El Gobierno y Comandancia General de Maynas fue una división territorial del Imperio español en el Virreinato del Perú, creada mediante una real cédula del 15 de julio de 1802.
Por medio de esa real cédula, el Gobierno de Maynas y el Gobierno de Quijos (excepto el pueblo de Papallacta), que pertenecían al territorio de la Presidencia de Quito en el Virreinato de Nueva Granada hasta la divisoria de aguas de la cordillera Oriental de los Andes, fueron transferidos al Virreinato del Perú. A estos gobiernos se le agregaron los pueblos de Lamas y de Moyobamba ya pertenecientes al Virreinato del Perú, segregándolos del Partido de Chachapoyas en la Intendencia de Trujillo y del Obispado de Trujillo, junto con la ciudad de Santiago de las Montañas segregada del Gobierno de Jaén de Bracamoros y del Obispado de Trujillo. Al mismo tiempo se creó el Obispado de Maynas con igual extensión que la comandancia general, solicitando luego el rey al papa su erección y nombramiento de fray Hipólito Sánchez Rangel como obispo. El obispado fue creado sobre la base de territorios de los obispados de Quito y Trujillo y del Arzobispado de Lima.
Abarcaba aproximadamente el área de los actuales departamentos de San Martín, Loreto y Ucayali.
Esta región, cuyo gobernador dependía directamente del virrey del Perú, recibió un trato especial por razones geopolíticas y militares, tanto fue así que el virrey Gabriel de Avilés y del Fierro, Marqués de Avilés (1801-1806), mandó establecer guarniciones en diferentes puntos de su inmenso territorio y sobre todo en los límites con el Brasil, dado que la tendencia de la entonces enorme colonia portuguesa había sido la de aumentar su extensión, por lo que se hizo indispensable que esas guarniciones estuvieran conformadas por tropas veteranas.
El área formó parte del Virreinato del Perú desde su creación hasta la primera erección del Virreinato de Nueva Granada en 1717, retornando al Perú al suprimirse este en 1723. A partir de la segunda erección del Virreinato de Nueva Granada en 1739 el territorio integró ese virreinato. Fue evangelizado por los jesuitas, quienes crearon allí reducciones, hasta su expulsión en 1768 a causa de la Pragmática Sanción de 1767. El territorio cayó en un casi total abandono, dadas las dificultades de acceso, lo cual hizo temer a la Corona su pérdida. El rey encargó al antiguo gobernador de Maynas, Francisco Requena, que realizara un informe sobre la situación de Maynas. Requena informó que los funcionarios civiles y eclesiásticos de Quito y Bogotá estaban en situación de no poder ocuparse de la región, por lo que sugirió que ésta fuera reincorporada al Virreinato del Perú junto con el Gobierno de Quijos y otras áreas, y que se estableciera un obispado de misiones allí.
Teniendo en cuenta el informe de Requena, el rey dispuso el 15 de julio de 1802 crear el Obispado y la Comandancia General de Maynas. Del contenido de la cédula de 1802 se deduce claramente que su objetivo principal era detener los avances portugueses en los territorios de la corona española.
Las principales razones y circunstancias que obligaron a la corona española a dictarla fueron las siguientes:
La Real Cédula de 1802 dice:
El cumplimiento efectivo de la Real Cédula de 1802 ha sido motivo de disputas posteriores entre los gobiernos del Perú y del Ecuador. Perú ha alegado que la orden fue recibida por el presidente de la Real Audiencia de Quito, Barón de Carondelet, quien mandó cumplirla a los gobernadores de Maynas y Quijos el 20 de febrero de 1803.
Constando también que en diciembre de 1803 el virrey de Nueva Granada, Pedro Mendinueta, en la Memoria a su sucesor, Antonio Amar y Borbón, afirma haberla obedecido.
Mendinueta se dirigió al virrey del Perú en 1803:
Ecuador ha alegado que la orden nunca tuvo cumplimiento efectivo, a pesar de que fuera obedecida. El 7 de febrero de 1804 el presidente de Quito escribió al virrey del Perú:
Perú ha alegado que los límites territoriales de las nuevas repúblicas americanas debían establecerse en base al uti possidetis de 1810.
El 13 de mayo de 1813 fue expedida una Real Orden mandando establecer una distribución de partidos judiciales en las diputaciones provinciales de América, estando Maynas comprendida en la lista de partidos y jueces del Virreinato del Perú presentada el 31 de julio de 1814.
Una vez obtenida la aprobación papal el 28 de mayo de 1803, el rey dictó otra Real Cédula para efectivizar la erección del Obispado de Maynas y la toma de posesión por parte del obispo Sánchez Rangel, mencionando detalladamente la comprensión del obispado:
El 28 de mayo de 1809 el obispo inauguró su obispado.
En una carta al intendente de Trujillo en 1814, Sánchez Rangel describió la comprensión del obispado y comandancia:
El 21 de septiembre de 1811, Sánchez Rangel pidió por carta al rey la supresión del obispado. El obispo no estaba conforme con la extensión del obispado y se hallaba enemistado con el gobernador y con los franciscanos de Ocopa. El Consejo de Indias abrió un expediente y realizó consultas. El 28 de septiembre de 1812, el Consejo de Regencia de España e Indias pidió el "Expediente sobre la erección del Obispado de Maynas y las Cédulas que se expedieron en 1805 acerca de los límites".
