La conquista de Guatemala fue un conflicto que forma parte de la colonización española de América en el territorio de lo que hoy es la república de Guatemala en América Central. Antes de la conquista, este territorio comprendía varios reinos mesoamericanos, la mayoría de los cuales pertenecía a la civilización maya. Muchos conquistadores vieron a los mayas como «infieles» que necesitaban ser pacificados y convertidos a la fuerza al cristianismo, sin tener en cuenta los logros de su civilización. El primer contacto entre los mayas y los exploradores europeos se dio en el siglo xvi, cuando un barco español que navegaba de Panamá a Santo Domingo naufragó en la costa este de la península de Yucatán en 1511. En 1517 y 1519 siguieron varias expediciones españolas que tocaron tierra en diferentes partes de la costa de Yucatán. La conquista española del territorio de los mayas fue un conflicto prolongado que duró casi dos siglos por la tenacidad de la resistencia de los reinos mayas a su integración en el imperio español.
La tecnología y las tácticas españolas y nativas eran muy diferentes. Los pueblos indígenas de Guatemala no solamente carecían de elementos claves de la tecnología del Viejo Mundo como una rueda funcional, caballos, hierro, acero y pólvora, sino que también eran muy susceptibles a las enfermedades del Viejo Mundo contra las cuales no tenían ninguna resistencia. Los mayas preferían las incursiones y la emboscada a la guerra a gran escala, y utilizaban lanzas, flechas y espadas de madera con hojas de obsidiana. Los xincas de la llanura costera del sur utilizaban flechas envenenadas. En respuesta a la caballería española, los mayas del altiplano recurrieron a cavar hoyos con estacas de madera. Los españoles vieron la toma de prisioneros como un estorbo para la victoria final; en cambio, los mayas dieron prioridad a la captura de prisioneros vivos y la apropiación de botín.
Pedro de Alvarado llegó a Guatemala a principios de 1524 al mando de una fuerza mixta compuesta de conquistadores españoles y sus aliados nativos, en su mayoría de Tlaxcala y Cholula. Los nombres geográficos a lo largo de Guatemala tienen topónimos en náhuatl debido a la influencia de estos aliados mexicanos que también sirvieron como guías y traductores para los españoles. Al inicio de la conquista, los kakchiqueles se aliaron con los conquistadores, pero pronto se rebelaron contra las excesivas exigencias tributarias de los españoles; no se rindieron hasta 1530. Mientras tanto, cada uno de los demás reinos mayas del altiplano había sido derrotado por los españoles y sus guerreros aliados, tanto de México como de los reinos mayas previamente subyugados. El pueblo itza' y otros pueblos mayas de las tierras bajas en la cuenca del Petén establecieron contacto con Hernán Cortés por primera vez en 1525, pero el reino itza' era hostil a la invasión de los españoles y mantuvo su independencia hasta 1697, cuando un resuelto ataque de los españoles finalmente derrotó el último reino maya independiente.
Las fuentes que describen la conquista española de Guatemala se componen entre otras de los escritos de los mismos españoles, entre ellos dos de las cuatro cartas escritas por el conquistador Pedro de Alvarado a Hernán Cortés en 1524, en las que describe la primera campaña para subyugar las tierras altas de Guatemala. Estas cartas fueron enviadas a Cortés en Tenochtitlan, pero su autor sabía que su destinatario final era el rey. Dos de estas cartas se perdieron. Gonzalo de Alvarado y Chávez era primo de Pedro de Alvarado. Lo acompañó en su primera campaña en Guatemala y en 1525 fue nombrado alguacil mayor de Santiago de los Caballeros de Guatemala, la recién fundada capital española. Gonzalo escribió un relato que por lo general apoya el de Pedro de Alvarado. El hermano de Pedro de Alvarado, Jorge, escribió otro relato al rey de España, afirmando que fue su propia campaña de 1527-1529 la que estableció la colonia española. Bernal Díaz del Castillo escribió una larga relación de la conquista de México y las regiones vecinas, Historia verdadera de la conquista de la Nueva España. Su relato de la conquista de Guatemala coincide en general con el de los Alvarados. Terminó de escribir su relato en 1568, unos cuarenta años después de las campañas que se describen. Hernán Cortés narró su expedición en Honduras en la quinta de sus Cartas de Relación, en la que detalla el cruce de lo que hoy es el departamento de Petén en Guatemala. El fraile Bartolomé de las Casas, O.P., escribió un relato con mucho más crítico sobre la conquista española de América, e incluyó los relatos de algunos incidentes en Guatemala. Su libro, titulado Brevísima Relación de la Destrucción de las Indias, fue publicado por primera vez en 1552 en Sevilla.
Los aliados tlaxcaltecas que acompañaron a los españoles durante la invasión de Guatemala escribieron sus propios relatos de la conquista. Entre estos se incluía una carta al rey español en la cual se quejaban de los maltratos que habían recibido de los españoles una vez que la campaña hubo terminado. Otros relatos eran formularios rellenados ante los magistrados coloniales con el fin de protestar y presentar una solicitud de recompensa por sus servicios. Han sobrevivido también dos relatos gráficos, pintados en la tradición estilizada pictográfica indígena: el Lienzo de Quauhquechollan, que fue pintado probablemente en Ciudad Vieja en la década de 1530, y el Lienzo de Tlaxcala, realizado en Tlaxcala.
El punto de vista de los mayas vencidos se expresa en varios documentos indígenas, como los Anales de los cakchiqueles que constituyen la crónica Xajil en la que se narra la historia de los kakchiqueles desde su creación mítica hasta 1619, incluyendo la conquista española. Otro ejemplo es la carta al rey español escrita en 1571 por la nobleza vencida de los tzu'tujiles de Santiago Atitlán describe la intensa explotación de los pueblos sometidos.
Francisco Antonio de Fuentes y Guzmán era un historiador colonial guatemalteco de origen español que escribió La Recordación Florida, también llamada Historia de Guatemala. El libro, escrito en 1690, se considera una de las obras más importantes de la historia de Guatemala y es el primero escrito por un autor criollo. La información presentada por De Fuentes y Guzmán con respecto al tamaño de la población indígena y al de sus respectivos ejércitos ha sido corroborada a menudo en investigaciones de campo.
Cristóbal Colón descubrió el Nuevo Mundo para la Corona de Castilla en 1492. Posteriormente, aventureros privados entraron en tratos con la Corona española para conquistar las tierras recién descubiertas a cambio de ingresos fiscales y la potestad de gobernarlas. En las primeras décadas después del descubrimiento de las nuevas tierras, los españoles colonizaron el Caribe y establecieron un centro de operaciones en la isla de Cuba. Tras escuchar rumores de las riquezas del Imperio azteca que se extendía por el continente, al oeste de la isla, Hernán Cortés salió en 1519 con once naves para explorar la costa mexicana. En 1520 un soldado español llegó a México con la viruela; como consecuencia, epidemias devastadoras azotaron las poblaciones nativas de América. En agosto de 1521, la capital azteca de Tenochtitlan había caído ya en manos de los españoles. En menos de tres años desde la caída de Tenochtitlan, los españoles lograron conquistar gran parte de México, extendiendo sus campañas por el sur hasta el istmo de Tehuantepec. El territorio recién conquistado se convirtió en Nueva España, dirigida por un virrey, quien respondía ante el rey de España a través del Consejo de Indias. Hernán Cortés recibió informes de tierras ricas y pobladas en el sur y envió a Pedro de Alvarado a explorar la región.
En el siglo xvi, el territorio que hoy conforma Guatemala estaba dividido en varias ciudades-Estado continuamente envueltas en conflictos. Los más importantes eran los reinos de los pueblos k'iche', kakchiquel, tzu'tujil, chajoma, mam, poqomam y náhua. Todos eran pueblos mayas, con excepción de los Náhuas de Kuskatan, un pueblo nahua relacionado con los aztecas que tenía una serie de pequeñas ciudades-Estado a lo largo de la costa del Pacífico en la llanura del sur de Guatemala y El Salvador. En Guatemala, la capital de los náhuas se encontraba en Itzcuintepec. Los xincas, otro pueblo indígena que no pertenecía a la cultura maya, vivían en el sureste de la zona costera del Pacífico. A la llegada de los españoles, la civilización maya ya existía desde hacía miles de años y había conocido el auge y la caída de grandes ciudades. Sin embargo, los mayas nunca se habían unificado en un solo imperio.
