La gobernación del Río de la Plata y del Paraguay hacia 1544 conocida originalmente como gobernación de Nueva Andalucía fue una provincia o división territorial del Imperio español en la zona de la cuenca del Río de la Plata en América del Sur y cuya capital era Asunción. Fue creada a partir de la capitulación del 21 de marzo de 1534 entre Pedro de Mendoza y el emperador Carlos I de España como parte de un grupo de gobernaciones contratadas en que se dividió la exploración y conquista de la Sudamérica española iniciada por la Corona de Castilla.
El territorio originalmente asignado se extendía del océano Atlántico al océano Pacífico y desde la gobernación de Nueva Toledo concedida a Diego de Almagro —al norte, a los 25° 31' 36'' sur (línea de Taltal a Curitiba) 200 leguas hacia el sur (entonces había 17,5 leguas por grado de meridiano)— hasta la gobernación de Nueva León concedida a Simón de Alcazaba y Sotomayor —a los 36° 57' 09'' sur (línea de Coronel a Pinamar)— por lo que comprendía las actuales repúblicas del Paraguay desde Asunción hacia el sur, el centro de Chile, el centro de Argentina, Uruguay y el sur del Brasil desde la parte meridional de su estado de Paraná.
Como los demás adelantazgos indianos, fue una gobernación dependiente directamente del Consejo de Indias, excepto cuando en lo judicial dependió nominalmente de la Real Audiencia de Panamá desde 1539 hasta 1543, y con las fundaciones de las ciudades de Santiago de la Nueva Extremadura por Pedro de Valdivia en 1541 y con la de El Barco del Nuevo Maestrazgo de Santiago del Tucumán por Juan Núñez de Prado en 1550, perdió las jurisdicciones nominales de la costa del Pacífico y el territorio tucumano a favor del virreinato peruano y en donde se erigirían la nuevas gobernaciones de Chile y del Tucumán, hasta que en 1566 todo el territorio residual del Río de la Plata y del Paraguay también quedó como una entidad autónoma dentro del Virreinato del Perú y del distrito de la Real Audiencia de Charcas.
En 1617 se produjo una división de la jurisdicción administrativa, creándose al norte la gobernación del Guayrá —conocida luego como gobernación del Paraguay— con capital en Asunción, y al sur, la gobernación del Río de la Plata con capital en Buenos Aires.
En 1513 una expedición no oficial portuguesa armada por Nuno Manuel y por Cristóbal de Haro y capitaneada por Juan de Lisboa alcanzó el cabo de Santa María, cerca de la boca norte del estuario del Río de la Plata. En Maldonado el 2 de febrero de 1516 Juan Díaz de Solís tomó posesión de la región del Plata en nombre de los reyes de Castilla. Solís, que viajaba hacia el Pacífico, murió el 20 de enero de 1516 en un enfrentamiento con indígenas y la expedición retornó a España. Fernando de Magallanes pasó por el área en marzo de 1520 en su viaje de circunvalación del mundo.
Desviándose de su viaje a las islas de la Especiería, Sebastián Caboto (o Gaboto) realizó la primera fundación en los territorios del Plata en 1527, el fortín de San Lázaro, el 7 de abril –por encontrar un grumete o marinero aprendiz de la expedición de Solís conviviendo con los aborígenes charrúas desde 1516–. Luego remontó el río Uruguay hasta llegar a la desembocadura del entonces bautizado río San Salvador y haciendo unos 20 km aguas arriba, antes del recodo hacia el sur, y fundó en su margen septentrional el Puerto de San Salvador –cerca de la actual Dolores que se encuentra en el margen meridional– dejando una pequeña guarnición en dicho fuerte que fue destruido en 1530 por los yaros y charrúas.
