Descubrimiento y conquista de la Argentina
El período de la conquista española en el territorio de la actual República Argentina fue un largo espacio de tiempo que ocupó casi todo el siglo XVI. Durante este período el territorio estuvo bajo el dominio de diversos poderes. La historiografía española denominó también a ese acontecimiento como descubrimiento, debido al hecho de que hasta esa época las culturas africanas, asiático-pacíficas y europeas desconocían la existencia del continente americano y las culturas allí existentes.
El Imperio Español ingresó y se instaló precariamente en un sector del territorio con epicentro en la región de Tucma, españolizada como Tucumán, en el actual noreste argentino, no pudiendo establecer plenamente su dominio debido a la resistencia diaguita que tuvo su apogeo en las Guerras Calchaquíes (1560-1667). La conquista del sector español del actual territorio argentino comenzó desde cuatro direcciones: desde el noroeste por la puna jujeña, desde el noreste por Asunción, desde el sudeste por el Río de la Plata, y desde el oeste por Chile, región con la cual la actual región de Cuyo se mantendría en estrecha relación. Estos territorios no formaron ninguna entidad unificada y pasaron a integrar el Virreinato del Perú.
Un gran sector del actual territorio argentino no fue conquistado ni colonizado por el Imperio Español, principalmente la región pampeana y la Patagonia oriental (dominada por distintas fracciones de la cultura tehuelche) y la llanura chaqueña (dominada por las poblaciones guaycurúes y wichis). Estos territorios serían conquistados por los argentinos en el siglo XIX, luego de la independencia.
En la región mesopotámica, sobre el final del período se fundaron algunas poblaciones españolas, pero la mayor parte del territorio quedó bajo dominio de la cultura guaraní.
Durante este primer siglo posterior a la llegada de los españoles a América se produjo la catástrofe demográfica en América tras la llegada de los europeos. La mortandad indígena causó a su vez, sobre el final de la etapa, la importación de esclavos negros secuestrados en África.
La fecha inicial se establece en 1516, fecha de la expedición de Juan Díaz de Solís, primer explorador español en visitar el Río de la Plata. La fecha final se establece en torno al año 1593, en que terminó la etapa de las fundaciones de las ciudades españolas que serían más tarde capitales de las provincias argentinas, y fueron nombrados los primeros dos gobernadores nacidos en América en las dos provincias entonces existentes: Hernandarias y Fernando de Zárate.
Al momento de la llegada de los españoles a la Argentina, el territorio estaba habitado por una gran cantidad de etnias, racialmente poco similares entre sí, y culturalmente muy disímiles. En el sur, en las llanuras de las pampeana y chaqueña habitaban bandas de cazadores-recolectores: het, tehuelches, wichis, guaycurúes, vilelas, etc.
En el noroeste habitaban pueblos de cultura agroalfarera, que cultivaban terrenos irrigados artificialmente: tales fueron los diaguitas, los omaguacas y los tonocotés. También en el noreste existían poblaciones agricultoras, que sembraban sus cultivos en terrenos selváticos limpiados por medio de la roza: los guaraníes. Por último, en la zona serrana central y del oeste vivían pueblos que practicaban una agricultura más primitiva, y de los cuales formaban parte grupos dedicados exclusivamente a la caza y recolección: entre ellos se contaban los comechingones y los huarpes.
A fines del siglo XV, el imperio incaico había sometido a la totalidad de las poblaciones omaguacas y diaguitas, y habían convertido a huarpes y tonocotés en vasallos. La expansión del incario facilitaría la subsiguiente invasión española, al acostumbrar a las poblaciones locales a la obediencia y el vasallaje, y al difundir ampliamente la lengua quechua por un amplio territorio, que incluía todo el noroeste y el oeste de la actual Argentina.
Los primeros europeos que llegaron al área en donde está situada la Argentina lo hicieron buscando un paso hacia Asia: por entonces, América era solo un obstáculo entre España y las riquezas de la Especiería, Catay y Cipango en Asia. La zona, además, estaba ubicada aproximadamente sobre la Línea de Tordesillas, límite no bien establecido de reparto de las áreas de navegación y conquista pactadas entre España y Portugal y, por lo tanto, tenía para ambos países la condición de frontera aún no ocupada.
Aunque existen muchas discusiones sobre la autenticidad de los viajes de Américo Vespucio, conocidos por sus famosas seis cartas o mapas (en la cuarta, llamada Mundus Novus, es donde denomina "Nuevo Mundo" a la tierra a la que llegó Colón), varios historiadores defienden que participó de la primera expedición europea (portuguesa) en llegar al actual territorio argentino o más bien a las aguas del Río de la Plata y a las de la patagonia oriental, en 1502. De esa expedición no se guarda registro del nombre del capitán (según algunos autores fue Gonzalo Coelho), ni del piloto, ni de ninguno de los expedicionarios con excepción de Vespucio. En una de sus cartas Vespucio describe un río que, por su ancho, no puede ser ningún otro que el Río de la Plata:
No obstante, existe una controversia –antigua y aún no resuelta– en la tradición historiográfica sobre la veracidad o no de los viajes de Vespucio al territorio rioplatense: varios historiadores dudan en la identificación de lo descrito supuestamente por Vespucio, o incluso de la autoría de la carta referida al Río de la Plata, considerándola apócrifa. En esa carta, Vespucio afirmaba haber llegado hasta los 52°S, pero también afirmaba haber perdido de vista la costa a los 32°S, a la altura de la actual Río Grande (Brasil). Por otro lado, en ningún párrafo de su carta menciona paisajes esteparios o áridos como los que debería haber visto al sur del Río de la Plata, especialmente en la región patagónica.
