Fernando I de Habsburgo (Alcalá de Henares, 10 de marzo de 1503-Viena, 25 de julio de 1564) fue infante de España, archiduque de Austria, rey de Hungría y Bohemia y, a partir de 1558, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico.
Era hijo de Felipe el Hermoso y de Juana I de Castilla y, por lo tanto, resultado de la estratégica política matrimonial de su abuelo Maximiliano I de Habsburgo. Junto a su hermano mayor Carlos, era el potencial heredero de extensos dominios en Europa Occidental de la casa de Habsburgo, la casa de Borgoña y la casa de Trastámara y de nuevo gracias a la planificación de su abuelo paterno, tuvo la ocasión de aspirar a los reinos de la dinastía Jagellón en Europa Central gracias a su matrimonio con Ana de Bohemia y Hungría.
Aunque su hermano Carlos fue el heredero de la mayoría de las tierras y títulos de sus padres, la complicación de administrar tan variados territorios y en especial la problemática política imperial en el Sacro Imperio Romano Germánico durante las guerras de religión del siglo XVI y la amenaza turca llevó a Fernando a terminar heredando el núcleo patrimonial Habsburgo en Europa Central. Gracias a su matrimonio unió a este núcleo las tierras de la Corona de Bohemia y, entre disputas con el imperio otomano y otros pretendientes, los títulos de la corona de San Esteban. Esta unión sentó las bases del a veces llamado imperio Habsburgo, que devendría con el tiempo en el imperio austríaco y el subsecuente imperio austro-húngaro.
Su gobierno estuvo marcado por continuas guerras contra los protestantes alemanes, la aristocracia y ciudades reacias al poder central en sus dominios, los reyes rivales que estos apoyaban y el imperio otomano en su frontera oriental. En estos conflictos recibió el apoyo clave de su hermano mayor, el emperador Carlos V, del que a su vez fue un aliado estratégico contra protestantes y turcos. Pese a ello, ambos hermanos tuvieron también una rivalidad por el reparto de la herencia y la priorización de las recursos dinásticos en medio de los perpetuos conflictos de su época. Cuando tras décadas de reinado su hermano abdicó de sus títulos en 1556, Fernando le sucedió en el trono imperial, consolidándose la separación de la casa Habsburgo entre los Austrias españoles y sus primos centroeuropeos.
Su reinado como emperador estuvo caracterizado por su diplomacia, su intento de crear estructuras estatales y su promoción de la contrarreforma en sus dominios, sentando las bases de la política regional en el siglo siguiente. Ha sido considerado el mejor organizador de la Casa de Austria y el fundador de su administración imperial. Si bien su implicación militar directa fue escasa, sus dotes organizativas fueron claves en la revolución militar del siglo XVI que creó el ejército imperial austríaco.
A su muerte en 1564 sus territorios fueron repartidos entre sus hijos Maximiliano II, Fernando II y Carlos II, lo que marcaría la dinámica imperial en las siguientes generaciones hasta que su nieto Fernando II de Habsburgo reunificó el imperio.
Fernando fue hijo de Felipe el Hermoso, duque de Borgoña e hijo del emperador Maximiliano I de Habsburgo, y de su mujer Juana de Trastámara, hija de los Reyes Católicos. Tras el fallecimiento de sus tíos Juan e Isabel, sus padres habían ido a España en 1502 a ser reconocidos ante como herederos de sus abuelos maternos, reyes de las coronas de Castilla y Aragón, ante las cortes de las respectivas coronas. Mientras que su padre, Felipe de Borgoña, regresó a sus dominios en los Países Bajos, su madre embarazada se quedó a petición de sus padres.
Fernando de Habsburgo nació así en el palacio arzobispal de Alcalá de Henares el 10 de marzo de 1503, siendo nombrado en honor a su abuelo materno, en cuyo cumpleaños vino al mundo. Su abuela Isabel, a sugerencia del cardenal Cisneros, daría una exención fiscal a Alcalá de Henares en honor al evento. Juana regresaría después con su esposo, dejando a su segundo hijo pasar los años siguientes en la corte de su abuela en Arévalo y Segovia. Fernando quedaría así en manos de Catalina de Hermosillo, ama del infante, y Diego Sarmiento, veedor responsable de la casa del mismo.
Tras la muerte de su abuela Isabel de Castilla en 1504, su madre se convirtió finalmente en reina de Castilla pese a que su abuelo Fernando mostró sus recelos a dejar el poder a su yerno extranjero, Felipe el Hermoso, y a su inestable hija Juana. Igualmente, la administración flamenca de Felipe fue foco de tensiones en el país. Felipe arregló que su segundo hijo fuera criado en Simancas, mientras que su abuelo aragonés nombró al dominico Álvaro de Osorio para su educación. La pronta muerte de Felipe I en 1506 dejó un vacío de poder en Castilla con Juana como reina nominal y el joven Carlos, siendo educado en la corte borgoñona, como teórico corregente.
El joven Fernando fue entonces foco de un enfrentamiento entre el gobernador flamenco de Tordesillas, Charles de Poupet, y la Chancillería de Valladolid. Ambos deseaban hacerse con el control del infante, único miembro varón de la casa reinante presente en el país durante el vacío de poder. La intervención de los oídores de la chancillería, que movilizaron a gentes de armas de la ciudad, supuso que el príncipe acabara en Valladolid. Mientras el cardenal Cisneros establecía una regencia en la corona de Castilla trayendo el retorno de Fernando el Católico al poder. Osorio arregló entonces que su pupilo pasara del Palacio de la Chancillería al Colegio de San Gregorio que su orden tenía en la ciudad.
En ese contexto, el infante Fernando parece haber sido el nieto preferido de Fernando el Católico y fue educado a la española bajo la tutela de su abuelo aragonés. Dicho abuelo designó a Pedro Núñez de Guzmán como ayo del niño, a cargo de una corte propia para el infante. Dicha corte se halló inicialmente en Burgos, mientras que su madre estaba en Arcos de la Llana y el rey católico se acercaba con frecuencia.
El nieto acompañaría a su abuelo en sus viajes por España cuando el rey se enfrentó a los restos de la antigua administración felipina como Pedro Fernández de Córdoba y Pacheco, marqués de Priego o Juan Manuel, señor de Belmonte. El joven infante visitó así como príncipe junto a su abuelo en 1508 diversas localidades de Castilla y Andalucía como Medina del Campo, Olmedo y El Espinar, cruzando la sierra de Guadarrama para seguir a Toledo, donde se detuvieron seis días, y continuar por Ciudad Real, Caracuel, Pedroche y Adamuz. Finalmente llegaron a Córdoba en septiembre, donde su abuelo castigó al marqués de Priego, y terminaron con una entrada real en Sevilla el 28 de octubre en la que también participó la reina Germana de Foix. El rey afrontó igualmente en Sevilla la actitud rebelde de las casas de Medina Sidonia y Téllez-Girón.
En 1509, abuelo y nieto terminaron su viaje regresando a Castilla y visitando Cáceres, Madrigal de las Altas Torres (donde visitaron el Monasterio de Nuestra Señora de Gracia, lugar de nacimiento de Isabel la Católica y hogar de dos hijas ilegítimas de Fernando el Católico) y Medina del Campo antes de volver a Valladolid. Significativamente, Fernando el Católico mandó entonces encerrar a su hija en Tordesillas y se produjo el entierro final de su padre Felipe el Hermoso en dicha localidad. Finalmente el rey dejó al joven infante en Madrid en 1510. Durante este periodo Fernando pasó dos años con fiebres. Algunos autores especulan con que podría haber sido un caso de tuberculosis, cuyas secuelas pulmonares arrastraría Fernando hasta su muerte.
En 1511, el joven príncipe volvería a viajar a Sevilla para ver los preparativos de una expedición militar de su abuelo contra el norte de África pero finalmente ambos Fernandos regresaron a Burgos por la escalada bélica con Francia causada por las guerras italianas. Fernando visitaría en Burgos el Monasterio de San Pedro de Cardeña, pues la Crónica particular del Cid de 1512 está dedicada como tratado para la instrucción del príncipe.
Fernando de Habsburgo se crio con el español como lengua materna y no aprendería el idioma alemán de sus futuros súbditos hasta ser mayor. Sus maestros fueron el dominico y poco después obispo de Astorga Álvaro Osorio y el humanista y médico Juan de la Parra. Su educación se basó en la escolástica hispana y en los ideales caballerescos hispanos. Sus primeras amistades serían miembros de la nobleza hispana, como los hijos de Martín Sanz de Salinas, antiguo secretario de su abuela Isabel, o los de Sancho de Paredes, antiguo camarero de la misma. Fernando se mostró muy unido a ese círculo y Osorio escribió que mostraba desagrado a que se le tratara con deferencia entre ellos por su nacimiento.
Los autores contemporáneos y posteriores han reseñado la influencia duradera de esta infancia en España. Así, apuntan cómo sus escritos en español a sus embajadores y sus secretarios muestran su educación hispana. Fernando mantendría una afición personal por las novedades de América que circulaban por España y todavía años después de haber dejado la península ibérica seguía con interés la literatura publicada en España. Incluso a las puertas de su muerte notan los autores que encontraría solaz en la corte hispana de su nuera, donde podía hablar el castellano popular. También han señalado que Fernando mostró una inclinación personal por los caballos españoles (antecedente de la Escuela Española de Equitación de Viena) y por los establos a la española y como sus futuros súbditos veían extranjera su forma de cabalgar. Fernando fue además aficionado la caza con ballesta a la española. Igualmente se han señalado influencias en sus palacios debidas a los jardines españoles que había conocido en su juventud y un favoritismo por frutales típicos de España en los jardines que construyó. También llevó consigo a Austria la cocina española y en particular el plato de la olla podrida.
Fernando de Habsburgo recordaría en el futuro las enseñanzas de su abuelo homónimo y su ejemplo al lidiar con los estamentos para crear un estado moderno y al administrar un conjunto de múltiples territorios. Es bastante posible que fuera también en esta formación que desarrollara su interés por la artillería, que estaba cambiando las artes bélicas y que en el ejército de su abuelo había empezado a ser empleada en la guerra de Granada y en las guerras italianas. Como era habitual entre los aristócratas varones de su era, Fernando también mostraría durante toda su vida gran afición por la colección de armaduras y por la caza.
Fernando fue investido como regente en Castilla en un testamento dado en 1512, que además le reservaba el maestrazgo de las ricas órdenes militares hispanas. Fernando el Católico mostraba así su preocupación de que Carlos gobernara desde sus dominios borgoñones y veía a Fernando como el nieto que había criado en los reinos hispanos. El rey católico también intentó negociar su compromiso con la princesa Renata de Francia lo que no solo era un importante enlace dinástico en contra de la posible candidatura de su hermano Carlos sino que potencialmente le hubiera dado reclamaciones sobre el ducado de Milán que el padre de Renata, Luis XII de Francia, había conquistado. El rey francés no mostró sin embargo interés en dicho enlace.
La posterior intervención de Adriano de Utrecht, tutor de Carlos, llevó al rey de Aragón a reconsiderar el testamento en favor de Carlos. Fernando de Aragón tuvo intenciones de volver a cambiar su testamento en favor de su nieto homónimo pero fue disuadido por sus consejeros. El círculo de confianza del rey temía no sólo que se dividieran los reinos sino que el infante, demasiado joven aún para reinar, pudiera enfrentar un destino peor de convertirse en una amenaza para su hermano.
Fernando el Católico parece sin embargo haber seguido aspirando a dotar un reino en Italia para su segundo nieto durante las guerras italianas de sus últimos años, fuera en feudos del reino de Nápoles como Tarento o Bríndisi, en tierras conquistadas a Milán o Venecia, mediante un matrimonio con Renata que siguió planteando o una combinación de estas estrategias. Un segundo testamento del rey católico en 1515 dejaba al infante Fernando como regente de su hermano Carlos tanto en la corona de Castilla como en la de Aragón. Incluso en el testamento en el que finalmente nombraba a Carlos heredero, el rey católico reservó para su nieto Fernando rentas de 50.000 ducados anuales a cuenta de su rico reino napolitano.
Mientras Fernando seguía con su abuelo homónimo, al que acompañó a Plasencia donde el rey iba a castigar a otro noble levantisco, el duque de Béjar, la victoria polacolituana en la batalla de Orsha frente al principado de Moscú cambió el escenario político en Europa Oriental. Su otro abuelo, Maximiliano I de Austria había hasta entonces usado a los moscovitas para contrapesar el poder jagellón en las fronteras de Austria. Dada la victoria de su rival, Maximiliano celebró en 1515 una entrevista con los reyes Jagellón, Segismundo I Jagellón el Viejo de Polonia-Lituania y Vladislao II de Bohemia y Hungría donde se concertó una alianza habsburgo-jagellón. Los términos de esta alianza marcarían la vida de Fernando al incluir el compromiso, dentro de las bodas entre ambas dinastías, de Ana Jagellón de Hungría y Bohemia con uno de los nietos del Maximiliano, que debería recibir el título de rey. Algunas fuentes de la época mencionan sin embargo que el nieto en cuestión sería Fernando, que se habría comprometido por poderes con la princesa en 1515. El acuerdo incluía un acuerdo de herencia entre las dinastías si una de ellas se extinguía, una estipulación que se había repetido múltiples veces en los acuerdos previos entre ambas casas.
A la muerte del rey católico en 1516, Carlos le sucedió también en la Corona de Aragón. El anciano rey había revocado finalmente ese mismo año la regencia de Fernando tras ser convencido por sus consejeros, terminando de consolidarse su hermano Carlos como heredero de los tronos hispánicos. Fernando, que se encontraba en Guadalupe, se vio sorprendido por la anulación del testamento con su regencia. Tanto Adriano de Utrecht, en nombre de su hermano Carlos, como el cardenal Cisneros, regente de la administración del difunto rey, se disputaron el poder en Castilla. La disputa reabrió los bandos que se habían formado en los años previos con el sector que se había opuesto al fallecido rey católico como el flamenco Guillermo de Croy, el ya citado señor de Belmonte o los Manrique de Lara, duques de Nájera y marqueses de Aguilar de Campoo, respaldando a Carlos y Adriano.
La corte en torno al infante Fernando fue particularmente un foco de oposición a Carlos, y llegó a agrupar a una importante facción que además del obispo de Astorga incluía a los Suárez de Figueroa, siendo el hermano del conde de Feria camarero del infante, a Suero del Águila, regidor de Ávila y caballerizo del mismo, a Sancho de Paredes, regidor de Cáceres y mayordomo de Fernando, o a Ramiro Núñez de Guzmán, influyente noble de León, clavero de la Orden de Calatrava y hermano del ayo del infante. La historiografía española del siglo XVI identificó la corte de Fernando como un protopartido comunero. Sin embargo, la juventud del infante y las pocas alianzas que su corte había establecido se sumaban a la división del sector aragonés (pues el hijo bastardo del rey católico, Alonso de Aragón, era el regente en la corona aragonesa) y la falta de legitimidad por confirmar el testamento real a Carlos como heredero y hacían que Fernando tuviera pocas opciones reales de oponerse a su hermano.
