El Gobernador del Estado de Guanajuato es el titular del poder ejecutivo de dicho estado.
Es elegido mediante voto directo y universal. Una vez electo, entra en funciones el 26 de septiembre del año de la elección. Su cargo dura un periodo de seis años, sin posibilidad de reelección; ni siquiera en el caso de haberlo desempeñado como interino, provisional o sustituto. El cargo solo es renunciable por causa grave, que deberá ser calificada por el Congreso estatal. En caso de muerte, destitución o renuncia, asume de manera inmediata y provisional el cargo, el secretario de gobierno, después, con las reservas que contempla la constitución local, corresponde al Congreso nombrar un sustituto o interino.
El cargo existe desde su inclusión en la Constitución estatal de 1826, siendo su primer titular Carlos Montes de Oca desde el 14 de abril de aquel año. En suma 85 individuos ocuparon en 110 periodos distintos la gubernatura del estado, ya fuera de manera constitucional, provisional, interina o sustituta; estos números causados en gran medida por la constante inestabilidad vivida por el país (y en consecuencia el estado) en su primer siglo de vida independiente.
La vigente Constitución estatal prevé dicho cargo en su título quinto, capítulo tercero, sección primera y es abordado por trece artículos. En ellos se especifican las obligaciones, facultades, requisitos y restricciones al cargo; especificaciones que van desde el mando de la fuerza pública del estado (policía estatal y guardia nacional adscrita); la titularidad de las políticas económica, desarrollo social y de seguridad pública; la promulgación y ejecución de las leyes emitidas por el poder legislativo; proponer nombramientos a cargos que requieren aprobación del Congreso o el Tribunal Superior del Estado; y diversas prerrogativas concedidas en otros artículos de la misma carta magna y las leyes locales.
El gobernador es la cabeza de la Administración Pública Estatal y es auxiliado por un gabinete compuesto por varias secretarías, dependencias estatales, organismos descentralizados y direcciones generales, los cuales tienen a su cargo diversas carteras de interés público, además de distintos asesores adscritos a la oficina del gobernador.
Los primeros documentos normativos del movimiento insurgente, en el marco de la Guerra de Independencia, no mencionaban con exactitud los cargos en los que se depositarían los poderes locales en las provincias de Nueva España; sin embargo si marcaban la pauta de constituir una federación que implicaba, trasladar a escala provincial, los mismos cargos que se establecieran para toda la nación. Tal fue el caso de la Constitución de Apatzingán que hacia mención de los diputados como representantes de las provincias para la eventual fundación de un Congreso Nacional.
Paralela a los ordenamientos legales de los insurgentes; la Constitución de Cádiz remplazó la antigua organización gubernativa de las intendencias del virreinato, sustituyendo el cargo de Intendente por el de Jefe Superior Político, como depositario del poder ejecutivo local. Esto sirvió de base para que el gobierno del Imperio Mexicano, ya consumada la independencia, mantuviera dicha figura como ente ejecutivo transitorio en aras de la eventual promulgación de una constitución y el consecuente nuevo organigrama de poderes locales y nacionales. En ese contexto José Pérez Marañón, Jefe Superior de Guanajuato, quien aún había sido nombrado por las autoridades peninsulares, conservó dicho rol, siendo así el primer gobernante del estado en la época independiente; aunque su autoridad quedaba supeditada al presidente de la Junta Provisional Gubernativa local José Mariano de Sardaneta y Llorente nombrado por la Junta nacional. Normalizada gradualmente la situación política y proclamado emperador Agustín de Iturbide, este nombró como Jefe Político a Domingo Chico.
Sin embargo la caída del emperador Agustín I retrasó la elaboración de dicha estructura, hasta que la Constitución de 1824 definió la norma para depositar el poder ejecutivo estatal; no obstante el documento no hace mención del término Gobernador, pues otorgaba pleno derecho a las entidades para decidir como hacerlo. En el caso de Guanajuato, habría de ser la promulgación de su constitución local en 1826 la que estableció los lineamientos particulares del cargo. Si bien Manuel Cortázar y Pedro Otero ya habían gobernado con la denominación de "Gobernador", sería Carlos Montes de Oca el primero en ocupar el puesto de manera constitucional, luego de promulgada la carta magna estatal, a partir del 14 de abril de 1826.