En 1516 el navegante Juan Díaz de Solís visitó lo que actualmente se conoce como la Argentina, navegando el Río de la Plata, al que denominó Mar Dulce, llegando hasta la isla Martín García y navegando un breve trecho del río Uruguay, donde murió en un combate con los charrúas, o bien los guaraníes. Fue muerto el 20 de enero de 1516 en la playa de lo que hoy se conoce como Punta Gorda en Montevideo, Uruguay. Es, por tanto, el primer europeo del que tengamos constancia segura en pisar suelo de la actual Argentina.
Al regresar a España una de las carabelas naufragó frente a la isla de Santa Catalina (actual Brasil), quedando abandonados allí 18 náufragos. Uno de ellos, Alejo García, fue el primero en conocer la leyenda del Rey Blanco, un monarca de un país tan rico en plata que estaba recubierto en él, origen a su vez del término Argentina. Alejo García realizó una excursión a las tierras del Rey Blanco, con un grupo de guaraníes, llegando hasta zonas cercanas al cerro Rico de Potosí, donde se hizo de un enorme tesoro de piezas de plata. Al volver murió en un combate con los indios payaguás.
En 1519 y 1520 Hernando de Magallanes, en el primer y famoso viaje de circunvalación del mundo, recorrió toda la costa de la actual Argentina, hasta el estrecho que lleva su nombre al que llegó el 21 de octubre de 1520. En su viaje, durante el cual recorrió la totalidad del litoral continental argentino, se encontró con los tsonk, a los que por su altura denominó como patagones –quizás sobre la base de un personaje de ficción de la época– y descubrió el estrecho que lleva su nombre. Se cree que naves de su expedición, desviadas por causa de un temporal, podrían haber llegado a las islas Malvinas; en su expedición viajó el cronista Antonio Pigafetta, autor de las primeras descripciones geográficas del país.
En 1525 fray García Jofre de Loaísa dirigió una expedición que recorrió la Patagonia e incluso se establecieron brevemente en el puerto Santa Cruz para reparar dos naves.
En 1526, el italiano Sebastián Caboto (o Gaboto) zarpó de España para dirigirse a las islas Molucas en Asia, con el objeto de repetir el viaje de Magallanes y Elcano. Al llegar a isla de Santa Catarina, tomó contacto con los guaraníes que habían pertenecido a la expedición de Alejo García y llevado los tesoros de plata. También supo que se podía llegar a las tierras del Rey Blanco por un ancho río, el río de Solís, que se internaba hacia una tierra llamada "Sierra del Plata".
En abril de 1527 Gaboto ingresó al Río de la Plata y el 6 de abril estableció una pequeña fortaleza llamada San Lázaro, cerca de la actual ciudad de Carmelo (Uruguay). Allí encontró a Francisco del Puerto, sobreviviente de la expedición de Solís, quien vivía con los charrúas y le confirmó la existencia de un Imperio de Plata, aguas arriba. El 9 de junio de 1527 Gaboto ordenó establecer un fuerte al que llamó Sancti Spiritu, primer asentamiento europeo en el actual territorio argentino, cerca de la actual ciudad de Coronda, en la boca del río Carcarañá, en la actual provincia de Santa Fe. Desde el fuerte, Gaboto mandó tres expediciones; de dos de ellas nada se supo, pero la tercera, comandada por Francisco César, llegó a una sierras –probablemente las Sierras de Córdoba– donde encontraron un pueblo, probablemente los henia-kamiare, o "comechingones", que «cuidaban carneros de la tierra de cuya lana hacían ropas bien tejidas», posiblemente también obra de diaguitas. Recogieron también piezas de plata provenientes del norte.
Gaboto remontó el río Paraná llegando hasta Itatí. Luego remontó el río Paraguay, ingresando aguas arriba por el río Bermejo, pero debido a la resistencia de los payaguás volvió a Sancti Spíritu. Allí se encontró con otro expedicionario español, Diego García de Moguer.
García de Moguer y Gaboto habían competido entre sí desde su salida simultánea en España; ambos tenían como misión dirigirse a las Molucas. Diego García se demoró en Santa Catalina, pero decidió, al igual que Gaboto, alterar sus planes para internarse en el continente americano en busca del Rey Blanco y sus riquezas en plata. Al entrar por el río de Solís, lo denominó por primera vez Río de la Plata, asociándolo inconfundiblemente con la razón de su expedición. García tomó prisioneros a gran cantidad de indígenas –posiblemente charrúas– y los envió como esclavos a España en una carabela, siguiendo viaje aguas arriba con algunos de sus hombres en un pequeño bergantín, hasta llegar a Sancti Spíritu.