Al continuar con la expedición, descendieron por el río hasta llegar de nuevo al Río de la Plata, remontaron algún brazo del delta del Paraná y así el río homónimo hasta llegar a la desembocadura del río Carcarañá, y en este sitio –actual Puerto Gaboto– el 9 de junio de 1527, fundó el fuerte Sancti Spiritu que fue destruido en septiembre de 1529 por los timbúes, por lo que huyeron hacia el Puerto San Salvador. Cuando Caboto estaba en el río Paraná llegó Diego García de Moguer a Sancti Spiritus que estaba en viaje a la Especiería y se sumó a la exploración que avanzó hasta el río Pilcomayo. Como consecuencia de las derrotas sufridas a manos de los aborígenes locales la expedición decidió regresar a España en octubre de 1530, aprovechando los charrúas a incendiar la abandonada ciudad y quedando el territorio sin poblaciones europeas.
En la Junta de Badajoz-Elvas de 1524 los expertos españoles sostuvieron que la línea demarcatoria del Tratado de Tordesillas pasaba por los 46° 36' oeste (coincidente con São Paulo), pero los portugueses la situaban al este del Río de la Plata, por lo que el rey Juan III de Portugal envió a Martim Afonso de Sousa a colonizarlo. Diversos contratiempos hicieron que no llegara hasta allí y fundara el 22 de enero de 1532 la primera villa del Brasil en São Vicente.
Efectuada la conquista del Imperio inca, y ante la amenaza de que el Río de la Plata fuera ocupado por Portugal, el emperador Carlos I dividió el territorio al sur del Ecuador en 4 gobernaciones, capitulando el 21 de marzo de 1534 con Pedro de Mendoza para conquistar y colonizar la región de la cuenca del Río de la Plata. Mendoza fue designado vitaliciamente (y con derecho a nombrar un heredero) gobernador (mando político), capitán general (mando militar), adelantado (descubridor y conquistador de nuevos territorios), teniente de las fortalezas que edificare, y alguacil mayor (supremo juez de 1° y 2° instancia en lo civil y criminal) de la gobernación de Nueva Andalucía que debía establecer.
Fijando luego la extensión de la gobernación:
El 24 de agosto de 1535 Mendoza zarpó del puerto de Sanlúcar de Barrameda con unos 3000 hombres, y el 22 de enero de 1536 se hizo jurar y reconocer como gobernador en la isla San Gabriel. El 3 de febrero de 1536 fundó el puerto de Nuestra Señora del Buen Ayre, que fue la primera fundación de Buenos Aires.
Juan de Ayolas fundó cerca de donde estuvo el fuerte Sancti Spiritus el fuerte de Corpus Christi el 15 de junio de 1536. A fines de setiembre de 1536 Mendoza viajó a Corpus Christi y lo trasladó 4 leguas más al sur fundando el fuerte de Nuestra Señora de la Buena Esperanza. Poco después el fuerte volvió a establecerse en Corpus Christi y allí se refugiaron los españoles cuando los indígenas incendiaron el puerto de Nuestra Señora del Buen Ayre en diciembre de 1536 (reconstruido poco después). Mendoza envió a Ayolas a explorar el río Paraná, pero enfermo y desanimado delegó el mando a Francisco Ruiz Galán como teniente de gobernador de Buen Ayre, Corpus Christi y Buena Esperanza hasta que Ayolas regresara y decidió embarcarse rumbo a España el 22 de abril de 1537, falleciendo en el viaje el 23 de junio de 1537.
Tras vencer a los guaraníes el 2 de febrero de 1537 Ayolas fundó una fortificación a orillas del río Paraguay a los 20° 41' sur, a la que llamó Fuerte de Nuestra Señora de la Candelaria o Puerto de la Candelaria, en donde dejó como teniente de gobernador al capitán Domingo Martínez de Irala. Ayolas exploró el Chaco Boreal, excediendo los límites de la gobernación, y en el regreso en 1538 murió a manos de los payaguás sin haber asumido el mando delegado por Mendoza.