En vísperas de la conquista, el altiplano de Guatemala estaba dominado por varios poderosos Estados mayas. En los siglos que precedieron a la llegada de los españoles, los k'iche', apoyados por los kakchiqueles, habían creado un pequeño imperio que abarcaba gran parte del altiplano occidental de Guatemala y la llanura costera del Pacífico. Sin embargo, en el siglo xv, los aliados kakchiqueles se rebelaron contra la hegemonía de los k'iche' y fundaron un nuevo reino en el sureste del altiplano, cuya capital era Iximché. En las décadas anteriores a la invasión española, el reino kakchiquel logró erosionar la supremacía del k'iche'. Otros grupos del altiplano occidental eran los tzu'tujiles de los territorios cercanos al lago de Atitlán, los mames del altiplano occidental y los poqomames del altiplano oriental.
La ciudad-Estado más poderosa en las tierras bajas del Petén, en el norte de Guatemala, era el reino de los itza', centrado en su capital, Nojpetén, ubicada en una isla en el lago Petén Itzá. El segundo reino más importante en el Petén era el del pueblo ko'woj que se situaba al este de los itza', alrededor de los lagos orientales de Salpetén, Macanché, Yaxhá y Sacnab. De los demás pueblos en la región no se conoce su extensión territorial, ni su composición política; entre ellos se incluyen los pueblos chinamita, kejache, icaiche, lacandon, mopan, manche ch'ol y yalain.
Para los mayas, el objetivo de la guerra no era la completa destrucción del enemigo, sino más bien la toma de cautivos y la obtención de botín. Según las descripciones de los españoles, las armas de guerra de los mayas del Petén incluían arcos y flechas, estacas afiladas, lanzas con cabezas de pedernal y espadas a dos manos hechas de madera fuerte con hojas cortantes de obsidiana, semejantes al macuahuitl azteca. Pedro de Alvarado describió que los xincas de la costa del Pacífico atacaron a los españoles con lanzas, estacas y flechas envenenadas. Los guerreros mayas usaban unas armaduras corporales fabricadas con algodón acolchado que había sido empapado en agua salgada para endurecerlas; la armadura resultante era más resistente que la de acero usada por los españoles. Históricamente, las tácticas de guerra preferidas de los mayas incluían emboscadas e incursiones y su aplicación puso en apuros a los españoles. Para contrarrestar el uso de la caballería por los españoles, los mayas del altiplano cavaron hoyos en las carreteras, revistiéndolos con estacas afiladas y endurecidas al fuego, ocultadas con hierba y malezas, táctica que mató a numerosas monturas según relatos de los kakchiqueles.
Todos los conquistadores eran voluntarios y la mayoría de ellos no tenía salarios, sino que recibían una parte del botín de las victorias en forma de metales preciosos, concesiones de tierras y mano de obra nativa. Muchos de los españoles eran soldados experimentados que habían participado en campañas militares en Europa. La incursión inicial en Guatemala fue dirigida por Pedro de Alvarado que ganó el título militar de adelantado en 1527; era responsable ante la Corona española a través de Hernán Cortés en México. Entre los primeros conquistadores se incluían también tres hermanos de Pedro de Alvarado: Gómez de Alvarado, Jorge de Alvarado y Gonzalo de Alvarado, así como sus primos Gonzalo de Alvarado y Chávez, Hernando de Alvarado y Diego de Alvarado. Pedro Portocarrero era un noble que se unió a la invasión inicial. Bernal Díaz del Castillo era un noble menor que acompañó a Hernán Cortés cuando cruzó las tierras bajas del norte y también participó en la invasión de Pedro de Alvarado en el altiplano.
El armamento y las tácticas españoles eran muy diferentes de las de los pueblos indígenas de Guatemala. Incluían el uso de arcos, ballestas, armas de fuego (fusiles y cañones), perros de ataque y caballos de guerra. Para los pueblos mesoamericanos, la captura de prisioneros era un importante objetivo de guerra, mientras que para los españoles la toma de prisioneros era un obstáculo para la victoria final. A pesar del nivel de sofisticación de su cultura, los habitantes de Guatemala carecían de elementos claves de la tecnología del Viejo Mundo, tales como el uso de hierro y acero y ruedas funcionales. El uso de espadas de acero fue tal vez la mayor ventaja tecnológica de los españoles, aunque en ocasiones el despliegue de la caballería también contribuyó al triunfo sobre las tropas indígenas. Por otro lado, los españoles quedaron tan impresionados por la armadura de algodón acolchado de sus enemigos mayas, que la preferían a su propia armadura de acero.
En Guatemala, los españoles emplearon habitualmente aliados indígenas en las batallas. Al principio se trataba de aliados nahuas traídos desde México, más tarde estos contingentes también incluían mayas. Se estima que a cada soldado español en el campo de batalla le acompañaban por lo menos diez auxiliares nativos. A veces había hasta treinta guerreros indígenas por cada español, y fue la participación de estos aliados mesoamericanos la que resultó decisiva durante la conquista.
Los españoles buscaron concentrar la población indígena en nuevos asentamientos coloniales, o reducciones. Muchos indígenas se resistieron a vivir en estas reducciones prefiriendo huir hacia regiones inaccesibles, tales como las montañas y los bosques.
Las epidemias que fueron accidentalmente introducidas por los españoles incluyeron la viruela, el sarampión y la gripe. Estas enfermedades, junto con el tifus y la fiebre amarilla, tuvieron un gran impacto sobre las poblaciones mayas. Epidemias catastróficas diezmaron los ejércitos y las poblaciones indígenas, incluso antes de que se libraran las primeras batallas. Se estima que el noventa por ciento de la población indígena había perecido en las epidemias que azotaron la región en el primer siglo después del contacto con los europeos.
En 1519 y 1520, antes de la llegada de los españoles a la región, una serie de epidemias recorrió el sur de Guatemala. Mientras que los españoles estaban ocupados con el derrocamiento del Imperio azteca, una terrible plaga ya golpeó Iximché, la capital kakchiquel. La ciudad de Q'umarkaj, capital de los k'iche', también pudo haber sufrido la misma epidemia, y es probable que la misma combinación de viruela y peste pulmonar se extendiese por todo el altiplano guatemalteco. Basado en el conocimiento moderno del impacto de estas enfermedades sobre las poblaciones que no habían sido expuestas previamente a ellas, se estima que el 33-50 % de la población del altiplano pereció como consecuencia de la epidemia. El nivel de población en el altiplano de Guatemala no se recuperó al estado anterior a la conquista hasta mediados del siglo xx. En 1666 la peste o tifus murino afectó a lo que hoy es el departamento de Huehuetenango. La viruela se registró en San Pedro Saloma, en 1795. Cuando los españoles capturaron Nojpetén en 1697, se estima que sesenta mil mayas vivían alrededor del lago Petén Itzá, incluyendo un gran número de refugiados procedentes de otras áreas. Se calcula que el 88 % de ellos murió durante los primeros diez años de dominio colonial, debido a los efectos de las enfermedades y la guerra.
La conquista de las tierras altas se vio dificultada por la multitud de entidades políticas independientes en la región que los conquistadores habían de someter, en lugar de tener que enfrentarse a un solo aunque poderoso enemigo, como había ocurrido en el centro de México. Después de que los españoles conquistasen Tenochtitlan, capital de los aztecas, en 1521, los kakchiqueles de Iximché enviaron emisarios a Hernán Cortés a declarar su lealtad al nuevo gobernante de México. Es incluso posible que los k'iche' de Q'umarkaj enviasen una delegación. En 1522, Cortés mandó a sus aliados mexicanos a explorar la región de Soconusco, en las tierras bajas de Chiapas, donde se reunieron con nuevas delegaciones mayas en Tuxpan, tanto de Iximché como de Q'umarkaj. En este encuentro los emisarios de ambos poderosos reinos mayas declararon su lealtad al rey de España. No obstante, pronto los aliados de Cortés en Soconusco le informaron de que los k'iche' y kakchiqueles no cumplían con su palabra, sino que hostigaban a los aliados de los españoles en la región. En respuesta, Cortés mandó a Pedro de Alvarado con una caballería de ciento ochenta hombres montados, una infantería de trescientos soldados armados con ballestas, arcabuces, cuatro cañones y gran cantidad de munición y pólvora, y cientos de guerreros mexicanos aliados de Tlaxcala y Cholula. Llegaron a Soconusco en 1523. Pedro de Alvarado ya era conocido por la infame masacre de los nobles aztecas en Tenochtitlan y, de acuerdo a Bartolomé de las Casas, cometió más atrocidades durante la conquista de los reinos mayas de Guatemala. Algunos grupos permanecieron leales a los españoles una vez que hubieron aceptado la conquista, entre ellos los zutijiles y los k'iche' de Quetzaltenango, y les proporcionaron guerreros para contribuir a extender sus dominios. Sin embargo, otros grupos no tardaron en rebelarse y en 1526 ocurrieron numerosas insurrecciones en las tierras altas de Guatemala.