Inicialmente, García de Moguer y Gaboto discutieron sobre quién de los dos tenía derecho de conquista. Pero poco después, ante la resistencia de los timbúes, ambos volvieron a San Lázaro, dejando una pequeña guarnición en Sancti Spíritu al mando de Gregorio Caro. En septiembre de 1528, los indios timbúes atacaron a la pequeña guarnición de españoles y la destruyeron. Aunque García de Moguer y Gaboto pensaron inicialmente en refundar Sancti Spíritu, finalmente decidieron retirarse definitivamente a España, donde difundieron las noticias sobre el Rey Blanco y el Río de la Plata. Portugueses y españoles aceleraron entonces los planes para tomar posesión de esa región, que ambos consideraban estaba de su lado de la Línea de Tordesillas.
En 1531 Portugal envió una gran expedición al mando de Martín Alfonso de Souza para tomar posesión del Río de la Plata y expulsar a los españoles. Llegó hasta la isla Martín García, que rebautizó Santa Ana. Se internó por el río Uruguay y se enteró de que los españoles del fuerte San Lázaro habían sido derrotados. Decidió entonces retirarse al cabo de Santa María (donde actualmente se encuentra La Paloma, Uruguay). Allí tomó mediciones astronómicas y llegó a la conclusión de que estaba del lado español de la Línea de Tordesillas, por lo que volvió a Portugal sin realizar fundación alguna.
En este período se producen las primeras incursiones españolas en la región del Río de la Plata. En 1536 los españoles fundaron una población precaria llamada Puerto de Santa María del Buen Ayre que fue arrasada por los tehuelches septentrionales boreales (conocidos también como querandíes o pampas). Parte de esta corriente logró fundar Asunción y asentarse allí, de donde partió, a fin de siglo, una nueva corriente para fundar Buenos Aires en 1580. A pesar de ello casi toda la región pampeana quedó bajo dominio tehuelche.
Luego de la Conquista del Perú, el emperador Carlos V entregó títulos sobre las tierras de Sudamérica en "capitulaciones", concedidas al mejor postor. En 1534, el territorio sudamericano al sur de la línea ecuatorial fue dividido en cinco secciones: el primero, al norte de Cuzco, a Francisco Pizarro, sector llamado Nueva Toledo; el segundo, al sur de la misma ciudad –e incluyendo al extremo noroeste de la actual Argentina– a Diego de Almagro; el tercer sector –que incluía la mayor parte del actual norte argentino, la mitad norte de la región pampeana y las provincias de Cuyo– a Pedro de Mendoza, con el nombre de Nueva Andalucía; al sur de este otro a Simón de Alcazaba, llamado Nueva León; y por último un sector asignado a Pedro Sancho de la Hoz, que incluía la mitad sur de la actual provincia de Santa Cruz y proseguía hasta la tierra incógnita al sur del estrecho de Magallanes. Los sectores estaban asignados por longitud en leguas, ya que se desconocía por completo la mayor parte de la geografía de la zona.
Pedro de Mendoza llegó al Río de la Plata en febrero de 1536 y fundó el Real y Puerto de Santa María del Buen Ayre, en honor a la virgen de Bonaria, de la ciudad de Cagliari, en Cerdeña, patrona de los navegantes. Oficialmente se ha establecido que la ciudad se habría asentado en el actual Parque Lezama de Buenos Aires, aunque la exactitud de la información está aún puesta en duda. El trato con los pampas y querandíes que habitaban el área fue al comienzo cordial, abasteciéndose la expedición de víveres gracias a ellos; pero estos pueblos eran nómadas y llevaban una economía de subsistencia, por lo que pronto las relaciones se tensaron, debido a que los españoles demandaban lo que los "indios" no tenían para dar. Así, mientras los capitanes de la expedición recorrían la región en busca de oro y plata, quienes se quedaron en la ciudad guerreaban constantemente con los locales. En esta situación tras una cruel matanza de aborígenes, estos cercaron la ciudad, llevando a sus ocupantes a la hambruna y el canibalismo.
Un lugarteniente de Mendoza, Juan de Ayolas, remontó el río Paraná, a orillas del cual fundó el fuerte Corpus Christi, cerca de las ruinas de Sancti Spiritus. En el norte del Paraguay, sobre el río del mismo nombre, fundó Candelaria, sobre el río Paraguay, desde donde saldría en dirección al Alto Perú como gobernador delegado.
Mendoza partió de regreso a España, muriendo de sífilis en el trayecto. Por su parte, Ayolas llegó al Alto Perú, descubriendo la ansiada "Sierra del Plata" –en realidad el Cerro Rico de Potosí– a la que otra expedición española había arriba con anterioridad. Por su extraordinaria riqueza en plata, Potosí se convirtió en el centro económico de la dominación española en América del Sur. En el camino de regreso, Ayolas fue muerto por indígenas del gran Chaco, posiblemente payaguás.
Mientras Ayolas estaba ausente, Domingo Martínez de Irala y Juan de Salazar de Espinosa continuaron la exploración del territorio que rodeaba a Candelaria, poblado de guaraníes sedentarios, donde fundaron la ciudad de Asunción en 1537.
