«Parapolítica» o «para-política» son los nombres con el que se le conoce al escándalo político desatado en Colombia a partir de 2006 por la revelación de los vínculos de políticos con paramilitares, con posterioridad al proceso de desmovilización que adelantaron varios de los grupos que conformaban las Autodefensas Unidas de Colombia. En Colombia se llama «paramilitares» a los grupos armados ilegales de extrema derecha que se autodenominan como autodefensas y que están generalmente ligados al narcotráfico.
Según las investigaciones y condenas judiciales, varios dirigentes políticos y algunos funcionarios del Estado se beneficiaron de estas alianzas por medio de la intimidación y la acción armada de los grupos paramilitares contra la población civil, algunos alcanzaron cargos en alcaldías, concejos, asambleas municipales y gobernaciones así como en el Congreso de la República y otros órganos estatales. A su vez algunos de los políticos desde sus cargos desviaron dineros para la financiación y conformación de grupos armados ilegales y filtraron información para facilitar y beneficiar las acciones de estos grupos dentro de las que se incluyen masacres, asesinatos selectivos, desplazamiento forzado, entre otras acciones criminales con el objetivo de extender su poder en el territorio nacional.
El escándalo se desató en medio de revelaciones de medios de comunicación, sectores políticos e investigaciones judiciales que desencadenaron la detención y condena de varios congresistas y otros políticos en ejercicio dando lugar a fuertes debates y controversias que polarizaron la opinión pública. La vinculación al proceso de investigación por parte de la Fiscalía General de la Nación y de la Corte Suprema de Justicia de funcionarios y políticos cercanos al entonces presidente de la República Álvaro Uribe Vélez afectaron las relaciones internacionales de ese gobierno con el Congreso de los Estados Unidos y con diferentes organizaciones de Derechos Humanos, a la vez que generaron un fuerte enfrentamiento entre la Corte Suprema de Justicia y el gobierno del presidente Uribe quienes se acusaron mutuamente de conspiración. Igualmente se vio fuertemente cuestionada la legitimidad del Congreso de la República debido al creciente número de Congresistas implicados en el escándalo.
Para el año 2013 habían sido condenados 60 congresistas por sus vínculos con grupos armados ilegales dentro de este proceso. Igualmente habían sido condenados numerosos funcionarios del Estado así como alcaldes y gobernadores de diferentes regiones del país.
Aunque mucho se especulaba sobre el poderío político de las autodefensas en el país, no fue sino hasta 2006 que se empezaron a revelar hechos y acusaciones concretas sobre cómo los grupos criminales de extrema derecha, con financiación del narcotráfico, se habían adentrado en los gobiernos seccionales, el Congreso, la política, los debates electorales y las Fuerzas Armadas.
Si bien desde el año 2002, cuando era Representante a la Cámara, el senador Gustavo Petro venía denunciando la presunta infiltración paramilitar en la Fiscalía General de Luis Camilo Osorio, fue durante el año 2005, en vísperas de las elecciones parlamentarias de 2006, que se generaban varias polémicas alrededor de la presencia de personas cercanas al paramilitarismo en las listas de partidos que apoyaban al presidente Uribe; mientras que en mayo de 2005 Petro denunciaba con nombre propio y documentos judiciales a varios parlamentarios de Sucre, en junio del mismo año, Clara López Obregón miembro del Polo Democrático Alternativo denunciaba ante la Corte Suprema de Justicia la presunta vinculación de congresistas con las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), después de que se conocieran afirmaciones del jefe máximo de dicha organización Salvatore Mancuso en las que aseguraba que un 35 por ciento del Congreso "eran amigos" de su organización. Ya en diciembre el expresidente César Gaviria, presidente del Partido Liberal advertía sobre la presencia de paramilitares en las listas uribistas. Los líderes de los partidos de la coalición retaron a Gaviria a revelar los nombres y dijeron que las diferentes acusaciones correspondían a una estrategia de desprestigio de la oposición. En enero de 2006 los jefes de los partidos de la coalición de gobierno anunciaron la expulsión de algunos miembros de listas de aspirantes aunque buena parte de los expulsados resultaron siendo acogidos más tarde por otros partidos menores también gobiernistas.
En el año 2005 el exdirector del Departamento Administrativo de Seguridad (DAS), organismo de inteligencia del Estado, Jorge Noguera Cotes es investigado por diferentes acusaciones, entre otras las del exjefe de informática del organismo Rafael García, testigo clave del proceso, de poner este organismo de inteligencia al servicio de las autodefensas del norte del país. Medios de comunicación como la Revista Semana revelaron varias de estas acusaciones que pusieron en aprietos a Noguera, situación que causó la indignación del presidente Uribe quien se enfrentó a los medios y dijo que "pondría las manos en el fuego por él", no obstante Noguera se vio obligado a renunciar y fue nombrado como cónsul en Milán. Pero las denuncias seguirían y Noguera tuvo que dejar su cargo y regresar a responder ante la justicia sindicado por concierto para delinquir y por prestar colaboración y suministrar información a grupos armados al margen de la ley, hechos por los que el 22 de febrero de 2007 fue capturado.
