Tras la polémica decisión de la Corte Suprema hondureña en 2015 de permitir la reelección presidencial, Hernández pudo participar en las elecciones generales de 2017, en las que fue declarado ganador después de dos semanas de espera de manera dudosa. Su segundo mandato presidencial comenzó el 27 de enero de 2018, por medio de una reelección en medio de una Crisis poselectoral en Honduras de 2017-2018, y concluirá el 27 de enero de 2022.
Durante su gobierno se han realizado avances importantes en materia de seguridad, y macroeconomía. Se conformó además una Misión de Apoyo contra la Corrupción y la Impunidad en Honduras luego de protestas masivas. A su vez, el gobierno ha lidiado con escándalos como la muerte de la ambientalista Berta Cáceres, el saqueo del Seguro Social y la crisis poselectoral de 2017-2018.
El gobierno se auto-promociona como «el gobierno de la vida mejor», en alusión al programa gubernamental Vida Mejor. Los principales opositores políticos del país califican al gobierno como una «dictadura», y desde 2015 han llamado a numerosas protestar para pedir la salida del presidente Hernández.
A la primera toma de posesión, el 27 de enero de 2014, asistieron S.A.R. don Felipe de Borbón, Príncipe de Asturias; Laura Chinchilla, presidenta de Costa Rica; Juan Manuel Santos, presidente de Colombia; Ricardo Martinelli de Panamá, Danilo Medina de República Dominicana, Atifete Jahjaga representante de Kosovo, Ma Ying-Jeou, presidente de Taiwán, Rosa Virginia Chávez (hija del expresidente venezolano Hugo Chávez) y su esposo como representantes de Venezuela, cuerpos diplomáticos de países amigos, el secretario general OEA José Miguel Insulza y representantes de organismos internacionales como el Sistema de la Integración Centroamericana, Naciones Unidas, el Banco Mundial y el Banco Interamericano de Desarrollo. Asimismo estuvieron presentes el presidente saliente, Porfirio Lobo Sosa y los expresidentes hondureños Rafael Leonardo Callejas y Ricardo Maduro; el arzobispo Rómulo Emiliani, representante de la Arquidiócesis de Tegucigalpa, y el pastor Alberto Solórzano, representante de la Confraternidad Evangélica de Honduras, entre otros.
En su discurso inaugural, Hernández aseguró que elevaría el número de elementos de la Policía Militar, así como la puesta en vigencia de la Policía TIGRES. Aseguró la aceleración de la depuración de las instituciones públicas y mencionó que su gobierno contrarrestaría los altos índices de violencia que imperaban en el país aplicando la “cero tolerancia”. También, bajo el lema "Una vida mejor", Hernández reiteró su promesa de ayudar a las 800,000 familias más pobres, de apoyar a los pequeños productores y de generar empleos. Durante la toma, simpatizantes del opositor Partido Libre marcharon en repudio a Hernández, a quien acusaron de ganar fraudulentamente.
Para la segunda toma de posesión llevada a cabo el 27 de enero de 2018, y por tratarse del inicio de un segundo mandato, la ceremonia fue más sencilla y solo fueron invitadas delegaciones diplomáticas. A esta se presentaron los representantes de 138 países y organismos internacionales, tales como Taiwán, Israel, Canadá, Reino Unido, México, Francia, Brasil, Argentina, Italia, Rusia, Corea del Sur, Cuba, República Dominicana, Alemania y los países vecinos centroamericanos: El Salvador, Nicaragua, Costa Rica, Guatemala y Panamá. También llegaron representantes de la Iglesia católica y evangélica del país. La toma se dio en medio de protestas callejeras convocadas por el ex-candidato Salvador Nasralla para tratar de impedir su realización.