Avanzando a lo largo de la llanura costera del Pacífico, Pedro de Alvarado no encontró oposición hasta llegar al río Samalá en el oeste de Guatemala. Esta región formaba parte del reino k'iche' y tropas k'iche's trataron de impedir el cruce del río. No obstante, los conquistadores lograron cruzarlo y saquearon los asentamientos cercanos con el fin de aterrorizar a la población y disuadirla de realizar futuros actos de resistencia. El 8 de febrero de 1524, después de forzar su paso del río, el ejército de Alvarado libró una batalla en Xetulul, llamado Zapotitlán por sus aliados mexicanos y actualmente conocido como San Francisco Zapotitlán. Aunque sufrieron muchas heridas infligidas por los arqueros k'iche's que lo defendían, los españoles y sus aliados tomaron el pueblo por asalto e instalaron un campamento en la plaza central. Luego, Alvarado volvió a dirigirse río arriba internándose en la Sierra Madre y cruzando el paso hacia el valle fértil de Quetzaltenango, en el centro del reino k'iche'. El 12 de febrero de 1524, los aliados mexicanos de Alvarado fueron emboscados en el paso y rechazados por los guerreros k'iche's, pero la carga de la caballería española que siguió causó honda impresión a los k'iche's, que nunca antes habían visto caballos. La caballería logró dispersar a las tropas k'iche's y los españoles se acercaron a la ciudad de Xelajú (Quetzaltenango), que encontraron abandonada por sus habitantes. Si bien la opinión común es que el príncipe k'iche' Tecún Umán murió en la batalla cerca de Olintepeque al norte de Quetzaltenango, los relatos de los españoles dejan claro que al menos uno y posiblemente dos de los señores de Q'umarkaj fallecieron en los intensos combates durante el acercamiento inicial a Quetzaltenango. Sin embargo, según la noción común, Tecún Umán falleció durante la batalla de El Pinar, y, de acuerdo con la tradición local, murió en los Llanos de Urbina al sureste de Quetzaltenango, cerca del actual pueblo de Cantel.
En su tercera carta a Hernán Cortés, Pedro de Alvarado describió la muerte de uno de los cuatro señores de Q'umarkaj en las cercanías de Quetzaltenango. La carta, fechada el 11 de abril de 1524, fue escrita durante su estancia en Q'umarkaj. Casi una semana después, el 18 de febrero de 1524, el ejército k'iche' se enfrentó nuevamente a las fuerzas españolas en el valle de Quetzaltenango. Los k'iche's fueron derrotados y sufrieron grandes pérdidas, incluyendo muchos de sus nobles. Tan alto era el número de muertos entre los combatientes k'iche's que se le dio el nuevo nombre de Xequiquel («bañado en sangre») a Olintepeque. Esta batalla agotó las fuerzas militares de los k'iche's, que finalmente pidieron la paz y ofrecieron el pago de tributo, invitando a Pedro de Alvarado a su capital Q'umarkaj. Alvarado desconfiaba profundamente de las intenciones de los k'iche's, pero aceptó la invitación y se dirigió con su ejército a Q'umarkaj, llamado Utatlán Tecpan por los aliados de habla náhuatl de los españoles.
En marzo de 1524, Pedro de Alvarado llegó a Q'umarkaj después de haber aceptado la invitación de los jefes k'iche' tras la catastrófica derrota de este en el valle de Quetzaltenango. Aunque temía una trampa por parte de los k'iche's, Alvarado entró en Q'umarkaj, pero en lugar de aceptar alojamiento dentro de la ciudad, prefirió instalar su campamento en la llanura fuera de la ciudad. Ante la amenaza que representaba el gran número de guerreros k'iche' reunidos fuera de la ciudad y temiendo que su caballería no fuese muy efectiva en las estrechas calles de Q'umarkaj, Alvarado invitó a los más altos caudillos de Q'umarkaj —Oxib-Keh, el ajpop o rey, y Beleheb-Tzy, el ajpop k'amha o rey electo— a visitarlo en su campamento. Tan pronto como lo hicieron, se apoderó de ellos y los retuvo como prisioneros en su campamento. Cuando los guerreros k'iche's se dieron cuenta de lo que había sucedido, atacaron a los españoles y a sus aliados indígenas y lograron matar a uno de los soldados españoles. En este momento Alvarado ordenó que los señores capturados fueran quemados vivos y, después de repeler el ataque, procedió a incendiar toda la ciudad. Tras la destrucción de Q'umarkaj y la ejecución de sus gobernantes, Pedro de Alvarado envió mensajes a Iximché, la capital de los kakchiqueles, proponiendo una alianza para neutralizar la resistencia del resto de los bastiones de los k'iche'. Alvarado escribió que Iximché envió cuatro mil guerreros para ayudarle en su campaña, aunque las escrituras de los kakchiqueles mencionan que solo enviaron cuatrocientos.
El 14 de abril de 1524, poco después de la derrota de los k'iche's, los españoles fueron invitados a Iximché, donde fueron bien recibidos por los gobernantes Belehe Qat y Cahi Imox. Los reyes kakchiqueles proporcionaron guerreros que ayudaron a los conquistadores en la campaña que emprendieron para aplastar la resistencia de los k'iche's y derrotar al reino vecino de los tzu'tujiles. Los españoles solo se quedaron brevemente en Iximché antes de continuar su marcha y pasar por el lago de Atitlán, Escuintla y Cuscatlán. Regresaron a la capital kakchiquel el 23 de julio de 1524. El 27 de julio (1 q'at en el calendario kakchiquel), Pedro de Alvarado declaró Iximché primera capital de Guatemala, llamándola Santiago de los Caballeros de Guatemala. Los españoles llamaron «Guatemala» a Iximché, palabra que deriva del náhuatl Quauhtemallan, que significa «tierras forestales». Dado que los conquistadores eligieron Iximché para fundar su primera capital en la región, tomaron el nombre náhuatl utilizado por sus aliados mexicanos y lo aplicaron tanto a la nueva ciudad española, como (por extensión) a la capitanía general. De ahí proviene el nombre actual del país.
Los kakchiqueles aparentemente se aliaron con los españoles para derrotar a sus enemigos, los tzu'tujiles, cuya capital era Tecpán Atitlán. A petición de los gobernantes kakchiqueles, Pedro de Alvarado envió dos emisarios kakchiqueles a Tecpán Atitlán; ambos fueron ejecutados por los tzu'tujiles. Cuando los españoles en Iximché recibieron la noticia de la muerte de los emisarios, marcharon con sus aliados kakchiqueles en contra de los tzu'tujiles. Pedro de Alvarado salió solo cinco días después de haber llegado en Iximché, con una caballería de sesenta hombres montados, ciento cincuenta soldados de infantería españoles y un número indeterminado de guerreros kakchiqueles.
Los españoles y sus aliados llegaron a la orilla del lago sin encontrar oposición, tras una dura marcha de un día. Viendo la ausencia de resistencia, Alvarado se adelantó a lo largo de la orilla del lago con un contingente de caballería formado por treinta hombres jinetes. Frente a una isla poblada, los españoles finalmente encontraron guerreros tzu'tujiles hostiles y lanzaron una carga de caballería, dispersándolos y persiguiéndolos hacia un estrecho paso a través del cual huyeron los tzu'tujiles sobrevivientes. Como la calzada era demasiado estrecha para los caballos, los conquistadores desmontaron y cruzaron a la isla antes de que los habitantes pudieran destruir los puentes. El resto del ejército de Alvarado llegó para reforzar a la vanguardia y logró apoderarse de la isla. Los tzu'tujiles supervivientes huyeron por el lago, nadando a otra isla. Como las trescientas canoas enviadas por los kakchiqueles aún no habían llegado, los españoles no pudieron perseguirlos. Esta batalla tuvo lugar el 18 de abril.
Al día siguiente, los españoles entraron en Tecpán Atitlán, pero encontraron la ciudad desierta. Pedro de Alvarado instaló su campamento en el centro de la ciudad y envió exploradores para encontrar al enemigo. Lograron atrapar a algunos lugareños que mandaron como mensajeros a los gobernantes tzu'tujiles, ordenándoles someterse al rey de España. En respuesta los reyes tzu'tujiles decidieron rendirse a Pedro de Alvarado y juraron lealtad a España; entonces Alvarado les consideró pacificados y regresó a Iximché. Tres días después de su regresó a Iximché, los reyes de los tzu'tujiles se presentaron ante Pedro de Alvarado para jurar lealtad y ofrecer tributo a los conquistadores. Poco tiempo después, un número de señores nobles provenientes de las tierras bajas del Pacífico llegaron para jurar lealtad al rey de España, pero Alvarado no incluyó los nombres en sus cartas. Estos confirmaron los informes de los kakchiqueles que indicaban que, más allá de sus propias tierras, en la llanura del Pacífico, se encontraba un reino, llamado Izcuintepeque en náhuatl y Panatacat en kakchiquel, cuyos habitantes eran belicosos y hostiles hacia sus vecinos.
