la formulación de cargos contra Ocles, dictaminando su prohibición de salida del país. El 1 de junio, fue llamada a declarar por la Comisión de Fiscalización de la Asamblea Nacional.
A finales de mayo, se revelaron irregularidades en la adjudicación de contratos para la compra de guantes quirúrgicos, mascarillas y pruebas rápidas por parte de la Prefectura de la Provincia del Guayas, liderada por Carlos Luis Morales, además de detectarse una red delictiva que involucra a empresas fantasma, a las cuales se les adjudicó los contratos de la Prefectura. Destapado el caso, el Partido Social Cristiano (PSC), que lo candidatizo en las elecciones de 2019, y Jaime Nebot se deslindan de Morales y exigen que responda a sus responsabilidades, mientras el bloque legislativo de este partido le pide su renuncia.
Mientras, Morales declara no tener conocimiento del asunto al no tener tiempo para revisar cada contrato de la prefectura y suspende a 24 funcionarios del departamento de compras. El 2 de junio, presenta una denuncia en contra de dos de sus hijastros por 17 contratos. Al día siguiente, el prefecto fue detenido por tráfico de influencias y se dispuso la vinculación a proceso de su esposa Sandra Arcos y los hijos de esta. La mañana del 4 de junio se conoció las medidas cautelares para Morales, como el uso de grillete electrónico y la prohibición de salida del país. Ese mismo día, Morales anunció que "espera que todos los alcaldes y prefectos tengan el mismo tratamiento y que esto no se trate de una dedicatoria política", además de recordar la denuncia que puso en la Fiscalía y que involucra a su círculo familiar más cercano. Morales indicó además que continuará al frente de sus labores, reestructurando su equipo de trabajo para demostrar a la ciudadanía guayasense y al Partido Social Cristiano que no se equivocaron en su decisión de elegirlo.
Tras la captura y medidas cautelares en contra de Morales, la fiscal general Diana Salazar alertó el día 5 de junio que tanto la esposa como los hijastros del prefecto, posiblemente se habrían fugado del país. Así mismo, el Servicio Nacional de Atención Integral de Personas Adultas Privadas de la Libertad (SNAI) advirtió que tanto Morales, como los otros 6 implicados en la investigación de Fiscalía contra los cuales también se dictaron las mismas medidas cautelares que el prefecto, no se han colocado el grillete electrónico al que están obligados. El 15 de junio de 2020, 23 de los miembros del Consejo Provincial del Guayas, la mayoría del PSC, entregan a la viceprefecta Susana González una solicitud para tratar la remoción de Morales del cargo de prefecto, conformándose el 19 de junio una comisión que trataría la denuncia y empezaría las respectivas investigaciones.
El 22 de junio de 2020 se confirma la muerte del prefecto del Guayas, Carlos Luis Morales, a causa de un infarto. La noticia fue confirmada por su abogado, Carlos Luis Sánchez. A raíz de su muerte, la Fiscalía inició una investigación para determinar las causas de su fallecimiento, pues en un principio se indicó que Morales murió a causa del grillete electrónico que no se le pudo retirar en la clíinica Kennedy de Samborondón, donde fue trasladado. Finalmente, la autopsia reveló que Morales falleció de causas naturales, a causa del infarto que sufrió y de enfermedades preexistentes, y que el grillete no tuvo interferencia alguna cuando se trataba de reanimarlo. Carlos Luis Morales fue velado y sepultado en el cementerio Parque de la Paz de La Aurora, en el cantón Daule, en una ceremonia íntima con familiares y amigos cercanos. A pesar del fallecimiento del prefecto, las investigaciones por peculado y tráfico de influencias continuarán contra los demás implicados, entre ellos la viuda de Morales, Sandra Arcos y los hijos de esta. El abogado de la familia Morales Arcos anunció que pedirá un recurso de habeas corpus para permitir que Arcos pueda declarar voluntariamente ante la justicia, sin ser detenida. Sin embargo, el recurso de habeas corpus presentado a favor de la viuda de Morales fue rechazado por la Corte Provincial del Guayas el 25 de junio.
Ocho días después, el 5 de julio se dicta orden de prisión preventiva contra Sandra Arcos y su hijo Javier Vélez Arcos, además de Lizbeth M. C. por el delito de tráfico de influencias por el que se investigaba a Morales antes de su muerte.