En julio de 2006 la Corte Constitucional condiciona la Ley de Justicia y Paz que había tramitado el gobierno ante el Congreso para el proceso de desmovilización de paramilitares. La Corte estableció que para que los jefes paramilitares pudieran acceder a los beneficios judiciales debían:
Es entonces cuando los jefes paramilitares concentrados en cárcel de máxima seguridad comienzan sus revelaciones para poder acogerse a dicha ley. Salvatore Mancuso pone al descubierto hechos criminales de alta gravedad que comprometen a políticos de diferentes regiones del país.
La incautación de un computador portátil decomisado a alias 'Don Antonio' uno de los hombres de confianza de Rodrigo Tovar Pupo, jefe del bloque norte de las autodefensas, más conocido con el alias de Jorge 40, desató diversas indagaciones judiciales luego de que los investigadores lo descifraran y encontraran una serie de documentos que revelaban múltiples crímenes contra líderes sociales de la Costa Atlántica y la alianza con diferentes políticos que incluían alcaldes, gobernadores y aspirantes a congresistas, con el propósito de expandir su poder en el país, hechos que desencadenaron en diferentes masacres, asesinatos y un número aun desconocido de congresistas y otros servidores públicos elegidos con la influencia paramilitar. Muchos de los crímenes detallados en aquel computador se realizaron cuando se adelantaba el proceso de paz entre estos grupos y el gobierno, después de que dicha organización anunciase un cese al fuego.
Las revelaciones del computador llevaron al procurador Edgardo Maya Villazón a afirmar que este escándalo sería igual o peor al escándalo del proceso 8.000. Dichas revelaciones también salpicaron inicialmente a cuatro senadores de la república pertenecientes a la coalición uribista (Zulema Jattin, Dieb Maloof, David Char y Álvaro García Romero) por lo que la información pasó a manos de la Corte Suprema de Justicia que se encargaría de investigar estos y otros casos que más tarde se revelarían.
Dichos hechos agitaron el debate político en el Congreso de la República donde el senador Gustavo Petro, como vocero del partido de oposición al gobierno Polo Democrático Alternativo, citó a un debate donde reiteró las denuncias que ya venía haciendo y reveló documentos que comprometían a varios políticos con grupos paramilitares y reclamó, según dijo, por la permisividad del gobierno frente a los hechos, denunciando en el Congreso a Salvador Arana, exgobernador de Sucre, quien había sido nombrado como embajador de Colombia ante Chile, por ordenar el asesinato de Eudaldo Tito Díaz, alcalde de El Roble en el departamento de Sucre, después de que este en un consejo comunitario había advertido al presidente Uribe que lo querían matar e incluso señaló los nombres de quienes serían sus asesinos; así mismo Petro denunció la supuesta permisividad del exfiscal General de la Nación Luis Camilo Osorio a quien venía denunciando desde el año 2002 y quien durante su gestión firmó el auto inhibitorio para investigar a Arana por conformación de grupos paramilitares. Durante el mismo debate Petro señaló al senador Álvaro García Romero, conocido como El gordo García, presentando una grabación y otros documentos que lo comprometían con supuesta conformación de grupos paramilitares en Sucre y su presunta participación en la "Masacre de Macayepo" donde fueron asesinadas 15 personas. García quien después de haber ocupado por más de veinte años una curul en el parlamento, y tras el acalorado debate en el congreso donde a voz en cuello negó las acusaciones, se entregó a la justicia el 16 de noviembre de 2006 tras varios días de fuga.
Alrededor de un año y algunos meses antes de desatarse el escándalo, Petro había denunciado los presuntos nexos con los paramilitares de la exrepresentante a la cámara Muriel Benito Rebollo a quien acusó entre otras cosas de tener nexos con alias 'Diego Vecino' y Rodrigo Mercado Pelufo, alias 'Cadena'; la entonces representante negó las acusaciones y señaló a Petro de querer ganar protagonismo con calumnias, sin embargo la aparición de su nombre en el computador de alias 'Jorge 40' como candidata de 'Diego Vecino' para el congreso en las elecciones de 2006 provocó que se abriera la investigación que terminaría en la posterior captura de Benito Rebollo quien finalmente reconoció sus vínculos con Diego Vecino y fue condenada a 6 años de prisión.