Pedro de Alvarado no tardó en exigir tributo de los kakchiqueles, agriando la amistad entre los dos pueblos. Exigió que los reyes kakchiqueles entregaran mil hojas de oro, con un valor de quince pesos cada una. Cuando un sacerdote kakchiquel predijo la destrucción de los españoles por los dioses kakchiqueles, la población kakchiquel abandonó la ciudad el 28 de agosto de 1524 (7 Ahmak en el calendario kakchiquel), refugiándose en los bosques y las colinas. Diez días después, los españoles declararon la guerra a los kakchiqueles. Dos años más tarde, el 9 de febrero de 1526, un grupo de dieciséis desertores españoles quemó el palacio del Ahpo Xahil, saqueó los templos y secuestró a un sacerdote, actos que los kakchiqueles atribuyeron a Pedro de Alvarado. El conquistador Bernal Díaz del Castillo relató que en 1526 regresó a Iximché y pasó la noche en la «vieja ciudad de Guatemala», junto con Luis Marín y otros miembros de la expedición de Hernán Cortés a Honduras. Mencionó que las casas de la ciudad todavía estaban en excelente estado. Su relato fue la última descripción de la ciudad cuando aún estaba habitable.
Los españoles fundaron una nueva ciudad en la cercanía que llamaron Tecpán Guatemala; tecpán es la palabra náhuatl para «palacio» y el nombre de la nueva ciudad significa «el palacio entre los árboles». Sin embargo, debido a los continuos ataques de los kakchiqueles, los españoles abandonaron Tecpán en 1527 y se trasladaron al valle de Almolonga, hacia el este, donde fundaron una nueva capital en el sitio que hoy es conocido como el barrio de San Miguel Escobar en la Ciudad Vieja, cerca de Antigua Guatemala.
La insurrección de los kakchiqueles duró varios años, pero el 9 de mayo de 1530, agotados por la guerra que había causado la muerte de sus mejores guerreros y el abandono forzoso de sus cultivos, los dos reyes de los linajes más importantes regresaron de sus refugios. Un día más tarde, muchos nobles y sus familias se juntaron a ellos, seguidos de muchas otras personas, para finalmente rendirse en la nueva capital española de Ciudad Vieja. Los antiguos habitantes de Iximché fueron dispersados, algunos trasladados a Tecpán, otros a Sololá u otros asentamientos alrededor del lago de Atitlán.
A pesar de que había existido un estado de guerra entre los mames y los k'iche' de Q'umarkaj después de la rebelión de los kakchiqueles contra sus antiguos aliados k'iche', se produjo un cambio en el panorama político con la llegada de los conquistadores. Pedro de Alvarado describe que el rey mam Kayb'il B'alam fue recibido con gran honor en Q'umarkaj mientras él estaba allí. La expedición española contra Zaculeu se inició aparentemente tras la amargura k'iche' por su incapacidad de controlar a los españoles en Q'umarkaj, mientras que el plan para tenderle una trampa a los conquistadores dentro de la ciudad hubiera sido sugerido por el rey mam. Dado que la fracasada estratagema procedía de los mam y no de los k'iche', la ejecución de los reyes k'iche' se consideró injusta. La sugerencia por parte de los k'iche' de marchar contra los mames en Zaculeu fue rápidamente adoptada por los españoles.
En la época de la conquista, la mayor concentración de población mam se situaba en Xinabahul (también escrito Chinabjul), hoy la ciudad de Huehuetenango, pero las fortificaciones de Zaculeu fueron utilizadas como refugio durante la conquista. En 1525, Zaculeu fue atacado por Gonzalo de Alvarado y Contreras, hermano del conquistador Pedro de Alvarado, con un grupo de cuarenta jinetes, ochenta soldados de infantería españoles, y unos dos mil aliados mexicanos y k'iche'. Gonzalo de Alvarado salió del campamento español de Tecpán Guatemala en julio de 1525 y marchó a la ciudad de Totonicapán, que utilizó como base de suministro. Desde Totonicapán la expedición se dirigió hacia el norte a Momostenango, aunque su avance fue lento por las fuertes lluvias. Los españoles tomaron rápidamente Momostenango después de una batalla de cuatro horas. Al día siguiente, Gonzalo de Alvarado marchó hacia Huehuetenango, pero fue enfrentado por un ejército de cinco mil guerreros mames de Malacatán (actualmente conocido como Malacatancito). El ejército mam avanzó por la planicie en formación de batalla e hizo frente a una carga de caballería española que causó mucha confusión y caos; la infantería atacó luego a los guerreros mames que habían sobrevivido al embate de la caballería. Gonzalo de Alvarado dio muerte con su lanza al jefe mam Canil Acab, quebrantando así la resistencia del ejército mam, tras lo cual los guerreros supervivientes huyeron a los cerros. Alvarado no encontró oposición al entrar en Malacatán, descubriendo que la ciudad solo estaba ocupada por los enfermos y los ancianos. Mensajeros de los dirigentes de la comunidad llegaron desde los cerros y ofrecieron su rendición incondicional, que Alvarado aceptó. El ejército español descansó unos días y luego siguió adelante a Huehuetenango, que encontró desierta. Kayb'il B'alam había recibido la noticia del avance de los españoles y se había retirado a su fortaleza de Zaculeu. Alvarado envió un mensaje a la fortificación, proponiendo los términos para la rendición pacífica del rey mam, quien optó por no responder.
Kayb'il B'alam defendía Zaculeu al mando de unos seis mil guerreros provenientes de Huehuetenango, Cuilco, Ixtahuacán y la propia Zaculeu. La fortaleza estaba rodeada por profundos barrancos en tres lados y defendida por un formidable sistema de muros y zanjas. A pesar de ser ampliamente superado en número, en una proporción de dos a uno, Gonzalo de Alvarado decidió atacar el acceso norte de Zaculeu donde las defensas eran más débiles. Inicialmente los defensores mantuvieron su control sobre los accesos septentrionales ante la infantería española, pero se retiraron finalmente por las repetidas cargas de la caballería. Aunque unos dos mil guerreros del núcleo de Zaculeu acudieron a reforzar las defensas mames que protegían el acceso a la fortaleza, los mames se dieron cuenta de que no podían rechazar a los españoles. Al ver que la victoria en campo abierto no era posible, Kayb'il B'alam retiró a su ejército dentro de las murallas de Zaculeu. Mientras las fuerzas de Alvarado se atrincheraban y ponían sitio a la fortaleza, un ejército de socorro mam, con unos ocho mil guerreros procedentes de pueblos aliados con Kayb'il B'alam, se dirigió hacia Zaculeu desde la sierra de los Cuchumatanes en el norte. Alvarado dejó la supervisión del asedio a Antonio de Salazar y marchó hacia el norte para enfrentarse al ejército mam. Este era capaz de medirse con la infantería española y sus aliados, pero estaba desorganizado y era vulnerable a las repetidas cargas de la experimentada caballería española. Así, el ejército de auxilio fue desbaratado y aniquilado, lo que permitió a Alvarado volver a reforzar el cerco de Zaculeu. Después de varios meses, los mames se vieron reducidos a la hambruna. Finalmente Kayb'il B'alam rindió la ciudad a los españoles a mediados de octubre de 1525. Cuando estos entraron en la fortaleza, encontraron mil ochocientos nativos muertos y a los sobrevivientes comiéndose los cadáveres para subsistir. Después de la caída de Zaculeu, una guarnición española se estableció en Huehuetenango, bajo el mando de Gonzalo de Solís. Gonzalo de Alvarado regresó a Tecpán Guatemala para informar a su hermano de su victoria.
En 1525, Pedro de Alvarado envió un pequeño contingente a conquistar Mixco Viejo (Chinautla Viejo), la capital del reino poqomam. Cuando los españoles se acercaron, los habitantes se encerraron en la ciudad fortificada. Los conquistadores y sus aliados intentaron atacar desde el oeste a través de un estrecho paso, pero sufrieron grandes pérdidas y se vieron obligados a retirarse. Alvarado lanzó el segundo asalto con doscientos aliados tlaxcaltecos, pero también fue rechazado por los defensores. Los poqomames recibieron refuerzos, posiblemente de Chinautla, y ambos ejércitos se enfrentaron en campo abierto a las afueras de la ciudad. La batalla fue caótica y se prolongó durante la mayor parte del día, pero finalmente la caballería española decidió la suerte del combate al obligar a los refuerzos poqomames a retirarse. Los jefes de los refuerzos se rindieron a los españoles tres días después de la retirada y revelaron que la ciudad tenía una entrada secreta, una cueva que conducía a su interior desde un río cercano y que les permitía a los habitantes salir y entrar en ella sin ser observados por los sitiadores.