Ese mismo año de 1537, tras recibir la noticia de la muerte de Mendoza, la corona dictó una real cédula el 12 de septiembre de 1537; la misma determinaba que –en caso de fallecimiento de Ayolas– quedaría a cargo un gobernador elegido por el voto de los habitantes. Antes de recibir notificación de la real cédula, la población de Asunción había elegido gobernador Domingo Martínez de Irala, que entró en conflicto con Francisco Ruiz Galán, que gobernaba Buenos Aires como comisionado de Pedro de Mendoza a cargo de Buenos Aires. La llegada de la real cédula confirmó el poder de Irala, que ordenó el despoblamiento de Buenos Aires en el año 1541.
Las capitulaciones habían tenido pobres resultados, ya que apenas habían logrado la fundación de Asunción. Pero esta ciudad perduró y siguió fortaleciéndose continuamente, y se constituyó en la principal base española para la conquista y colonización de casi toda la cuenca del Plata.
En este período el Imperio Español intentó conquistar la región de Tucma, nombre que los españoles terminaron castellanizando como Tucumán. La región estaba poblada por una serie de señoríos pertenecientes a la Confederación Diaguita que tenía una población aproximada de casi medio millón de personas. Los españoles fundaron algunas ciudades (Santiago del Estero en 1553, Londres en 1558, San Miguel de Tucumán en 1565, Nuestra Señora de Talavera en 1567, Córdoba en 1573, Salta en 1582, San Salvador de Jujuy en 1593), pero la resistencia diaguita, especialmente a través de las Guerras calchaquíes les impediría dominar el territorio hasta las décadas finales del siglo siguiente.
El interior argentino comenzó a ser explorado poco después de la conquista del Perú: en 1535 Diego de Almagro recorrió el norte en busca de un paso hacia Chile, pero no dejó ninguna fundación ni descripción de lo que recorrió.
En 1543, Diego de Rojas ingresó a la región por la Puna, iniciando lo que se conoce históricamente como la Gran Entrada; luchando frecuentemente con los indígenas que hallaba a su paso, recorrió los Valles Calchaquíes, bajó al sur de la actual provincia de Tucumán, y de allí llegó hasta las sierras de Guasayán, donde fue muerto a manos de los juríes por una flecha envenenada.
Bajo la dirección de Francisco de Mendoza, la expedición marchó hacia el sudeste, alcanzando el río Paraná en el punto donde había estado el fuerte de Sancti Spiritu. Los propios expedicionarios asesinaron a Mendoza, acusándolo de tratarlos despóticamente, y regresaron al Perú. Fueron estos expedicionarios quienes llamaron a la región "Tucumán", quizá combinando dos nombres indígenas: Tucma –dominio de indígenas tonocotés en la cuenca de los ríos Gastona y Marapa– y Tucumanaho, pueblo ubicado en los Valles Calchaquíes.
En 1549 llegó una expedición enviada por el "pacificador" Pedro de la Gasca, al mando de Juan Núñez de Prado. En 1550 realizó su primera fundación: la ciudad de El Barco, al pie de la Sierra de Aconquija, en la actual provincia de Tucumán. Poco tiempo después, llegó a la región Francisco de Villagra, lugarteniente del adelantado de Chile, Pedro de Valdivia, alegando que esas tierras correspondían a la jurisdicción de Chile; por lo cual Núñez del Prado trasladó la ciudad a los Valles Calchaquíes. Allí se habían instalado varias parcialidades aborígenes de la etnia diaguita, huyendo de la persecución española; los mismos atacaron repetidamente la ciudad, obligando a Núñez del Barco a trasladarla nuevamente hacia el este en 1552, estableciéndose a orillas del río Dulce. Enterado de esto, Valdivia envió a Francisco de Aguirre para reemplazar a Núñez del Prado, a quien arrestó y envió prisionero al Perú. A continuación ordenó a la población de la ciudad trasladarse dos km al sur, donde fundó la ciudad de Santiago del Estero (1553).
Durante diez años, el Tucumán siguió siendo una dependencia de Chile; en ese período, Juan Pérez de Zurita fundó las ciudades de Cañete en el lugar llamado Ibatín, cerca de la primera El Barco; Londres, al oeste de la actual Catamarca; y Córdoba de Calchaquí, en el valle del mismo nombre.
El virrey del Perú decidió entonces separar la provincia del Tucumán de Chile, y envió como gobernador a Gregorio de Castañeda; éste fundó la ciudad de Nieva en el sur de la actual provincia de Jujuy.
En 1560 la Confederación Diaguita, liderada por el cacique Juan Calchaquí y los curacas Quipildor y Viltipoco atacaron varios asentamientos del Imperio Español en Tucumán, arrasando Cañete, Córdoba de Calchaquí y Londres. El enfrentamiento es conocido como Primera Guerra Calchaquí y terminó con la derrota de los españoles. Debido a ello el Rey español decidió en 1563 separar el Tucumán de Chile y organizar la región como una gobernación dependiente del virrey de Perú, a la vez que el gobernador Castañeda ordenó despoblar todas las ciudades, con excepción de Santiago del Estero.