Tratando de asegurar el trono, Carlos separó en 1517 a su joven hermano Fernando de su corte mediante un decreto emitido desde Midelburgo. Carlos acusó a la corte que rodeaba a su joven hermano de malversar los fondos del infante así como de desacato al nuevo gobierno y, pese a las quejas del infante, su corte fue finalmente dispersada y él mismo puesto bajo guardias leales a su hermano en Aranda. Carlos aisló así a su hermano, rozando el maltrato, debido los conflictos en auge, incluyendo disturbios en Zaragoza y las Indias entre un sector de la alta nobleza castellana que defendían los derechos de Juana y Carlos y otro sector que agrupaba la administración del difunto rey católico y la nobleza aragonesa.
La gestión no presencial de Carlos y su apoyo en sus hombres de confianza flamencos hizo a Carlos perder apoyos también en Castilla y poco después, en el verano de 1517, Carlos llegó personalmente a España. Ambos hermanos se vieron por primera vez en persona en octubre en Mojados. El clima político en España evidenciaba ya oposición en las Cortes de Valladolid de 1518 a la presencia de flamencos en la administración. Significativamente, dichas cortes incluyeron peticiones de que Fernando, heredero aparente por falta de hijos de Carlos, no abandonara el país lo que mostraba que Fernando era efectivamente bien visto en la corona. En la corona de Aragón, los nobles y prelados realizaron similares peticiones durante la visita de Carlos. En ese marco las cortes de Zaragoza de 1518 serían lentas y complicadas para Carlos, que también tenía a su hermano como heredero en la segunda corona. Fernando seguía mientras en Aranda a cargo de un mayordomo borgoñón llamado Borrebot.
Pese a ello, el infante fue mandado a Flandes, con Juan de la Parra como uno de los pocos de la reducida corte que se le permitió, probablemente para evitar que cristalizara el descontento en su nombre. Oficialmente Carlos arguyó que con él en España sus dominios flamencos le reclamaban la presencia de un príncipe de sangre real, si bien escondió el plan al propio Fernando. En su despedida fue nombrado caballero de la orden del Toisón de Oro. El infante Fernando partió desde Santander, donde se le introdujo ya a la lengua, cultura y cocina francesas típicas en Flandes. Durante el trayecto pasó el infante cuatro días en Kinsale (Irlanda) debido a que una tormenta desvió la ruta de la flota antes de llegar finalmente a su destino.
Fernando quedó así relegado políticamente bajo la tutela de su tía Margarita de Austria. Su tía, una experimentada política que había tenido conflictos con su sobrino Carlos por su independencia como gobernadora, sería otra importante influencia en la formación de Fernando. Margarita no solo fue una importante consejera en política, sino que como mecenas influyó notablemente en el interés del joven infante que conservaría esa faceta durante toda su vida. Su corte, en mitad del Renacimiento flamenco, era uno de los epicentros culturales de Europa y Fernando se vería influido por los espectáculos, torneos y cacerías. Fernando así conocería los palacios habsburgo como Groenendael o la corte de su tía en Malinas, el trabajo de la escuela de Gante-Brujas (de la que llegaría a tener varias obras, incluyendo un libro de horas de 1520) o la escuela de música borgoñona, que posteriormente introdujo en Austria.
Otra gran influencia de su estancia en los Países Bajos sería Erasmo de Róterdam, el antiguo tutor de su hermano. Las ideas de Erasmo mostraban apertura hacia la necesidad de una reforma de la iglesia, precursoras en cierto sentido de la reforma protestante que siguió, pero sin embargo rechazaban la doctrina de Lutero. Fernando a lo largo de su reinado mostró tendencias ecumenistas que se pueden ver enraizadas en las ideas erasmistas. A pesar de eso, Erasmo rechazó ser directamente el tutor de Fernando.
La nueva corte personal de Fernando estaba compuesta principalmente de flamencos, a los que se añadían algunos restos de su antiguo entorno hispano y algunos italianos y germanos de otros dominios habsburgo. Carlos también nombró un mayordomo de origen austríaco para la nueva corte borgoñona de su hermano, Wilhelm von Roggendorf, que sería en el futuro uno de sus consejeros de confianza. En este periodo, el joven príncipe habsburgo añadió al español y latín que había aprendido con su abuelo, el manejo del francés y el flamenco, lenguas de los Países Bajos, y rudimentos de italiano y alemán.
Fernando volvió a la escena política con la muerte de su otro abuelo, el emperador Maximiliano I, que dejaba a sus dos nietos como coherederos que debían repartirse la herencia austríaca y borgoñona. Pese a que Maximiliano I había planeado integrar los territorios patrimoniales habsburgo en un reino para Fernando, inspirado en el estado borgoñón de su fallecida esposa, el proyecto terminó descartado por la oposición de Carlos a que de esa forma se pudiera fragmentar el liderazgo de la dinastía. Igualmente, Carlos abortó la idea de su tía de que Fernando concurriera en 1519 a la elección por el trono imperial que Maximiliano había dejado vacante, si bien tratando de apaciguar los ánimos prometió a su familia que le cedería parte de las posesiones de Maximiliano una vez elegido. Pese a todo ello, Fernando rechazó enfrentarse a su hermano. Con los años, su relación pasaría a ser comparada por ambos como una de padre e hijo, más que fraterna. Desde 1519, también Erasmo de Róterdam mostró más favoritismo por Fernando, que veía como el más intelectual de los hermanos mientras que Carlos había caído en la senda política de su otro maestro, Adriano de Utrecht.
Aunque Carlos fue finalmente elegido emperador en 1520, siguió sin ceder el dominio de ningún territorio a su hermano como había prometido. Además, una vez en el trono imperial, Carlos no deseaba personalmente casarse con Ana de Bohemia y Hungría mientras la incertidumbre sobre su herencia de Fernando hacía que careciera del estatus pactado en el compromiso. Como consecuencia la boda pactada se demoraba y la alianza con los Jagellón quedaba en peligro. Mientras, Solimán el Magnífico se convirtió en 1520 en el nuevo sultán del Imperio otomano, iniciando una nueva etapa de ofensivas turcas en los Balcanes y el mar Mediterráneo contra las que los Jagellón húngaros aparentaban el primer objetivo. A principios de 1521 representantes de ambos hermanos se reunieron en Colonia y de nuevo en abril en Worms para discutir la herencia que le correspondía a Fernando.
Poco después, con el edicto en Worms de 21 de abril de 1521, un Carlos que se encontraba ya enfrentando en paralelo revueltas en España (guerra de las Comunidades y germanías), Países Bajos (Arumer Zwarte Hoop) y Austria (con la expulsión de la administración municipal habsburgo de Viena en 1519 y la negativa de las dietas ducales a cooperar con la regencia), conflictividad generalizada en Alemania por la extensión de las doctrinas de Martín Lutero y una guerra contra Francia, le cedió a Fernando la posesión del núcleo patrimonial principal habsburgo que Maximiliano había planteado dejarle, si bien demoró en lo posible la transferencia pactada e inicialmente la mantuvo secreta bajo una formalidad de "regencia".
Esos territorios, los quinque ducatus o cinco ducados a ser gobernados como archiduque y que fueron la base de la Erblande o tierras patrimoniales de los Habsburgo, eran la Alta y Baja Austria, Estiria, Carintia y Carniola. Estos abarcaban la Marca oriental, la zona de frontera sureste del imperio germano frente a Hungría y frente a los estados eslavos de los Balcanes. Con los años, estos territorios habían absorbido al este al antiguo Condado de Cili (integrado en Estiria), el Condado de Ortenburg (integrado en Carintia) y a la antigua Marca Víndica (integrada en Carniola) y los eslovenos habían llegado a ser una parte significativa de la población de Carniola, Carintia y Estiria. Fernando heredaba también las localidades fronterizas húngaras que habían sido empeñadas a su abuelo en el Tratado de Wiener Neustadt, de las que especialmente Güns sería relevante como fortaleza fronteriza en el Este.
La capital de facto de todos estos territorios era Viena, en la Baja Austria, en la cuenca del río Danubio sobre el que se terminaría articulando gran parte de la acción política de Fernando. Viena era un emporio comercial que centralizaba productos de Centroeuropa (Hungría, Polonia y Bohemia) y desde donde la región enlazaban con los mercados italiano y francés. Tratando de reforzarla como centro urbano, los Habsburgo habían creado una universidad en la ciudad. En esa ribera en la Alta y Baja Austria se encontraban otros núcleos de población menores pero relevantes como Steyr, Wels, Sankt Pölten, Krems, Klosterneuburg y Linz. Un poco al sur se encontraba Wiener Neustadt (Nueva Viena), que había sido sede de la corte de Maximiliano por la gran autonomía municipal de Viena, y funcionaría también inicialmente como corte de Fernando. El joven archiduque pronto construyó una armería y unos jardines en su nueva corte en la ciudad. Esa Alta y Baja Austria tenían una población de aproximadamente 900 000 habitantes, mientras que los otros tres ducados (la llamada Austria Interior: Estiria, Carintia y Carniola) sumaban otros tantos.
Pese al peso de Viena, cada ducado mantenía su propia dieta e instituciones en Linz, Graz, Klagenfurt y Laibach (actual Liubliana), respectivamente. Fernando viajaría a menudo entre ellas, especialmente visitando Linz y Graz. Gmunden, en la Alta Austria, Judenburg, en Estiria, y Sankt Veit an der Glan en Carintia, completaban la red urbana del territorio, que envolvía numerosos exclaves de los obispados con inmediación imperial de Freising, Bamberg y Salzburgo dentro de la Austria Interior. Los obispos de Viena, Lavant, Seckau y Laibach eran en cambio vasallos de los respectivos ducados mientras que el estatus del obispado de Gürk era más ambiguo, pues tenía un voto en la dieta imperial pero el duque tenía un vogtei o protectorado sobre el territorio.
Pese a su menor densidad de población Austria Interior era igualmente relevante por sus recursos económicos. La minería europea tenía uno de sus principales focos en el Eisenwurzen, una zona minera que extraía hierro y que se extendía por Estiria y zonas vecinas. La minería y la posterior transformación del hierro en ferrerías para crear herramientas y armas para la exportación a Alemania, Venecia y Europa Oriental era una de las principales ocupaciones en los nuevos estados de Fernando. Los impuestos sobre este sector fueron otra de sus principales fuentes de ingresos, complementaria a las típicas rentas feudales agrícolas dado que el Bergregal o derecho sobre el subsuelo era del soberano. También importantes era la mina de mercurio de Idria en Carniola y las minas de plomo de Bleiberg en Carintia. Otro foco económico para Fernando fue el monopolio estatal sobre la sal, que había sido una importante fuente de ingresos para su abuelo Maximiliano al controlar Salzkammergut en la Alta Austria. Alrededor de estas actividades se había desarrollado una actividad protoindustrial en Austria Interior dedicada a la manufactura de productos de carpintería, ladrillos, vidrio y papel, a los que se sumaba el tráfico de pieles y la obtención de cuero del ganado que se importaba de Hungría. Así Fernando obtenía casi 64 000 florines de renta por las tierras e impuestos ducales, 32 000 florines de aranceles, 71 500 florines por su monopolio de la sal y 20 000-30 000 por sus derechos mineros.
El cambio en su fortuna reactivó el proyecto matrimonial con los Jagellón. Fernando dejó Worms el 30 de abril y marchó a sus nuevos dominios junto al cardenal Lang von Wellenburg pasando por Heidelberg, Bruchsal, Vaihingen an der Enz, Ulm y Augsburgo, donde descansó en un edificio propiedad del cardenal antes de seguir a Ratisbona el 18 de mayo y embarcar con destino a Linz junto a otros príncipes. El 26 de mayo tenía lugar la boda de Linz con su prometida Ana. Esto no solo suponía un alivio económico para Fernando al poder financiarse con la dote de su mujer, valorada en 200 000 ducados, sino que era de interés diplomático y garantizaba la alianza de los Habsburgo con los Jagellón, especialmente con su ahora doblemente cuñado Luis II de Bohemia y Hungría, cuyos extensos estados limitaban al norte, este y sureste con los nuevos territorios de Fernando.
Pese a la teórica potencia del reino de Luis, los otomanos eran una amenaza en auge que Hungría estaba teniendo problemas en controlar, esperando los Jagellón el apoyo habsburgo. En 1521 Solimán había tomado la ciudad de Belgrado, que había sido el baluarte sur del reino húngaro en las décadas precedentes. Los intentos de Fernando de enviar refuerzos a la plaza llegaron tarde pero muestran que fue consciente de la importancia del peligro otomano incluso antes de llegar personalmente a Austria. La respuesta de Luis II de Hungría contra los turcos fue débil, pues estaba fuertemente endeudado, lo que hacía que parte de la nobleza en las zonas fronterizas en ambos países empezaran a apostar por dicho apoyo habsburgo. En Hungría existía una facción de la corte partidaria de una política más cercana a los Habsburgo que habían encabezado los obispos y cancilleres Jorge Szatmári y Tomás Bakócz. En Austria los condes de Hardegg, los señores de Starhemberg o los de Harrach, nobles austríacos con posesiones en la frontera norte del archiducado también tenían intereses en Bohemia mientras que otros habían recibido las fortalezas húngaras en prenda. La situación no era sin embargo sencilla, porque la alianza sellada por la boda de su hermana María era opuesta por otro sector de la corte húngara. Preservar dicha alianza no solo determinó la boda de Fernando sino que sería uno de los ejes iniciales de su política exterior.
Al sur, con Bosnia en manos otomanas las incursiones turcas estaban empezando a llegar a través de Croacia hasta Carniola, Carintia e incluso el Friuli. Durante los conflictos en tiempos de Maximiliano I, los reyes húngaros habían permitido el paso a los turcos para atacar Austria Interior como arma contra los Habsburgo, acentuando el problema. El Türkengefahr o temor turco fue un notable foco de la política germana del siglo XVI y significativamente había supuesto que las ciudades y nobles de Austria Interior hubieran aceptado un mayor poder ducal en épocas de Maximiliano y Carlos y que durante los comienzos del reinado de Fernando se abstuvieran de las reclamaciones religiosas de otros territorios. Bajo el gobierno de Fernando, se fue desarrollando la cooperación entre la nobleza croata y la de Austria Interior para afrontar las razias turcas. Evidenciándose que era necesario pararlas fuera de las fronteras de Austria, Croacia sería la otra gran prioridad estratégica de Fernando.
Al noroeste estaban los duques Wittelsbach de Baviera Guillermo IV y Luis X, también opuestos a los Habsburgo. Además de ser la principal dinastía rival en el sur del Sacro Imperio, Maximiliano I les había arrebatado recientemente Kufstein, Kitzbühel, Rattenberg, Mondsee y el Zillertal, cuya devolución deseaban. Fernando en consecuencia respaldaría al tercer hermano, Ernesto de Baviera, excluido de la sucesión por Guillermo y Luis. Como estados frontera se encontraba el arzobispado de Salzburgo de Mateo Lang de Wellenburg, cercano a los Austrias pero impopular en medio del auge del protestantismo en su principado, y el condado de Schaunberg, que los duques de Austria habían tratado de reducir a vasallo pero que mantenía a menudo una política propia. Tanto Baviera como Salzburgo también controlaban salinas en la misma zona que Fernando, siendo competidores por el mercado centroeuropeo de la sal. Fuera de sus nuevos dominios, las ciudades imperiales o eclesiásticas en la parte bávara y suaba de la cuenca del Danubio como Passau, Ratisbona, Núremberg y Augsburgo eran estatégicas para los Habsburgo y serían visitadas habitualmente por Fernando como lugar de dietas imperiales o negociaciones con los príncipes, especialmente en el comienzo de su reinado. En general, su papel dinástico como hermano del emperador sería el tercer gran foco de su política, especialmente como patrón de la pequeña nobleza del sur del imperio.