El plan inicial del presidente Juan Orlando Hernández era crear solo siete ministerios, pero no pudo hacerlo porque hay varias Secretarías de Estado señaladas en la constitución. De modo que resolvió crear 7 gabinetes sectoriales en los cuales se integran la mayor parte de instituciones del Estado ( actualmente se reestructuraron los gabinetes sectoriales siendo 5 emitidos por el PCM-009-2018), entre las cuales sólo 13 tuvieron el rango de secretaría, más una secretaría general que está por encima de los ministros sectoriales y una secretaría de la presidencia; contrastando así con las 38 secretarías del gobierno anterior. El nuevo esquema de gobierno, oficializado por decreto ejecutivo, contempló la desaparición de la Secretaría de Planificación y Cooperación Externa; de Cultura, Artes y Deportes; de Turismo; de los Pueblos Indígenas y Afrohondureños; y de Justicia y Derechos Humanos, cuyas funciones y presupuestos pasaron a otras instituciones. También le quitó el rango de secretaría a instituciones como Pronaders, FHIS, SANAA, ENEE, Instituto de la Juventud, e Infop, entre otros. Los designados presidenciales electos para el primer periodo fueron Ricardo Álvarez, Rossana Guevara y Lorena Herrera.
El 27 de enero de 2018 se volvió a crear la Secretaría de Derechos Humanos, que hasta entonces había funcionado como una dirección de la "Secretaría de Derechos Humanos, Justicia, Gobernación y Descentralización". Los designados presidenciales electos para este segundo mandato fueron Ricardo Álvarez, María Antonia Bográn y Olga Alvarado.
El gabinete y la estructura de gobierno desde 2014 ha sido el siguiente:
Otro puesto relevante fue el de la hermana del presidente Hilda Hernández como Coordinadora del Gabinete de Estrategia Presidencial y Directora de Comunicaciones (2014-2017), también llamada «Ministra Directora de Comunicaciones». Su nombramiento causó controversia, pues la constitución prohíbe que personas con inmediato parentesco familiar al presidente sean nombrados ministros. El presidente Hernández aclaró que se trataba de un título honorífico, ya que el cargo no contó con las atribuciones constitucionales de un secretario de Estado, tales como el manejo de recursos del Estado o la designación de un presupuesto.
En su primer año, Hernández se enfocó en reducir la tasa de desempleo y la reinante ola delincuencial, que ubicaba al país entre los 5 más peligrosos del mundo. Se intervinieron varias instituciones del Estado y se anunciaron estudios para la creación de la primera de las llamadas "Zonas de Desarrollo y Empleo Económico" (ZEDE), o Ciudades Modelo, iniciativa que impulsó desde el Congreso Nacional.
Los avances en la lucha contra la criminalidad del gobierno de Hernández han sido alabados. Los mismos le valieron a Honduras mejorar notablemente en su Índice de Paz Global, pasando de la posición 123 en 2013 a la 106 en 2017; lo cual, sin embargo, aún lo colocó como un país peligroso, y el séptimo más conflictivo de Latinoamérica. Asimismo, en 2017, logró posicionarse junto a Chile en el primer lugar de Latinoamérica en el Índice Global de Ley y Orden realizado por la compañía estadounidense Gallup, que mide la percepción de seguridad ciudadana y la confianza en los entes de seguridad.
Logró continuar con el descenso en el índice de muertes violentas que se venía dando desde 2012, cuando Honduras fue considerado el país sin guerra más violento del mundo. De acuerdo al Observatorio de la Violencia de la UNAH, esta cifra se redujo a 59.1 para 2016. Por su parte, el Sistema Estadístico Policial en Línea (SEPOL) de la Secretaría de Seguridad presenta mínimas diferencias en cuanto al índice de muertes violentas, atribuidas a la distinta metodología y estimaciones poblacionales; aunque algunos cuestionan la exactitud de estas cifras. Para 2017, SEPOL reportó 3,791 muertes violentas, lo que significa un descenso a 42.8 muertes violentas por cada 100 mil habitantes.