En 1594 Viltipoco lideró una nueva ofensiva indígena contra los españoles, en esta oportunidad solo realizada por los omaguacas. En esta oportunidad los omaguacas fueron derrotados cuando el capitán español Francisco de Argañaras y Murguía y un pequeño grupo logró infiltrarse en la Quebrada de Humahuaca y atacar por sorpresa el campamento indígena, matando a los caciques y capturando a Viltipoco, que fue llevado a San Salvador de Jujuy donde murió en prisión algunos años después.
En el Río de la Plata, la colonización se había concentrado en el Paraguay, donde los guaraníes eran numerosos y sedentarios, pasibles de ser encomendados. Irala se mostró particularmente eficaz para someter a los indígenas sin excesos de violencia.
Tras la noticia de la muerte de Mendoza, el Rey nombró Adelantado del Río de la Plata a Álvar Núñez Cabeza de Vaca, que naufragó en la isla Santa Catarina y decidió hacer el trayecto hacia Asunción a pie; en el trayecto descubrió las Cataratas del Iguazú. Una vez en Asunción, Cabeza de Vaca tardó varios meses en ser reconocido como gobernador, cargo que asumió en marzo de 1542; dos años más tarde fue depuesto y enviado prisionero a España, acusado de despotismo y de responsabilidad en un incendio que había arrasado la ciudad de Asunción.
En su reemplazo asumió nuevamente el gobierno Irala, que acababa de regresar de una fracasada expedición al Perú. Durante el lustro siguiente, éste debió enfrentar sucesivos alzamientos de los guaraníes, que aplastó con crueldad. En 1554 fundó la villa de Ontiveros, aguas arriba de los saltos del Guayrá.
Para acelerar el proceso de colonización de la zona, Irala autorizó a sus hombres a tomar concubinas indígenas, de forma que se formó una generación de mestizos, eufemísticamente llamados "mancebos de la tierra". Irala tuvo varias "criadas", de las cuales tuvo decenas de hijos mestizos, de los cuales reconoció como legítimos a nueve. Falleció en Asunción en 1556.
En 1547, el papa Pablo III había fundado la diócesis del Río de la Plata, con sede en Asunción. Poco antes de la muerte del gobernador había llegado a esa ciudad el segundo obispo, Pedro de la Torre.
En los años que siguieron a la muerte de Irala, la ciudad de Asunción se mantuvo casi como única ciudad de un vasto territorio. La villa de Ontiveros fue trasladada a la Ciudad Real del Guayrá, en la región del alto Paraná llamada Guayrá, que incluía la mayor parte de lo que hoy es el estado brasileño de Paraná. A esa ciudad la acompañaron Villa Rica del Espíritu Santo en 1570 y Santiago de Jerez en 1580, ambas fundadas por Ruy Díaz de Melgarejo.
Enviado originalmente por Irala, Ñuflo de Chávez cruzó el Chaco boreal y en 1561 fundó Santa Cruz de la Sierra, para que sirviera de nexo entre el Paraguay y el Perú. Su ubicación original estaba muy lejos de las tierras altas, en el lugar actualmente llamado Santa Cruz la Vieja, en la sierra de Chiquitos. Treinta años más tarde, la ciudad se trasladó unos 200 km al oeste, hasta su ubicación actual. Poco tiempo más tarde fue separada de la gobernación del Paraguay e incluida en la provincia de Charcas, lo que más tarde se llamó el Alto Perú y hoy Bolivia.
En 1567 fue nombrado Adelantado del Río de la Plata el acaudalado conquistador del Perú Juan Ortiz de Zárate, pero viajó a España para confirmar el cargo por capitulación con el rey Felipe II, dejando en su lugar a una serie de gobernadores interinos, entre los cuales destacaría su sobrino Juan de Garay.
Ansioso de abrir puertas a la tierra –es decir, fundar un puerto a través del cual comunicar el Paraguay con España– Garay organizó una gran expedición, al frente de la marchó aguas abajo por la costa del Paraná. Buscando cerca del sitio histórico de Sancti Spiritu un lugar donde fundar una ciudad, se encontró rodeado de indígenas timbúes, siendo rescatado por una partida española; resultó ser el gobernador del Tucumán, Jerónimo Luis de Cabrera, que reclamó a Garay que esas tierras pertenecían a su jurisdicción. La discusión acalorada que mantuvieron convenció a Garay de alejarse algo al norte, donde en noviembre de 1573 fundó la ciudad de Santa Fe de la Vera Cruz, en el lugar que hoy ocupa la localidad de Cayastá.
Mientras tanto regresó de España Ortiz de Zárate, que debió pasar más de un año en la Banda Oriental del río Uruguay guerreando con los charrúas; allí fundó la ciudad de San Salvador, cerca de la actual Dolores. Esta "ciudad zaratina" debió ser evacuada pocos meses más tarde. Ortiz de Zárate falleció en Asunción en 1576, tras menos de un año de gobierno.