Con el conocimiento obtenido de los prisioneros, Alvarado mandó a cuarenta hombres a cubrir la salida de la cueva y puso en marcha un nuevo asalto a lo largo del barranco desde el oeste, en fila india debido a la estrechez del pasaje, con los ballesteros alternando con soldados armados de mosquetes, cada uno con un compañero protegiéndolo de las flechas y piedras con un escudo. Esta táctica permitió a los españoles atravesar el paso y tomar por asalto la entrada de la ciudad. Los guerreros poqomames se retiraron desordenadamente a través de la ciudad y fueron perseguidos por los conquistadores y sus aliados. Los que lograron replegarse hacia el valle vecino fueron emboscados por la caballería española que había sido enviada a bloquear la salida de la cueva. Los sobrevivientes fueron capturados y llevados a la ciudad. El asedio había durado más de un mes por las buenas defensas del lugar; Alvarado ordenó que se quemara la ciudad fortificada y que se trasladara a los habitantes al nuevo asentamiento colonial de Mixco.
No hay fuentes primarias que describan la conquista del reino chajoma por los españoles, pero es probable que fuese una campaña prolongada en vez de una victoria rápida. La única descripción de la conquista del reino chajoma es una relación de una fuente secundaria que aparece en la obra de Francisco Antonio de Fuentes y Guzmán en el siglo xvii, mucho tiempo después de que tuviese lugar. Después de su victoria, los conquistadores ordenaron que la población oriental del reino chajoma se reasentara en San Pedro Sacatepéquez, incluyendo algunos de los habitantes de la zona arqueológica que ahora se conoce como Mixco Viejo (Jilotepeque Viejo). El resto de la población de Mixco Viejo, junto con los habitantes de la parte occidental del reino, tuvo que instalarse en San Martín Jilotepeque. Los chajoma se rebelaron contra los españoles en 1526, librando una batalla en Ukub'il, un lugar no identificado en la cercanía de las ciudades modernas de San Juan Sacatepéquez y San Pedro Sacatepéquez.
En el período colonial, se obligó a la mayor parte de la población chajoma superviviente a mudarse a San Juan Sacatepéquez, San Pedro Sacatepéquez y San Martín Jilotepeque. Este reasentamiento formaba parte de la política española de «congregaciones» y, de las tres, la población se trasladó a la localidad que estaba más cerca de las tierras que tenía antes de la conquista. Algunos kakchiqueles de Iximché también parecen haber sido reubicados en estas ciudades. Sin embargo, una parte de la población chajoma regresó a sus territorios precoloniales, donde creó nuevos asentamientos informales y libró combates con los poqomam de Mixco y Chinautla a lo largo de la antigua frontera entre ambos reinos precolombinos. Con el tiempo, algunos de estos asentamientos recibieron reconocimiento oficial, como el de San Raimundo cerca de Sacul.
En la época de la conquista, la región de Chiquimula de la Sierra, que ocupaba la zona del actual departamento de Chiquimula al este de los antiquos reinos poqomam y chajoma, estaba habitada por la población maya ch'orti. El primer reconocimiento español de esta región lo llevó a cabo en 1524 una expedición en la que participaron Hernando de Chávez, Juan Durán, Bartolomé Becerra y Cristóbal Salvatierra, entre otros. En 1526, tres capitanes españoles, Juan Pérez Dardón, Sancho de Barahona y Bartolomé Becerra, invadieron Chiquimula a las órdenes de Pedro de Alvarado. La población indígena no tardó en rebelarse contra las exigencias excesivas de los españoles, pero la rebelión fue rápidamente sofocada en abril de 1530. Sin embargo, la región no fue considerada totalmente conquistada hasta la campaña encabezada por Jorge de Bocanegra en 1531-1532, que también abarcó algunas partes de Jalapa. Las aflicciones de las enfermedades del Viejo Mundo, la guerra y el exceso de trabajo en las minas y encomiendas afectaron profundamente a los habitantes nativos del oriente de Guatemala, en tal medida que la población indígena nunca se recuperó hasta los niveles anteriores a la conquista.
En los diez años posteriores a la caída de Zaculeu, diversas expediciones españolas se dirigieron hacia la sierra de los Cuchumatanes para contribuir en la compleja y gradual conquista de los pueblos chuj y q'anjob'al. La esperanza de extraer oro, plata y otras riquezas atraía a los españoles a la región montañosa, pero su lejanía, la dificultad del terreno y la densidad de población relativamente baja hicieron que su conquista y explotación resultaran difíciles. Se estima que la población de los Cuchumatanes alcanzaba los doscientos sesenta mil habitantes antes del contacto con los europeos. A la llegada de los españoles en la región, empero, la población ya había caído hasta los ciento cincuenta mil habitantes como consecuencia de las enfermedades del Viejo Mundo que les habían precedido.
Incluso después de que la parte occidental de la sierra de los Cuchumatanes fuese conquistada por los españoles, los ixiles y uspantecos (uspantek) estaban lo suficientemente aislados como para evitar atraer la atención de estos. Los uspantecos e ixiles eran aliados y en 1529, cuatro años después de la conquista de Huehuetenango, los guerreros uspantecos hostigaron a las fuerzas españolas mientras Uspantán trataba de fomentar la rebelión entre los k'iche'. La actividad uspanteca se hizo lo suficientemente problemática como para que los españoles decidieran que era necesario tomar medidas militares. Gaspar Arias, magistrado de Guatemala, penetró en los Cuchumatanes orientales con una columna de infantería formada por sesenta soldados españoles y trescientos guerreros aliados indígenas. A principios de septiembre, había logrado imponer temporalmente la autoridad española sobre los pueblos ixiles de Chajul y Nebaj. El ejército español luego marchó al este, hacia Uspantán. En ese momento, Arias recibió aviso de que el gobernador en funciones de Guatemala, Francisco de Orduña, lo había destituido como magistrado. Arias entregó entonces el mando al inexperto Pedro de Olmos con el fin de volver a Guatemala y enfrentarse a Orduña. A pesar de que sus oficiales lo desaconsejaron, Olmos decidió lanzar un asalto frontal a la ciudad, que resultó desastroso. Tan pronto como comenzó el asalto español, más de dos mil guerreros uspantecos acometieron a los atacantes por la retaguardia. Las fuerzas españolas fueron derrotadas y sufrieron grandes pérdidas; muchos de sus aliados indígenas fueron muertos, y muchos más capturados con vida por los guerreros uspantecos para sacrificarlos en el altar de la deidad maya Ixbalanqué. Los sobrevivientes que lograron escapar regresaron, hostigados, a la guarnición española de Q'umarkaj.
Un año más tarde, Francisco de Castellanos salió de Santiago de los Caballeros de Guatemala encabezando una nueva expedición militar contra los ixiles y uspantecos, formada por ocho cabos, treinta y dos jinetes, cuarenta soldados de infantería españoles y cientos de guerreros aliados indígenas. La expedición descansó en Chichicastenango, donde reclutó fuerzas adicionales antes de marchar siete leguas hacia el norte a Sacapulas y ascender las empinadas laderas meridionales de los Cuchumatanes. Cerca de las cumbres, se enfrentó con una fuerza de entre cuatro y cinco mil guerreros ixiles venidos de Nebaj y de otros asentamientos cercanos. Siguió una larga batalla en la que la caballería española logró flanquear al ejército ixil y obligarlo a retirarse a su fortaleza situada en la cumbre de la montaña de Nebaj. Las fuerzas españolas asediaron la ciudad y sus aliados indígenas lograron escalar las murallas, penetrar en la fortaleza y prenderle fuego. Muchos guerreros ixiles se retiraron para extinguir el incendio, lo que permitió a los españoles tomar por asalto la entrada y quebrar las defensas. Los asaltantes capturaron a los defensores supervivientes y al día siguiente Castellanos ordenó que todos fueran marcados como esclavos para castigarles por su resistencia. Los habitantes de Chajul se rindieron inmediatamente a los españoles al recibir la noticia del resultado de la batalla. La columna española continuó hacia el este, en dirección a Uspantán, que encontró defendido por diez mil guerreros, entre los que se contaban las fuerzas de Cotzal, Cunén, Sacapulas y Verapaz, que habían acudido en su socorro. Los españoles apenas habían logrado apercibir la defensa cuando el ejército enemigo atacó. Aunque los españoles se hallaban ampliamente superados en número, el despliegue de la caballería y el uso de las armas de fuego de su infantería finalmente inclinaron la victoria a su favor. Los vencedores ocuparon Uspantán y nuevamente marcaron como esclavos a todos los guerreros apresados. Los pueblos de los alrededores se rindieron y en diciembre de 1530 se finalizó la fase militar de la conquista de los Cuchumatanes.