En tres años y medio de gobierno fueron extraditados 14 hondureños a Estados Unidos por delitos de lavado de activos y tráfico de drogas, lo cual representó un importante golpe para los cárteles que operan en Honduras. El primero de ellos fue Carlos Arnoldo "El negro" Lobo, antiguo operador del Cártel de Sinaloa de México y del Cártel de Los Cachiros de Honduras. Lobo, a quien le seguían la pista desde 2006, fue capturado en marzo de 2014 y dos meses después se convirtió en el primer hondureño en ser extraditado. Su captura ayudó a desvelar un plan de magnicidio contra el presidente Hernández.
En septiembre de 2016 comenzó a funcionar en Honduras la primera cárcel de máxima seguridad, denominada "El pozo", ubicada en Ilama, Santa Bárbara, la cual opera bajo los parámetros de la Asociación Americana de Prisiones (ACA). Posteriormente comenzó a funcionar la cárcel de máxima seguridad "La tolva," también conocida como "El pozo II", en Morocelí, El Paraíso. Ambas cárceles hicieron frente a la problemática del hacinamiento y el control de los mareros en los centros penales de Honduras, desde la cuales continuaban ordenando actos delictivos. El pozo tiene capacidad para 1,450 reos, mientras que La tolva para 1,350.
En 2013 había comenzado a funcionar en Honduras la línea de emergencia 911, con una central en la capital, Tegucigalpa. Para mayo de 2015 el Congreso de la República aprobó la Ley del Sistema Nacional de Emergencias 911, una iniciativa del Poder Ejecutivo con la cual el número de emergencia 911 pasó a ser el único habilitado para acciones de seguridad, socorro y denuncias, las cuales son atendidas por 17 instituciones integradas. La ley además establece el procedimiento a seguir en la recepción de llamadas y fija penas para las llamadas falsas. El Sistema Nacional de Emergencia 911 comenzó a funcionar en agosto del mismo año con 1'3000 cámaras y un centro de atención de llamadas en Tegucigalpa, y luego otro en San Pedro Sula, El sistema tiene actualmente cobertura de llamadas a nivel nacional y videovigilancia en las ciudades de Tegucigalpa, San Pedro Sula, Choloma, Lima, Villanueva, El Progreso y San Manuel.
En su primer acto público tras la toma de posesión, el presidente Hernández firmó una carta de intenciones con Transparencia Internacional para pactar un convenio entre su gobierno y este organismo internacional. El convenio Para la Promoción de la Transparencia, Combate a la Corrupción y Fortalecimiento de Sistemas de Integridad fue firmado en octubre de 2014 por el presidente del Ejecutivo, Transparencia Internacional y la Asociación para una Sociedad más Justa. Honduras se convirtió en el primer país del mundo en firmar un convenio de combate a la corrupción de esta magnitud, el cual se monitorea cada tres meses. En enero de 2016, como producto de una serie de protestas conocidas como "marchas de las antorchas", se integró la Misión de Apoyo contra la Corrupción y la Impunidad en Honduras (MACCIH), la cual contribuyó con el caso del robo al Seguro Social y a otros importantes casos de corrupción.
En marzo de 2014 el Consejo Nacional de Defensa y Seguridad ordenó la intervención total del sistema aduanero del país, con base en los hallazgos de la Fuerza Nacional Antievasión y la Dirección Ejecutiva de Ingresos (DEI). Posteriormente, el presidente Hernández decidió también intervenir la Secretaría de Recursos Naturales y Ambiente y el Instituto Hondureño de Mercadeo Agrícola (IMAH) por presuntos actos de corrupción. En julio se intervino el hospital Mario Catarino Rivas, el segundo centro hospitalario más importante del país; por varias denuncias de irregularidades. La intervención destapó el deplorable estado de esta institución pública, controlada por mafias de corrupción y azotada por la escaces de materiales y medicamentos. Ese mismo mes el Consejo Nacional de Seguridad y Defensa determinó intervenir la Dirección de Centros Penales y nombrar nuevas autoridades; esto luego de la fuga de 13 peligrosos reos de la Penitenciaría Nacional en Támara. En septiembre, la Secretaría de salud intervino otro hospital, esta vez en El Progreso, tras la desparición de 50'000 lempiras en medicamentos. En 2017 se intervinieron el Instituto de la Propiedad (IP) en San Pedro Sula, para investigar a una presunta red de estafadores, y el Fondo Vial —adscrito a la Secretaría de Infraestructura y Obras Públicas (Insep)—, del cual también fueron destituidos su director y subdirector; debido a la falta de transparencia en al menos 10 de sus proyectos.