Dichos hechos fueron el comienzo del escándalo donde terminaron detenidos tres congresistas que están siendo investigados. Sin embargo, como se advertía por los denunciantes, este escándalo sería solo el inicio de una serie de acontecimientos que revelaría nuevos vínculos de los políticos con grupos ilegales de autodefensas.
El Pacto de Ralito, uno de los procesos más sonados dentro de este escándalo, es un documento que involucra a varios parlamentarios, ex parlamentarios, alcaldes, gobernadores y otros funcionarios públicos en un acuerdo con las AUC para "refundar la patria". Hoy la mayoría de los firmantes se encuentran en la cárcel acusados del delito de concierto para delinquir agravado aunque algunos de los involucrados pidieron ser juzgados por el delito de sedición, iniciativa que no prosperó.
El documento fue firmado en el año 2001 en un encuentro entre el Estado Mayor de la Autodefensas y siete representantes a la cámara, cuatro senadores, dos gobernadores y cinco alcaldes. Se conoció sobre la existencia del documento después de que el senador Miguel De la Espriella, uno de los firmantes, revelara su existencia a finales de 2006 por órdenes de Salvatore Mancuso; el texto del documento solo fue conocido en enero de 2007 tras declaraciones de Jorge 40 durante el sometimiento al proceso de Paz con el gobierno.
De acuerdo a investigaciones publicadas por el Diario El Espectador, el pacto estaba enmarcado dentro de una estrategia de las AUC para consolidar una alianza de fuerzas al margen de la ley bajo la financiación del narcotráfico y concretar, a futuro, la toma del poder político, inicialmente en la Región Caribe para más tarde consolidarse a nivel nacional. Según el informe, dicha estrategia se denominó "El Plan Birmania", haciendo referencia a lo sucedido en Birmania (hoy Myanmar), país asiático donde se estableció una dictadura militar y se le señala como uno de los ejes del denominado "Triángulo de oro" entre Laos, Birmania y Tailandia, por el cultivo de la amapola, la producción de opio y la fabricación de heroína. Carlos Castaño se negó a respaldar la iniciativa y reiteró las objeciones que ya venía haciendo en contra de los entonces líderes del Bloque Central Bolívar de las AUC, Iván Roberto Duque alias Ernesto Báez y Carlos Mario Jiménez alias Macaco, por sus nexos con la producción de drogas ilícitas. Además informó a sus hombres de confianza de las intenciones de algunos de los jefes, a fin de buscar respaldo a su negativa a la alianza. A través de declaración pública, el miércoles 30 de mayo de 2001, Carlos Castaño Gil díjo: “Compañeros de causa, somos en las AUC, amigos y respetuosos de las instituciones del Estado. Este principio es inviolable. Respétenlo. Renuncio irrevocablemente a mi cargo otorgado por ustedes”.
Al hacerse las revelaciones los firmantes han hecho diferentes declaraciones para explicar el hecho que van desde que firmaron un documento en blanco en constancia de la asistencia o la firma bajo presión armada y otras voces como la de la representante Eleonora Pineda que declaró que el documento fue leído en voz alta y se procedió a firmar y que ninguno de los asistentes fue obligado a firmar.
El 14 de mayo de 2007, se ordenó la captura de la mayoría de los políticos firmantes imputándoseles el delito de Concierto para delinquir agravado, ya que los organismos de justicia encontraron que había pruebas que permitían establecer que los firmantes se habían beneficiado políticamente del pacto y que no fueron obligados como algunos de ellos afirmaban.
Líderes paramilitares
Líderes políticos
El escándalo en el Departamento Administrativo de Seguridad (DAS), (que para entonces era la principal agencia de inteligencia en Colombia y cumplía con funciones de policía secreta), se generó luego de que el exjefe de informática de dicho organismo Rafael García fuera detenido por haberse comprobado que había utilizado su cargo para favorecer a grupos paramilitares y a narcotraficantes con pedido de extradición; fue entonces cuando García decidió colaborar con la justicia y realizó varias denuncias convirtiéndose en testigo clave dentro del proceso de la parapolítica, razón por la cual sería apodado por los medios de comunicación como El Ventilador. García denunció, entre otras cosas, que el exjefe de este organismo y entonces cónsul en Milán, Jorge Noguera Cotes, habría utilizado su posición para poner el organismo de seguridad al servicio del grupo paramilitar liderado por alias Jorge 40, García también aseguró que Noguera habría facilitado la participación de este grupo en el asesinato selectivo de sindicalistas del país. Al revelarse este escándalo Noguera Cotes, quien fue vigorosamente defendido por el presidente Álvaro Uribe Vélez, tuvo que renunciar a su cargo en Milán y regresó a Colombia para rendir indagatoria frente a la Fiscalía General de la Nación. El 22 de febrero de 2007 fue privado de la libertad sindicado de concierto para delinquir y homicidio agravado.