El carácter de marca fronteriza de estos territorios austríacos implicaba elevados costes militares, sobrepasando los ingresos obtenidos localmente de los propios estados. Su abuelo Maximiliano había acumulado copiosas deudas pese a haber logrado de las dietas del Sacro Imperio el pago de subvenciones a cargo de impuestos imperiales. Maximiliano dejaba cerca de seis millones de florines en deuda, que sería repartida entre Carlos y Fernando. La deuda patrimonial se había incrementado también por los gastos de la elección imperial de Carlos.
Su hermano Carlos además de la corona imperial había heredado los ricos territorios de Borgoña, gran fuente de ingresos de los Habsburgo que llegó a rentar casi siete millones de florines anuales, por lo que tuvo que subvencionar a Fernando durante todo su reinado para poder mantener segura la frontera suroriental del imperio. Ya en 1521 los hermanos inventariaron y fundieron las joyas y otros objetos de valor que Maximiliano conservaba en Wiener Neustadt para pagar deudas.
Dado el carácter ad hoc de los impuestos imperiales y ducales y las concesiones exigidas a cambio por los estamentos feudales, esa necesidad de ingresos suponía para Fernando también una importante debilidad política. Así, la ciudad de Viena y los condes de Hardegg habían acumulado notable poder en Austria durante los reinados de Maximiliano y Carlos.Las dietas ducales no solo eran importantes financieramente, sino también militarmente para convocar los lehnsaufgebot y landesaufgebot, las levas feudales provinciales. Estas requerían la aprobación de la dieta, algo políticamente complejo para campañas que no fueran defensivas o que discurrieran fuera de cada ducado. Por el contrario, desde la derrota de su bisabuelo Carlos de Borgoña en la batalla de Nancy (1477) y, especialmente desde la época de su abuelo Maximiliano y su victoria en Guinegate (1479) se había empezado a extender el uso de costosos ejércitos profesionales de infantería. En el imperio se había extendido el uso de fuerzas mercenarias llamadas lansquenetes mientras que en las guerras italianas se habían extendido los llamados condotieros. Fernando hubo de recurrir a estas fuerzas mercenarias para la mayoría de sus campañas con gran coste para sus arcas, suplementadas por las levas feudales correspondientes cuando se podía disponer de ellas.
Durante los comienzos de su reinado, Fernando hubo de recurrir a las rentas napolitanas del testamento de su abuelo materno para sufragar su corte y administración, e incluso a endeudarse con príncipes alemanes como el rico margrave Hohenzollern de Ansbach Jorge de Brandeburgo-Ansbach o con los banqueros de la vecina Augsburgo, donde la minería de metales había generado un pujante mercado de capitales. Tanto dicho margrave como los banqueros con intereses en la minería, como los Fugger, los Welser, los Hochstetter, los Herwart o los Manlich serían personajes recurrentes en la vida de Fernando.
Fernando, que aunque fuera de la sucesión imperial quedaba como sucesor en la práctica de Maximiliano, aspiraba a una mayor fracción de la herencia de su abuelo paterno y notablemente mantuvo pretensiones a los ricos territorios borgoñones que habían sido la fuente de la riqueza de este. Mantuvo en su lista oficial de títulos los de duque de Borgoña, de Brabante y de Luxemburgo y el de señor de Salins así como el uso de simbología de la casa de Borgoña. En documentos entre hermanos le solicitó la cesión del Franco Condado y del vizcondado de Auxonne. Fernando igualmente continuó la labor propagandística y artística de su abuelo, patrocinando la finalización y publicación de los grabados de Durero como el Triumphzug, que glosaban las victorias de Maximiliano, y el Weisskunig, una novela de caballerías basada en Maximiliano que habían coescrito su abuelo y su secretario. Las dietas de los ducados austríacos también mostraron su oposición a la división que Carlos había hecho, pues retenía parte de los estados que habían sido de los Habsburgo dividiendo zonas históricamente vinculadas.
El 30 de enero y 7 de febrero de 1522, tras las conversaciones de Bruselas, se llegó a unos pactos de familia: Carlos retendría los codiciados territorios de la casa de Borgoña, pero le transferiría a Fernando el resto del patrimonio habsburgo. Con ello, Carlos le otorgaba también la costa que había separado de Carniola y Carintia en el primer reparto así como el Tirol y la Austria Anterior en Suabia y Alsacia cuya reunificación con Austria había sido uno de los éxitos del reinado de Maximiliano. Fernando fue también nombrado vicario imperial o representante de su hermano en el imperio. Los compromisos entre hermanos para repartir la herencia aspiraban a que Fernando fuera nombrado rey de romanos o heredero presunto de Carlos en el Sacro Imperio, pero dado que Carlos aún no había sido formalmente coronado por el papa y la elección de Fernando podía menoscabar la posición de su hermano, el alcance del pacto quedó secreto. Fernando sería inicialmente titulado solo como representante de su hermano (Statthalter). Carlos también limitó las cesiones en Alsacia a la vida de Fernando, debiendo revertir tras su muerte a la rama hispano-borgoñona de la dinastía por su interés estratégico.
Económicamente, Fernando asumiría solo 800 000 florines de la deuda de Maximiliano. Fernando así se responsabilizaría de las hipotecas y cargas sobre los títulos que recibía pero Carlos asumiría el resto y, especialmente, las deudas con Jorge de Sajonia, con quien los Habsburgo tenían una fuerte deuda que se remontaba a tiempos de Maximiliano. Roggendorf, que había gestionado la corte de Fernando por designación de Carlos, fue apartado, entre sospechas de haber abusado de la confianza de Fernando. Carlos también elevó a 60 000 ducados las rentas napolitanas de Fernando, a cambio de su aceptación de la invalidación del testamento de su abuelo aragonés. Carlos, en conflicto con los regentes que había dejado el rey católico, deseaba anular dicho testamento pero no quería reabrir disputas sucesorias con Fernando.
Territorialmente, Fernando añadió a su parte de la herencia la Austria Anterior, un conjunto de posesiones territoriales dispersas de los Habsburgo en sus tierras de origen en Alsacia y Suabia. El más notable territorio de esa Austria Anterior era el condado de Tirol, con la capital de su abuelo Maximiliano, Innsbruck, que albergaba su palacio con otro tesoro que Fernando pronto fundiría para repagar deudas. Si bien Fernando viajaría a menudo entre las capitales de sus dominios, Innsbruck sería el hogar habitual de su familia y su residencia predilecta.
El condado, pese al nombre, tenía inmediación imperial como condado principesco (Gefürsteter Graf) y por tanto tenía una posición en la dieta imperial similar a los ducados de Fernando en vez de a los condados normales. Su extensión era también similar, abarcando desde Kufstein y las conquistas de Maximiliano al norte hasta Bolzano y Merano en el sur ya en los límites de Italia, si bien la población de esta zona alpina era menor que en el archiducado, rondando aproximadamente 100 000 habitantes. La mayoría de los pequeños señores representados en la dieta eran germanos, si bien existía una minoría romanceparlante que participaría poco en el gobierno de Fernando, habitualmente escudándose en su vasallaje intermedio a los obispos de Trento y Brixen. Dichos obispados eran teóricamente independientes del condado tirolés pero el conde actuaba como vogt o protector militar de estos según regulaba el landlibell. Dicho landlibell consagraba sin embargo la autonomía del territorio, con los Schützen siendo una fuerza defensiva y restringida al territorio y dicho servicio limitando los impuestos debidos por los estamentos al conde. Así, los impuestos feudales tiroleses rondaban sólo los 30 000 florines.
Innsbruck y el Tirol eran además estratégicos al controlar una histórica ruta alpina entre Italia y Alemania, valiosa por sus peajes y su interés militar, y por ser la base de la industria armamentística que su abuelo había desarrollado. El condado incluía también la importante mina de plata de Schwaz en manos de la familia Fugger de Augsburgo que había sido clave para la financiación de su abuelo Maximiliano y ya lo estaban siendo para las empresas de su hermano Carlos y para las de Fernando. Fernando llegaría a obtener unos 250 000 florines anuales gracias a la mina, si bien en los comienzos de su reinado obtendría cifras más reducidas. A su alrededor se había generado también una ceca en Hall in Tirol que era un punto crítico del comercio de metales y de la sal. En total Fernando ganaba con el Tirol y Austria Anterior unos 130 000-160 000 florines de renta.
Inmediatamente junto al Tirol Fernando recibía también los señoríos de Feldkirch, Hohenegg y Dornbirn, la mitad del condado de Bregenz y los derechos señoriales sobre ocho valles parcialmente integrados en las ligas suizas, todo ello comprado a la casa de Montfort además de los señoríos de Sonnenburg y Bludenz, adquiridos a otras dinastías. El territorio se separaba de las Tres Ligas de la pujante Confederación Suiza a través de otros señoríos independientes en manos de pequeñas casas suabas como los Montfort, von Sulz, los von Werdenberg-Sargans o los von Hohenems. Un poco más al sur obtuvo como exclave del Tirol la localidad de Tarasp, rodeada por territorios en disputa con la Liga de la Casa de Dios y el obispo de Coria. El éxito militar suizo había tenido en jaque los intereses habsburgo en la zona aunque la reciente derrota suiza en Marignano había enfriado el expansionismo de la Confederación Suiza. Esos territorios entre el Tirol, Suiza y Suabia formaban el área conocida como Vorarlberg, que estaba adquiriendo un carácter propio como área de frontera y sumaba una población de aproximadamente 30 000 habitantes.
Los Habsburgo también habían tenido fuertes intereses en Suabia, que la que se habían llegado a autoproclamar príncipes. Así, también como exclaves pero separados tanto de Suiza como del Tirol por el lago Constanza, Fernando recibió el reichslandvogtei de Altdorf, que agrupaba propiedades alrededor de los núcleos de Altdorf y Gebrazhofen, y el condado de Nellenburg en torno a Stockach, que serían reforzados por la compra que hicieron Carlos y Fernando ese mismo año del cercano pero discontiguo condado de Tengen. Pese a sus limitaciones económicas, para Fernando consolidar sus posesiones en la zona era estratégicamente importante pues, aunque mantuviera el título nominal de conde de Kyburgo, su patrimonio quedaba aislado en la región dada la pérdida de los antiguos dominios habsburgo en Turgovia frente a los suizos. Era a través de esa zona y de la ciudad imperial libre de Lindau que los dominios de Fernando conectaban con el Oeste.
Más al norte, Fernando recibía más títulos fragmentados por Suabia y separados del Tirol por diversos estados suabos. Así obtuvo el margraviato de Burgau en el curso alto del Danubio con Burgau y Günzburg como principales localidades, al que se habían asociado los pequeños condados de Berg-Schelklingen y de Kirchberg-Weißenhorn además de la abadía de Wiblingen. Los territorios seguían en la ribera con las cinco villas del Danubio (Mengen, Munderkingen, Riedlingen, Saulgau y Waldsee) así como el vogtei sobre el monasterio de la Santa Cruz. Fernando también ganó el condado de Hohenberg en el tramo alto del Neckar con Rottenburg, Horb y Oberndorf como principales poblaciones además del señorío de Binsdorf y el exclave del Alto Hohenberg al sur.
Al norte de Hohenberg Carlos le cedía finalmente el ducado de Wurtemberg, cuyo último duque había sido depuesto por la liga de Suabia. Su territorio, con capital en Stuttgart en la misma cuenca de Neckar, había sido vendido en 1520 por la liga a Carlos dado su valor estratégico para poder consolidar esas posesiones y permitir una posible conexión entre las tierras de Fernando y Borgoña. Dicho territorio era extenso, habiendo absorbido previamente el ducado de Teck y el condado palatino de Tubinga y conquistado tierras fronterizas del Palatinado, y con 300 000-400 000 habitantes, densamente poblado. Sin embargo la colosal deuda que Ulrico dejó había forzado el tratado de Tubinga que daba gran poder a los estados de Wurtemberg a cambio de que estos repagaran la deuda, dejando solo 22 000 florines de renta al duque.
Suabia se trataba de una zona altamente conflictiva, pues la consolidación de los microestados imperiales en entidades protoestatales había generado tensiones entre los grandes magnates, los pequeños barones y caballeros imperiales cuyo poder desaparecía y los campesinos. La Confederación Suiza formada como alianza contra los Habsburgo y especialmente su cantón de Zúrich, que seguía aspirando a expandirse por Constanza así como el desposeído Ulrico de Wurtemberg, ahora reducido a conde de Montbéliard pero deseoso de recuperar su antiguo ducado eran focos de oposición a Fernando. La extensión del anabaptismo, que con Ulrico Zuinglio había llegado al poder en Zúrich, y de la doctrina de Lutero amenazaban cualquier acción política de los Habsburgo en la zona, sumándose a la tensión política. Particularmente, las ciudades imperiales libres de Suabia eran focos de las nuevas doctrinas.
Asimismo el propio Carlos siguió dilatando el acceso de Fernando a su herencia cuando le fue posible y de acuerdo con los pactos de Bruselas Fernando hubo de cargar con numerosas hipotecas de esos territorios que databan de la época de Maximiliano y reducían muchas veces sus poderes a una autoridad nominal. Ese era el caso en el margraviato de Burgau, empeñado a los obispos de Augsburgo, aunque numerosos subfeudos y derechos señoriales habían sido hipotecados a banqueros o pequeños poderes locales. Así los Fugger tenían una hipoteca sobre Kirchberg-Weißenhorn y los Waldburg tenían en prenda las ciudades del Danubio mientras que Ehingen y Schelklingen estaban empeñadas a Luis de Freyberg. Los estados locales de Burgau había recibido la baja justicia a cambio de impuestos excepcionales.
En favor de Fernando, la Liga de Suabia agrupaba a la nobleza del sur del Imperio y habían sido tradicionalmente un respaldo de los Habsburgo. Los pequeños nobles de Suabia combinaban feudos independientes con inmediación imperial y por tanto solo dependientes de la administración imperial de Carlos, con subfeudos y cargos en los nuevos dominios temporales de Fernando. Así ministeriales y pequeños condes como los Montfort, von Waldburg, Furstemberg, Werdenberg, Sulz, Hohenems o von Helfenstein, e incluso los más importantes condes de Hohenzollern y los margraves de Baden-Baden y Baden-Durlach formaban parte de la red de influencias de los Habsburgo en Suabia y serían parte del reinado de Fernando durante todo su gobierno.