Durante el gobierno de Juan Orlando Hernández, la Economía de Honduras creció de tamaño en un 35,6 %, de solo 18 500 millones de dólares en el año 2013, el país pasó ya a producir 25 000 millones de dólares para el año 2019.
Y el PIB per cápita de cada hondureño (el cual es el ingreso promedio o riqueza por habitante) aumentó en un 22,4 % desde 2013 hasta 2019.
En 2001 se aprobó en Honduras la Estrategia para la Reducción de la Pobreza, que pretendía, entre otros objetivos, reducir los niveles de pobreza y pobreza extrema a 42% y 25% respectivamente. Sin embargo entre 2000 y 2014 la pobreza se redujo apenas 2% según el Foro Social de Deuda Externa y Desarrollo de Honduras. Al año siguiente la Cepal colocó a Honduras como el país con más pobreza en Latinoamérica. Mientras que en 2016 un estudio de una compañía inglesa lo situó como el país con la canasta básica más cara de Latinoamérica, versión rechazada por el gobierno.
En diciembre de 2014, el gobierno firmó un acuerdo stand by con el Fondo Monetario Internacional, cuyas metas fueron logradas en junio de 2017, seis meses antes de la fecha límite. Ese año, el organismo reconoció los avances que tuvo Honduras en economía, re-estableciendo con éxito su estabilidad macroeconómica y bajando sustancialmente su déficit fiscal. Por su parte, Cepal reportó un crecimiento económico en el país de 3.6% en 2015, 3.5% en 2016, y 3.9% en 2017. Entre las medidas señaladas como favorables a la economía nacional se encuentran la implementación de programas sociales, de la Ley de Responsabilidad Fiscal (desde 2016) y de la Ley de Tarjetas de Crédito (desde finales de 2017).
La calificadora de riesgo crediticio Standard & Poor's ha mejorado la calificación de Honduras desde 2015, cuando la subió de B a B+ con perspectiva estable, y con perspectiva positiva en 2016, destacando la capacidad que tiene Honduras para cumplir en tiempo y forma con las obligaciones financieras. Mientras que en 2017 su calificaciòn fue de BB- con perspectiva estable. Asimismo, la agencia de calificación de riesgo Moody's Investors Service otorgó a Honduras en 2017 la calificación de B1 estable. Ambas calificaciones fueron históricas, siendo Honduras el único país de Centroamérica en avanzar en este aspecto durante ese año.
Según el Consejo Monetario Centroamericano, la deuda del país fue de USD 10,057.1 millones (42.2% del PIB) para abril de 2017, de los cuales el 68.2% (6,860.8 millones) corresponden a deuda externa y el 31.8% (3,196.3 millones) a deuda interna; representando un aumento de casi USD 2,000 millones respecto a enero de 2014, cuando la deuda pública representó el 42.4% del PIB.
Es el programa estandarte del gobierno. Abarca un conjunto de programas destinados a mejorar las condiciones de vida a familias vulnerables y en pobreza extrema. Abarca a 10 programas:
Algunos programas son llevados a cabo con la ayuda de la Primera Dama. Según la Secretaría de Finanzas, la inversión del programa entre 2014 y todo el 2017 fue de de 4,201.16 millones de lempiras, 66% correspondientes a préstamos externos y 34% a aportes nacionales. Se repartió de la siguiente manera:
El Banco Interamericano de Desarrollo (BID) ha destacado el éxito del programa. En un informe de marzo de 2018, aseguró que gracias a este la pobreza se redujo de 71.2% a 59.6% entre 2016 y 2017, y 30 mil familias salieron de la pobreza extrema, entre otras mejoras en materia de salud, asistencia escolar y prevención del trabajo infantil.