Al conocerse la noticia el presidente Álvaro Uribe Vélez declaró que de encontrarse culpable a Noguera el debería pedir excusas al país por haberlo nombrado. Noguera fue uno de los directivos de la campaña presidencial de Uribe en el Magdalena en 2002 y fue designado como director del DAS siete días después de la posesión de este último permaneciendo por casi 4 años en el cargo para después ser nombrado como cónsul en Milán durante el segundo mandato del reelecto presidente.
El 23 de marzo de 2007, Noguera fue puesto temporalmente en libertad gracias a que su abogado logró demostrar, según el Consejo Superior de la Judicatura, bajo el recurso conocido como Habeas Corpus, que la detención no se produjo conforme a la ley por lo que a su cliente se le había violado el debido proceso. La investigación pasó a manos del Fiscal General de la Nación Mario Iguarán quien no ocultó su descontento ante la decisión y declaró que empezaría a mirar las acciones que su despacho debía adelantar frente a esta decisión. Noguera fue recapturado el 6 de julio de 2007, tres meses después de haber sido puesto en libertad. En noviembre de 2007 la Procuraduría lo destituyó y suspendió por 18 años, según este organismo Noguera fue hallado responsable de haber colaborado con las AUC, de incrementar su patrimonio ilegalmente y de haber adulterado información para favorecer a grupos narcotraficantes. Mientras tanto la Fiscalía continuaba con el proceso penal en su contra.
El proceso siguió en curso hasta el 11 de junio de 2008 cuando la sala penal de la Corte Suprema de Justicia anuló el proceso seguido por la Fiscalía debido a que el Fiscal Mario Iguarán delegó la función de investigación cuando, según la corte, dicha función era exclusiva de él por haber sido Noguera director del DAS y por lo tanto contar con fuero constitucional. Noguera quedó en libertad a espera de que se iniciara de nuevo un juicio en su contra mientas que la Corte compulsó copias para que la comisión de acusaciones de la Cámara de Representantes investigue al Fiscal por irregularidades en el proceso seguido a Noguera.
En noviembre de 2011 Noguera fue condenado por la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia a 25 años de cárcel. La Corte lo halló culpable de 4 delitos incluido el de homicidio.
Hasta julio de 2008 se vinculaban 68 congresistas dentro del escándalo, la gran mayoría pertenecientes a la coalición de gobierno incluida la entonces presidenta del congreso Nancy Patricia Gutiérrez, más de 30 de ellos privados de la libertad en la cárcel La Picota y en la cárcel El Buen Pastor de Bogotá, incluidos 3 expresidentes del congreso, mientras van siendo llamados a juicio, otros tantos han renunciado a sus escaños a medida que la investigación avanza. Por tales hechos varios sectores de la vida política han puesto en duda la legitimidad del Congreso.
Inicialmente las investigaciones implicaron a políticos de la Costa Atlántica pero más tarde llegarían a involucrar a congresistas de Antioquia, Tolima, Norte de Santander hasta extenderse por buena parte de los 32 Departamentos de Colombia.
Las primeras detenciones a congresistas tuvieron lugar el 18 de octubre de 2006 cuando fueron llamados a indagatoria los senadores Álvaro García Romero y Jairo Enrique Merlano, y el representante Erik Morris, tras ser escuchados se les dictó medida de aseguramiento. El 15 de febrero de 2007 se realizaría la segunda detención masiva de congresistas cuando la Corte Suprema de Justicia (CSJ) emitió orden de captura contra los senadores Álvaro Araújo Castro líder de Alas Equipo Colombia, Mauricio Pimiento, Dieb Maloof líder del Movimiento Colombia Viva y Luis Eduardo Vives así como el representante a la Cámara Alfonso Campo Escobar y se ordenó la captura del representante a la cámara Jorge Luis Caballero por quien se emitió una circular Roja de la INTERPOL para su captura en el exterior ya que había huido a Europa una vez fue vinculado al proceso, (finalmente se entregó el 15 de noviembre de 2007). Todos ellos bajo sospecha de haber recibido beneficios del paramilitarismo para ser elegidos como congresistas, el senador Araújo además enfrenta cargos de secuestro extorsivo por la posible participación en el plagio de su contendor Víctor Ochoa Daza en las elecciones de 2005, hecho por el cual podría enfrentar hasta 40 años de prisión.