Al oeste Fernando obtuvo la cesión vitalicia de las tierras alsaciana de los Habsburgo. Estas abarcaban el histórico landgraviato habsburgo en Alsacia de Sundgau, en la margen izquierda del Rin al sur de la ciudad de Mulhouse. El territorio había crecido con los años, incorporando al oeste el condado de Ferrette en Alsacia con Ferrette y Belfort como principales ciudades y ahora llegaba hasta la puerta de Borgoña en contacto con el Franco Condado que Carlos retenía. En esa orilla del Rin se sumaban al norte los pequeños señoríos de Ensisheim, Issenheim, Haut-Koenigsbourg y Weiler y los derechos sobre el landvogtei de Haguenau en prenda de las multas del Palatinado. Este landvogtei, que había absorbido a su vez el reichsvogtei de Kaysersberg, abarcaba cuarenta villas y aldeas imperiales (Reichsdörfer y Reichsweiler) repartidos por Alsacia del norte así como otras propiedades como el bosque de Haguenau o el castillo de Kaysersberg y ciertas prerrogativas sobre diez ciudades imperiales independientes.
Al otro lado del Rin, el territorio se había extendido por Brisgovia al incluir la estratégica posición de Breisach, la ciudad de Friburgo, el vogtei sobre la abadía de San Trudberto y los señoríos de Triberg, Kenzingen, Neuenburg, Endingen y Herbolzheim. Particularmente Breisach y Friburgo eran claves para controlar los tráficos en Renania, tanto norte-sur hacia los Países Bajos como este-oeste hacia el resto de Austria Anterior. Además del comercio, la región era famosa por su cultivo de vino que había generado una pequeña burguesía rural influyente en el gobierno municipal de Friburgo. La ciudad era asimismo relevante como sede de la segunda universidad en los dominios de Fernando, que contrapesaba la influencia de la universidad de Heidelberg situada en territorio de los condes del Palatinado. Gracias a juristas y teólogos como Ulrich Zasius y Johann Eck, era una fuente de juristas de la administración habsburgo y un foco de oposición a las doctrinas de Lutero. La recepción del derecho romano medieval, una recuperación del antiguo derecho romano en las universidades europeas frente al derecho consuetudinario feudal, era una de las tendencias de las nacientes monarquías absolutas y serían una de las dinámicas del reinado de Fernando.
Como exclaves de este núcleo se encontraban el vogtei sobre la abadía de Schuttern al norte y los señoríos de Villingen y Bräunlingen al este. Al norte de Brisgovia y al igual que en la otra orilla del Rin, Maximiliano había arrebatado al Palatinado su mitad del landvogtei de Ortenau con una serie de posesiones imperiales en el sur de Renania alrededor de las ciudades imperiales libres de Offenburg, Gengenbach y Zell.
Al sur de Brisgovia se encontraba el condado de Hauenstein (que incluía las bailías de Schlücht, Schwarza, Todtmoos, Schönau y Todtnau junto con el vogtei sobre las abadías de San Blas y Säckingen) y las villas del bosque (Rheinfelden, Laufenburg, Säckingen y Waldshut), últimos restos de la Argovia habsburgo. Estas ciudades eran gobernadas junto con el condado a través de un waldvogt en el valle del Fricktal. Las fortalezas en la zona (Letzen) suponían la segunda zona de contacto de Fernando con Suiza, con una fuerza local que rondaba el millar de hombres.
La situación política era tan complicada como en Suabia. Como landvogt o administrador imperial, Fernando pasaba a ser el representante imperial ante las ciudades imperiales libres y autoridades eclesiásticas en Alsacia más allá del control directo de las aldeas imperiales del landvogtei. Dichas ciudades habían formado una liga para preservar sus derechos y eran fuertemente independientes. La Confederación Suiza, especialmente el cantón de Basilea y la recientemente incluida ciudad de Mulhouse, complicaban el panorama político. Montbeliard, en manos del depuesto duque de Wurtemberg, ocupaba una posición estratégica para conectar o aislar muchos de esos estados. El electorado del Palatinado, en manos de otra rama de la casa rival de Wittelsbach, aspiraba igualmente a recuperar el landvogtei de Alsacia que había perdido recientemente.
El territorio estaba tan hipotecado como en Suabia. Era habitual que los territorios fueran cedidos como prenda de préstamos para cubrir los intereses con las rentas generadas, lo que dejaba en manos de los prestamistas los derechos señoriales (Pfandherr) y era otra causa de descontento social.Entre otros casos, el condado de Ferrette había sido empeñado a los Reich von Reichenstein, mientras que la ciudad en sí estaba hipotecada a su concejo municipal, los señoríos de Belfort y Delle a los barones de Morimont y los de Rougemont y Altkirch a los condes de Sulz. El landvogtei de Ortenau a su vez estaba empeñado a la casa de Furstemberg y al obispado de Estrasburgo. Finalmente, cabe mencionar como las ciudades de Rheinfelden y Laufenburg estaban como prenda en manos de Ulrich von Habsberg, un importante señor local de una rama lejana de los Habsburgo.
El gobierno solía ser delegado en un untervogt o gobernador nombrado de entre la pequeña nobleza alsaciana vasalla de los Habsburgo, que muchas veces recibía como territorios en prenda por financiar las actividades del gobierno. Como en Suabia, la pequeña nobleza local de Alsacia, Renania o Wetterau había colaborado habitualmente con los Habsburgo.
Finalmente, los territorios que Carlos le cedía en febrero de 1522 le daban una pequeña salida al mar fuertemente relacionada con Carniola que abarcaba los señoríos en el norte de Istria de Trieste, Pazin y Rijeka. Justo al norte, la Marca Víndica se extendía en los valles hacia Carniola. El litoral se completaba al oeste por el pequeño condado de Gorizia, que Maximiliano había heredado gracias al apoyo del magnate local Virgil von Graben. El condado de Gorizia incluía Lienz en el Tirol oriental y el valle del Isonzo que por Duino y Cormòns llegaba hasta la ciudad de Gorizia junto a Istria.
El último elemento de ese litoral era la frontera recientemente arrebatada por su abuelo Maximiliano a la República de Venecia durante la guerra de la Liga de Cambrai. El territorio conquistado incluía Rovereto junto al Tirol, las localidades en el Isonzo de Cortina d'Ampezzo, Plezzo, Tolmin y Gradisca, así como la ciudad de Aquilea y el fuerte de Marano en la costa y siete aldeas en Istria. Al igual que en otros territorios, algunas de estas localidades habían sido hipotecadas por Maximiliano, como Cormòns al elector de Sajonia o el castillo de Heinfels a la familia von Graben.
Carlos había inicialmente retenido todas estas zonas así debido a la influencia del obispo triestino Pietro Bonomo, que deseaba preservar la independencia de su tierra natal y había defendido el asociarlos a las tierras italianas de Carlos. Pese a ello, la división había generado fuertes críticas de los estados en Carniola y el reparto final de Bruselas incluyó el traspaso de estos territorios a Fernando. Bonomo sí logró de Fernando que su ciudad recibiera exenciones de impuestos y confirmación de sus privilegios tradicionales y pasaría a ser el primer canciller de Fernando.
La adquisición era importante para la economía de los estados de Fernando dado que le daba el control de puertos para la exportación del ganado, mineral y manufacturas que se producían en Austria Interior, pero también condicionó fuertemente su política exterior. Pese al tratado de Noyon, Gradisca era reclamada por la república de Venecia, pues además de haber sido conquistada hace poco convertía Monfalcone en un exclave. El exilio de los patriarcas de Aquilea en Venecia por la ocupación habsburgo de su ciudad fue otro frente diplomático abierto entre Fernando y la república. El sur de la península de Istria también estaba en manos venecianas y fue otra fuente de continuas fricciones durante el reinado de Fernando. Especialmente fueron focos de conflicto los bosques de Valbona alrededor de la abandonada fortaleza veneciana de Rašpor, la llegada de colonos leales a una u otra potencia dada la permeabilidad de las fronteras y el hecho de que las fronteras eclesiásticas no coincidían con las políticas (notablemente haciendo depender el monasterio franciscano de Pazin de la provincia franciscana de Dalmacia, controlada por Venecia). A su vez, Fernando mantuvo las reclamaciones al señorío de Pordenone, en el Friuli, que había sido de su abuelo antes de ser perdido en esos conflictos con Venecia.
Fernando comenzó su reinado con un antagonismo contra Venecia por ello. Venecia estaba en 1522 apoyando a Francia en la guerra contra los Habsburgo aunque en abril la victoria imperial en Bicoca abortó amenazas inmediatas contra los dominios de Fernando. Los principados-obispados en la órbita habsburgo de Brixen y Trento y la bailía de An der Etsch actuaban como estados frontera.
Fernando pronto consiguió limitar de nuevo la autonomía de sus estados, que a la muerte de Maximiliano I había aumentado considerablemente por la ausencia de Carlos. Desde 1522 nombró procuradores como Markus Beck y Johannes Cuspinian que se enfrentaron a los poderes locales que veían como traidores. El modelo era similar a los corregidores que sus abuelos españoles habían utilizado para establecer la autoridad central sobre las villas y municipios. En las ejecuciones de Wiener Neustadt de junio de 1522 Fernando hizo ejecutar a Martin Siebenbürger, burgomaestre de Viena, junto a varios seguidores con los que había tomado de facto el poder en la ciudad tras la muerte de Maximiliano y habían sido responsables de los eventos de 1519 contra Carlos V. También fueron ejecutados Hans von Puchheim y Michael Eitzing, miembros de la pequeña nobleza que se habían significado en la oposición al absolutismo habsburgo desde las dietas de la Alta y Baja Austria, respectivamente.
Fernando se esforzó con ello en crear una autoridad central que asegurara la consistencia interna de sus territorios y centralizara la administración. Para ello, en 1522, recuperó los Regiments u organismos ejecutivos en nombre del monarca que Maximiliano había establecido en el pasado. Fernando mantuvo el esquema de dos Regiments distintos que había usado su abuelo, con uno en Viena para Austria y Austria Interior y otro en Innsbruck para la Austria Anterior. Además, Fernando suspendió los fueros de Viena, acabando con su autonomía.
El joven príncipe ha sido caracterizado por los historiadores como inteligente e inquieto, aunque temperamental y manipulable por su corte. Al comienzo de su reinado, Fernando se apoyó en el español Gabriel de Salamanca, antiguo canciller de Maximiliano y muy bien relacionado con la corte que Fernando había tenido como infante. Salamanca había sido el representante de Fernando durante las negociaciones de la herencia y sería ahora su principal ministro. Salamanca subió los impuestos para afrontar las deudas pero se enfrentó al rechazo local, tanto por sus medidas fiscales como por su origen extranjero. Esta oposición a Salamanca permitió a la nobleza contraria al absolutismo de Fernando canalizar la oposición al archiduque sin enfrentarse frontalmente a él tras las ejecuciones de Wiener Neustadt. El joven archiduque era orgulloso y ambicioso, visto por la población como extranjero y con un primer ministro igualmente extranjero.
En estos comienzos en el gobierno, Fernando delegó, además de en Salamanca, Beck y en su corte personal hispanoflamenca, en antiguos miembros de la administración de Maximiliano, como Siegmund von Dietrichstein y Ludwig von Helfenstein-Wiesentheid que formaban parte de su familia al estar casados con hijas bastardas del difunto emperador. Ambos ocuparían papeles importantes como interlocutores con los príncipes imperiales, ante los que Fernando era un extranjero. Un último familiar en el que Fernando se apoyaría sería su tío Jorge de Austria, hijo bastardo de Maximiliano y destinado a la vida religiosa.
Otros miembros de la corte de su abuelo continuarían con Fernando en los comienzos de su reinado como el diplomático Sigismund von Herberstein, que representaría a Fernando ante Moscovia y otras potencias de Europa Oriental. Mientras, los ya mayores von Starhemberg, señores fronterizos con Bohemia y Schaunberg y antiguos partidarios de Maximiliano, dieron paso a una nueva generación con Hans von Starhemberg representando a Fernando en Praga. El obispo de Laibach, Cristófer Rauber, no sólo había sido empleado por Maximiliano sino también por su hermano Carlos y Fernando continuó confiando en él, especialmente como embajador ante Hungría. El consejero de Wurtemberg Beato Widmann, que había colaborado con Maximiliano durante los conflictos con el duque Ulrico también se convirtió en parte del círculo interno de Fernando, siendo influyente en su política en el ducado pero también en la cancillería tirolesa y como embajador.
Mejorar la situación económica fue complejo. En agosto de 1522 Fernando creó Reitkammers para gestionar las finanzas de cada Regiment. Las reformas administrativas que realizó en Wurtemberg, destinadas a reforzar la recaudación de impuestos, fueron la mayor aportación de su administración al ducado. Incrementar los ingresos era difícil incluso con esas cámaras, dada la ausencia de un aparato estatal moderno para recaudar impuestos complejos. En su lugar, Salamanca apostó por instaurar peajes e impuestos sobre la venta de productos de primera necesidad (Akzise). Aunque eso incrementó la recaudación en Austria en casi 20 000 florines, el Akzise fue altamente impopular por lo que fue abandonado a largo plazo. También en 1522 se intentó explotar una nueva mina de mercurio en Idria, directamente propiedad de Fernando (el Fürstenbau o pozo del príncipe) aunque su rentabilidad fue problemática y Fernando finalmente pasó a apoyar un monopsonio de facto de los Hochstetter, restringiendo importaciones de Bohemia y Suabia y garantizándole el suministro de Idria a cambio de más de 80 000 florines anuales. En el Tirol, los estados locales bloquearon sus intentos de corregir las ineficiencias recaudatorios en la provincia.
Fuera de sus dominios directos, el joven Fernando tuvo escaso éxitos en sus primeros escarceos en la política imperial durante la dieta de Núremberg de 1522-1523. No pudo, carente de fondos y fuerzas militares, afrontar la revuelta de los caballeros en Trier que fue suprimida por Luis del Palatinado y Felipe de Hesse pese a ser Fernando el teórico representante del emperador. Finalmente, los intentos de una reforma fiscal imperial fueron abortados por la apelación de las ciudades a Carlos, que rechazó los nuevos impuestos y las medidas antimonopolio defendidas por Fernando en la dieta.
Además, tras haber recibido Fernando en los meses precedentes embajadas húngaras aspirando a que apadrinara su causa ante la dieta imperial, su delegado von Dietrichstein no logró convencer a los estados germanos de apoyar decisivamente a Hungría, lo que fue un fracaso para su posición estratégica. Los testimonios de los embajadores húngaros o las aspiraciones de una cruzada que levantara el sitio de Rodas fueron en vano. Ante los graves problemas financieros de Luis, los estados imperiales tenían dudas de que húngaros y polacos cumplieran su parte de una ofensiva común (con especiales dudas sobre si Luis podría proporcional víveres y municiones a las fuerzas) mientras el enfrentamiento entre Carlos y Francisco de Francia había que el emperador no priorizara el frente turco.
Las incursiones turcas en Croacia, Carniola y Carintia comenzaron a incrementarse ante esta falta de respuesta. En 1522 una ofensiva turca arrebató a los croatas Knin y Skradin y una de sus incursiones llegó hasta Postoina en Carniola. En Croacia la nobleza local llegó a pedir ayuda directamente a Fernando. Fernando tuvo una delicada situación diplomática tratando de no enemistarse con su cuñado respondiendo a las demandas croatas, pero aun así desplegó fuerzas de sus dominios personales y soldados mandados por otros estados imperiales. Su desempeño contra los turcos bastante malo, dados los problemas de financiación, si bien la ofensiva turca fue detenida. La gran cantidad de despachos dirigidos al joven archiduque muestra el interés personal que Fernando tomó en la campaña. Desde entonces Fernando comenzó a desarrollar una red de influencias en Croacia, ganándose con su apoyo la lealtad de Pedro Keglević, ban de la disputada fortaleza de Jajce, y creando una red de inteligencia con Bernardin Ričanin. La política croata no era sin embargo menos compleja que la germana y Fernando tuvo por ello conflictos con los Frankopan, que pese a haber sido aliados de Maximiliano estaban enfrentados con Keglević.