El 23 de julio, la prefecta del Guayas Susana González informa al Concejo Provincial que existen contratos con presunto sobreprecio, obras inconclusas y adjudicaciones con supuestas irregularidades durante las administraciones de sus antecesores Carlos Luis Morales y Jimmy Jairala. Aunque no precisó cuántos contratos están en análisis y en cuántos se detectaron indicios de irregularidades, González indicó que en ellos no intervino cuando fue viceprefecta.
A finales de mayo de 2020, se revelaron irregularidades en la adquisición de pruebas de detección rápida de COVID-19 por parte de la Secretaría de Salud del Municipio de Quito. En consecuencia de la investigación realizada por la Fiscalía en donde se encontró la existencia de sobreprecios en la compra de las pruebas, el alcalde de Quito Jorge Yunda separó de su cargo al secretario de salud, Lenin Mantilla, y otros funcionarios. En dicho procedimiento, se allanaron las oficinas de la Secretaría de Salud, la oficina y la residencia del secretario Mantilla, y las oficinas de la empresa distribuidora de las pruebas rápidas. Según declaraciones de Yunda, cada una de las pruebas adquiridas tenía un costo de aproximadamente USD 25, además de indicar ser el principal interesado en que se investiguen los hechos, en una carta enviada a la fiscal general Diana Salazar.
A raíz de este hecho, Yunda pidió a la comisión anticorrupción del Municipio "Quito Honesto" que se encargue de la investigación de los hechos, asegurando que esta empresa ha revisado cada una de las contrataciones que el Municipio ha realizado durante la emergencia sanitaria.
La noche del martes 2 de junio, el alcalde denunció a través de sus redes sociales que se han "vulnerado" las seguridades de la cuenta de la Empresa Pública Municipal de Agua Potable y Saneamiento (EPMAPS) en el Banco Central del Ecuador y se sustrajeron cerca de $1'300.000 de dicha cuenta. Posteriormente en un comunicado, el Banco Central desmintió a Yunda asegurando que jamás hubo un hackeo, sin embargo en dicho comunicado se revela que se realizaron una serie de transferencias a varias cuentas en el extranjero, principalmente a cuentas en Estados Unidos y Hong Kong.
Durante la noche del 2 de junio y la madrugada del 3 de junio, la Policía y la Fiscalía realizaron una serie de allanamientos a raíz de la denuncia de la desaparición de fondos en la cuenta de la EPMAPS. En estos allanamientos resultaron detenidos el gerente de la EPMAPS, Guido Andrade, además de funcionarios de la entidad. También fue detenida Sofía R., asesora del gerente y prima del vicealcalde de Quito, Santiago Guarderas.
El 15 de junio, el concejal Fernando Morales y el activista político y excandidato a Alcalde de Quito, César Montúfar, presentaron una denuncia contra Jorge Yunda, los gerentes de las empresas municipales de Obras Públicas, Agua Potable, así como los representantes de las compañías Imnosolución y Geinco (esta última por la adjudicación irregular de contratos de obras públicas) por presunta delincuencia organizada y peculado.
El 6 de julio, un informe elaborado por la Universidad de las Américas (UDLA) determinó que las pruebas PCR adquiridas por el Municipio son en realidad del tipo RT-LAMP, y que tienen una baja sensibilidad, indicando que el nuevo coronavirus se detecta cuando una persona tiene más de 500 copias del virus por cada microlitro de sangre, es decir, cuando la carga viral es alta en el organismo. Si la carga viral es menor, las pruebas concluyen que una persona no está enferma de COVID-19, a pesar de tener el virus. A pesar de que los concejales aprobaron el informe de la universidad, el alcalde Yunda lo desmintió y reforzó su tesis de la efectividad de las pruebas adquiridas al inicio de la pandemia.
El 30 de julio, un informe de la Contraloría General del Estado determinó indicios de responsabilidad penal en la adquisición de las pruebas PCR del Municipio, especialmente en el contrato firmado entre la Secretaría de Salud y la empresa Salumed, encargada de distribuir al Municipio las pruebas. De acuerdo a la Contraloría, existen cuatro inconsitencias en este contrato, entre las que se destacan: la ausencia de un plan de contingencia solicitado por el alcalde Yunda al entonces secretario de Salud, Lenin Mantilla. Además, el estudio de mercado de las pruebas no incluyó el análisis técnico de los insumos y los precios ofertados, la necesidad de aquirir 200.000 reactivos, y que el presupuesto referencial del contrato se obtuvo a partir de la oferta ganadora y no de otras propuestas, además de la ausencia de la documentación sobre las otras ofertas existentes para el contrato adjudicado por USD 3,7 millones.