La pandemia del Covid-19 llegó a Honduras en marzo de 2020.
La vacunación en Honduras comenzó el 25 de febrero de 2021.
Otros programas sociales que ha promovido el gobierno son:
Honduras Actívate: iniciado 12 de abril de 2015. Su fin es promover el ejercicio físico para prevenir enfermedades relacionadas al sedentarismo. Consiste en encuentros multitudinarios en diversos puntos del país para la realización de actividades como carreras, senderismo y zumba, a veces en compañía del presidente Hernández y acompañados de actividades culturales. Fue calificado por la representante de la OPS/OMS, Piedad Huerta, como una iniciativa excepcional a nivel de Latinoamérica. Lo coordina la viceministra de Seguridad, Alejandra Hernández Quan. Hasta abril de 2019, son 48 ediciones las que se han realizado.
Programa presidencial de becas "Honduras 20/20": creado por decreto Ejecutivo en febrero de 2017. Otorga 3 tipos de becas a estudiantes: Beca Solidaria, Beca Juventud 20/20 y Beca Internacional. Según cifras oficiales, cerró el 2018 con 15,000 becarios universitarios en todo el país. Hasta agosto de 2019 se han entregado además 880 becas para posgrados en el extranjero. Todo lo anterior con una inversión de 307 millones de lempiras.
Antes de entregar el poder en 2014, el expresidente Porfirio Lobo Sosa ordenó la intervención del Instituto Hondureño de Seguridad Social (IHSS), (que ya había sido intervenido en 2013) y suspendió a su director, Mario Roberto Zelaya. La Comisión Interventora entregó un primer informe en marzo del mismo año, revelando el mayor caso de corrupción y latrocinio en la historia de esa institución, el cual la dejó con una deuda financiera de 6,399.24 millones de lempiras. Sus investigaciones llevaron a la captura del exgerente administrativo del IHSS, José Ramón Bertetty; y además se emitió una orden de captura contra Mario Zelaya, quien se dio a la fuga. Posteriormente se acusó al exgerente financiero, John charles Bográn, a Mario Zelaya y a José Ramón Bertetty por delitos de abuso de autoridad, de incumplimiento de los deberes de los funcionarios, malversación de caudales públicos, fraude y otros delitos ligados a la corrupción. Tras 222 días prófugo, Zelaya fue capturado en el departamento de El Paraíso, cerca de la frontera con Nicaragua, según la versión oficial.
En mayo de 2015 el escándalo salpicó al Partido Nacional de Honduras, cuando se reveló la existencia de cheques donados a esa institución política a través de empresas fantasma ligadas al robo del Seguro Social. Parte de ese dinero fue depositado en cuentas del partido, que fueron aseguradas por el ministerio público en marzo de 2016. Ante esto, líderes de la oposición acusaron al presidente Hernández de ser al autor intelectual detrás del desfalco del IHSS, usado para financiar su campaña política. La ciudadanía también se mostró escéptica y exigió el esclarecimiento definitivo de este caso. En junio de 2015, Hernández admitió que su partido recibió fondos fraudulentos para la financiación de su campaña, pero que él no tenía nada que ver con la corrupción en el IHSS. También dijo que el Partido Nacional tenía el deber de devolver esos recursos, y recalcó que las investigaciones deben continuar "caiga quien caiga." El jefe de la bancada del PNH, Óscar Álvarez, dijo que los cheques fueron recibidos desconociendo lo que pasaba en el IHSS; y en marzo del 2016 aseguró que su partido devolvió el dinero que recibió de "empresas de maletín".
Hasta junio de 2017, el Ministerio Público ha logrado 9 fallos condenatorios, producto de la judicialización de 15 líneas de investigación, habiendo otras 40 pendientes. Además hay otras 46 personas acusadas y se han decomisado casi 300 millones de lempiras en bienes ilícitos. El primer sentenciado fue José Ramón Bertetty, condenado a 7 años de prisión en octubre de 2015. Posteriormente, fue también hallado culpable junto a John Charles Bográn y Mario Zelaya por la sobrevaloración de boletos aéreos y la creación de empresas de maletín para extraer fondos del IHSS. Zelaya fue además encontrado culpable por otros delitos, con lo cual suma más de 25 años de prisión.