Junto con el Adelantado, habían llegado también a Asunción los primeros frailes franciscanos; de entre ellos sobresalió fray Luis de Bolaños, que comenzó una importante tarea misionera entre los indígenas; fundó varias reducciones de indígenas –en general guaraníes– y reunió en ellas a los indígenas, minimizando el riesgo de los indígenas insumisos para las poblaciones españolas, pero al mismo tiempo librándolos de las encomiendas. Seguiría misionando y fundando reducciones hasta 1615, en que fundó la actual ciudad de Itatí.
Ortiz de Zárate fue sucedido por Juan Torres de Vera y Aragón, que accedió al título de Adelantado por casamiento con la hija mestiza de Zárate. Perseguido por el virrey Francisco de Toledo y arrestado, fue reemplazado por sucesivos gobernadores, entre ellos Juan de Garay, que aprovechó la ocasión para marchar hacia el estuario del Río de la Plata, a cuyas orillas –no lejos de donde Mendoza había fundado el "real" de Buenos Aires– fundó en 1580 la ciudad de Trinidad y Puerto de Santa María del Buen Ayre; el nombre del puerto había sobrevivido, y pronto la ciudad cambiaría el suyo por el actual de Buenos Aires.
Casi simultáneamente con la fundación de Buenos Aires estalló en Santa Fe la Revolución de los Siete Jefes. Sus cabecillas eran siete jóvenes criollos –que aparentemente pretendían conservar sus privilegios de fundadores frente a los españoles– que fueron derrotados y ejecutados.
En 1583 Garay fue muerto por los timbúes. Dos años más tarde, su sucesor Alonso de Vera y Aragón –apodado cara de perro para diferenciarlo de otros dos capitanes del mismo nombre– fundó la ciudad de Concepción de Buena Esperanza, más conocida como Concepción del Bermejo, en medio de la región chaqueña; a través de esta ciudad, el Paraguay se comunicaba con el Tucumán.
En 1588, finalmente Juan Torres de Vera y Aragón pudo hacerse cargo de la Gobernación del Río de la Plata y del Paraguay; su primer acto –ese mismo año– fue la fundación de San Juan de Vera de las Siete Corrientes para completar la cadena de puertos que comunicara con España. La misma estaba ubicada en la confluencia de los ríos Paraná y Paraguay.
Al año siguiente, Vera y Aragón marchó hacia Charcas y luego a España, donde pretendió hacerse reconocer como Adelantado y hacer el título hereditario. Tras fracasar en sus intentos, regresaría efímeramente a Asunción en 1601, para viajar nuevamente a Charcas, donde moriría en 1613. Fue el último Adelantado del Río de la Plata: el largo pleito demostró a la Corona la inconveniencia de insistir en ese tipo de cargos.
En 1593 asumía como gobernador del Paraguay y el Tucumán un americano, nacido en Charcas: Hernando Arias de Saavedra, que pasaría a la historia con el nombre de Hernandarias.
La región de Cuyo fue explorada por primera vez por Francisco de Villagra, que traía expedicionarios desde Cuzco hacia Chile; se supone que cruzó las Sierras de Córdoba y pasó por el valle del río Mendoza. En su camino descubrió la existencia de los indígenas huarpes, de carácter menos belicoso que la mayoría de sus vecinos.
Tras el traspaso de la provincia del Tucumán a la dependencia directa del virrey del Perú, los gobernantes de Chile no renunciaron a extenderse al este de los Andes: en marzo de 1561, Pedro del Castillo fundó la ciudad de Mendoza. Al año siguiente, Juan Jufré cruzó el valle de Uspallata y llegó a la casi abandonada Mendoza, donde fundó oficialmente la ciudad de "Resurrección"; no obstante que la fundación quedó efectiva, prevaleció el nombre anterior. A continuación se trasladó al valle de Ullum, donde en junio de 1562 fundó San Juan de la Frontera. Dos años más tarde, la cuenca de los ríos Mendoza, Tunuyán y San Juan –más un territorio adicional no bien delimitado hacia el norte y el este– pasaron a conformar el Corregimiento de Cuyo, dependiente de la Capitanía General de Chile, con capital en San Juan.
En 1593 era Corregidor de Cuyo Luis Jufré de Loaiza y Meneses, hijo de Juan Jufré; ese año, una inundación causada por el río San Juan obligó al traslado 25 cuadras al sur de la ciudad; de acuerdo con un cronista, se trataba de "un rancherío que no se diferenciaba mucho del caserío huarpe." La cabecera del corregimiento se trasladó a Mendoza.
Jufré también reinició el repartimiento en encomiendas de los indígenas de lengua huarpe ubicados fuera de los valles principales ríos, con lo cual se fijaron los límites del corregimiento en concordancia con los límites de las poblaciones huarpes. Como había poblaciones huarpes en la zona de la Sierra de San Luis y el valle del río Conlara, dirigió una expedición a la zona; allí fundó en 1594 la ciudad de San Luis de Loyola Nueva Medina de Rioseco en 1594. Dado que el objetivo era establecer derechos sobre la zona, la ciudad fue pronto abandonada. Pero fue definitivamente refundada en 1596, siendo conocida como "San Luis de la Punta de los Venados".