Bajo el gobierno de Salamanca, Fernando continuó mientras restableciendo su autoridad entre los dominios imperiales y en 1523 recuperó la regencia de Ensisheim, una antigua institución que Segismundo I había usado como capital de Alsacia. Supeditada a la cámara de Innsbruck, sirvió como gobernación de Fernando para sus dominios alsacianos y de la Selva Negra, que a una semana de Viena y cuatro días de Innsbruck formaban la zona más alejada de sus regimientos. Pese a estas medidas, la ambigüedad sobre el reparto de la herencia limitaría la acción de la administración fernandina en Alsacia hasta tan tarde como 1525.
En la cuaresma de 1523 otra incursión turca asoló Carniola. Fernando celebró una dieta en Augsburgo, donde se afrontó la debilidad del sistema defensivo de la provincia ante el avance turco. De acuerdo a los relatos de los enviados carnios, la provincia había sufrido una gran despoblación por las incursiones turcas ante los que las escasas guarniciones ducales no podían oponer resistencia. Para remediarlo, se aprobaron impuestos y partidas presupuestarias para poner en orden la frontera contra los turcos comprometiendo a todos sus estados en Austria. Con ello se debía mantener un contingente permanente de caballería ligera en la frontera con Croacia y poner el castillo de Liubliana en condiciones. Al mando de esta fuerza quedó Johann Katzianer, un señor local carnio que se convertiría en uno de los más influyente dirigentes militares de Fernando durante los comienzos de su reinado incluso pese a levantar numerosas críticas. En paralelo comenzó en la frontera de Gorizia, Carniola y Estiria el desarrollo de una red de hogueras para alertar de incursiones (Grmada en esloveno), de refugios rurales (tabori) y de silos para la logística militar en caso de movilización.
En 1523 Fernando reemprendió la acuñación de moneda en la ceca de Hall in Tirol gracias a adelantos de plata de comerciantes metalíferos a cuenta de las monedas a acuñar. Pese al aumento de los ingresos Fernando siempre mostró una actitud favorable al gasto, recurriendo a endeudarse cuando hiciera falta. Así, por ejemplo en 1523 subvencionó al conde Rodolfo de Sulz para mantener la red clientelar habsburgo en Suabia y Vorarlberg. Rodolfo era el señor independiente de varios castillos estratégicos frente a Suiza que reforzaría con esta ayuda de Fernando, y nombrado su gobernador en Austria Anterior defendería la zona para los Habsburgo. En septiembre del mismo año Fernando también compró a Hugo de Montfort-Bregenz su parte del condado de Bregenz para consolidar su dominio de Vorarlberg.
En otoño de ese año se reunió con su cuñado Luis II de Hungría, primero el 12 de octubre en la ciudad húngara de Sopron, en lo que fue la primera reunión en persona entre ambos, y posteriormente en una conferencia en Wiener Neustadt de 15 a 22 del mismo mes a la que también asistieron delegados polacos. El objetivo de ambas asambleas fue confirmar el apoyo de Fernando a su cuñado contra los turcos y el tratar de articular una propuesta que fuera aceptable para la dieta del Sacro Imperio. Las reuniones continuarían en noviembre, conociendo Fernando en persona por primera vez al influyente Elek Thurzó, un noble húngaro que luego sería uno de sus más destacados colaboradores.
Fernando mientras adecuó sus intereses a la política de su hermano el emperador si bien este estuvo ausente de los asuntos imperiales ocupado por la guerra italiana de 1521-1526. Como su regente, hubo de maniobrar diplomáticamente para evitar que los príncipes protestantes se sumaran a Francia contra los Habsburgo. Las intenciones de Carlos de que Fernando abriera un nuevo frente contra Francia en Borgoña muestran el alejamiento del emperador de la realidad política en el Sacro Imperio y de la precaria situación de su hermano. Un sector de la nobleza germana prefería a Luis del Palatinado como vicario imperial y otro sugería directamente la abolición del vicariato mientras que Fernando encontraba barreras por su juventud, sus costumbres hispanas y su escaso dominio del alemán. Carlos no fue sin embargo el único miembro de la alianza habsburgo que tenía esas expectativas y Enrique VIII de Inglaterra envió a finales de 1523 al arzobispo de York y a sir William Hussey a nombrar a Fernando caballero de la Jarretera y apremiarle a combatir a Francia y sus aliados protestantes.
Religiosamente, Fernando había mostrado durante su estancia en Flandes una relativa tolerancia por influjo del erasmismo y de los humanistas. Más práctico en los asuntos políticos que su hermano Carlos, se convenció pronto de la imposibilidad de acabar con el luteranismo por la fuerza y buscó la solución del conflicto religioso mediante el diálogo. Con este espíritu participó en abril en la dieta de Núremberg de 1524 y en la asamblea de príncipes católicos de Ratisbona de julio de 1524, que decidió una primera reforma católica en el sur de Alemania que pasaba por una disminución de las fiestas de precepto, criticadas por los protestantes, y la entrega a los príncipes laicos del quinto de las rentas eclesiásticas. Aun así, la tendencia de Carlos a desautorizar a Fernando pese a ser su representante en el imperio frenó las reformas fiscales y religiosas aprobadas en la dieta de Núremberg. Aprendiendo de ello, Fernando ocultó hasta el último momento a Carlos las deliberaciones de Ratisbona, tratando de obtener del cardenal Campeggio el apoyo de la iglesia contra los turcos.
Más inflexible se mostró Fernando con el anabaptismo, ejecutando en sus dominios al predicador calvinista Caspar Tauber en septiembre de 1524 y enjuiciando a otros como Johann Eggenberger, Hans Voystler, Jakob Peregrin y Johann Väsel. Fernando se apoyó en un Consejo de Fe de los Doce, que incluían al obispo de Viena, Johann von Revellis y al futuro obispo Johann Fabri, así como en su tío Jorge de Austria, que fue nombrado obispo de Brixen. Para mediados de 1524 Fernando ya estaba previendo la fragmentación de la Reforma más allá de Lutero, y muchas de las nuevas fes mostraban tendencias más revolucionarias en lo político que el luteranismo. Pese a ese foco en el anabaptismo, Fernando desaprobó la conversión de su hermana Isabel de Austria al luteranismo en 1524.
En Italia, el ducado de Milán en manos francesas se había convertido en el principal punto de disputa entre Francia y los Habsburgo. Fernando, recuperando los proyectos de sus abuelos, propuso a su hermano que se incorporara a sus estados, que eran vecinos por el norte. Entre octubre de 1524 y enero de 1525 Fernando envió a su hermano refuerzos desde el Tirol, pese a su precaria situación económica y militar. Aproximadamente la mitad de las fuerzas en la batalla de Pavía habían sido enviadas por Fernando y Carlos tendría una mejor relación con su hermano después de su providencial ayuda en Italia.
No era el único frente abierto para Fernando. En octubre de 1524 una incursión turca volvió a asolar Carniola, llegando casi hasta Carintia. Las medidas tomadas el año precedente se revelaron insuficientes y solo una victoria del líder húngaro Tomori contra los incursores evitó males mayores. La debilidad de la frontera cristiana en Croacia se revelaba crítica y el mismo octubre de 1524 Fernando recibió nuevas peticiones de tropas desde Croacia, vetadas por Luis, y que se volverían a repetir al año siguiente. Fernando enviaría fuerzas y fondos de forma no oficial a través de Iván Karlović, Iván Kobasic y Nicolás Jurišić.
Con ello amplió su red clientelar en Croacia a Karlović, antiguo ban de Croacia, Stejpan Blagajski, conde de Blagaj, o los Frankopan mientras extendía sus fuentes de inteligencia al sur de la frontera con el senador de la república de Ragusa, Michael Bocignolo o el comandante serbio al servicio otomano, Petar Ovčarević. Fernando notablemente logró que el contingente permanente financiado por las provincias de Austria Interior y encabezado por Katzianer fuera autorizado a servir como parte de las fuerzas bajo Jurišić fuera de las fronteras de Austria con los que dotaría dos fortalezas de los Zrínyi, otra importante casa nobiliaria croata que le había pedido auxilio. Pese a la oposición de Luis II, Croacia era un territorio fuertemente autónomo y ante la amenaza turca los enviados de Fernando llegaron a funcionar como gobernadores de facto. Hasta siete fortalezas croatas recibieron soldados austríacos para reforzar las fuerzas locales croatas.
Al mismo tiempo, al oeste de Fernando la confederación suiza (y particularmente el radical cantón de Zúrich, que tenía ambiciones de expandirse en la frontera), era un foco de problemas. A finales de 1524 un predicador radical respaldado por los suizos, Baltasar Hubmaier, se hizo con el poder en Waldshut, ciudad de los dominios de Fernando pero en la frontera con Suiza. Tanto Waldshut como Rheinfelden estaban geográficamente expuestas a una posible expansión suiza, pero la lealtad del resto de ciudades del Fricktal al gobierno de Fernando y la oposición del magnate local Ulrich von Habsberg a los anabaptistas frenó el problema.
Ulrico de Wurtemberg, mientras, había levantado un ejército para recobrar su ducado con apoyo suizo pero la victoria de Carlos V en la batalla de Pavía en febrero de 1525 hizo que los suizos retiran las tropas por miedo a que las fuerzas del emperador, que estaban ocupando el Milanesado, llegaran a sus fronteras. En su lugar, los mercenarios landsquenetes desocupados tras la victoria imperial reforzaron el ejército del mariscal de Wurtemberg, Jorge de Waldburg, frente las fuerzas campesinas que había congregado Ulrico. En marzo, el líder mercenario Guillermo de Furstemberg era el que arrebataba a Ulrico y vendía a Fernando los señoríos de Héricourt, L'Isle-sur-le-Doubs y Clémont, territorios de Montbeliard colindantes con el Franco Condado. Fernando los empeñaría a su valido Gabriel de Salamanca.
Sería durante la guerra de los campesinos alemanes de 1525 cuando Fernando llegaría a estar personalmente más en peligro. En medio del descontento imperante, tras la proclamación de los Doce Artículos en febrero, las insurrecciones campesinas habían ido al alza en el sur del Sacro Imperio. Estas tenían un carácter anticlerical, rechazando diezmos y jerarguías eclesiásticas, y opuesto a la introducción del derecho romano, que codificaba las obligaciones serviles, frente al consuetudinario tradicional.
Fernando trató de ejecutar a los líderes de las protestas y cedió en temas como el mantenimiento de los derechos tradicionales pero insistió en que se cumplieran el pago de los impuestos aprobados desde 1523. A eso se sumó la movilización de la Liga de Suabia ese mismo marzo. En los dominios de Fernando se produjeron en abril de 1525 alzamientos en localidades de Alsacia como Eschentzwiller, Helfrantzkirch y Habsheim. En Suabia el truchsess (senescal) de Suabia Jorge von Waldburg dispersó una banda de campesinos en Leipheim pero uno de los gobernadores de Fernando en Wurtemberg, su tío Ludwig von Helfenstein, fue asesinado durante los tumultos en Weinsberg y se perdió el control de la capital del ducado, Stuttgart.
Las revueltas se extendían por Suabia, el Palatinado, Franconia y otras zonas más lejanas del imperio. La situación fue personalmente difícil para Fernando, dada la extensión del anabaptismo y el descontento campesino en Wurtemberg, Vorarlberg y el Tirol. En la práctica, Fernando apenas podía considerarse seguro fuera de su residencia preferida, Innsbruck. Sin embargo, la masacre en Weinsberg puso a la opinión pública en contra de los levantamientos, siendo condenados por Lutero y atrayendo la acción de la Liga de Suabia y la intervención de príncipes como Antonio de Lorena, Luis del Palatinado, Felipe de Hesse y Jorge de Sajonia contra las bandas en sus respectivos dominios.
Con las fuerzas llegadas de las guerras italianas, Jorge von Waldburg, que ya había sido responsable de la supresión de las revueltas campesinas del pobre Konrad en años anteriores, fue reconduciendo la situación en Würtemberg y Suabia. Ese abril venció a otra banda de campesinos en la batalla de Wurzach y logró con una paz en Weingarten la desmovilización de parte de los rebeldes. Además, las tropas austríacas entraron en Füssen, ciudad del obispado de Augsburgo clave para impedir que los rebeldes de Austria Anterior, el Tirol y Salzburgo pudieran reunirse y que ni el obispo ni los bávaros mostraban interés en defender.
Pese a ello, muchos nobles menores en el sur eludieron la llamada a las armas de Fernando como vicario imperial y de la Liga de Suabia y pese a que se intentaron organizar entre sí, los recelos entre austríacos y bávaros supusieron problemas para enfrentarse unidos a los rebeldes. La liga, mientras, demoraba el declarar una movilización general. Dada la inseguridad, la misma elección de un lugar para el consejo de la Liga fue un problema, pues los príncipes preferían evitar riesgos no acudiendo a emplazamientos lejanos. Fernando, particularmente objetó a desplazarse a Mühldorf para un consejo. Igualmente las levas locales era de dudosa lealtad, por lo que Fernando recurrió principalmente a tropas profesionales de Italia. Para poder pagarlas, se endeudó con los Fugger.
Los rebeldes, pobremente armados y poco coordinados entre sí, fueron así poco a poco enfrentados con ventaja por las tropas profesionales de los príncipes imperiales en varias provincias, pese a la respuesta principesca igualmente descoordinada. Estas acciones contra los rebeldes no impidieron que Friburgo, una de las principales ciudades de Fernando en Brisgovia, fuera asediada el 2 de mayo y cayera unos días después. Las autoridades municipales sin embargo lograron negociar un estatus neutral, explicitando que la ciudad no se opondría a Fernando. Un progromo contra los Fugger, Salamanca y los obispos tiroleses saqueó igualmente el 14 de ese mes la estratégica Hall in Tirol, en la mismísima vecindad de Innsbruck. En Alsacia, la clave ciudad de Belfort también cayó ante rebeldes, si bien obteniendo un acuerdo como el de Friburgo.
Sin embargo, otros príncipes imperiales lograron éxitos en mayo contra otras bandas campesinas en Turingia, donde Felipe de Hesse y Jorge de Sajonia lograron una significativa victoria en Frankenhausen. En las inmediaciones de los dominios de Fernando, destacó Antonio de Lorena contra los rebeldes alsacianos, a los que derrotó decisivamente en Saverne el 17 de mayo y de nuevo unos días después en Scherwiller. Sin embargo, como rival local de Fernando, no continuó la campaña contra las bandas rebeldes en territorio habsburgo.