En busca de Ayolas Juan de Salazar fundó el 15 de agosto de 1537 Nuestra Señora de la Asunción, y cuyo nombre en idioma guaraní es Paraguay. Martínez de Irala abandonó el Puerto de la Candelaria y el 18 de noviembre de 1538 tomó el mando de Asunción. En noviembre de 1538 llegó el veedor del Río de la Plata Alonso de Cabrera, quien llevaba la confirmación real de Ayolas como gobernador y la instrucción de que si este muriera, fuera elegido por el pueblo su sucesor. El 23 de junio de 1539 Cabrera pudo comprobar efectivamente el poder entregado por Juan de Ayolas a Martínez de Irala, por lo que dispuso en forma definitiva fuera reconocido este último como legítimo gobernador interino y capitán general de todas las tierras del Río de la Plata con sede en Asunción.
Corpus Christi fue destruido por los caracaráes el 3 de febrero de 1539 y por orden de Irala a fines de junio de 1541 fue abandonado el puerto de Nuestra Señora del Buen Ayre, quedando Asunción como única población.
Una vez fracasado el adelantazgo de Mendoza, por real cédula del 26 de febrero de 1538 el rey creó la Real Audiencia de Panamá incorporando el Río de la Plata a su territorio jurisdiccional, pero el 20 de noviembre de 1542 se dispuso su disolución.
Estando aun en vigor la capitulación de Pedro de Mendoza, el 21 de agosto de 1536 la reina Juana I de Castilla firmó una capitulación con Gregorio de Pesquera Rosa otorgándole una concesión de 50 leguas de costa a contar desde la isla de Cananéia hasta el río de Santa Catalina, y 100 leguas hacia el interior. La capitulación tenía el objeto de cultivar especias (criar y granjear) durante 20 años, para lo cual el 9 de septiembre de 1536 fue nombrado gobernador con derecho a designar un heredero, reteniendo la corona un tercio de los beneficios que se produjeran.
El área concedida se solapaba con las donaciones hechas por el rey de Portugal en 1534, la capitanía de San Vicente (que llegaba hasta la isla de Mel) y la capitanía de Santana (hasta Laguna), y también con lo capitulado con Pedro de Mendoza, y poco después el rey mandó rasgar la capitulación y quedó sin efecto.
Luego de que Mendoza muriera sin designar heredero, Carlos I firmó una capitulación con Álvar Núñez Cabeza de Vaca el 18 de marzo de 1540 para el mismo territorio. Como no se conocía el destino de Ayolas -a quien Mendoza designó su lugarteniente- el rey concedió el gobierno provisional de la provincia a Núñez Cabeza de Vaca, quedando subordinado a Ayolas si reaparecía, excepto por la isla de Santa Catalina en la que se le otorgaba una merced por 12 años. Faltando Ayolas Álvar Núñez Cabeza de Vaca sería vitalíciamente gobernador, capitán general, alguacil mayor, teniente de las dos fortalezas que podía construir y el 24 de abril de 1540 se le agregó el título de adelantado.
Álvar Núñez Cabeza de Vaca partió el 2 de noviembre de 1540 con tres barcos y 400 soldados, llegando al puerto de San Francisco y a la isla de Santa Catalina el 29 de marzo de 1541. En esta isla perdió dos barcos, por lo que desde allí viajó por tierra hasta Asunción, a donde llegó el 1 de marzo de 1542 tras descubrir las cataratas del Iguazú y tomar posesión de las tierras que denominó Campos de Vera. No estando vivo Ayolas, asumió el gobierno el 13 de marzo de 1542.
Irala fue nombrado maestre de campo por el adelantado y partió al frente de una expedición en busca de la sierra de la Plata. El 6 de enero de 1543 Irala fundó la ciudad de Puerto de los Reyes a orillas del río Paraguay y de la laguna de Jarayes, sobre las costas de la laguna La Gaiba. Desde allí llegó en sus exploraciones hasta el Alto Perú, ya conquistado por otros españoles. El 26 de noviembre de 1543 arribó el adelantado a la nueva población y procedería a hacer una exploración por la región para regresar al puerto el 16 de diciembre del mismo año. El 23 de marzo de 1544 el adelantado consultó a sus capitanes sobre el hecho de abandonar la nueva población o continuar habitándola, por lo cual decidirían por lo primero y partieron todos del Puerto de los Reyes, y llegarían enfermos y cansados el 8 de abril a la ciudad de Asunción.