Debido principalmente al escandaloso caso de desfalco del Instituto Hondureño de Seguridad Social, el grupo autodenominado "Los indignados", liderados por Ariel Varela, Gabriela Blen y Miguel Briceño, convocaron para el viernes 29 de mayo de 2015 a cientos de capitalinos, que salieron a protestar a las calles de Tegucigalpa portando antorchas y exigiendo el esclarecimiento definitivo de este caso. Una semana después, la llamada "marcha de las antorchas" volvió a llenar las calles de Tegucigalpa, llevándose a cabo también en el transcurso de la semana marchas similares en otras ciudades como San Pedro Sula, La Ceiba, Danlí, Comayagua, Santa Rosa de Copán, Ocotepeque, Tocoa, Roatán y Puerto Cortés. Desde entonces, las marchas de las antorchas convocadas por Los indignados continuaron realizándose las tarde-noches de los viernes, en Tegucigalpa y otras ciudades del país, así como manifestaciones de apoyo en el extranjero; esta vez exigiendo la instalación de una Comisión Internacional Contra la Impunidad y la Corrupción en Honduras (CICIH), similar a la CICIG conformada en Guatemala; y bajo la consigna "Fuera JOH" (Juan Orlando Hernández).
Luego de que 4 miembros de Los indignados anunciaran una huelga de hambre como medida de presión para pedir la instalación de la CICIH, el presidente Juan Orlando Hernández inició el 24 de junio un diálogo con diversos sectores de la sociedad y propuso la creación de un Sistema Integral Hondureño de Combate a la Impunidad y la Corrupción (SIHCIC) como una medida más profunda, incluyente y efectiva que la CICIH. El llamado al diálogo fue rechazado tajantemente Los indignados, quienes la misma semana sumaban 3 miembros a su huelga de hambre. Las marchas de las antorchas continuaron desarrollándose exigiendo la renuncia del presidente y del fiscal general y la conformación de la CICIH como condicionantes para iniciar un diálogo.
El 7 de septiembre de 2015, un equipo de facilitadores de la OEA, dirigido por John Biehl y respaldado por el metodólogo de la ONU, Alejandro Bendaña, inició un proceso de diálogo con diversos sectores de la sociedad para que la oposición y el gobierno se pusieran de acuerdo sobre la integración de un mecanismo de combate a la corrupción. El equipo mediador concluyó sus funciones el 12 del mismo mes, las cuales tuvieron como fruto la concepción de la MACCIH, la Misión de Apoyo y Combate a la Corrupción y la Impunidad en Honduras.
La constitución de Honduras de 1982, emitida por una Asamblea Nacional Constituyente tras un periodo de sucesiones de gobiernos militares, prohibía la figura de la reelección presidencial, las iniciativas para legalizarla e incluso la promoción de esta:
Esto cambió el miércoles 22 de abril de 2015, cuando la Sala de lo Constitucional de la Corte Suprema de Justicia hondureña falló de manera unánime a favor del recurso de inaplicabilidad al artículo 239 interpuesto por el-expresidente nacionalista Rafael Leonardo Callejas; esto a pesar de que el Artículo 374 de la Constitución prohíbe reformar por cualquier medio los artículos concernientes a la prohibición para ser nuevamente Presidente de la República. La decisión respondió además al recurso de inconstitucionalidad interpuesto anteriormente por 15 diputados nacionalistas y uno de la Unificación Democrática contra el segundo párrafo del artículo 239, el numeral 5 del artículo 42, y el artículo 330 del código penal. Gracias a esto, tanto Callejas como el actual presidente, Juan Orlando Hernández, pudieron participar en la elecciones internas de 2016.