En paralelo von Waldburg reestableció en mayo el control de Stuttgart y aniquilaba otra banda rebelde en Böblingen, restaurando el orden en Wurttemberg. La Baltringer Haufen, una de las principales bandas campesinas, fue derrotada por von Waldburg en Baltringen mientras que la Compañía Negra, considerada la banda con más fuerza militar, fue también expulsada de Suabia por Waldburg y su líder Jäcklein Rohrbach, responsable de la masacre de Weinsberg, quemado en la hoguera. Muchos otros líderes campesinos fueron ejecutados o, como el predicador radical Christoph Schappeler, exiliados a Suiza. La compañía negra sería finalmente derrotada en Ingolstadt en Baviera a finales de mayo mientras que Luis del Palatinado acababa con las revueltas en sus dominios a finales de mes.
Para junio de 1525 el orden imperial estaba en general repuesto y Fernando estaba en Füssen negociando una paz con los últimos rebeldes suabos para terminar de pacificar Austria Anterior a cambio de acabar con el estatus de villanos de los campesinos. Otros príncipes llegaron también a acuerdos con los últimos insurrectos en el sur del Imperio y gracias a la mediación de la ciudad de Basilea se obtuvo un armisticio con los campesinos que seguían en armas en Alsacia. Fernando asimismo patrocinó en 1525 la reconstrucción de Bad Wildbad en Würtemberg, que había sido quemada durante el conflicto y en la que se conserva una fuente (Ferdinandbrunnen) y una inscripción en piedra (Ferdinanstein) rememorando su papel.
Como parte de las medidas, Fernando ocupó temporalmente territorios eclesiásticos contra los que los campesinos tenían quejas como Füssen o las bailías de los caballeros teutónicos. Los territorios ocupados por Fernando serían devueltos a sus dueños por la presión de la Liga de Suabia y de Baviera, a cambio de una indemnización por los gastos bélicos. La única ganancia territorial duradera sería la mediatización del monasterio de San Pedro en la Selva Negra cerca de Friburgo. Pese a las treguas firmadas, las fuerzas de Fernando derrotaron y capturaron a comienzos de julio a Hans Müller von Bulgenbach, líder del grupo de rebeldes de la Selva Negra que había tomado Friburgo.
Pese a estas victorias, hasta diciembre de 1525 continuaron los coletazos en los territorios austríacos. Mientras Fernando estaba en Füssing, la dieta tirolesa reunida en Merano había aprobado una serie de reclamaciones antieclesiásticas con el apoyo de mineros y campesinos. En Salzburgo los campesinos se hicieron con el poder expulsando al obispo, mientras que se producían nuevos levantamientos en dominios vecinos de Fernando. En Estiria el gobernador Dietrichstein fue derrotado y capturado por rebeldes en Schladming el 3 de julio mientras que en Carniola y Carintia los nobles locales pronto reprimieron levantamientos en su territorio, con la caballería ligera de Katzianer ocupando preventivamente Krainburg. Las negociaciones con los campesinos del gobernador de Carintia, Veit Welzer, calmaron la situación en sus estados permitiendo enviar refuerzos a Salzburgo y Estiria. Dietrichstein se libró de ser ejecutado y terminó siendo liberado entre negociaciones para que los rebeldes de Salzburgo depusieran las armas.
La mayor amenaza directa a Fernando se vio neutralizada por las divisiones internas de los rebeldes, con los campesinos de Tirol de Sur enfrentados a los de Tirol del Norte y no logrando consolidarse como una amenaza a largo plazo. En julio Fernando promulgó un nuevo Landsordnung o código legal, convocó en Augsburgo la primera dieta general de todos sus dominios para recibir sus agravios, liberó de impuestos a los campesinos de Trento y ocupó temporalmente el obispado de Brixen calmando la situación. Baviera a su vez ocupó varios territorios eclesiásticos en el Danubio, mientras Fernando tenía una pugna con sus ellos por el control de Salzburgo. Hubo de ser de nuevo la Liga de Suabia la que devolviera el principado al arzobispo pues ni Fernando ni sus rivales mostraban interés en la vuelta de Lang.
Los dominios de Fernando fueron uno de los pocos sitios en el Imperio donde tras las revueltas se produjeron ciertas reformas para mejorar las condiciones de los campesinos y en los años siguientes la situación política en el Tirol se estabilizó. Fernando proscribió al antiguo líder de la revuelta en el Tirol, Michael Gaismair, que sin embargo escapó de prisión y huyó a territorio suizo. Gasmair, cercano al predicador radical Zuinglio y al anabaptismo, intentaría a lo largo de los años siguientes reclutar un ejército con apoyo suizo para reemprender la revolución en Tirol. Fernando mantendría durante el resto de su reinado una política de nula tolerancia con el anabaptismo que había abanderado la revuelta expulsando de sus dominios en los siguientes años a predicadores como Jacob Hutter.
En agosto el antiguo líder campesino Müller, cautivo desde su derrota, fue torturado y ejecutado. Heinrich Wetzel, otro líder campesino agraviado por el incumplimiento del armisticio de junio, se volvió a levantar en armas en Alsacia. Aunque la nueva revuelta logró la extensión de los armnisticios al Sungau en septiembre, Wetzel fue finalmente derrotado en noviembre y obligado a refugiarse como Gasmair en el extranjero. En diciembre era Baltasar Hubmaier el que era finalmente derrotado y exiliado a Suiza, recuperando Fernando el control de Waldshut. Tanto Suabia como en Alsacia, campesinos y municipios fueron condenados a pagar multas como compensación por los costes de la guerra.
Su hermano Carlos, mientras, renegó de los proyectos familiares de consolidar un reino en el norte de Italia a sumar a las tierras Habsburgo gestionadas por Fernando. Pese a escribirle a Fernando que la victoria de Pavía había sido de ambos, en julio de 1525 Carlos había entregado a los Sforza, el codiciado territorio de Milán del que habían sido duques a cambio de un sustancioso pago. Asimismo, Carlos llegó a una paz con la república de Venecia, aceptando una multa en vez de la entrega de territorios a Fernando. Fernando recibió la promesa de una parte de dichos ingresos y Carlos quedaba en disposición de intentar su deseada reconquista del ducado de Borgoña. Algunos autores especulan que Carlos tenía dudas de la capacidad de su hermano para gobernar tan disputados territorios, dada su juventud y su débil posición en el imperio. Fernando seguiría en los años siguientes insistiendo en la cesión de Milán, proponiendo una reorganización de Italia para pacificar el país. De esa forma, Fernando en Lombardía y Carlos en Nápoles se repartirían Italia en los esquemas fernandinos. Pese a ignorar esos planes, en 1526 Carlos nombró a su hermano también su vicario o representante en Italia.
Consolidado en el trono, Fernando repuso en marzo la autonomía de Viena con una Stadtordnung que se mantendría en vigor hasta el siglo XVIII. Pese a formalizar una administración municipal, contenía importantes cambios con respecto a los privilegios anteriores: los gremios de artesanos quedaron excluidos de la administración y se confirmaban los poderes de supervisión de los enviados del duque. En general la dieta de Augsburgo de 1525-1526 supuso un punto de inflexión en su relación con la nobleza austríaca, dando paso a una nueva colaboración entre soberano y parlamento.
En agosto, Fernando participó como representante del emperador en una nueva dieta en Espira, donde se aprobaron medidas tolerantes con el luteranismo que volvieron a ser ignoradas por Carlos. Significativamente, se incluyó por sugerencia de Erasmo, a través de Faber y Fernando, la petición de un concilio eclesiástico. Aunque el papa también desoyó la medida, sería el comienzo de un proyecto que Fernando perseguiría todo su reinado hasta culminar en el Concilio de Trento. También se admitía una división territorial de confesiones, que Fernando recuperaría décadas después en su paz de Augsburgo. Finalmente Fernando lograba la aprobación de un ayuda militar para su cuñado Luis.
Dicha ayuda fue sin embargo aprobada demasiado tarde. Solimán mientras había decidido enfrentarse finalmente a los húngaros y planeó una ofensiva militar a gran escala. El 29 de agosto de 1526 Solimán venció a Luis II de Hungría en la batalla de Mohács, en la que falleció gran parte de la alta aristocracia del reino, antes de que Fernando pudiera enviar la ayuda aprobada en Espira. Particularmente el propio Luis II murió en la batalla sin haber dejado descendencia, lo que abrió una disputa sucesoria. Fernando estaba en Innsbruck supervisando el reclutamiento para las guerras en Italia cuando, el 8 de septiembre, le llegó la noticia de la muerte de su cuñado.
Tras un consejo de gobierno el 15 de septiembre, Fernando reclamó los tronos de Bohemia y Hungría a través de su esposa Ana y los pactos entre los Habsburgo y los Jagellón. A sugerencia de su tía Margarita de Austria, Fernando inició una campaña diplomática para ganarse la elección por las diferentes dietas. Eso encajaba tanto en el escenario político, donde el reconocimiento de los privilegios locales era clave para ganar el apoyo popular, como en el militar dado que Fernando tenía la totalidad de sus recursos movilizados en un ejército bajo Jorge de Frundsberg en apoyo de su hermano en Lombardía.
Fernando empezó buscando el trono bohemio y la corona de San Wenceslao, que abarcaba más territorios que la propia Bohemia, pues las tierras de la Corona de Bohemia se habían expandido en los siglos precedentes con la marca de Moravia, la Alta y Baja Lusacia y los ducados de Silesia. La población, que rondaba 3,6-4 millones de habitantes frente a los dos millones de los ducados austríacos, incluía diferentes grupos eslavos occidentales y germanos. Se trataba de un territorio de gran complejidad política dado el poder de la nobleza en la elección de los reyes y la difusión de las doctrinas husitas alejadas de la ortodoxia europea a las que ya se estaba sumando el protestantismo. Estos estaban organizados con un conjunto de dietas y lugartenientes reales independientes que compartían un mismo rey.
En Bohemia sus embajadores, Hans von Starhemberg y Siegmund von Dietrichstein aconsejaron a Fernando reconocer la electividad del título. Los bohemios lo eligieron rey en la dieta del 24 de octubre, gracias especialmente al respaldo del canciller Adam de Hradce, la división de la oposición en múltiples candidaturas alternativas y que geoestratégicamente solo Fernando parecía poder asumir las cargas económicas y militares que dejaba Luis sin convertir Bohemia en un nuevo campo de batalla. Fernando juró respetar las leyes locales y la autoridad de la dieta, comprometiendo en dádivas buena parte de los recursos de Bohemia. Fernando heredaba asimismo cerca de 300.000 florines en deudas por los gastos bélicos de sus predecesores Jagellón. Sin embargo esta victoria enconó la rivalidad que mantenía con los duques de Baviera, que también habían intentado llevarse la corona.
Bohemia era un territorio predominantemente checo cuya población había sido en gran medida partidaria del reformador Jan Hus, lo que había acabado con la estructura eclesiástica católica en el reino. Tras las subsiguientes guerras husitas, los husitas se habían dividido en grupos como los utraquistas, moderados abiertos a la reconciliación con la iglesia católica y la Hermandad de Moravia de línea más radical y que simpatizaba con los luteranos. Mientras que intentaría reconciliar a los utraquistas, con los que incluso compartía personalmente simpatías por su erasmismo, Fernando mostraría una actitud más dura con otros credos.
Políticamente, Bohemia se caracterizaba por una fuerte nobleza regional agrupada en la dieta y un débil poder regio, a lo que se sumaban dietas de distrito (círculos) locales. La fuerza de esta pequeña nobleza no impedía que algunos grandes magnates del reino, que se repartían los doce grandes cargos de la corona, monopolizaran el poder en una fuerte posición frente a Fernando. Estos incluían a los Rosenberg, señores de Český Krumlov y primer linaje de Bohemia, a Zdeněk Lev de Rosental, burgrave de Praga y considerado en 1526 uno de los principales políticos del país, al conde de Schlick, enriquecido por la minería de plata en Joachimsthal y que había pasado a acuñar moneda (los famosos táleros), a Václav de Wartenberg, heredero de extensos estados en Česká Lípa, a la casa de Pernstein, influyente en la zona oriental del reino, y a la casa austríaca de los Hardegg, que habían adquirido el condado de Kladsko.
Particularmente, el rey de Bohemia contaba con pocos ingresos estables, dependiendo de la dieta para poder financiar cualquier cosas más allá del mínimo funcionamiento de las instituciones reales. Igualmente las fuerzas militares bohemias debían llegar a un acuerdo con el rey antes de actuar fuera de sus fronteras. Eso había dado a los nobles la ocasión de negociar privilegios a cambio de impuestos extraordinarios o apoyo militar y algunas actividades que en Austria eran potestad exclusiva del soberano, como la minería, la acuñación de moneda, el cobro de aranceles o la alta justicia, eran en Bohemia compartidas con la nobleza. La regalia o patrimonio regio que Fernando obtenía se reducía así principalmente a la ceca y minas de plata de Kutná Hora, su parte en peajes internos y las contribuciones de las ciudades reales.
No sólo la nobleza era un problema sino que las numerosas ciudades reales, que para 1526 rondaban la cuarentena, gozaban de gran autonomía con sus autoridades municipales escapando al poder efectivo del monarca. Aunque sus impuestos (census) eran la principal fuente de ingresos regular del soberano, tenían su propio autogobierno y voz en las dietas. Además muchas corporaciones municipales eran dueñas de amplios territorios como señores feudales. Algunas de estas ciudades, las ciudades de la reina, tenían sus ingresos comprometidos como dote de la reina de Bohemia, que en este caso era su hermana viuda María.
Algunas zonas, como Egerland o Kladsko, participaban sólo en sus dietas locales en vez de en las del reino, aunque se consideraban parte de este. Egerland, un territorio germano más recientemente adquirido por la corona, también mantenía una asamblea local y fuertes relaciones con la zona germana del Vogtland. Así el señorío de Asch, técnicamente parte del Alto Palatinado fuera de las fronteras del reino, estaba en manos de nobles checos mientras que la casa germana de Plauen, expulsada de sus dominios en Sajonia, estaba refugiada en sus otros feudos bohemios. Como residuo de los antiguos intereses bohemios en el Alto Palatinado seguían en manos bohemias Störnstein y el castillo de Hiltpoltstein, si bien el segundo había sido empeñada a la ciudad de Núremberg por lo que el vasallaje era apenas nominal. Kladsko era un condado creado por los premislidas en la frontera oriental con Silesia y que gozaba de gran autonomía frecuentemente tildado de "territorio exterior" (vnější kraj). Igualmente en la frontera oriental estaban las ciudades de la reina bajo la administración del burgrave de Hradec Králové con cierta autonomía propia.
Pese a todos estos problemas, el reino de Bohemia era un territorio densamente poblado, que sumaba aproximadamente 1,6 millones de habitantes, y que a raíz de ello había desarrollado un rico sector primario y era un importante mercado. Fernando obtenía con ello también el dominio de una nueva y rica zona minera en la frontera con Sajonia además de un nexo con la ruta fluvial del río Elba. La capital del reino, Praga, en la que Fernando residiría con frecuencia tras su elección, era un importante centro cultural con una reputada universidad. El reino, además de uno de los principales y más autónomos estados del Imperio, era un electorado y por tanto clave en la elección de futuros emperadores.