El 2 de septiembre se vincula a la empresa Silverti S.A. en un presunto caso de peculado en la adquisición de insumos médicos por parte de la EPMAPS con sobreprecio. La empresa en mención es propiedad de Daniel Salcedo Bonilla, procesado en los casos de corrupción de los hospitales públicos en Guayaquil.
También a finales de mayo de 2020, el activista político Fernando Villavicencio denunció a través de una investigación una serie de irregularidades cometidas en la Prefectura de Pichincha durante la emergencia sanitaria. Según la investigación, la Prefectura realizó compras de 400 bolsas para cadáveres con sobreprecio, llegando cada una a costar cerca de USD 52, cuando en el mercado normalmente se ofertan a USD 15, además de 10.000 pruebas rápidas de COVID-19 también con sobreprecio.
A raíz de esta denuncia, la prefecta de Pichincha Paola Pabón, quien desmintió dichas acusaciones aseverando que se trata de una "persecución infame" por parte de la Fiscalía, fue vinculada a proceso por el presunto delito de peculado el 1 de junio del 2020. Con ello, Pabón suma un tercer proceso judicial en su contra, luego de haber sido detenida por el delito de rebelión tras las pasadas manifestaciones de octubre de 2019 y puesta en libertad el 25 de diciembre de 2019, usando hasta la actualidad un grillete electrónico, y ser vinculada a proceso por presunto tráfico de influencias por la firma de un contrato con la empresa Diez Punto Comunicaciones, por la realización de una consultoría para funcionarios de la Prefectura con un costo de $84 mil.
El 1 de abril, la Fiscalía inició una indagación previa en contra del alcalde de Baños, Luis Silva, por incumplimiento de orden legítima de autoridad. Silva dispuso que miembros de la Policía Nacional no sean trasladados a la Escuela de Formación de Policías de la ciudad ante el rumor de que cinco uniformados resultaron contagiados de COVID-19, generando un enfrentamiento y rechazo de la medida por parte de la ministra de Gobierno, María Paula Romo y el Comandante General de la Policía, Patricio Carrillo.
El 22 de abril, la Fiscalía inició la apertura de una investigación contra el Municipio de Guayaquil por el cierre de la pista del Aeropuerto Internacional José Joaquín de Olmedo, al impedir el aterrizaje de un vuelo humanitario proveniente desde Madrid a mediados del mes de marzo durante el inicio de la pandemia, la cual tuvo repercusiones internacionales por parte de entidades europeas y americanas. La alcaldesa de Guayaquil, Cynthia Viteri, aseguró que asumirá las consecuencias por la medida tomada y acudirá donde tenga que ser llamada.
El 23 de abril, la Prefectura de Chimborazo fue allanada por la Fiscalía y elementos policiales, con el objetivo de recabar información sobre presuntos delitos luego de conocer de 2 contrataciones para "fortalecimiento de imagen” y "publicidad" de la Prefectura, en medio de la emergencia sanitaria. Los contratos cuestionados llegaron a tener un valor de USD 345 909. El 20 de mayo, la Fiscalía allanó las oficinas del Municipio de Colta por denuncias de supuestos sobreprecios en la compra de insumos para fumigación. Días después, el 4 de junio, la Alcaldía de Guamote también fue allanada por la Fiscalía por el presunto mal manejo de dinero con el cual se adquirieron insumos médicos para enfrentar la emergencia sanitaria. El alcalde de Guamote, Delfín Quishpe, no se pronunció al respecto, sin embargo sólo manifestó que esperará el resultado de las investigaciones. El 14 de septiembre, la Fiscalía anuncia la solicitud de formulación de cargos en contra de Quishpe, por el delito de tráfico de influencias.
El 4 de mayo, la Fiscalía allanó las oficinas del Municipio de Machala por una investigación por la construcción de un mercado en plena emergencia sanitaria, a un costo de US$7 millones. El alcalde de Machala, Darío Macas Salvatierra, afirmó que la obra busca reubicar a los comerciantes desalojados del centro de la ciudad, y que no hay ningún indicio relevante para la investigación. También se critica la remoción de tierras sin un contrato firmado, al momento de iniciar la obra.