A pesar de que para los entes legales la reelección en Honduras es "cosa juzgada", expertos como el abogado constitucionalista, Juan Carlos Barrientos, y el ex-fiscal del estado y catedrático de Ciencias Jurídicas, Edmundo Orellana Mercado, calificaron la decisión de la Corte como una violación a la constitución, por extralimitar sus funciones al derogar uno de los llamados "artículos pétreos". La misma opinión mantuvieron líderes de la oposición y representantes de la sociedad civil. También el informe de la Misión de Observación Electoral de la OEA, posterior a las elecciones de 2017, calificó la decisión de la corte como una mala práctica que «revivió la polarización generada por el golpe».
En 2015 el país fue sacudido cuando el Departamento del Tesoro de los Estados Unidos y la Fiscalía del Distrito Sur de Nueva York acusaron por corrupción y lavado de dinero relacionado con el tráfico de drogas a Jaime Rosenthal Oliva, a su hijo Yani, a su sobrino Yankel Rosenthal, y al abogado de Grupo Continental. Muchas de las empresas de los Rosenthal fueron incluidas en la lista de la Oficina de Control de Activos Extranjeros (OFAC), entre ellas a Banco Continental SA, acusado de «servir como parte integral de las operaciones de lavado de dinero de los Rosenthal y facilitar el lavado de ganancias procedentes del narcotráfico de múltiples organizaciones centroamericanas de narcotráfico». Esta fue la primera vez que la OFAC designó a un banco conforme a la Ley Kingpin.
La congelación de los bienes de Banco Continental en USA provocó que su índice de adecuación de capital quedara reducido a 5.20%, el cual era inferior al 6% requerido por la Ley del Sistema Financiero. Esta situación provocó el cierre de Banco Continental mediante liquidación forzosa por la Comisión Nacional de Bancos y Seguros (CNBS), a pesar del intento de los Rosenthal de someter al banco a una liquidación voluntaria, para evitar una posible crisis. Ante las críticas y preocupaciones por dicha liquidación y por la incautación de más de 60 bienes a la familia Rosenthal, el presidente Hernández dejó en claro que ese era un problema entre el banco y la justicia de Estados Unidos, ajeno al gobierno; también felicitó a la CNBS y defendió su decisión como acertada. Además aseguró que el gobierno haría todo lo posible por evitar el cierre de muchas empresas y garantizar el pago de los trabajadores de empresas incautadas.
El 3 de marzo de 2016, asesinaron en La Esperanza (Intibucá) a la mundialmente conocida dirigente indígena, activista ambientalista y coordinadora del Consejo Cívico de Organizaciones Populares e Indígenas de Honduras (COPINH), Berta Cáceres. El presidente Hernández condenó el hecho y declaró el esclarecimiento de su crimen como una prioridad del Estado. Su asesinato fue también ampliamente condenado a nivel internacional por organizaciones como el Parlamento Europeo, la Comisión Interamericana de Derechos Humanos y Greenpeace; quienes demandaron al gobierno hondureño una pronta investigación de este crimen. Hubo además manifestaciones en varios países del mundo por parte de activistas sociales pidiendo justicia por el crimen. En Honduras también se realizaron varias protestas en los meses posteriores, por parte de estudiantes universitarios, del Copinh y de otros grupos activistas.
A días de su muerte, Amnistía Internacional criticó la deficiente investigación de las autoridades hondureñas y lamentó la negativa del presidente Juan Orlando a reunirse con familiares de Berta Cáceres, con defensores de derechos humanos y con Amnistía Internacional. Meses después, también el Comité de la ONU contra la Tortura criticó la lentitud de dicha investigación.
A mediados de junio, 5 congresistas estadounidenses presentaron el Proyecto de Ley Berta Cáceres, orientado a suspender la ayuda económica de EE.UU. a los entes de seguridad en Honduras, hasta que el gobierno castigue a los responsables del asesinato de Cáceres y de otros activistas del medio ambiente. La amenaza de este proyecto de ley, que debilitaría la lucha contra el crimen en Honduras mediante la retención de alrededor de 18 millones de dólares de financiación en materia de seguridad, empujó al presidente Hernández a reunirse con congresistas en Washington para interceder en contra. La ley no pasó, pero fue reintroducida en marzo de 2017 por 25 representantes.