Los otros territorios de la corona, que no habían participado en la dieta bohemia que eligió a Fernando por mantener sus propias instituciones, le confirmaron posteriormente como rey a título de su esposa Ana. Así poco después, la dieta moravia eligió igualmente a Fernando en un parlamento en Olomouc celebrado de 11 a 18 de noviembre. Moravia era otro territorio checo con 800 000 habitantes y muchas características en común con Bohemia. Vecina a Austria, se estaba convirtiendo en un refugio para los anabaptistas que Fernando expulsaba al sur y acogería en los siguientes años a Balthasar Hubmaier y Jacob Hutter. Fernando continuó en Moravia la persecución de los anabaptistas que ya había empezado en su archiducado, incluso pese a los reproches de su mentor Erasmo. Aunque la visitaría menos que Praga, Brno actuaba como sede real con las dietas alternando entre Olomouc y dicha ciudad.
Al igual que en Bohemia, en Moravia había numerosas ciudades reales autónomas (destacando, además de las ya mencionadas Brno y Olomouc, Jihlava, Znojmo, Uničov y Hradiště), una pequeña nobleza que se repartía la mayoría del territorio y un gobernador (capitaneus terrae Moraviae, Moravský zemský hejtman) en nombre del rey. Algunas casas bohemias como los Pernstein (que poseían Helfštýn) y los Lipé (señores de Moravský Krumlov) tenían también feudos en Moravia y eran los grandes aristócratas del margraviato junto al obispo de Olomouc, a su vez señor de un territorio semiautónomo con centro en Kroměříž. En 1526 Juan III de Pernstein era el gobernador de Moravia y seguiría siendo uno de los grandes magnates del margraviato durante todo el reinado de Fernando. La mitra de Olomouc estaba en manos de Estanislao I Thurzó, miembro de una familia que influiría en los diversos estados de Fernando a través de sus intereses en Polonia, Silesia, Moravia, Hungría y Austria.
Lusacia se componía de los territorios históricos de los sorbios, eslavos pero en el siglo XV más germanizados y relacionados con las vecinas Sajonia y Brandeburgo. Así por ejemplo dependía eclesiásticamente de la diócesis de Meissen en Sajonia y estaba sometida a una fuerte influencia protestante dada la predicación de Lutero en la vecina Wittenberg que ya se veía en las ciudades y monasterios de la región. Con 150 000-200 000 habitantes, era el más pequeño de los territorios de la corona y se dividía en una Baja Lusacia al norte y una Alta Lusacia al sur, siguiendo la topografía. El poder real se ejercía desde Bautzen con un landvogt para cada Lusacia, que en 1526 eran ejercidos por Heinrich Tunkel von Bernitzko y Carlos de Münsterberg. Aunque sin una elección como tal, las Lusacias pasaron igualmente al control de Fernando.
La Baja Lusacia contaba con cuatro ciudades en manos del soberano (Calau, Guben, Lübben y Luckau) además de numerosos Standesherrschaft o feudos directos de la corona exentos de impuestos feudales y de los monasterios de Dobrigluk y Neuzelle. Sin embargo, Brandenburgo había adquirido en la paz de Lübben como exclaves bajo teórica soberanía bohemia las localidades de Cottbus, Peitz, Teupitz y Bärwalde, que había paulatinamente ampliado con Sommerfeld y una hipoteca sobre Beeskow mientras que Sajonia había adquirido Senftenberg. Más al sur, la Alta Lusacia compartía con la vecina Bohemia un importante movimiento municipal encabezado por la Liga Lusacia, que confederaba seis ciudades: Bautzen, Görlitz, Kamenz, Lubań, Löbau y Zittau. Estas disputaban el poder regional con la nobleza local y con los monasterios de Marienthal, Marienstern y Lubań. Particularmente Görlitz era una pujante ciudad comercial gracias al comercio de tejidos y tintes que desde Turingia pasaba por la zona hacia Europa Oriental.
Finalmente, la dieta silesia también aprobó la elección de Fernando el 5 de diciembre en una sesión en Leobschütz a cambio de su promesa de respetar sus privilegios tradicionales. Silesia era un territorio de origen polaco con aproximadamente 1 200 000 habitantes, dividida en pequeños ducados herederos de la descomposición de la dinastía de los Piastas que aspiraban a la inmediación imperial para escapar del vasallaje a Bohemia. La capital de Silesia era Breslavia, sede de las instituciones reales que incluían un Oberlandeshauptmann o gobernador y un obispo católico. Además de Breslavia, pasaban al patrimonio regio de Fernando el ducado de Jawor. Habían sido territorios de poca influencia husita gracias a la fuerza dicho obispo, pero dadas las relaciones con el norte del Sacro Imperio estaban sufriendo una considerable influencia luterana. El gobernador en 1526, Federico II de Legnica, era un destacado introductor de la Reforma.
Algunos ducados seguían en manos de diferentes ramas piasta, como el ya mencionado Federico II (Legnica-Wohlau-Brzeg), Juan II (Opole-Racibórz) o Casimiro II (Teschen-Oels-Glogovia-Troppau) o de la antigua casa real bohemia de Poděbrady como Carlos (Münsterberg-Oels). Pero muchos otros habían acabado en manos de potencias vecinas con aspiraciones sobre la región, como Sajonia (ducado de Sagan), Polonia (ducados de Auschwitz y Zator además del ducado de Siewierz en manos del arzobispo de Cracovia), el margraviato de Brandeburgo-Ansbach (ducados de Jägerndorf y de Beuthen y baronía de Bohumín), el margraviato de Brandeburgo (ducado de Crossen) o los von Kurzbach de Franconia (Standesherrschaft de Milicz y Żmigród). La fragmentación y venta de los títulos también habían llevado Nysa a manos del obispo de Breslavia y Pless a la casa de Thurzó.
En Hungría Fernando enfrentó a un competidor por el trono: Juan I de Zápolya, conde por herencia de Szepes cuyos dominios en el norte de Hungría se extendían por los vecinos condados de Liptó, Sáros, Torna y Trencsén. Juan Zápolya había sido además nombrado voivoda de Transilvania por el difunto Luis II, lo que le convertía en virrey de una de las provincias más autónomas del reino así como en titular de diversos mandos militares fronterizos como el condado de los sículos o el banato de Severin. Era así uno de los principales magnates del reino y había sido el principal enemigo del recientemente fallecido canciller Jorge Szatmári, partidario de un acercamiento a los Habsburgo, mientras que Zápolya era visto como la cabeza de la facción popular magiar. Zápolya contaba también con lazos dinásticos con Polonia, que con fuertes intereses en el norte de Hungría era otra importante influencia en el reino. Deseoso de emparentar con la casa real, Zápolya había pretendido en el pasado la mano de la hermana del rey, finalmente desposada con Fernando.
Juan Zápolya se había librado de la derrota en Móhacs al llegar demasiado tarde para participar en la batalla, tras lo que había sido proclamado rey el 10 de noviembre en Székesfehérvár en una dieta dominada por la nobleza magiar. Fernando no reconoció la decisión de dicha dieta aludiendo que no había seguido los procedimientos establecidos. Juan era apoyado entre otros por el prestigioso nádor o palatino de Hungría, Esteban Werbőczy, que era la máxima autoridad del país después del rey y que como tal ejercía de conde y juez en la capital. En el sur el importante conde Christoph Frankopan comandaba la principal fuerza organizada croata superviviente y también se inclinaba por Zápolya. Igualmente fue reconocido por la liga de Cognac, que agrupaba a Francia, Venecia, Baviera y otros enemigos de los Habsburgo.
Las tierras en disputa eran amplias e incluían un amplio tramo de la cuenca del Danubio poblado por magiares o húngaros, pero también por grupos yásicos y cumanos. Al norte abarcaba también el antiguo ducado de Nitra que además de magiares era habitado por una numerosa población eslava y germana, al este Transilvania con una mezcla de magiares, valacos, sículos y colonos sajones y al sudeste los remanentes del despotado de Serbia en el Banato y Sirmia. Al sur se encontraba el reino eslavo de Croacia, Eslavonia y Dalmacia en unión personal pero reteniendo parlamentos (sabor), gobernadores (banes) e instituciones propias tanto para Croacia como para Eslavonia.
El territorio rondaba los cuatro millones de habitantes y estaba organizado en condados donde la autoridad era ejercida por un ispán, a veces nombrado por el rey y a veces hereditarios o asociados a otros títulos. Pese a la victoria turca, Solimán no había podido ocupar estos territorios efectivamente y se había conformado con saquearlos, consolidar su control de la clave fortaleza de Belgrado y las tierras fronterizas al sur del río Sava (Sirmia) incorporar Petrovaradin aguas arriba en el Danubio. Eso apuntaba al río como eje de la futura expansión turca hacia Buda y Viena, con el sistema defensivo sur del reino húngaro desmantelado. Mientras, las fuerzas otomanas continuaron el asedio de las fortalezas en Bosnia y Croacia que formaban los últimos restos de la línea defensiva sur del reino.
Frente a Zápolya Fernando contaba en cambio con apoyos claves como el de su hermana, la reina viuda María de Habsburgo que tras Mohács había avisado a Fernando en septiembre de la situación, creyendo necesario para el reino su apoyo contra los turcos. En torno a ese proyecto se agrupaba buena parte de la alta administración del fallecido rey Luis, como Tomás Nádasdy, de la noble familia húngara Nádasdy y antiguo secretario real, el archidiácono Nicolás Olahus de Komárom, también antiguo secretario real y en aquel entonces secretario de la reina o los también secretarios de la reina Gaspar Serédi, Ferenc Újlaki y Georg von Reicherstorffer. Igualmente contaba con el apoyo de Tomás Szalaházi, clérigo que había servido en la cancillería real y que nombrado obispo de Veszprém formaba parte del séquito de la reina. También apoyaron a Fernando los hermanos Imre y Ferenc Bebek, miembros de una de las casas nobles más antiguas del reino con intereses cerca de Kassa y Eger y que habían servido en la secretaría real. Algunos miembros del servicio de la reina y de la secretaría real respaldaron sin embargo a Zápolya.
María, con la colaboración clave de Nádasdy, logró el respaldo a Fernando de Esteban VII Báthory, que había sido nombrado nádor por Luis II antes de ser depuesto por la nobleza en favor de Esteban Werbőczy. Báthory a su vez fue crítico para convencer a su antiguo secretario Ferenc Révay y al preboste de Pécs László Macedóniai, así como a su antiguo lugarteniente palatinal Imre Nagy. Finalmente la suma de Esteban al partido de Fernando trajo el respaldo de sus hermanos, Andrés y Jorge Báthory, que detentaban el título de conde de Somogy y el control de la fortaleza de Babócsa.
María y Nádasdy obtuvieron asimismo el apoyo de nobles como la familia Batthyány, señora de feudos en la frontera con Austria como Németújvár, de György Cseszneky, castellano de Tata, los hijos del barón de Szent-Györgyi, señor de propiedades en la frontera con Moravia y Austria como Bazin y Szent-Györgyi, o miembros de la casa de Bethlen. También ganaron el apoyo de Gáspár Horváth, casado con una de las damas de María. Algunos, como los Batthyány, mostraron sin embargo cierta equidistancia inicial entre Fernando y Zápolya. Aunque Fernando prometió resarcir a sus partidarios de gastos y pérdidas derivadas de su apoyo, la facción prohabsburgo padecía escasez de fondos.
Este apoyo a Fernando estaba especialmente concentrado en el norte y el oeste del país, contiguas con los dominios de Fernando y donde muchos como la familia Thurzó, señores moravios como los Pernstein, o el margrave de Ansbach tenían intereses a ambos lados de la frontera. Algunas ciudades en la frontera como Trencsén tenían una notable influencia bohemia en su gobierno municipal. Incluso en el interior del reino húngaro, el margrave germano Jorge de Ansbach, que ya había financiado a Fernando en años pasados, había heredado de su difunta mujer las posesiones hunyadi en el condado de Bekes como el castillo de Gyula. Su hermana María a su vez había recibido en dote amplias áreas en Moson, Zolyom, Borsod y en Máramaros. Elek Thurzó, conde de Körmöcbánya y camarero real, era otro importante propietario en la zona minera del noreste con lazos familiares con los Fugger, la corona de Bohemia y Polonia y fue junto a Esteban Bathory uno de los pocos grandes magnates que respaldaron a Fernando.
Fernando contaba también con las simpatías de la minoría germana en las ciudades mineras del norte y en Transilvania donde Zápolya era visto como el candidato de la población eslava. Aunque los eslavos eran la mayoría de la población en el norte, los germanos formaban un patriciado urbano que controlaba el gobierno municipal en localidades como Bartfa, Nagyszombat, Selmecbánya, Lőcse, Eperjes o Moder además de en siete ciudades transilvanas. Algunas familias germanas habían sido aceptadas entre la nobleza húngara. La familia sajona Pemfflinger eran barones con posesiones en la Alta Hungría y buenas relaciones con la reina viuda. Los Haller fueron otra importante familia mercante germana que respaldó a Fernando.
Fernando tenía también simpatías en varias ciudades reales. Así tenía con una fuerte presencia en Pozsony (conocida como Presburgo en alemán y actualmente más conocida por su nombre en eslovaco, Bratislava), importante ciudad del noroeste del reino junto a la frontera y donde estaba refugiada su hermana. Otra ciudad donde la candidatura de Fernando logró respaldos fue Kassa, segunda ciudad del reino y cabeza de la Alta Hungría. Ahí Fernando sumó el apoyo del juez real Mihály Kakuk y de la minoría germana. También lograron apoyos en la ciudad de Pécs, capital de Baranya y clave para las comunicaciones en el sur del país. Contaban en dicha ciudad con los probostes László Macedóniai y Alberto Peregi, y una nutrida colonia mercante germana. Finalmente, la ciudad de Sopron, en la frontera con Austria, también se inclinaba por la facción habsburgo dada la presencia de tropas germanas en la ciudad tras Mohács y encontrarse en la zona de influencia económica de los dominios de Fernando.
Un último foco de apoyo a Fernando fueron las zonas fronterizas con los otomanos como Croacia, donde había interés en el apoyo habsburgo para detener las incursiones turcas. Tan pronto como en octubre de 1526 habían llegado a Croacia dos emisarios de Fernando, Johann Pichler y el ya mencionado Nikolas Jurišić, para recabar el apoyo de la nobleza croata, y en noviembre Fernando recibió en persona a una delegación croata en Viena. Sin embargo, en Eslavonia el ejército intacto de Zápolya había sido providencial para evitar más pérdidas tras Mohács y los sentimientos en la región favorecían a Juan I por temerse que Fernando atrajera el foco turco. Pese a ello, también en Eslavonia logró sumar partidarios como Luis Pekry, Baltasar Bánffy de Tallóc o Ferenc Zay. Valentín Török, antiguo ban del histórico bastión antiturco de Belgrado, también fue reclutado para el partido de Fernando si bien inicialmente mantuvo una aparente cooperación con Zápolya. Seguía al mando de Subotica en la frontera serbia y cerca de los feudos familiares de Ferenc Révay.
Pese a todos estos apoyos, la posición de Fernando en Hungría era débil comparada con la de Zapolya. Fernando era un candidato extranjero y solo en Croacia tenía un apoyo popular generalizado. Así el 25 de noviembre Fernando hubo de postponer una asamblea con nobles húngaros en Komárom ante la tibia acogida.