En 1529 la ciudad chuj de San Mateo Ixtatán —entonces conocida por el nombre de Ystapalapán— fue dada en encomienda al conquistador Gonzalo de Ovalle, un compañero de Pedro de Alvarado, junto con Santa Eulalia y Jacaltenango. En 1549, se llevó a cabo la primera reducción de San Mateo Ixtatán bajo la supervisión de los misioneros dominicos, en el mismo tiempo que se fundó Santa Eulalia, el asentamiento para la reducción de los q'anjob'al. Se establecieron otras reducciones q'anjob'al en 1560, en San Pedro Soloma, San Juan Ixcoy y San Miguel Acatán. La resistencia q'anjob'al fue en gran parte pasiva, expresándose en el abandono de las reducciones españolas y la fuga hacia zonas inaccesibles, como las montañas y los bosques. En 1586, la Orden de la Merced construyó la primera iglesia de Santa Eulalia. La población chuj de San Mateo Ixtatán resistió el dominio español durante más tiempo que sus vecinos del altiplano. La resistencia de los chuj fue posible por su alianza con los lacandones de las tierras bajas del norte. Su resistencia era tan determinada que los chuj solo permanecían «pacificados» mientras duraban los efectos inmediatos de las expediciones españolas.
En el siglo xvii, el misionero español fray Alonso de León informó que unas ochenta familias en San Mateo Ixtatán no rendían tributo a la Corona Española, ni asistían a la misa católica. Describió a los habitantes como pendencieros y se quejó de que habían construido un templo pagano en los cerros entre las ruinas de antiguos templos precolombinos donde quemaban incienso y sacrificaban pavos en ofrenda. Informó también que cada mes de marzo, a dos leguas de la ciudad, construían hogueras alrededor de cruces de madera y les prendían fuego. Fray de León informó a las autoridades coloniales que las prácticas de los nativos eran tales que eran cristianos solo de nombre. Finalmente, los lugareños de San Mateo Ixtatán decidieron expulsar a fray De León.
En 1684, un consejo dirigido por Enrique Enríquez de Guzmán, el entonces gobernador de Guatemala, decidió disolver la reducción de San Mateo Ixtatán y Santa Eulalia, ambos dentro de la jurisdicción de la administración colonial del corregimiento de Huehuetenango.
El 29 de enero de 1686, el capitán Melchor Rodríguez Mazariegos, por orden del gobernador, salió de Huehuetenango para dirigirse a San Mateo Ixtatán, donde reclutó guerreros indígenas de los pueblos cercanos, incluyendo sesenta y un hombres del mismo San Mateo. Las autoridades coloniales españolas creían que los habitantes de San Mateo Ixtatán simpatizaban con la población aún no subyugada y muy hostil de la región lacandona, que incluía partes del territorio de lo que en el siglo xxi ocupa el estado mexicano de Chiapas y la parte occidental de la cuenca del Petén. Con el fin de impedir que las noticias del avance español llegasen a los habitantes de la región lacandona, el gobernador ordenó la captura de tres dirigentes de la comunidad de San Mateo —Cristóbal Domingo, Alonso Delgado y Gaspar Jorge— y los envió bajo custodia para que se los encarcelase en Huehuetenango. El propio gobernador llegó a San Mateo Ixtatán el 3 de febrero, donde el capitán Rodríguez Mazariegos ya lo estaba esperando. El gobernador ordenó al capitán permanecer en el pueblo y usarlo como base de operaciones para penetrar en la región lacandona. Los misioneros españoles fray Rivas y fray Pedro de la Concepción también se quedaron en la ciudad. Luego, el gobernador Enríquez de Guzmán salió de San Mateo Ixtatán, dirigiéndose a Comitán en Chiapas, para entrar en la región lacandona a través de Ocosingo.
En 1695, los españoles lanzaron la invasión de la Selva Lacandona con tres contingentes militares que marcharon simultáneamente desde San Mateo Ixtatán, Cobán y Ocosingo. El capitán Rodríguez Mazariegos, acompañado por fray Rivas, otros seis misioneros y cincuenta soldados españoles, partió de Huehuetenango rumbo a San Mateo Ixtatán y logró reclutar a doscientos guerreros indígenas de Santa Eulalia, San Juan Solomá y del mismo San Mateo. Siguieron la misma ruta que la expedición de 1686. El 28 de febrero de 1695, los tres grupos salieron de sus respectivas bases de operaciones para conquistar la Selva Lacandona. El grupo de San Mateo se dirigió al noreste de esta.
Antes de la llegada de los españoles, la parte occidental de la llanura del Pacífico estaba dominada por los Estados k'iche' y kakchiquel, y la oriental estaba ocupada por los Náhuas de Kuskatan y xincas. Los náhuas habitaban la zona que hoy se conoce como el departamento de Escuintla y una parte del de Jutiapa. El principal territorio xinca se encontraba al este de la principal población náhua en lo que hoy es el departamento de Santa Rosa, aunque los xincas también vivían en Jutiapa. En el medio siglo que precedió a la llegada de los españoles, los kakchiqueles estuvieron frecuentemente en guerra con los náhuas de Izcuintepeque (actualmente conocido como Escuintla). En marzo de 1524, el reino k'iche' había sido derrotado por los españoles, a lo que siguió una alianza entre españoles y kakchiqueles en abril del mismo año. El 8 de mayo de 1524, poco después de su llegada a Iximché, e inmediatamente después de su posterior conquista de los tzu'tujiles en el lago de Atitlán, Pedro de Alvarado continuó hacia el sur hasta la costa del Pacífico, donde derrotó a los náhuas de Panacal o Panacaltepeque (llamado Panatacat en los Anales de los cakchiqueles) cerca de Izcuintepeque el 9 de mayo. Alvarado describió el terreno alrededor de la ciudad como muy escabroso, cubierto de densa vegetación y pantanos que impedían el despliegue de la caballería, por lo que decidió mandar en vanguardia a los hombres equipados con ballestas. A causa de la fuerte lluvia, los náhuas habían retirado sus exploradores, creyendo que los españoles y sus aliados no serían capaces de llegar a la ciudad ese día. Sin embargo, De Alvarado siguió adelante, y cuando los españoles entraron en la ciudad, sorprendieron a los defensores que no estaban preparados en absoluto, ya que los guerreros náhuas estaban refugiándose de la lluvia torrencial en sus casas. En la batalla que siguió, los españoles y sus aliados indígenas sufrieron pérdidas menores y los náhuas lograron huir hacia el bosque, al abrigo de la persecución española por la densa vegetación y la lluvia. De Alvarado ordenó quemar la ciudad y envió mensajeros a los gobernantes náhuas, exigiendo su rendición, pues de lo contrario se proponía arrasar sus tierras. Según la carta de De Alvarado a Cortés, los náhuas regresaron a la ciudad para someterse y aceptaron al rey de España como su señor. La fuerza española acampó en la ciudad capturada durante ocho días. Años más tarde, en 1529, se acusó a Pedro de Alvarado de haber empleado excesiva brutalidad en la conquista de Izcuintepeque, además de otras atrocidades.
De Alvarado describió su encuentro en Guazacapán, ahora un municipio de Santa Rosa, con una población que no era ni maya, ni náhua y que hablaba un idioma totalmente distinto; esta población era probablemente xinca. En aquel momento, la fuerza de De Alvarado se componía de doscientos cincuenta soldados de infantería española acompañados de seis mil aliados indígenas, en su mayoría kakchiqueles y cholutecos. De Alvarado y su ejército derrotaron a las fuerzas de la principal ciudad xinca, llamada Atiquipaque, cuya ubicación generalmente se sitúa en la zona de Taxisco, y la tomaron. Alvarado describió a los defensores como guerreros muy feroces en el combate cuerpo a cuerpo y mencionó que utilizaban lanzas, estacas y flechas envenenadas. La batalla tuvo lugar el 26 de mayo de 1524 y resultó en una reducción considerable de la población xinca. Después de la conquista de la llanura del Pacífico, los habitantes pagaron tributo a los españoles en forma de productos valiosos, tales como algodón, sal, vainilla y, sobre todo, cacao.
El período de contacto de los conquistadores con las tierras bajas del Petén en el norte de Guatemala antes de su conquista duró de 1525 hasta 1700. La superioridad del armamento español y el uso de la caballería, que fueron tan importantes en las victorias en el norte de Yucatán, no otorgaban ventaja tan grande en la guerra en los densos bosques de las tierras bajas de Guatemala.