El 25 de abril de 1544 Álvar Núñez Cabeza de Vaca fue destituido por una sublevación que restauró a Domingo Martínez de Irala como lugarteniente del gobernador y capitán general por elección de los sublevados, y fue enviado preso a España en 1545. La justificación fue: El adelantado Cabeza de Vaca gobernaba tiránicamente, excediéndo en todo la orden de S. M. En 1545 Irala realizó una expedición al Chaco Boreal, dejando como su lugarteniente a Francisco de Mendoza. Al regresar a Asunción en 1549, encontró que una sublevación había decapitado a Francisco de Mendoza, que él había sido depuesto de su cargo el año anterior, que fue elegido Diego de Abreu como teniente de gobernador general de Asunción, y que habían obligado al capitán Gonzalo de Mendoza a que se proclamara gobernador interino. Por nueva elección Irala fue repuesto el 13 de marzo de 1549, quien hizo ajusticiar a Abreu y nombró como teniente de gobernador de Asunción a Gonzalo de Mendoza.
En septiembre de 1548 Martínez de Irala envió a Lima a Ñuflo de Chaves a solicitarle el nombramiento del primero como gobernador del Río de la Plata al presidente de la Real Audiencia de Lima. El 20 de diciembre de 1548 el presidente Pedro de La Gasca, dentro de la jurisdicción que fuera de la gobernación de Nueva Toledo, nombró a Diego Centeno como gobernador, quien se negó y murió antes de asumir. Le asignaba una jurisdicción al norte de Asunción, desde el trópico de Capricornio hasta el Mato Grosso:
El tercer adelantado, Juan de Sanabria, firmó su capitulación el 22 de julio de 1547 en la villa de Aranda de Duero. Se le daba por dos vidas los títulos de adelantado, gobernador, capitán general, alguacil mayor y teniente de las dos fortalezas que podía edificar. Debía fundar una ciudad sobre el Río de la Plata y otra en la costa del Brasil. Su territorio difería del otorgado a los anteriores adelantados y su límite sur se apoyaba en el paralelo 31° sur, desde donde se contaban hacia el norte 200 leguas. Se le asignaba además los territorios que quedaban al sur del paralelo 31° sur entre el Río de la Plata-Paraná y la costa del Atlántico, por lo que la despoblada Buenos Aires quedaba fuera de la jurisdicción. Considerando que la legua era 17,5 por grado, el límite norte se apoyaba en el paralelo 19° 34' 17'' sur, desde Pisagua a Uberaba, en donde alcanzaba la línea del Tratado de Tordesillas y descendía hasta Cananéia. Seguía hacia el sur por la costa atlántica, el Río de la Plata y el Paraná hasta cerca de Santa Elena (Entre Ríos), desde donde iba al oeste hasta alcanzar el océano Pacífico en La Cebada.
Antes de partir hacia América Juan de Sanabria murió a fines de 1548, por lo que su hijo Diego de Sanabria firmó una capitulación el 12 de marzo de 1549 para continuar con la de su padre. Mientras se demoraba la expedición el rey Carlos I nombró como gobernador a Francisco Alanís de Paz el 25 de octubre de 1549, pero no se embarcó a su destino. A principios de 1552 Diego de Sanabria adelantó a Juan de Salazar con parte de la expedición, en la que fue también fue su madre Mencia Calderón. Llegaron a la isla de Santa Catalina en donde la expedición se dividió por desavenencias entre los capitanes Salazar y Hernando de Trejo, permaneciendo el primero dos años entre los portugueses de la capitanía de San Vicente antes de pasar a Asunción y el segundo se estableció en San Francisco de Mbiaza -fundada por Mencia Calderón a fines de 1552- que debió abandonar por hostilidad de los portugueses hasta mayo de 1554. En 1555 partieron hacia Asunción al ser atacada la población por corsarios franceses.