En enero de 2017, Billy Kyte, representante de Global Witness, publicó un informe en el que señala a Honduras como el país más peligroso del mundo para el activismo ambiental, con 123 personas asesinadas desde 2010 por oponerse a proyectos de represas. El informe habla de "élites poderosas" y políticos detrás de dichos proyectos, mencionando directamente a la presidenta del Partido Nacional y vicepresidenta del Congreso Nacional, Gladis Aurora López Calderón y a su marido; e implicando a la policía y al ejército, financiados con ayuda estadounidense, en la represión contra los activistas de la tierra. También reúne numerosos ataques a activistas hondureños y da recomendaciones para detener los asesinatos. López solicitó al ministerio público una investigación del informe y querelló a Billy Kyte por difamación y calumnia. Mientras que Casa Presidencial se pronunció en un comunicado, asegurando que el informe carece de sustento y que no es objetivo ni veraz. Asimismo, la experta en energías renovables y ambiente, Elsia Paz, acusó a la ONG de irresponsable al emitir falsas acusaciones. El Ministro de Recursos Naturales y Ambiente, José Galdámez, llamó al Fiscal General a detener a Kyte si no declaraba ante el Ministerio Público, lo cual no aconteció porque fue resguardado por el Alto Comisionado de los Derechos Humanos hasta su salida del país.
Durante el conteo de votos en las elecciones generales de 2017, el candidato por la Alianza de Oposición, Salvador Nasralla llamó a sus simpatizantes a salir a protestar a las calles ante un presunto fraude electoral. Las protestas vandálicas en varias zonas del país dejaron un saldo de al menos 7 muertos y más de 20 heridos. En respuesta, el 1 de diciembre el gobierno hondureño decretó la suspensión de ciertas garantías constitucionales, con un toque de queda durante 10 días. Tras la declaración oficial de resultados electorales dos semanas después, el coordinado de la Alianza anunció un paro nacional, que provocó una nueva ola de protestas en todo el país, con bloqueos en las principales calles de Tegucigalpa y San Pedro Sula. El presidente Hernández promovió un diálogo para solventar la crisis política y hacer convenios con las fuerzas políticas; el mismo concluyó el 11 de diciembre de 2018.
El hermano del presidente Tony Hernandez fue declarado culpable en Nueva York por narcotráfico y otros delitos. Según testigos del juicio, varios narcotraficantes pagaban sobornos a Tony Hernandez, Pepe Lobo y Juan Orlando Hernandez a cambio de protección al momento de transportar la droga
En sus primeros 10 meses de gobierno, un estudio de la firma mexicana Consulta Mitofsky posicionó a Juan Orlando como uno de los presidentes de América mejor evaluados, con un 60% de aprobación.
Encuestas similares realizadas a nivel nacional por el Equipo de Reflexión, Investigación y Comunicación (ERIC) de la Compañía de Jesús en Honduras y por CID Gallup le dieron al presidente una aprobación del 54%, siendo entonces el político mejor evaluado del país. La encuesta de CID Gallup evaluó además la gestión presidencial, la cual obtuvo un 44% de opiniones positivas frente a un 28% de opiniones negativas; con un 40% de los encuestados considerando que la situación del país será mejor al finalizar el gobierno, un 25% creyendo que será peor y un 23% que será igual.
En los años posteriores, la evaluación en el desempeño de Juan Orlando como presidente tuvo cambios drásticos según CID Gallup, manteniéndose baja durante 2016, aumentado en 2017 —durante campaña electoral— y manteniéndose en cifras negativas durante su segunda gestión iniciada en 2018.
En abril de 2019, con 62 mese de gestión, las encuestas de Consulta Mitovsky lo colocaron en la posición número 13 —junto a Sebastián Piñera de Chile— de la lista de 18 presidentes en el continente americano, contando solo con un 27% de aprobación.
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