Adicionalmente a esto también fueron privados de la libertad varios congresistas que habían firmado el Pacto de Ralito mientras empezaron a ser involucrados dirigentes de gran poder político como es el caso del Senador Luis Alberto Gil, líder del movimiento Convergencia Ciudadana quien presuntamente y junto con otros políticos del departamento de Santander mantenía alianzas con alias Ernesto Báez, Gil renunció a su escaño en el Senado por lo que su proceso pasó a la Fiscalía. También se involucró a Mario Uribe Escobar líder del partido Colombia Democrática y primo del presidente Álvaro Uribe, fue vinculado formalmente al proceso a raíz de las declaraciones del exparamilitar Jairo Castillo Peralta alias Pitirri, quien es uno de los testigos claves en el proceso y lo acusa de reunirse de manera clandestina con grupos paramilitares, Uribe Escobar había sido mencionado también por el exjefe máximo de las AUC Salvatore Mancuso meses antes durante su declaración ante la justicia así como por la exrepresentante Eleonora Pineda; después de ser llamado a indagatoria por la Corte Suprema de Justicia en septiembre de 2007, renunció a su cargo como senador con el fin de ser juzgado por la justicia ordinaria y no por el máximo tribunal de justicia. El 22 de abril de 2008 se le dictó orden de captura por orden de la Fiscalía.
En el año 2008 las órdenes de captura contra congresistas siguieron aumentando vertiginosamente y los dirigentes de renombre involucrados en investigaciones también, como lo fue el caso del senador Carlos García Orjuela presidente del Partido de la U quien sería capturado en julio y de la entonces presidenta del Senado Nancy Patricia Gutiérrez a quien se le abrió investigación preliminar. Así las cosas, se empezaron a evaluar alternativas para frenar la creciente deslegitimación del Congreso. (Véase: "Consecuencias").
Durante el proceso se han investigado a varios mandatarios locales, entre ellos el gobernador del departamento de Magdalena Trino Luna quien fue detenido en marzo de 2007 y fue el primer condenado en este escándalo después de que aceptara sus vínculos con los cabecillas paramilitares alias Jorge 40 y Hernán Giraldo Serna; otro de los gobernadores detenidos fue Hernando Molina Araújo gobernador del departamento del Cesar después de que el Fiscal General de la Nación encontrara méritos suficientes para ordenar su captura; el gobierno lo suspendió de su cargo luego de que Molina se entregara voluntariamente al viajar a Bogotá; según la fiscalía las evidencias indican que Molina Araújo habría tenido relación de cercana amistad con alias 'Jorge 40' exjefe del Bloque Norte de las AUC y que dicha relación era tan estrecha que incluso pertenecía al grupo bajo el alias de Comandante 35. Se tienen pruebas de que Molina se habría favorecido políticamente para alcanzar la gobernación del departamento en las elecciones de 2003 y de la presunta recepción de millonarias sumas de la organización criminal cuando el político ocupaba el Consulado de Guatemala, también se le acusa de participación en el secuestro de una mujer perteneciente al clán político de la familia Genecco Adicionalmente a estos casos se dictó orden de captura contra el exgobernador del departamento de Sucre Salvador Arana, quien por meses permaneció prófugo de la justicia y era buscado por la INTERPOL, el 29 de mayo de 2008 fue capturado en Santa Marta. A Arana se le sindica de conformar grupos paramilitares en la región y de planear varios crímenes para lograr beneficios electorales.
De igual forma existen diversos casos de alcaldes de pequeñas localidades que son investigados por presuntas alianzas con grupos paramilitares, tal es el caso que ha sido comparado por la prensa con el del Pacto de Ralito, en el cual seis alcaldes del departamento de Casanare fueron llamados a indagatoria por la fiscalía por firmar un documento en el que se comprometían a ceder el manejo del 50% del dinero público del presupuesto asignado a grupos paramilitares, en el documento los entonces candidatos se comprometían de la siguiente forma: "Manejo por parte de la organización Acc (Autodefensas Campesinas del Casanare) del 50 por ciento del presupuesto municipal" y "aportes del 10 por ciento de cuota de toda contratación" En el documento aparecen como firmantes 5 de los 6 implicados, debido a que, según la fiscalía, Leonel Roberto Torres Arias, alcalde de Aguazul no tuvo que firmar ya que era miembro activo de la organización paramilitar.
El proceso judicial es adelantado por la Fiscalía General de la Nación y los magistrados de la Corte Suprema de Justicia, estos últimos se encargan de los casos de congresistas y otros servidores estatales cobijados bajo el fuero especial que dictamina la constitución a algunos funcionarios del Estado para su juzgamiento. Varios de los detenidos, en especial congresistas han renunciado a su fuero con el fin de ser juzgados por la justicia ordinaria, tal es el caso del entonces senador Álvaro Araújo Castro quien el 27 de marzo de 2007 presentó su carta de renuncia ante el congreso donde expresó que prefería renunciar a los "falsos privilegios" de su condición como senador y que no tenía las garantías suficientes frente al proceso adelantado por los magistrados, el congreso aceptó su renuncia dejando constancia de que no compartía los términos descalificadores en los que el ahora exsenador se refería a la alta corte en su carta. La renuncia al fuero ya había sido utilizada también por el exsenador Jairo Merlano y después de este hecho ha seguido siendo solicitada por varios de los implicados en el proceso.