Durante más de un siglo, la región de Cuyo vivió una vida aislada de la vecina provincia del Tucumán; su principal función era proveer de indígenas huarpes mansos para trasladarlos a Santiago de Chile, donde eran sometidos en encomienda. Diversas fuentes atestiguan que esa fue una de las etnias más duramente tratadas por los conquistadores, que los trataron prácticamente como esclavos. Para la época de la independencia de la Argentina, los huarpes se habían extinguido como etnia, aunque algunos pobladores de las lagunas de Guanacache y algunas otras zonas conservaba ciertas formas de vida relacionadas con esa etnia, y en su mayoría conservaban apellidos de ese origen.
Simón de Alcazaba también viajó al actual territorio argentino, acompañado de un grupo denominado "los leones"; a principios de 1535, la expedición llegó al golfo de San Jorge –actual provincia de Chubut– donde fundó el fuerte denominado Nueva León, desde el cual realizaron varias expediciones. Sin embargo, debido a las inclemencias del clima y el terreno, los pocos sobrevivientes se amotinaron, mataron a Alcazaba y se dedicaron a la piratería.
Pero Sancho de la Hoz jamás llegó al territorio que le había sido asignado: fue ajusticiado en 1547 en Santiago de Chile.
En 1578 bordeó la Patagonia el pirata inglés Francis Drake, que logró cruzar el Estrecho de Magallanes y asoló las costas de Chile y el Perú. En respuesta, el virrey Francisco Álvarez de Toledo encargó al navegante Pedro Sarmiento de Gamboa fortificar el Estrecho y evitar que en el futuro pudiera ser cruzado por navegantes extranjeros; Sarmiento de Gamboa llegó a principios de 1580 al Estrecho, fundando allí dos precarias fortificaciones, pomposamente denominadas Ciudad del Nombre de Jesús –junto al cabo Vírgenes– y Ciudad del Rey Felipe. Pero las poblaciones no tenían medio alguno de subsistencia; Sarmiento de Gamboa fue arrastrado muy lejos de allí, donde fue tomado prisionero por buques ingleses. La población de las dos localidades del Estrecho fallecieron de hambre, con la sola excepción de un único marino, que fue tomado prisionero por el pirata Thomas Cavendish, de quien huyó frente a las costas peruanas.
La Patagonia no volvería a ver intentos de poblamiento europeo hasta el último cuarto del siglo XVIII.
En 1563, el rey Felipe II decretó la formación de la gobernación del Tucumán; que pasaba a depender de la Audiencia de Charcas. Nombró gobernador de la misma a Francisco de Aguirre, que derrotó y ejecutó a Juan Calchaquí y refundó Londres; no obstante, los españoles se mantuvieron alejados de los Valles Calchaquíes. En 1565, Diego de Villarroel fundó la ciudad de San Miguel de Tucumán en Ibatín, donde antes había existido Cañete. En 1567, un grupo de españoles rebeldes fundaron la ciudad de Nuestra Señora de Talavera, también llamada Esteco.
El sucesor de Aguirre, Jerónimo Luis de Cabrera, buscó desprenderse de la tutela de Charcas, orientando la colonización hacia el Océano Atlántico para relacionarse directamente con España. Así, en 1573 fundó la ciudad de Córdoba de la nueva Andalucía. A continuación se trasladó al río Paraná; al llegar a sus orillas se encontró con el teniente de gobernador Juan de Garay, proveniente de Asunción, con quien discutió sobre los límites del Tucumán; viendo la superioridad numérica de la gente que traía Garay, regresó a Córdoba sin hacer ninguna fundación en el Paraná. Dos años más tarde fundó San Francisco de Álava, pero ésta fue incendiada por los indígenas Omaguacas.
El sucesor de Cabrera, Gonzalo de Abreu y Figueroa, ejecutó a Cabrera y arrestó a Garay, a quien obligó a acompañarlo para enfrentar a los calchaquíes. Tras fracasar dos veces en la fundación de una ciudad llamada San Clemente en el Valle de Lerma, debió abandonar nuevamente esa región. Su sucesor, Hernando de Lerma, fundó finalmente la ciudad de San Felipe de Lerma del Valle de Salta en 1581, a mitad de camino entre los belicosos diaguitas y los también peligrosos omaguacas.
Durante el gobierno de Lerma llegó a Santiago del Estero Fray Francisco de Victoria, primer obispo de la Diócesis del Tucumán, cuya sede residiría en Santiago del Estero hasta 1699, en que sería trasladada a la ciudad de Córdoba. Desde 1590 hasta 1594 misionó entre los indígenas más salvajes San Francisco Solano, que también se esforzó por moralizar y cristianizar las costumbres de los colonos españoles.
En 1591, el gobernador Juan Ramírez de Velasco fundó Todos los Santos de la Nueva Rioja. Al año siguiente fundó Madrid de las Juntas, a orillas del río Pasaje, cerca de Salta, y ordenó trasladar allí la totalidad de la población de Esteco. En 1593, su subordinado Francisco de Argañaraz y Murguía fundó San Salvador de Jujuy, en el mismo sitio que anteriormente habían ocupado Nieva y San Francisco de Álava, en el extremo sur de la Quebrada de Humahuaca.