En 1525, después de la conquista del imperio azteca, Hernán Cortés dirigió una expedición por tierra a Honduras, atravesando el reino itza', cuyo territorio se extendía en lo que hoy es el departamento norteño de Petén en Guatemala. El objetivo de esta expedición era someter al rebelde Cristóbal de Olid, a quien Cortés había enviado a conquistar Honduras. Sin embargo, Cristóbal de Olid se había instalado de forma independiente una vez que hubo llegado a ese territorio. Cortés llevaba consigo ciento cuarenta soldados españoles, noventa y tres de ellos montados, tres mil guerreros mexicanos, ciento cincuenta caballos, una piara de cerdos, piezas de artillería, municiones y otros suministros, junto con seiscientos portadores chontal de Acalán. La columna llegó a la orilla norte del lago Petén Itzá el 13 de marzo de 1525.
Aj Kan Ek', el rey de los itza', invitó a Cortés a Nojpetén (también conocido como Tayasal). Este aceptó y cruzó a la ciudad maya con veinte soldados españoles, mientras que el resto de su ejército rodeaba el lago para reunirse con él en la orilla sur. Cuando salió de Nojpetén, Cortés dejó una cruz y un caballo cojo. Los españoles no tuvieron nuevos contactos oficiales con los itza' hasta la llegada de sacerdotes franciscanos en 1618, que notaron que la cruz de Cortés todavía seguía en pie en Nojpetén. Desde el lago, Cortés continuó hacia el sur a lo largo de las laderas occidentales de los montes Maya, un viaje particularmente arduo que tomó doce días para cubrir treinta y dos kilómetros y en el que perdió más de dos tercios de sus caballos. Cuando llegó a un río crecido por las constantes lluvias torrenciales que continuamente dificultaban la expedición, se dirigió aguas arriba hacia los rápidos de Gracias a Dios, que los expedicionarios tardaron dos días en cruzar y en los que perdieron aún más monturas.
El 15 de abril de 1525, la expedición llegó a la comunidad maya de Tenciz. Con guías locales se dirigieron a los cerros al norte del lago de Izabal, donde aquellos les abandonaron a su suerte. Los soldados se perdieron en los cerros y estaban a punto de perecer cuando lograron capturar a un joven maya que les condujo a lugar seguro. Cortés encontró una aldea en la orilla del lago de Izabal, que puede haber sido la de Xocolo. Cruzó el río Dulce y se dirigió hacia el asentamiento de Nito, que se encontraba en la bahía de Amatique, junto con alrededor de una docena de sus compañeros y allí esperó al resto de su ejército para reagruparse en el transcurso de la siguiente semana. En ese momento la expedición se había reducido a unos pocos cientos de soldados. Cortés logró finalmente ponerse en contacto con los españoles que estaba buscando y descubrió que los propios oficiales de Cristóbal de Olid ya habían puesto fin a su rebelión. Regresó entonces a México por vía marítima.
En 1537 el área inmediatamente al norte de la nueva colonia de Guatemala se conocía como «Tierra de Guerra». Paradójicamente, al mismo tiempo era conocida como «Verapaz». La «Tierra de Guerra» comprendía una zona que estaba siendo conquistada. Era una región de densa selva en la que era difícil penetrar militarmente. Cada vez que los españoles encontraban un centro de población en esta región, trasladaban a sus habitantes y los concentraban en un nuevo asentamiento colonial cerca del borde de la selva, donde los controlaban más fácilmente. Esta estrategia produjo la despoblación gradual de la selva, que se convirtió a la vez en un refugio desierto para los prófugos de la dominación española, tanto individuos como comunidades enteras, especialmente aquellas «congregaciones» que estaban alejadas de los centros de autoridad colonial. Desde el siglo xvi hasta el inicio del siglo xviii, la Tierra de Guerra incluía un vasto territorio que se extendía desde Sacapulas en el oeste hasta Nito en la costa del Caribe y desde Rabinal y Salamá hacia el norte, y era una zona intermedia entre el altiplano y las tierras bajas del norte. Esta región comprendía los departamentos modernos de Baja Verapaz y Alta Verapaz, Izabal y Petén, así como la parte oriental del Quiché y una parte del estado mexicano de Chiapas. La parte occidental de esta zona era el territorio de los q'eqchi'.
El fraile dominico Bartolomé de las Casas llegó a la colonia de Guatemala en 1537 y de inmediato hizo campaña para sustituir la violenta conquista militar con el trabajo misionero pacífico. De las Casas ofreció conquistar la Tierra de Guerra mediante la predicación de la fe católica. Fueron los dominicos quienes promovieron el uso del nombre «Verapaz» en vez de «Tierra de Guerra». De las Casas había desempeñado un papel crucial en la aprobación de las Leyes Nuevas en 1542, establecidas por la Corona española para controlar los excesos de los conquistadores y colonos con los habitantes indígenas de América. Sin embargo, los dominicos tuvieron que enfrentarse a una considerable resistencia por parte de los colonos españoles, que vieron sus propios intereses amenazados por las Leyes Nuevas; esto distrajo a los dominicos de sus esfuerzos por establecer pacíficamente el control sobre la Tierra de Guerra.
En 1543, la nueva reducción colonial de Santo Domingo de Cobán se fundó en Chi Mon'a para acoger a los quekchís de Chichen, Xucaneb y Al Run Tax Aj. Santo Tomás Apóstol se creó el mismo año en la cercanía en Chi Nim Xol y se empleó en 1560 como reducción para reasentar a las comunidades ch'oles de Topiltepeque y Lacandon provenientes del valle del Usumacinta. En 1555, los acalas y sus aliados lacandones mataron al fraile español Domingo de Vico. En respuesta, se envió una expedición punitiva desde Chamelco encabezada por Juan Matalbatz, un caudillo indígena quekchí. Los indígenas que fueron capturados por la expedición quekchí fueron llevados a Cobán y luego reasentados en Santo Tomás Apóstol.
A mediados del siglo xvi, los dominicos se establecieron en Xocolo, en la orilla del lago de Izabal. En 1574 la localidad se había convertido ya en la estación de paso más importante para las expediciones europeas al interior. Xocolo se hizo tristemente célebre entre los misioneros dominicos por las prácticas de brujería de sus habitantes. Siguió siendo una importante estación de paso europea hasta 1630 y pero fue abandonada en 1631.
En 1598 Alfonso Criado de Castilla fue nombrado gobernador de la Capitanía General de Guatemala. Debido al mal estado de Puerto Caballos en la costa de Honduras y su exposición a los reiterados ataques de los piratas, envió un navío para explorar el lago de Izabal. Como resultado de la exploración y después de que se le concediera el permiso real, Criado de Castilla ordenó la construcción de un nuevo puerto, llamado Santo Tomás de Castilla, en un lugar favorable en la bahía de Amatique, cerca del lago. Luego comenzó la construcción de una carretera desde el puerto hasta la nueva capital de la colonia, situada en Antigua Guatemala, siguiendo el curso del valle del Motagua hacia las tierras altas. Los guías indígenas que exploraron la ruta desde las tierras altas no quisieron seguir río abajo, más allá de tres leguas por debajo de Quiriguá, por la hostilidad de los toqueguas que vivían en esta zona.
En abril de 1604, los líderes de Xocolo y Amatique, reforzados en su argumentación por la amenaza de represalias españolas, lograron convencer a una comunidad de ciento noventa toqueguas de mudarse a la costa de Amatique. El nuevo asentamiento de inmediato sufrió una pérdida de población pero, aunque algunas fuentes indicaban su extinción antes de 1613, los frailes mercedarios seguían atendiendo a los toqueguas de Amatique en 1625. En 1628 los poblados de los manche ch'ol fueron puestos bajo la administración del gobernador de Verapaz, con Francisco Morán como su jefe eclesiástico. Morán favorecía un enfoque más decidido para la conversión de los manche y ordenó el despliegue de soldados españoles para proteger la región de los ataques de los itza' desde el norte. Sin embargo, el establecimiento de la nueva guarnición española en un área que antes no había visto una fuerte presencia militar española provocó una rebelión de los manches, a la que siguió el abandono de los asentamientos indígenas. En 1699, los toqueguas habían dejado de existir como pueblo, debido a la combinación de una elevada mortalidad y los matrimonios mixtos con los indígenas de Amatique. En esta época los españoles decidieron iniciar la reducción de las poblaciones mopanes independientes (o «salvajes» desde el punto de vista español) que vivían al norte del lago de Izabal. En aquel tiempo, la orilla norte del lago, aunque fértil, estaba casi despoblada. Aprovechando esta circunstancia, los españoles planeaban traer a los mopanes de la selva en el norte hacia una zona donde sería más fácil controlarlos.
Durante la campaña para conquistar el reino itza' en el Petén, los españoles también enviaron expediciones para hostigar y reasentar a los mopanes del norte del lago de Izabal y a los ch'oles de los bosques al este de Amatique. Los trasladaron a la doctrina de San Antonio de las Bodegas a cargo de los dominicos en la orilla sur del lago y a la reducción colonial de San Pedro de Amatique. En la segunda mitad del siglo xviii, la población indígena de estos pueblos había desaparecido. Los habitantes de la zona eran únicamente españoles, mulatos y otros de raza mixta, todos asociados con el Castillo de San Felipe, la fortaleza que guardaba la entrada al lago de Izabal. La principal causa de la drástica despoblación del lago de Izabal y del delta del Motagua fueron las constantes incursiones en busca de esclavos de los zambos mosquitos de la costa del Caribe, las cuales acabaron con la población maya de la región; los mayas capturados eran vendidos como esclavos en la colonia británica de Jamaica.