A finales de mayo de 2007 el presidente Álvaro Uribe Vélez propuso la excarcelación para aquellas personas involucradas con grupos armados al margen de la ley que confiesen la verdad sobre sus delitos ante los jueces. Dicha propuesta provocó controversia entre la opinión pública. El gobierno procedió a reconsiderar varios aspectos de la propuesta original, entre ellos que la excarcelación no sea total, que se cumpla con una pena efectiva y otros castigos accesorios, que se apliquen gradualmente de acuerdo con la gravedad de los delitos, y que las penas se agraven en el caso de los servidores públicos. Ante la controversia desatada el gobierno se abstuvo de presentar el proyecto ante el congreso.
Otra de las controversias se presentó cuando varios de los políticos que se encuentran hoy detenidos por este escándalo hicieron saber al gobierno por medio de sus abogados que buscan ser juzgados por el delito de sedición y no por el delito de concierto para delinquir por el que están siendo procesados. El delito de sedición, por ser un delito político, permitiría que las penas fueran menos severas y que incluso quienes sean hallados culpables puedan ser indultados. De acuerdo a investigaciones realizadas por la Revista Cambio, el asesor presidencial José Obdulio Gaviria habría recibido esta propuesta de uno de los abogados de los políticos detenidos y habría estudiando con el gobierno la viabilidad de la aplicación de esta fórmula. No obstante los proyectos alrededor de esta figura jurídica han enfrentado grandes controversias y oposiciones. En octubre de 2007 la presidenta del senado Nancy Patricia Gutiérrez denunció que había recibido chantajes y amenazas de parte de algunos políticos detenidos como Eleonora Pineda y Miguel de la Espriella quienes le habían dicho que de no apoyar el trámite del proyecto que revivía el delito político sería salpicada con el escándalo. De igual forma el magistrado César Julio Valencia denunció amenazas contra su familia.
Durante el proceso se generaron varios enfrentamientos entre la Corte Suprema de Justicia (CSJ) y el entonces presidente Álvaro Uribe. A inicios del mes de octubre de 2007 se desató una gran polémica en el país cuando el presidente Uribe emitió un comunicado en el que daba a conocer un supuesto complot en su contra relatado por el exparamilitar alias "Tasmania". En el comunicado "Tasmania" aseguraba que el magistrado auxiliar de la CSJ, Iván Velásquez, le había ofrecido beneficios judiciales a cambio de implicar al presidente Uribe y al empresario Ernesto Garcés Soto en un atentado contra un excomandante del suroeste antioqueño de las AUC conocido como "René", así como implicaciones a Mario Uribe Escobar, primo del Presidente y quien ya estaba vinculado al proceso de investigación.
A raíz de este comunicado de la presidencia, la Corte Suprema y el Gobierno tuvieron un fuerte enfrentamiento por medio de declaraciones entregadas a la prensa. El magistrado Velásquez negó los hechos y recibió el respaldo de la Corte que manifestó que estas acusaciones tenían el propósito de desvirtuar el proceso de la parapolítica seguido por el alto tribunal. En junio de 2008 alias Tasmania manifestó su intención de retractarse en sus acusaciones al magistrado Velásquez y aseguró que todo había sido orquestado por su abogado quien a su vez era el abogado del exparamilitar alias 'el Tuso' quien según 'Tasmania' ejercía presión para que declarara en contra del magistrado Velásquez por presuntas presiones provenientes de Mario Uribe y de Santiago Uribe Vélez, hermano del presidente Uribe. Durante el escándalo salió a relucir que el abogado de alias 'el Tuso' era vecino de finca de Santiago Uribe y tenía relación cercana con la familia de Mario Uribe. La Fiscalía cerró el proceso de investigación del magistrado Velásquez a su favor.
Un nuevo roce entre los dos poderes se daría en enero de 2008 cuando en un hecho sin precedentes, el presidente Uribe interpuso una demanda por supuesta difamación y calumnia contra el presidente de la Corte, César Julio Valencia Copete, después de que este se negara a retractarse de las declaraciones que diera al diario El Espectador, en las que el magistrado aseguraba que el presidente lo había llamado para indagar sobre el caso de su primo y compañero político Mario Uribe, vinculado al proceso de la parapolítica.