Diego de Sanabria partió con el resto de la expedición, que fue a dar al mar Caribe, desde donde pasó al Perú y luego a Potosí. El 4 de noviembre de 1552 el rey puso fin a la capitulación de Sanabria por incumplimiento.
En 1554 Irala envió a España a su sobrino Esteban de Vergara para que diese cuenta al rey de sus servicios y vicisitudes y, en recompensa, el rey lo nombró gobernador del Río de la Plata. El nombramiento llegó a Asunción el 28 de agosto de 1555 llevado por el primer obispo del Río de la Plata, Pedro Fernández de la Torre.
Durante el gobierno de Martínez de Irala el capitán Juan Romero en 1552 fundó la Villa de San Juan sobre el río San Juan en el departamento de Colonia (Uruguay), que fue inmediatamente destruida por los charrúas. El capitán García Rodríguez de Vergara fundó en 1554 la Villa de Ontiveros al este del río Paraná y al norte del salto del Guayrá.
Martínez de Irala murió el 3 de octubre de 1556 y lo sucedió como gobernador interino Gonzalo de Mendoza. El 26 de febrero de 1557 el rey ordenó al gobernador que fundara un pueblo en donde estaba San Francisco de Mbiaza y otro entre este y Asunción. Ese año Ruy Díaz de Melgarejo trasladó la Villa de Ontiveros a una nueva población denominada Ciudad Real del Guayrá, ubicada cerca de 3 leguas al norte de la confluencia del río Paraná con el río Piquirí.
Ñuflo de Chaves fue enviado desde Asunción a fundar una ciudad en la región de la laguna de los Xarayes, para lo cual partió en 1558 con 23 navíos por el río Paraguay. Como el lugar elegido le pareciera malsano y guiado por los informes de los lugareños sobre la presencia de oro, abandonó el proyecto original y con una parte de sus soldados atravesó el Chaco Boreal, fundando el 1º de agosto de 1559 a orillas del río Guapay el pueblo de Nueva Asunción de la Barranca (pero destruida por lo aborígenes en 1564 y refundada por el teniente de gobernador Lorenzo Suárez de Figueroa con el nombre de San Lorenzo de la Barranca en 1590, hasta que fuera trasladada en 1595).
Cerca de allí Chaves se encontró con Andrés Manso que desde el Perú intentaba fundar una gobernación entre los chiriguanos y para evitar una confrontación sometieron la disputa al virrey del Perú. El 15 de febrero de 1560 el virrey del Perú nombró a su hijo, García Hurtado de Mendoza, gobernador de la provincia de Moxos, desconociendo jurisdicción del Río de la Plata allí. Como residía en Chile nombró su lugarteniente a Ñuflo de Chaves. Andrés Manso no se conformó con el dictamen, resistió las órdenes virreinales y preso fue enviado a La Plata. Trasladando San Lorenzo de la Barranca, el 26 de febrero de 1561 Chaves fundó la ciudad de Santa Cruz de la Sierra. En 1564 Ñuflo de Chaves quedó como gobernador de ambas gobernaciones reunidas como gobernación de Santa Cruz de la Sierra.
Gonzalo de Mendoza falleció el 21 de julio de 1558 y fue elegido gobernador interino Francisco Ortiz de Vergara. Convencidos por Ñuflo de Chaves, Ortiz de Vergara, el obispo y gran parte de la población asuncena iniciaron un fallido éxodo el 19 de octubre de 1564. Como interino en Asunción dejó a su lugarteniente Juan de Ortega.