El 8 de junio, el diario latacungueño La Gaceta publicó una denuncia sobre supuestas irregularidades cometidas por el Municipio de Latacunga y el Patronato Municipal, con respecto a la compra de insumos y kits de alimentos durante la emergencia sanitaria. Entre las denuncias mencionadas se encuentran la adquisición de materiales de aseo a un proveedor cuyo RUC registraba una actividad distinta (arrendamiento de bienes y viviendas), totalmente alejada de lo mencionado. También se denuncia la adquisición de kits de alimentos a un proveedor cuyo RUC se dedica solamente a la venta al por mayor de arroz y que reside en la ciudad de Quito. Por parte del Patronato, la investigación reporta de la existencia de sobreprecios en la compra de cabinas de desinfección, además de la compra de insumos de protección y desinfección a una persona que se dedica a la venta de computadoras. El alcalde de Latacunga, Byron Cárdenas, ha evitado pronunciarse del tema.
De acuerdo a la Contraloría General del Estado, hay cerca de 40 prefecturas, municipios y gobiernos parroquiales en el país que están siendo investigados por los contratos adjudicados durante la emergencia sanitaria. La Contraloría también realizó exámenes especiales de auditoría a procesos firmados por 22 alcaldías, ocho indagaciones contra empresas e instituciones municipales como patronatos y cuerpo de bomberos, y dos investigaciones finales contra gobiernos parroquiales.
En medio del caso en contra del círculo vinculado con la familia Bucaram y su círculo cercano, se descubrió que Daniel Salcedo Bonilla, su hermano Noé Salcedo Bonilla y sus amistades cercanas César Rodríguez (quien también viajaba con Salcedo y su novia con destino a Perú en la avioneta accidentada) y Andrés Cedeño Carreño, intentaron usar un carnet de discapacidad, emitido por Consejo Nacional Para la Igualdad de Discapacidades (CONADIS), para importar una serie de vehículos de alta gama desde Estados Unidos. A raíz de esto, surgieron otros nombres como el del esposo de la asambleísta Elizabeth Cabezas, Javier Vaca; el interventor de la Universidad de Guayaquil (UG), Roberto Passailaigue; el asambleísta Fabricio Villamar, y el presidente del Consejo de Participación Ciudadana y Control Social, Christian Cruz, juzgándose tanto el uso como la facilidad con la que habrían obtenido el carné. Así mismo, se mencionó que jueces y futbolistas también adquirieron carnets de discapacidad de forma irregular, de acuerdo a declaraciones emitidas por el ministro de salud, Juan Carlos Zevallos.
En el caso de Villamar, el escándalo no sólo abordó la importación de un auto, sino que también se juzgó el descuento en la manutención de su hijo con autismo. Mientras con el caso de Passailaigue, su hija, la asambleísta Dallyana Passailaigue, aceptó que se realicen investigaciones a su padre, mientras un sector de la comunidad universitaria exige su salida de la UG. Caso similar ocurre con el caso de Cruz, en el cual la mayoría de los vocales del CPCCS piden su renuncia al cargo y una licencia sin sueldo para investigar la procedencia de su carnet de discapacidad y las condiciones en las que éste fue emitido.
El 7 de mayo, la fiscal general Diana Salazar sugiere la eliminación de la Secretaría Anticorrupción, argumentando una injerencia gubernamental en las atribuciones de la Fiscalía General del Estado, enfatizando en los casos sucedidos en el Ministerio de Salud Pública (MSP) y en el Instituto Ecuatoriano de Seguridad Social (IESS), afectando esta dependencia del Ejecutivo la labor de Fiscalía, por la información y requerimientos hechos desde esta secretaría existente desde el 15 de mayo de 2018, cuando fue creada por el presidente Lenín Moreno. El 20 de mayo, Moreno anunció la desaparición de este organismo.
Caso similar es el de Quito Honesto, dependiente al Municipio de Quito, cuestionado por no lograr prevenir la corrupción existente por parte de los funcionarios de la administración de Jorge Yunda. Tanto concejales como el exalcalde Paco Moncayo han dado críticas a este organismo que habría conocido de los contratos irregulares de la administración Yunda, de igual forma el Partido Unidad Popular (UP) ha solicitado su eliminación.
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