Juan Pérez de Cabrera (Cuenca, España, s. XVI - m. Comayagua, Honduras, 1555) fue un conquistador español, gobernador de la provincia de Honduras en 1543 y de 1552 a 1555.
Era originario de Cuenca. Casó en 1541 en Santa Marta, Nueva Granada, con Luisa de Lugo y Noroña, hija de Alonso Luis Fernández de Lugo y Peraza, adelantado de las islas Canarias, y Beatriz de Noroña y Mendoza. Hija de este matrimonio fue Jacoba Pérez de Cabrera, que casó con Melchor Vázquez de Ávila, gobernador de Cuenca en el reino de Quito.
En 1542, cuando se encontraba en Santo Domingo, la Real Audiencia de Santo Domingo lo designó como gobernador interino de Honduras, con jurisdicción solamente en la costa norte., mientras la Corona nombraba un gobernador titular Pérez de Cabrera tomó posesión en la ciudad de Trujillo a principios de 1543, pero su designación provocó una grave desavenencia, ya que la Real Audiencia de México había nombrado a don Alonso de Maldonado; además, los pobladores de Honduras decidieron llamar a la gobernación al adelantado de Yucatán Francisco de Montejo.
Debido a graves acusaciones formuladas contra Pérez de Cabrera, la Audiencia de Santo Domingo lo destituyó e informó de lo ocurrido al rey. En carta de 7 de setiembre de 1543, la Corona aprobó que la Audiencia lo hubiera enviado como gobernador de Honduras y lo destituyera al saber que no guardaba la instrucción que le dieron y que había hecho ciertos cohechos. La Corona dispuso finalmente crear la Audiencia de los Confines y suprimr las gobernaciones. El 23 de octubre de 1543, enterado de que Pérez de Cabrera y la gente que había llevado a Honduras habían causado graves daños a los indígenas, ordenó a la Audiencia de los Confines efectuar una investigación. En 1544 Pérez de Cabrera fue sometido al juicio de residencia por el tesorero de Higueras y Honduras Alonso de Valdés, juez nombrado para este efecto.
Debido a la muerte en 1544 del gobernador de Nueva Cartago y Costa Rica Diego Gutiérrez a manos de los indígenas, su hijo y heredero Pedro Gutiérrez de Ayala traspasó sus derechos a Juan Pérez de Cabrera, quien fue nombrado como gobernador de Nueva Cartago y Costa Rica por el emperador Carlos V el 22 de febrero de 1549. En la misma fecha, sin duda para apoyar su acción conquistadora en Nuevo Cartago y Costa Rica, se le designó también como corregidor de "la ciudad de Truxillo de la provincia de cabo de Honduras Higueras e de la villa de Salamanca", cargo que equivalía al de gobernador de Honduras. En los meses siguientes se le concedieron varios privilegios y exenciones para facilitar su expedicón. Sin embargo, debido a que Pérez de Cabrera anunció su propósito de conquistar Nuevo Cartago y Costa Rica "a fuego y a sangre", el 31 de diciembre de 1549 una real cédula dispuso que no entrara a conquistar y poblar esa provincia sino hasta que la Real Audiencia de los Confines le diera instrucciones de cómo proceder en esa conquista para evitar, conforme a las Leyes Nuevas, que los indígenas sufrieran agravio, daño y molestias, y quedando prohibido que se les tomaran por la fuerza sus bienes.
Pérez de Cabrera se trasladó a Trujillo y, conforme se le había mandado, pidió instrucciones a la Real Audiencia de los Confines para la conquista de Nuevo Cartago y Costa Rica, pero como la Audiencia no se las dio, pidió a la Corona que se las girara directamente. Sin embargo, como en 1550 la Corona había decidido suspender temporalmente las conquistas en las Indias, como resultado de la Junta de Valladolid, la Corona decidió el 18 de junio de 1552 nombrarlo como gobernador de Honduras, entretanto se disponía sobre la conquista de Nuevo Cartago y Costa Rica.
Tomó posesión del gobierno de Honduras en 1552 y lo ejerció hasta su fallecimiento en 1555. Según manifestó el cronista Bernal Díaz del Castillo en su Historia verdadera de la conquista de la Nueva España, "ni hizo mal ni bien".
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