A lo largo del siglo XIX, la inestabilidad política que vivió el país, se trasladó a la realidad estatal; las invasiones estadounidense y francesa; Así como los conflictos entre liberales y conservadores (en cualquiera de sus variantes como bandos antagónicos: republicanos contra monárquicos y federalistas contra centralistas) ocasionaban, revueltas, motines e incluso guerras civiles como la Guerra de Reforma. Todo lo anterior obligaba a una gran cantidad de autoridades electas a dimitir a escasos meses de ejercer la responsabilidad, o a nombrar un sustituto mientras reorganizaban la defensa del régimen. Esto aunado a las complejidades del sistema legal, ya que todas las constituciones vigentes, contemplaban la sucesión interina o provisional del cargo, con el solo hecho de abandonar la capital del estado.
A todo ello se suma el cambio de paradigma constitucional que vivieron todos los estados durante los regímenes centralistas. Las Siete Leyes de 1836 y las Bases Orgánicas de 1843 suprimieron las constituciones estatales, y por ende su soberanía; se convirtieron en departamentos cuyos poderes locales quedaron subordinados al gobierno central. De tal forma que el cargo de gobernador paso a ser designado directamente por el presidente de la república, lo que influyó en los constantes cambios. Esta condición se repitió durante el Segundo imperio cuando el cargo se sustituyó por el de Prefecto político, aunque subordinado a una autoridad intermedia con el Emperador, el Comisario Imperial.
La Constitución de 1857 restableció el cargo de gobernador, hecho que fue ratificado por la nueva constitución estatal de 1861. Durante el porfiriato las figuras de los gobernadores, además de ser muy cercanas al presidente Porfirio Díaz, estuvieron casi siempre ligadas a los cacicazgos militares y económicos, situación que, aunque fortaleció y consolidó el cargo, devino en autoritarismos locales. En el caso de Guanajuato sobresalió en ese sentido la figura de Joaquín Obregón González quien permaneció en el cargo durante casi 18 años, entre 1893 y 1911; siendo el gobernador de más larga estadía en el puesto.
Durante la Revolución Mexicana el cargo padeció constantes cambios, producto de la entrada o salida de distintos bandos armados que impulsaban o imponían a gobernadores leales de acuerdo a las circunstancias. La Constitución de 1917 reafirmó el federalismo y la soberanía de los estados, sin embargo el ascenso al poder del Partido Nacional Revolucionario (después llamado PRM y PRI), estableció un sistema político hegemónico en el que los gobernadores, en la práctica, estaban subordinados al poder del Presidente de la República. Esto ocasionó que en muchas ocasiones el primer mandatario dispusiera de distintas maneras la remoción o destitución de los ejecutivos estatales por distintas circunstancias; ya fuera por cuestionar o contrariar la voluntad presidencial, por provocar o no administrar adecuadamente disturbios sociales, o simplemente por asegurar la lealtad de las nuevas autoridades. Entre los elementos usados por los presidentes para prescindir de los gobernadores estaba el mecanismo de desaparición de poderes; aunque en algunas ocasiones se apoyaba en la lealtad del congreso estatal, ramas locales del corporativismo partidista o su personal presión al gobernador para obligar su renuncia. En el caso de Guanajuato sobresalen los acontecimientos entre 1938 y 1939 cuando hubo hasta once cambios de gobernador; y la desaparición de poderes de 1946. A diferencia de la presidencia de la república, el cargo de gobernador no alcanzó auténtica estabilidad sino hasta 1949; desde entonces solo se han presentado tres casos de periodos no concluidos, no obstante, los tres han sido porque el titular se retira para contender u ocupar otro cargo.
Guanajuato fue el segundo estado en el que se produjo una transición del poder ejecutivo que rompió la hegemonía priista, después de Baja California en 1989. Esto ocurrió luego de las elecciones locales de 1991; las acusaciones de fraude electoral contra el candidato priista Ramón Aguirre Velázquez y las manifestaciones encabezadas por el candidato del PAN Vicente Fox, derivaron en una crisis social e institucional que ocasionó la negociación directa entre el gobierno federal de Carlos Salinas de Gortari y el comité ejecutivo nacional del PAN para solventar la situación. El resultado de esa negociación, conocida en México como "Concertacesión", fue la renuncia de Ramón Aguirre (que aún no había asumido el cargo) y la designación, por parte del Congreso estatal, de Carlos Medina Plascencia (alcalde panista de León) como Gobernador constitucional con un periodo especial de cuatro años, suficientes para la convocatoria de nuevas elecciones en 1995. Estas las ganaría Vicente Fox, iniciando la hegemonía del PAN en el estado, que en el caso de la gubernatura acumula ya 29 años (1991-2020).
Según el artículo 68 de la Constitución del estado, para ser Gobernador se requiere:
Los poderes del gobernador de Guanajuato están establecidos, limitados y enumerados por el artículo 77 de la Constitución local y la respectiva ley orgánica:
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