En abril de 2008 las declaraciones a la prensa serían de nuevo el escenario de confrontación entre los dos poderes. El Presidente Uribe y el Ministro del Interior y de Justicia Carlos Holguín Sardi cuestionaron las detenciones de congresistas y se llegó a revelar que el gobierno estudiaba la posibilidad de crear un nuevo tribunal con facultades para juzgar al presidente, congresistas y magistrados. Hechos que provocaron una inmediata reacción de los juristas de todas las altas cortes que emitieron un comunicado rechazando la iniciativa y las declaraciones del ministro.
En agosto de 2008 un nuevo choque se produciría después de que la revista Semana revelara que el abogado del exjefe paramilitar alias 'Don Berna' y el vocero de los paramilitares conocido con el alias de 'Job' se reunieron clandestinamente con dos altos funcionarios del la Casa de Nariño a quienes presentaron grabaciones clandestinas que supuestamente comprometían a funcionarios de la Corte Suprema de Justicia con la manipulación de testigos, no obstante las pruebas eran falsas. Para la Corte Suprema esto fue interpretado como un complot de dichos funcionarios con los paramilitares para desprestigiar a la corte y el presidente de dicho tribunal, el magistrado Francisco Javier Ricaurte, dijo que pondría el caso en conocimiento de un fiscal de la Corte Penal Internacional que por esos días estaba de visita en Colombia para verificar entre otros los procesos de la parapolítica. A la polémica reunión clandestina con alias Job asistieron Cesar Mauricio Velásquez jefe de prensa de la Casa de Nariño y a quien los paramilitares llamaban "El Curita" según las grabaciones reveladas, también asistió el secretario jurídico Edmundo del Castillo así como el embajador en República Dominicana Juan José Chaux.
El 13 de mayo de 2008 el gobierno colombiano decide extraditar sorpresivamente y en horas de la madrugada hacia los Estados Unidos a varios de los máximos jefes paramilitares recluidos en cárceles del país y que estaban sometidos al proceso de desmovilización. La decisión se tomó, según el gobierno, porque los paramilitares seguían delinquiendo desde las cárceles. Algunas organizaciones defensoras de las víctimas y organizaciones de Derechos Humanos así como analistas políticos, manifestaron su preocupación puesto que, según dicen, la extradición podría perjudicar los procesos de confesión en temas como los de la parapolítica debido a que la Justicia de los Estados Unidos solo juzgará a los extraditados por narcotráfico. El gobierno desestimó estas afirmaciones mientras que William Brownfield, embajador norteamericano dijo que se hicieron acuerdos para lograr la cooperación judicial entre los dos países. Tiempo después algunos sectores de prensa y judiciales, como es el caso del presidente de la Corte Suprema de Justicia Francisco Ricaurte, manifestaron su preocupación puesto que la extradición de algunos de los jefes paramilitares ha dificultado los procesos de investigación de la parapolítica.
El exgobernador Trino Luna Correa fue el primer condenado dentro del proceso de la parapolítica después de acogerse a sentencia anticipada aceptando el cargo de concierto para delinquir agravado por sus nexos con los paramilitares alias Jorge 40 y Hernán Giraldo Serna de quienes recibió el apoyo para llegar a ser gobernador del Magdalena en las elecciones de 2003 donde fue candidato único. La primera condena proferida por la Corte Suprema de Justicia fue para el representante Erik Morris quien el 19 de diciembre de 2007 fue condenado a 6 años de prisión. El segundo parlamentario en ser condenado después de Morris fue Dieb Maloof, a quien se le dictó sentencia de 7 años y 3 meses de prisión, aunque se le redujo la tercera parte de la condena por haberse sometido a sentencia anticipada. Maloof, a quien se le atribuyen nexos con el paramilitar alias Jorge 40, fue hallado culpable de concierto para delinquir, constreñimiento al elector y fraude electoral. También fue condenado en noviembre de 2007 el exrepresentante del Partido Conservador del departamento de Magdalena Alfonso Campo Escobar a seis años de prisión. Igual sentencia de 6 años recibió la exrepresentante Muriel Benito Rebollo el 25 de febrero de 2008. Benito Rebollo reconoció sus nexos con el paramilitar alias "Diego Vecino" quien le dio apoyo para llegar al congreso de la república, por someterse a sentencia anticipada recibió la rebaja del 40% de la pena. En el mismo mes fue condenado Miguel Alfonso de la Espriella quien había renunciado a su curul como congresista para evitar ser juzgado por la Corte Suprema de Justicia y su caso pasó a la Fiscalía General de la Nación. De la Espriella, fue sentenciado a pagar 3 años y 7 meses de prisión por un juez de Bogotá después de que aceptara los cargos y someterse a sentencia anticipada, logrando una importante rebaja de su pena. El 16 de mayo de 2008 fue condenado a siete años de prisión Mauricio Pimiento, uno de los primeros capturados y el 1 de agosto fue condenado por la Corte Suprema el senador Luis Eduardo Vives a 7 años de cárcel Otros condenados han sido Eleonora Pineda (7 años y medio), Juan Manuel López Cabrales (6 años), Reginaldo Montes (6 años).