El 1º de octubre de 1566 el rey contestó una carta al presidente de Lima La Gasca aprobando sus acciones y decidiendo incorporar los territorios de la gobernación de Nueva Andalucía del Río de la Plata al distrito de la Real Audiencia de Charcas y al Virreinato del Perú:
El 20 de febrero de 1567 el presidente de la Audiencia de Lima, Lope García de Castro, depuso a Ortiz de Vergara y nombró a Juan Ortiz de Zárate como gobernador interino del Río de la Plata (Juan de Ortega volvió a su puesto de teniente de gobernador de Asunción hasta el 31 de julio de 1569) a condición de que consiguiera la confirmación real, por lo que viajó a España dejando interinamente el 11 de diciembre de 1568 a Felipe de Cáceres como gobernador.
El 8 de diciembre de 1568 Juan de Garay fue designado como alguacil mayor de las provincias del Plata. Bajo este cargo, a finales de 1569 dio la orden al capitán Ruy Díaz de Melgarejo para fundar una ciudad en el Guayrá que se llamaría Villa Rica del Espíritu Santo, lo que hizo el 14 de mayo de 1570 entre las nacientes de los ríos Piquiri e Ivaí.
El 14 de julio de 1572 Felipe de Cáceres fue depuesto por acusación de herejía, encarcelado y enviado a España. El teniente de gobernador de Asunción, Martín Suárez de Toledo, pasó a ser gobernador interino del Río de la Plata, y ejerciendo el gobierno le encargó a Juan de Garay una expedición por el río Paraná con el objetivo de fundar un pueblo que facilitara a la ciudad de Asunción la salida marítima, fundando el 15 de noviembre de 1573 la ciudad de Santa Fe de la Vera Cruz. El 2 de marzo de 1574 Garay fue elegido por el cabildo santafesino como teniente de gobernador de Santa Fe.
A fines de enero de 1557 Jaime Rasquín, quien había participado de la expedición de Núñez Cabeza de Vaca, presentó al Consejo de Indias un memorial sobre las necesidades del Río de la Plata y un plan de fundaciones pidiendo ser nombrado gobernador. El 30 de diciembre de 1557 el rey Felipe II de España firmó una capitulación con Rasquín por la que en 4 años se comprometía a fundar 4 ciudades:
Recibió los cargos vitalicios de gobernador y capitán general de San Francisco y de las ciudades que estableciera y teniente de las dos fortalezas que podía edificar en San Francisco y la isla San Gabriel.
El 13 de enero de 1558 se lo nombraba también gobernador de Asunción si Irala había muerto, pero no podía agregarla a su gobernación. El 13 de febrero de 1558 se lo autorizó a nombrar un gobernador interino para el caso de que él falleciera. El 15 de septiembre de 1558 se le ordenó desalojar a los franceses de Río de Janeiro (colonia de Francia Antártica) y establecerlos en San Francisco y Sancti Spiritu. El 14 de marzo de 1559 zarpó desde Sanlúcar de Barrameda con tres naves, pero tras la deserción de una de ellas, las otras dos se dirigieron a La Española abandonando la expedición.
En 10 de julio de 1569, el rey capituló con Juan Ortiz de Zárate, nombrándolo adelantado perpetuo, gobernador y capitán general por dos vidas, alguacil mayor y teniente de 3 fortalezas que podía construir:
Ortiz de Zárate recibió inicialmente la misma jurisdicción dada a Pedro de Mendoza, Álvar Núñez Cabeza de Vaca y a Domingo Martínez de Irala, aunque Chile y el Tucumán ya estuviesen gobernadas por otros españoles. A solicitud de Ortiz de Zárate el rey emitió una cédula del 1 de junio de 1570 otorgándole las 200 leguas de costa al sur del Río de la Plata que había antes otorgado a Jaime Rasquín, por lo que el límite sur se desplazó desde los 36° 57' 09'' sur hasta los 48° 21' 15'' sur (línea desde la isla Campana al cabo Guardián) o hasta el estrecho de Magallanes:
El 11 de diciembre de 1571, el rey ordenó a la Real Audiencia de Charcas vigilar las obligaciones de Ortiz de Zárate respecto de fundar dos poblaciones entre Asunción y Charcas, siendo una excepción a la regla de que los adelantados no dependían de otra jurisdicción en las Indias.