El 13 de septiembre de 1813 se dictó una Real Cédula, que dice en su primer artículo que manda a entregar al Ordinario las nuevas Reducciones y Doctrinas que tuviesen más de 10 años de antigüedad, proveyéndose en eclesiásticos seculares, conforme a las Leyes del Patronato. El 26 de septiembre de 1813, el obispo Sánchez Rangel comunicó al Ministro de Ultramar que solo asistían los religiosos de Quito en Maynas y dijo: es fuerza, pues, si se tratan de hacer justicia que se me ponga en otro Obispado que sea menos penoso.
El 1 de mayo de 1814 el censo ejecutado por Sánchez Rangel dice: en 58 Pueblos de los 90 de que se componía aquella Diócesis no habrá más que 8 sacerdotes asistentes, que 3 existían en los extremos del Obispado: 3 en pequeños ríos: 1 en el dilatado curso de los grandes ríos Guallaga y Marañon; y ninguno en el Napo, Putumayo, Ucayale y Pastaza: esto es 60 Pueblos sin Párroco y abandonadas casi todas las Misiones. El mismo obispo exclamaba en 1813: Desde que salieron los jesuitas de estas tierras no ha habido quien se contraiga a su fomento espiritual ni temporal; todos se han buscado a sí mismos. De esta proposición que es absoluta y de una eterna verdad se ha seguido naturalmente lo que estamos viendo y tocando con dolor, que ya no ha quedado cosa alguna de lo que aquellos padres establecieron y solo hay lo que produce la madre naturaleza.
El Consejo de Indias elevó un informe al rey el 19 de junio de 1818, proponiendo la conservación del obispado y de la comandancia general.
El 22 de diciembre de 1814 el presidente de Quito, Toribio Montes, solicitó la creación de una capitanía general en Quito, pidiendo que se incluyera en ella a Maynas, creándose otro expediente en el Consejo de Indias para resolver sobre el pedido.
El 7 de febrero de 1816 Montes informó acerca de las Misiones de Maynas diciendo: "He manifesto a V.E. en informes anteriores, que las Misiones del Marañon se hallan en un sensible atraso, faltándoles el número completamente Ministros evangélicos (...)
En vista del pedido, la Contaduría General de España elevó un informe el 23 de diciembre de 1816:
Con los informes de la Contaduría General y del Fiscal, el Consejo de Indias acordó el 29 de abril de 1819 consultar al rey, proponiendo no aceptar el pedido de Montes.
El obispo Sánchez Rangel señaló en un informe al nuncio papal en Madrid, de fecha 17 de octubre de 1822, las misiones y parroquias del obispado:
El gobernador y comandante general era nombrado por el rey, pudiendo nombrarlo interinamente el virrey. Tenía competencia sobre las causas de justicia, policía, hacienda y guerra.
El virrey del Perú nombró interinamente en sustitución del gobernador Diego Calvo, a Tomás Costa el 7 de junio de 1809. El 11 de octubre de 1809 el rey nombró como gobernador a Antonio Rafael Álvarez, efectivizándose el 21 de marzo de 1810. El 18 de julio de 1813 tomó posesión del cargo José Noriega, quedando interinamente Antonio Simón desde el 21 de octubre de 1818. El virrey lo reemplazó por Carlos Herdoyza el 29 de mayo de 1819. Para 1820 era gobernador Manuel Fernández Álvarez.
El Gobierno de Quijos continuó teniendo un gobernador bajo la autoridad del comandante general y gobernador de Maynas.
Luego de la llegada al Perú del general José de San Martín, el gobernador revolucionario de Trujillo, Marqués de Torre Tagle, ofició el gobernador de Maynas, Manuel Fernández Álvarez, para que jurara la independencia, amenazándolo con la suspensión del situado (subvención económica). En diciembre de 1820 el gobernador se retiró con sus tropas de Moyobamba hacia el centro de la gobernación, seguido por el obispo en enero de 1821, debido a la cercanía de las fuerzas patriotas en Chachapoyas. A fines de febrero de 1821 se internaron en territorio portugués, situándose en Tabatinga. El 10 y 11 de abril de 1821 se produjo la invasión patriota a Moyobamba, desde Chachapoyas, pero uno de los invasores, el teniente José Matos, se pasó a los realistas y consiguió el triunfo apoderándose de armas y municiones. El gobernador retornó a Moyobamba y luego emprendió una expedición contra Chachapoyas, siendo derrotado el 6 de junio en la Batalla de Higos Urco por Matea Rimachi, concertándose un armisticio el 20 de julio. El 17 de agosto el gobernador pidió el parecer a una junta de guerra, que decidió que las fuerzas se refugiaran en Tabatinga, entregando la artillería y municiones al comandante portugués. Luego los patriotas juraron el 19 de agosto la independencia en Moyobamba y otros puntos de Maynas.
El Decreto Supremo del 26 de abril de 1822, firmado por el Marqués de Torre Tagle, transformó la Comandancia General de Maynas en el Departamento de Quijos con derecho a elegir diputados. En 1825 Maynas pasó a integrar parte del Departamento de La Libertad.
En 1822 el Gobierno de Colombia envió al Perú a Joaquín Mosquera a solicitar la restitución de Maynas. El 25 de julio de 1824 el Congreso de la Gran Colombia dictó una ley de división territorial pretendiendo incluir en la Provincia de Pichincha del Departamento de Quito al Cantón de Quijos, según los límites que tenía al tiempo de creación del Virreinato de Nueva Granada. Pretendía incorporar también al Departamento del Azuay la Provincia de Jaén de Bracamoros y Maynas. La negativa peruana a ceder los territorios desencadenó una guerra entre ambos países: La Guerra grancolombo-peruana.
A partir de la ley del 21 de noviembre de 1832 Maynas fue integrada al territorio del nuevo departamento peruano de Amazonas, del cual se separó en 1853, cuando se crea un gobierno político en Loreto.
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