El siguiente gobernador, Fernando de Zárate – primer gobernador del Tucumán nacido en América– debió enfrentar el alzamiento generalizado de los omaguacas, dirigidos por el cacique Vitilpoco, que fueron muy difícilmente vencidos. Al finalizar el siglo, solo los Valles Calchaquíes seguían siendo inexpugnables para los españoles, e incluso se había logrado iniciar la conquista del Chaco; durante el siglo siguiente, la primera de estas regiones sería finalmente ocupada, y la segunda se tornaría imposible de colonizar durante casi tres siglos.
Como un hecho simbólico que marcaba un cambio de época, en el mismo año de 1593 en que Zárate era nombrado gobernador del Tucumán, otro nacido en América –Hernandarias– era también nombrado gobernador del Río de la Plata.
El navegante español Gabriel de Castilla zarpó de Valparaíso en marzo de 1603 al mando de tres naves en una expedición encomendada por su primo hermano, el virrey del Perú Luis de Velasco y Castilla, para reprimir las incursiones de corsarios neerlandeses en los mares al sur. Al parecer esa expedición alcanzó los 64° de latitud sur. No se han hallado aún en archivos españoles documentos que confirmen la latitud alcanzada y si realizaron avistamientos de tierras, sin embargo, el relato del marinero holandés Laurenz Claesz (en un testimonio sin fecha, pero probablemente posterior a 1607), documenta la latitud y la época. Claesz declara que él:
El 30 de abril de 1606 Pedro Fernández de Quirós tomó posesión de todas las tierras del sur hasta el Polo para la corona de España en la isla Espíritu Santo en Vanuatu, a la que llamó Austrialia del Espíritu Santo pensando que era parte de la Terra Australis Incognita.
Otra suposición es que en el siglo XVIII la península Antártica y los archipiélagos de las Antillas del Sur fueron frecuentemente visitados por cazadores de focas españoles e hispanoamericanos, quienes habrían ocultado los territorios en cuestión para evitar la competencia (en especial de los británicos). La presencia de estos cazadores estaría atestiguada por el encuentro de posibles restos de sus refugios en las costas orientales de la península Antártica.
Al finalizar el siglo XVI, gran parte del territorio de la actual Argentina había sufrido un enorme cambio: la población indígena había iniciado un drástico descenso, que la llegada de nuevos pobladores europeos no alcanzaba a compensar. En total, los habitantes de raza europea y sus descendientes mestizos no sumaban más que unos pocos miles de personas.
La población indígena no había iniciado aún migraciones masivas de importancia, y cada parcialidad estaba ubicada aproximadamente en el mismo sitio en que la habían encontrado los españoles. Sí, en cambio, se habían producido migraciones internas entre los territorios ocupados por parcialidades, tanto forzados por los españoles –que obligaban a los indígenas a reducirse en un número limitado de pueblos– como huyendo de los mismos; así, gran parte de la población de habla cacana o diaguita se había trasladado a los Valles Calchaquíes, donde podía defenderse eficazmente de los conquistadores.
Algunas etnias estaban formadas por un número muy limitado de personas, por lo que la presión de la conquista llevó a su rápida extinción; tal fue el caso de los sanavirones, cuya desaparición completa data de comienzos del siglo XVII. Otras comunidades lograron adaptarse bastante rápidamente a la convivencia con los conquistadores y abandonaron en pocas generaciones sus costumbres y su lengua; un caso paradigmático es el de los comechingones, cuyo proceso de adaptación se vio facilitado por el hecho de que no se diferenciaban fácilmente de los "blancos", ya que los varones tenían barbas.
La población española estaba limitada a un conjunto de ciudades, quince en total, diseminadas por un enorme territorio de más de un millón de km². Cada ciudad, diseñada en cuadrícula, contaba con una plaza y una iglesia; las casas de los vecinos principales eran construcciones sencillas de adobe y tejas españolas, con ventanas y postigos de madera, sin vidrios. El resto de la población –y, en las ciudades menores, incluso los vecinos principales– eran ranchos de barro y paja, con techo de paja.
Administrativamente, había tres gobernaciones: el Tucumán, el Río de la Plata y el corregimiento de Cuyo, dependencia de la Capitanía General de Chile. Las relaciones entre estos territorios eran muy esporádicas, e incluso los contactos entre ciudades no iban mucho más allá de las órdenes de los gobernadores, los traslados militares y las migraciones. El comercio era prácticamente inexistente, e incluso los materiales metálicos y ropas traídas desde España viajaban junto con sus usuarios.
Las actividades económicas principales eran la agricultura y la ganadería; la primera estaba claramente en manos de siervos indígenas, repartidos en encomienda. La ganadería, en cambio, era una actividad llevada a cabo por propietarios españoles, con asistentes indígenas. En varias zonas, y muy especialmente en Buenos Aires, la actividad ganadera estaba limitada a la caza de ganado cimarrón o salvaje; las vacas reemplazarían gradualmente al caballo como objeto de esta caza, pero aún faltaba un tiempo para el desarrollo definitivo de las vaquerías.
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