La expedición zarpó de España el 17 de octubre de 1572. El 26 de noviembre de 1573 arribó a la isla San Gabriel en donde levantó un fortín y decidió renombrar a la provincia como Nueva Vizcaya. El 29 de diciembre de 1573 se produjo el combate de San Gabriel entre charrúas y españoles, en el que los primeros resultaron triunfantes, por lo que debieron retirarse a la isla Martín García dejando sólo una guardia en la anterior. En mayo de 1573 fundó cerca de la desembocadura del río San Salvador la Ciudad Zaratina o San Salvador, en el mismo sitio en donde Gaboto había fundado un fuerte. El 7 de junio de 1574 confirmó como teniente de gobernador de Santa Fe a Juan de Garay, y el 8 de febrero de 1575 llegó a Asunción asumiendo el cargo el 11 de febrero. Luego restableció en el cargo de teniente de gobernador de Asunción a Diego Ortiz de Zárate y Mendieta.
Juan Ortiz de Zárate murió el 26 de enero de 1576. Había designado como sucesor bajo testamento a quien se casara con su hija Juana Ortiz de Zárate y Yupanqui nacida de la unión con la princesa inca Leonor Yupanqui y mientras se eligiese el candidato ocuparía interinamente el gobierno su sobrino Diego Ortiz de Zárate y Mendieta. Cuando este último tuvo que viajar a Charcas dejó como gobernador interino a su lugarteniente Luis de Osorio, desde el 3 de mayo hasta el 2 de diciembre de 1577.
La ciudad Zaratina fue abandonada el 20 de julio de 1577 debido al asedio charrúa, embarcándose la población hacia Asunción.
El elegido por los parientes del adelantado para esposo de Juana fue el oidor de la Real Audiencia de Charcas Juan Torres de Vera y Aragón, que pasó a ser adelantado por matrimonio el 3 de diciembre de 1577. El matrimonio del oidor que una mujer de su distrito jurisdiccional estaba prohibido por las leyes, por lo que el virrey Francisco de Toledo le impidió ejercer su cargo de oidor y tampoco podía salir de Charcas. Torres de Vera y Aragón designó como teniente de gobernador a Juan de Garay el 20 de julio de 1577.
Garay dirigió una campaña a Itatín —actual estado brasileño de Mato Grosso del Sur— en 1579 y envió al capitán Ruy Díaz de Melgarejo a fundar en 1580 la ciudad de Santiago de Jerez, abandonada poco después. En 1580 Garay venció a los querandíes en el combate de la Matanza y el 11 de junio de 1580 refundó Buenos Aires, llamándola Ciudad de Trinidad, dejando a su puerto el nombre original de Santa María de Buenos Aires. A mediados de 1581 fue por tierra hasta el cabo Corrientes —donde hoy se asienta la ciudad de Mar del Plata— en busca de la mítica Ciudad de los Césares, regresando en enero de 1582. El 20 de marzo de 1583 Garay murió a manos de los querandíes en el río Paraná.
A Garay le sucedió como teniente de gobernador Juan de Torres Navarrete, que asumió el 27 de julio de 1583, gobernando en nombre del adelantado Juan Torres de Vera y Aragón. Por orden de Torres Navarrete el 14 de abril de 1585 Alonso de Vera y Aragón y Calderón (apodado Cara de Perro) fundó Concepción de Buena Esperanza (luego denominada Concepción del Bermejo) en el Chaco Central. Esta ciudad fue visitada camino de Asunción por el adelantado Juan Torres de Vera y Aragón cuando en 1586 fue autorizado en 1586 a visitar su gobernación, ingresando en Asunción el 9 de junio de 1587. El 3 de abril de 1588 Juan Torres de Vera y Aragón se dirigió en barco al paraje de las Siete Corrientes y fundó la ciudad de Corrientes, que denominó Ciudad de Vera. El 7 de abril partió hacia Santa Fe y Buenos Aires dejando como teniente de gobernador en Corrientes a Alonso de Vera y Aragón (alias el Tupí).