Algunos de los procesos han terminado en preclusión o absolución. Tal es el caso de José de los Santos Negrete cuyo proceso fue precluído por la Corte Suprema en noviembre de 2007, Negrette regresó a su curúl en la Cámara de Representantes. En junio de 2008 fue absuelto Jairo Enrique Merlano quien estaba siendo procesado por la justicia ordinaria; la Fiscalía informó que apelaría la decisión. El 12 de agosto del mismo año la Fiscalía ordenó la libertad del expresidente del Congreso Luis Humberto Gómez Gallo por no encontrar pruebas suficientes en su contra, durante el mismo mes fue dejado en libertad por orden de un juez el excongresista William Montes quien fue uno de los firmantes del Pacto de Ralito.
De acuerdo con algunos sectores de la prensa y senadores del Partido Demócrata de los Estados Unidos, el escándalo al que algunos denominan 'paragate' podría tener repercusiones en la aprobación de fondos para la fase II del Plan Colombia y en la aprobación del texto actual del Tratado de Libre Comercio (TLC).
El 20 de abril de 2007, el exvicepresidente de Estados Unidos, Al Gore tras cancelar su participación en un foro ambiental en Miami al que asistía el presidente Uribe, manifestó en un comunicado que no le parecía prudente aparecer en un evento con el mandatario colombiano mientras no se despejen todas las dudas alrededor de las acusaciones en su contra, incluyendo aquellas de miembros de la oposición en el congreso colombiano. El día anterior el presidente Uribe había citado a una rueda de prensa en la Casa de Nariño donde anunció públicamente la decisión tomada por Al Gore, la cual lamentó. Asimismo, Uribe rechazó dichas acusaciones, las cuales consideró calumnias, y presentó su versión sobre varias de ellas.
Uribe emprendió entonces una gira por los Estados Unidos con el propósito de conseguir el apoyo de los congresistas demócratas para la aprobación del TLC reuniéndose incluso con Nancy Pelosi la presidenta de la cámara de representantes de ese país quien dijo a Uribe que para recibir el apoyo de la mayoría demócrata era esencial que el gobierno procesara judicialmente a los funcionarios comprometidos en el escándalo, incluso los de altos rangos, a la vez que expresó su preocupación por la impunidad frente a los crímenes cometidos contra varios sindicalistas en el país. Uribe regresó meses después y de nuevo obtuvo negativas.
En 2007, tanto Senado como Cámara tuvieron problemas para sesionar, ya que algunos de los implicados presidían algunas comisiones en el congreso. Con las crecientes detenciones, las cosas se agravaron y en 2008 se volvía a plantear la ilegitimidad del Congreso y entraron a ser estudiadas varias propuestas, desde la revocatoria, hasta adelantar las elecciones y sancionar a los partidos implicados en el escándalo. Uno de los temas que generó polémica es el de quienes reemplazaban a quienes renunciaban o iban a la cárcel ya que por ley estos pertenecían a las mismas listas y en algunos casos se generó el llamado "carrusel", debido a que algunos de quienes reemplazaron a los detenidos también resultaban implicados, a esto se suma la baja cantidad de votos que tenían quienes llegaban a los escaños. El gobierno apoyó la propuesta de hacer una reforma política que inicialmente fue respaldada por el opositor Partido Liberal pero dicho partido se distanció de la propuesta por las condiciones impuestas por la coalición de gobierno, entre otras la que tiene que ver con la llamada "silla vacía" que consiste en que los escaños de los congresistas detenidos queden suspendidos, el gobierno buscaba que dicha suspensión solo se diera en el momento en que se les dictara sentencia condenatoria, el senador liberal Juan Fernando Cristo calificó la iniciativa como una burla al país, mientras que el otro partido de oposición, Polo Democrático Alternativo, propuso una Asamblea Nacional Constituyente. La reforma siguió su trámite en la comisión primera del Senado pero al final el gobierno terminó por buscar que no se aprobara en especial por el tema de la "silla vacía". La oposición y algunos sectores gobiernitas buscaron la aprobación pero en medio de las polémicas el gobierno dijo que no quería perder la gobernabilidad, esto a causa de que para el momento el 85% de los implicados pertenecía a la bancada de gobierno.
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