La colonización de los españoles en la península de Yucatán aumentó desde 1527 en adelante; hacia 1544, ya se había logrado fundar algunas colonias y pueblos, como Campeche y Valladolid en lo que hoy es México. El impacto de los españoles sobre los mayas del norte de Yucatán —incluyendo los efectos de la invasión, las enfermedades epidémicas y la captura y deportación de unos cincuenta mil de ellos como esclavos— fue tan fuerte que causó el desplazamiento de muchos de ellos hacia el sur, donde se unieron a los itza' que habitaban alrededor del lago Petén Itzá, dentro de los límites de lo que hoy es Guatemala. Los españoles eran conscientes de que el reino maya itza' se había convertido en el centro de la resistencia antiespañola en la península y, a lo largo de casi doscientos años, llevaron a cabo una política dirigida a cercar al reino y cortar sus rutas comerciales. Los itza' resistieron esta invasión gradual mediante el reclutamiento de los pueblos vecinos como aliados contra el lento avance español.
Desde finales del siglo xvi hasta finales del xvii, los misioneros dominicos llevaron a cabo un trabajo de conversión pacífica en Verapaz y en el sur de Petén, pero solo alcanzaron logros modestos. En el siglo xvii, los misioneros franciscanos llegaron a la conclusión de que la pacificación de los mayas y su conversión al cristianismo no sería posible mientras permaneciese independiente el reino itza' en el lago Petén Itzá. En efecto, el constante flujo de población que huía de los territorios bajo control español para refugiarse en territorio itza' estaba socavando las encomiendas. Fray Bartolomé de Fuensalida visitó Nojpetén en 1618 y 1619 acompañado por otros frailes franciscanos. Durante su estancia en Nojpetén, los misioneros franciscanos intentaron usar su propia reinterpretación de las profecías de k'atun para persuadir al Aj Kan Ek' y a sus sacerdotes de que había llegado el momento de convertirse al cristianismo. Sin embargo, los sacerdotes itza' no se dejaron convencer y mantuvieron una interpretación distinta de las profecías, expresando que el tiempo para la conversión todavía no había llegado, y los misioneros tuvieron suerte de escapar con vida.
En 1695, las autoridades coloniales decidieron conectar la provincia de Guatemala con Yucatán. Para ello, los soldados guatemaltecos conquistaron un número de comunidades ch'oles, de las cuales la más importante fue Sakb'ajlan, en la orilla del río Lacantún en el este de Chiapas, ahora en México, que fue rebautizada Nuestra Señora de Dolores o Dolores del Lacandón. En 1695, el fraile franciscano Andrés de Avendaño encabezó un segundo intento de conversión de los itza' y trató de convencer al rey itza' de que el k'atun 8 Ajaw, un ciclo de veinte años en el calendario maya que se inició en 1696 o 1697, era el momento oportuno para que los itza' finalmente abrazasen el cristianismo y aceptasen al rey de España como señor. Sin embargo, los itza' tenían enemigos locales mayas que se opusieron a esta conversión y en 1696 Avendaño nuevamente tuvo que huir para salvar la vida. Para entonces, la prolongada resistencia de los itza' se había vuelto una vergüenza para las autoridades coloniales españolas, que enviaron soldados desde Campeche para conquistar Nojpetén de una vez por todas.
Martín de Ursúa y sus soldados llegaron a la orilla oeste del lago Petén Itzá en febrero de 1697. Una vez allí, los españoles construyeron una galeota, un gran barco de ataque movido a remo, fuertemente armado. El 13 de marzo de 1697, la capital itza' fue sometida a un sangriento ataque anfibio. El bombardeo español causó numerosas muertes en la isla y muchos de los itza' que se lanzaron al lago para escapar nadando fueron muertos en el agua. Después de la batalla, los defensores sobrevivientes se desvanecieron en los bosques y permitieron a los españoles ocupar la ciudad abandonada. Sin embargo, estos pronto capturaron a los reyes itza' y ko'woj (Ajaw Kan Ek' y Aj Kowoj), junto con otros nobles mayas y sus familias. Una vez que Nojpetén se encontró firmemente en manos de los españoles, Ursúa regresó a Campeche. Dejó una pequeña guarnición en la isla, aislada entre los itza' y ko'woj hostiles que todavía dominaban la tierra firme. Los españoles rebautizaron Nojpetén «Nuestra Señora de los Remedios y San Pablo, Laguna del Itza». La guarnición fue reforzada en 1699 por una expedición militar enviada desde Guatemala, a la que acompañaron civiles de raza mixta, o ladinos, que acudieron para fundar un asentamiento alrededor del campamento militar. Los colonos trajeron enfermedades que causaron la muerte de muchos soldados y civiles y que afectaron también a la población indígena. Sin embargo, los guatemaltecos solo se quedaron tres meses antes de regresar a Santiago de los Caballeros de Guatemala, llevando consigo al rey cautivo de los itza', junto con su hijo y dos de sus primos. Estos últimos murieron durante el largo viaje a la capital de la colonia; Ajaw Kan Ek' y su hijo pasaron el resto de su vida bajo arresto domiciliario en la capital.
En el siglo xvii la pequeña población chol (ch'ol) del sur de Petén y de Belice fue deportada a Alta Verapaz, donde fue absorbida por la quekchí. La población ch'ol de la selva de Lacandón fue reasentada en Huehuetenango en el siglo xviii. En los años 1702-1703, sacerdotes católicos de Yucatán fundaron varios pueblos de misiones alrededor del lago Petén Itzá. Los sobrevivientes de la población itza' y ko'woj fueron reubicados en los asentamientos coloniales por una mezcla de persuasión y fuerza. En 1704, los caciques ko'woj e itzá en estas poblaciones se rebelaron contra los españoles. A pesar de que estaba bien planeada, la rebelión fue rápidamente aplastada y sus cabecillas, ejecutados; la mayoría de los asentamientos misioneros fueron abandonados como consecuencia del conflicto. De los sesenta mil mayas con que contaba el centro de Petén en 1697, solo quedaban alrededor de seis mil en 1708. Aunque las enfermedades contagiosas causaron la mayoría de las muertes, las expediciones españolas y las guerras internas entre los grupos indígenas también desempeñaron un papel notable en el proceso de despoblación.
Al choque inicial de la conquista española le siguieron décadas de explotación intensiva de los pueblos indígenas, tanto de los aliados como de los enemigos vencidos. Durante los siguientes doscientos años, el gobierno colonial impuso gradualmente las normas culturales españolas a los pueblos sometidos. Mediante las reducciones, encomiendas y doctrinas se crearon nuevos asentamientos establecidos en un patrón de rejilla al estilo español, con una plaza central, una iglesia y un ayuntamiento donde residía el gobierno civil. Este estilo de asentamiento aún es visible en las aldeas y los pueblos de la zona. El gobierno civil local estaba directamente en manos de los españoles y sus descendientes (ladinos) o controlado de cerca por ellos. La introducción del catolicismo fue el principal medio del cambio cultural y dio lugar al sincretismo religioso. Algunos elementos culturales del Viejo Mundo llegaron a ser completamente adoptados por la población maya, como por ejemplo la marimba, un instrumento musical de origen africano.
El mayor cambio fue la sustitución del orden económico precolombino por la tecnología europea y la ganadería; esto incluyó la introducción de herramientas de hierro y acero, que sustituyeron a las herramientas neolíticas, y del ganado vacuno, los cerdos y los pollos, que reemplazaron a la caza. También se adoptaron nuevos cultivos; la introducción de la caña de azúcar y del café llevó a la explotación económica de la mano de obra nativa en las plantaciones.
Se estima que el sesenta por ciento de la población moderna de Guatemala es maya y que este grupo se concentra en el altiplano occidental y central. La parte oriental del país, por el contrario, ha sido objeto de intensa inmigración española e hispanización. La sociedad guatemalteca se divide en un sistema de clases en gran medida basado en la raza, con los campesinos y artesanos mayas en la capa inferior, los trabajadores asalariados y burócratas de raza mixta (ladinos) formando la clase media y media-baja y la elite criolla de ascendencia europea por encima de ellos. Solo algunas castas indígenas privilegiadas lograron mantener un cierto prestigio en el período colonial, como por ejemplo la familia Xajil, un linaje de la nobleza kakchiquel que relató la historia de los kakchiqueles.
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