El 3 de mayo de 1588 el adelantado designó a Alonso de Vera y Aragón y Hoces como teniente general de gobernador y justicia mayor de Asunción. Luego se trasladó a la ciudad de La Plata, donde inició en 1589 la defensa de su título de adelantado y gobernador como sucesor del adelantado Juan Ortiz de Zárate.
En 1590, Torres de Vera y Aragón se dirigió a España por la vía del Perú y Panamá para reclamar lo que había invertido en las fundaciones de ciudades y revalidar su título de gobernador, cosa que no consiguió. Aunque había de hecho gobernado la provincia por medio de sus tenientes y logrado visitarla, ni las autoridades del Perú ni el rey aprobaron su matrimonio y no se lo reconoció como sucesor de Juan Ortiz de Zárate. El 10 de junio de 1579 el rey había designado como gobernador y capitán general a Vasco de Guzmán y el 13 de noviembre de 1581 designó a Martín García de Loyola, pero ninguno de los dos viajó al Río de la Plata.
Alonso de Vera y Aragón y Hoces entregó el cargo por deposición a Hernando Arias de Saavedra (llamado Hernandarias) el 13 de julio de 1592. En mayo de 1593, el virrey del Perú, Andrés Hurtado de Mendoza, designó gobernador provisorio del Tucumán a Fernando de Zárate. En las costas de Brasil y del Río de la Plata se encontraban algunos corsarios ingleses intentando tomar el puerto de Buenos Aires y entrar por allí a la provincia del Tucumán, para luego tomar el camino hacia Charcas. Como la provincia del Río de la Plata y del Paraguay se encontraba sin gobernador, el virrey le encargó a Fernando de Zárate ambas gobernaciones para que acuda en la defensa del puerto ante un posible ataque de los corsarios.
El rey Felipe II emitió una real cédula el 21 de enero de 1594 confirmándolo como gobernador del Tucumán y del Río de la Plata y del Paraguay. Zárate constituyó en un primer momento como cabecera de gobierno a la ciudad de Santiago del Estero, y en 1594 a Buenos Aires. El 16 de febrero de 1595 mandó a levantar el Fuerte de Buenos Aires y renunció el 1 de julio de 1595 siendo sucedido por Bartolomé Sandoval y Ocampo como teniente de gobernador.
En 1598 sumió Diego Valdez de la Banda, quien murió poco después reasumiendo Hernandarias en 1600, siendo confirmado como gobernador por Felipe III en 1601.
En 1603, el veintisieteavo gobernador de Nueva Andalucía del Río de la Plata Hernandarias modificó la legislación sobre el trabajo de los aborígenes, promoviendo la supresión de las mitas y encomiendas, por las cuales los españoles gozaban de los frutos del trabajo de los nativos a cambio de su evangelización, en la práctica inexistente. Obtuvo la aprobación de esta reforma por parte del rey Felipe III de España, y en 1608 se dispuso la creación de las reducciones jesuíticas y franciscanas en la región del Guayrá (actual estado de Paraná, Brasil).
La gobernación del Río de la Plata y del Paraguay desapareció al ser dividida por la real cédula del rey Felipe III del 16 de diciembre de 1617, por la cual se dividió la antigua gobernación entre dos nuevas gobernaciones llamadas del Río de la Plata y del Guayrá o gobernación del Paraguay.
Durante el gobierno de Hernandarias entre 1615 y 1616 en el actual territorio argentino fueron fundadas las reducciones franciscanas siguientes:
Previamente fue fundada por el gobernador Marín Negrón en 1611:
El adelantamiento y su gobernación de Nueva Andalucía dependía directamente del Consejo de Indias, excepto cuando en lo judicial dependió nominalmente de la Real Audiencia de Panamá desde 1539 hasta 1543, hasta que el 1º de octubre de 1566 pasó a depender de la Real Audiencia de Charcas, que a su vez estaba subordinada a la de Lima, y en lo político-administrativo al Virreinato del Perú.
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