Nádasdy, junto a Matías Majláth y Juan Szalai, llevó a cabo un gran servicio a Fernando al obtener para él las joyas de la corona real húngara, requisito para una ser coronado rey de Hungría según las tradiciones del reino. Juan Bornemisza, el guardián de la corona de San Esteban, se encerró en el castillo de Presburgo junto a la reina tras enterarse de la derrota de Mohács y no estaba dispuesto a entregarla a nadie, ni siquiera a la reina viuda María de Habsburgo. Bornemisza únicamente se la entregaría a aquel que fuera legítimamente elegido como rey húngaro. Sin embargo, pronto murió y la corona pasó en 1527 a manos de Fernando. Tomás Nádasdy recibió parte de las propiedades de Bornemisza por mantener Presburgo bajo el control de Fernando y proteger los tesoros reales, que fueron entregados al monarca tras su coronación. Fernando fue así finalmente también elegido rey de Hungría en una dieta rival controlada por su hermana en Presburgo el 17 de diciembre de 1526.
A su vez Fernando maniobró para evitar posibles intervenciones del rey Segismundo I Jagellón el Viejo de Polonia, primo del fallecido rey Luis él mismo y vinculado matrimonialmente con Zápolya a través de su fallecida esposa, Bárbara de Zápolya. Con sus propios partidarios en Hungría, había sido considerado un candidato al trono antes de la elección de Zápolya. Fernando continuó con la política matrimonial de su abuelo y para dar continuidad a la alianza concertada en 1515 prometió a su hija Isabel con el hijo y heredero de Segismundo, Segismundo II Augusto. El matrimonio de su hija mayor fue infeliz, pues Isabel, tímida y enfermiza, no encajó ni con su prometido ni con su poderosa suegra, Bona Sforza. La boda fue sin embargo imperativa para Fernando, pues la política exterior polaca estaba dividida entre una facción favorable a la alianza con los Habsburgo (incluyendo el rey Segismundo I o magnates de la Pequeña Polonia fronteriza) y otra enemiga de ellos (como la reina Bona, que tenía intereses dinásticos en Italia opuestos a los de Fernando, los parientes de los Zápolya en Polonia o los magnates de la Gran Polonia que aspiraban a expandirse al noroeste a costa del Sacro Imperio). Isabel fallecería por su mala salud a los pocos años en Polonia pero fue apreciada por su suegro y por la nobleza recelosa del poder de Bona contribuyendo a mantener a Polonia fuera de las alianzas contra Fernando.
Tras un parlamento alargado por las festividades navideñas, los nobles croatas le confirmaron como rey de Croacia, Dalmacia y Eslavonia en una elección en Cetin en enero de 1527. En compensación, Fernando prometió respetar las leyes y costumbres tradicionales del reino y sufragar los costes de la defensa contra los turcos, aportando 200 jinetes, 200 infantes y financiación para 800 jinetes croatas más. A diferencia de los reinos de Bohemia y Hungría, cuyos títulos eran electivos, Fernando logró el reconocimiento de que la sucesión era por derecho de herencia y que se extendía a sus herederos.
El mantenimiento de esta frontera sur fue complicado, dado que requirió a Fernando desviar los ya escasos fondos de sus feudos austríacos pues Croacia apenas recaudaba 3000-6000 florines al año y la fuerza de la dieta de sus nuevos territorios bohemios impedía nuevos impuestos para fines fuera de su corona. Tampoco la nobleza croata estaba dispuesta a ceder las fortalezas en la frontera al rey para su defensa. Los turcos, que seguían avanzando, tomarían esa primavera Obrovac y Udbina y Banja Luka y Jajce antes de final de año.
Pese a ello, Zápolya seguía contando con el apoyo en Croacia del obispo de Zagreb, Simón Erdődy, así como de su hermano Pedro Erdődy y de parte de la nobleza eslavona del oeste donde la presencia magiar era mucho más fuerte. Apenas cinco días después de la elección en Cetin Christoph Frankopan, parte de una rama de los Frankopan, una de las principales casa nobles croatas, reunió en Dubrava a la dieta de Eslavonia para proclamar rey a Juan I. Fernando, con sus fuerzas ocupadas con la guerra de la Liga de Cognac en Italia, llevó a cabo maniobras diplomáticas dilatorias proponiendo una mediación por un árbitro independiente.
Fernando mientras partió de Viena el 21 de enero a una entrada real en sus nuevos dominios bohemios. Entró en Moravia por Znojmo y pasó por Budwitz y Brtnice, jurando el 30 de enero respetar las leyes de la corona en Jihlava en la frontera entre Moravia y Bohemia. Continuó por Německý Brod y visitó las minas de Kutná Hora antes de seguir a Český Brod y finalmente hacer una entrada en la capital el 5 de febrero. En Praga recibió las llaves de la ciudad, confirmó las libertades de los utraquistas y de la universidad carolina y fue formalmente coronado por el arzobispo de Olomouc como rey de la corona de Bohemia en una ceremonia el 24 de febrero. Fernando continuó su viaje por la corona de Bohemia, recibiendo en mayo en Breslavia el homenaje de los estados de Silesia y Lusacia.
Mientras, en el Sacro Imperio se empezaba a ver el riesgo de la fractura de la reforma, pues el teólogo Zuinglio había roto con Lutero por diferencias doctrinales en lo que era el origen de una nueva confesión radical en Suiza, cerca de las fronteras de Fernando. Fernando mandaría ejecutar en Moravia a los anabaptistas Baltasar Hubmaier, que ya había expulsado de Austria, y Johannes Zeising. Similares medidas emprendió fuera de la corona bohemia, habiendo poco antes ejecutando a Michael Sattler, predicador anabaptista de Horb am Neckar en Hohenberg, y expulsando del Tirol en ese mismo enero a Pilgram Marpeck. Durante su visita en la primavera a Breslavia se alarmó también por la extensión del luteranismo en la zona, dejando como sus gobernadores a Carlos de Münsterberg-Oels en Silesia y a Zdislav Berka en Lusacia y presionando a la ciudad de Bautzen para que el deán local respetara la ortodoxia religiosa.
En mayo de 1527 Tomás Nádasdy y György Cseszneky iniciaron una campaña militar contra Zápolya y ocuparon posiciones en Hungría noroccidental pero sin poder tomar muchas fortalezas en la ribera del Danubio. Contra ellos el partidario de Zápolya, Gaspar Ráskai, aseguró para Juan I plazas como Gúta, Komárom y Visegrád en el tramo de dicha ribera cercana a la frontera con Austria. En Croacia, empezó una guerra similar entre la nobleza croata, partidaria de Fernando y encabezada por Ferenc Batthyány e Iván Karlović, y la facción eslavona de Frankopan, que tenía el respaldo de los obispos de Zagreb y Pécs y del conde de Pozsega Juan Tahy. Lo mismo ocurrió entre los serbios que vivían en el sureste de Hungría. La flota de Révay obtuvo la superioridad en el tramo sur del Danubio con Jovan Nenad y Stefan Berislavić formando un bando fernandino en la Sirmia que los otomanos estaban ocupando mientras Radič Božić y Pavle Bakić lideraban un partido serbio prozápolya en el Banato al sur de Transilvania. Fernando envió recursos a sus partidarios a través de Révay y de Juan Hoberdanecz mientras que Zápolya envió tropas húngaras desde Transilvania para acabar con la revuelta serbia. Los enemigos de Fernando, como Venecia, se alarmaron y comenzaron a buscar una intervención turca.
En julio y pese a las advertencias de cautela de su hermano, que no deseaba provocar a los otomanos, Fernando inició una ofensiva. Los recientes avances habsburgo en Italia habían permitido a Fernando volver a centrarse personalmente en sus intereses orientales. La recepción de ayuda financiera de Carlos, que envió 100.000 ducados, fue providencial para Fernando que pudo así reunir fuerzas para perseguir la corona húngara. Katzianer cruzó el Danubio a principios de mes tomando sin resistencia Dévény y enlazando con Presburgo. A ello siguió el sitio y toma de Nagyszombat. Las fuerzas húngaras estaban al sur al mando de Nádasdy y Esteban Bathory y tomaron mientras Magyaróvár y Csesznek. La guerra en el sureste fue sin embargo favorable a Zápolya, falleciendo en combate Nenad y adquiriendo poder como magnate local el pariente de Zápolya, Pedro Petrovics. Fernando en cambio permanecía aún en Hainburg en la frontera pero en territorio austríaco.
A finales de mes, Fernando se sumó personalmente a la campaña con un ejército de al menos 10 000 hombres, financiados por el propio Fernando con otros 12 000 soldados pagados por los estados imperiales según lo aprobado en la pasada dieta de Espira. Pese a la presencia de Fernando el mando de facto estaba sin embargo en manos de generales y príncipes germanos como el ya mencionado Katzianer, Casimiro de Brandeburgo, Nicolás de Salm y Wilhelm von Roggendorf. Tras cruzar el Danubio con sus fuerzas germanas y reunirse con sus partidarios húngaros, el 31 de julio Fernando realizó el juramento de Köpcsény, jurando ante el obispo Szalaházy respetar las leyes y costumbres del reino húngaro. Al día siguiente se celebró un consejo en Magyaróvár, donde se debatió si el rey debería participar en la campaña o mantenerse en la retaguardia. Ante la noticia del nacimiento el día previo de un hijo varón, Maximiliano, que garantizaba la sucesión, Fernando decidió continuar en Hungría.
La campaña de Fernando siguió por el Danubio con la toma de Pannonhalma y la fortaleza clave de Komárom. Un contingente bajo Katzianer marchó desde ahí hacia el norte a tomar Gúta y Érsekújvár y abrir la ruta hacia Kassa. Tras dispersar el contraataque de algunas fuerzas zápolya en Galgóc y tomar Nitra, Fernando se aseguró la frontera con Moravia. Pese a ello, casas eslavas locales como los Podmaniczky y los Kostka mantuvieron su apoyo a Zápolya en el noroeste del reino, que además retenía importantes propiedades como el castillo de Trencsén.
Mientras, Nádasdy comandaba la vanguardia y avanzó al sur hacia la capital húngara, Buda, asegurando Győr y Tata aunque otras fortalezas como Estrigonia y Visegrad resistieron a las fuerzas habsburgo. Sin embargo, Juan I abandonó Buda ante su inferioridad numérica el 15 de agosto de 1527 sin haber llegado a ser asediado y se retiró al este por Gyöngyös y Hatvan al encuentro de los refuerzos que esperaba desde su base de poder en Transilvania. Con la retirada de Juan I de Zápolya empezó a colapsar su partido en Pécs y Eslavonia al quedar aisladas del resto de territorios que le eran leales. Törok de Enying controlaba el sur, ya abiertamente como partidario de Fernando, que le nombró conde de Temes. Entre la nobleza húngara y las fuerzas serbias comenzó a haber deserciones en favor de Fernando, especialmente ante la ausencia de respuesta turca y las expectativas de lograr concesiones del nuevo rey. Entre otros nobles que se unieron a Fernando cabe mencionar Gaspar Paksy, conde de Arad. Estrigonia y Visegrád se rindieron, permitiendo a las fuerzas fernandinas reabrir la ruta fluvial por el Danubio.
Al suroeste Fernando se aseguró en paralelo el castillo de Sümeg y Veszprém en la zona del lago Balatón gracias a Tomás Szalaházi y a su pariente András Chorón de Devecser. Desde marzo, el señor de la guerra local László Móré, de origen eslavonio y castellano de Kaposvár, también respaldaba a Fernando. A este partido se sumaban en Transdanubia los Báthory, que controlaban Babócsa y la estratégica ciudad de Varaždin, y, tras sus vacilaciones iniciales, Ferenc Batthyány desde julio. También contaba con la ciudad real de Sopron, que junto a Presburgo había sido la única en asistir a la dieta que le proclamó rey. Un contingente estirio se hizo también con Szombathely en la frontera tras acabar con una revuelta campesina que había surgido ante el vacío de poder. Frente a ellos se encontraban las posesiones de los Erdődy, una familia croato-húngara con intereses en el sur de Hungría y en Eslavonia (notablemente, en Zagreb), y de Juan Banffy de Alsólendva, cabezas del partido de Zápolya en la región, así como el ya mencionado Christoph Frankopan y el conde de Pozsega, Juan Tahy.
Los lansquenetes de Fernando persiguieron a Zápolya hasta Eger, donde Ferenc Dobó había organizado la zona para Juan I. Las fuerzas fernandinas ocuparon Eger, aunque su general Casimiro de Brandeburgo falleció de enfermedad y sufrieron la política de tierra quemada de Dobó. Ahí enlazaron con los partidarios de Fernando en los condados de Gömör y Torda como los hermanos Bebek o Gaspar Hórvath.
Finalmente se produjo un enfrentamiento en campo abierto frente a Juan Zapolya en septiembre con la batalla de Tokaj. La derrota de Zápolya fue aplastante y tras la batalla fue abandonado en favor de Fernando por algunos de sus aliados como el arzobispo de Estrigonia Pablo Várdai, el obispo de Nitra Esteban Podmaniczky y el obispo de Vác Juan Országh, o el influyente noble Pedro Perényi, tesorero real y señor de propiedades en Abaúj y Temes. Juan Zápolya escapó a sus dominios en Transilvania.
Mientras sus fuerzas ocupaban Tokaj, Tállya, Regéc y Boldogkő, Fernando confió a Gaspar Serédi la pacificación de la Alta Hungría y otorgó a sus aliados Thurzó el título de conde de Szepes de los Zápolya si bien Juan I seguía controlando aún muchas fortalezas en el norte. Las propiedades de Ráskai, Dobó y otros partidarios de Zápolya en Hungría oriental como Ecséd fueron repartidas para ganarse a otras casas nobles como el ya mencionado Perenyi, György Maghy de Szatmár, László Kenderesy de Szolnok y László Parlaghy de Szabolcs.
El mismo día de la batalla de Tokaj había fallecido en combate Frankopan cuando trataba de arrebatar Varaždin al partidario de Fernando, Esteban Báthory. Los eslavonios nombraron finalmente rey a Fernando en un sabor o parlamento en Križevci el 6 de octubre. En otoño la ciudad de Kassa y más nobles de la Alta Hungría como los Kékedy se decantaron finalmente por Fernando mientras que sus fuerzas en la zona bajo Luis Pekry tomaban más localidades como Késmárk y Liptó. Con estos éxitos empezaron los otomanos a ver a Fernando como una amenaza y a organizar una respuesta.
El 3 de noviembre de 1527 Fernando fue formalmente coronado según la tradición húngara en la basílica de Székesfehérvár. Numerosos nobles húngaros asistieron a la coronación de Fernando, siendo premiados con la confirmación de las concesiones que habían recibido de Zápolya o nuevos títulos. Ese fue el caso de los hermanos Thuróczy, condes y grandes propietarios del condado de Turóc, de Juan Lengyel de Somogy, de Antal Losonczy, hermano del capitán de Temesvár y bien relacionado con la hermana de Fernando, de Imre Országh, hermano del obispo de Vác, o de Mihály Imreffy, señor de Szerdahely en Somogy.
Pavle Bakic también abandonó el bando de Zápolya a cambio del castillo de Lak mientras que los hermanos Parlaghy recibieron Pálóczy, cuyo señor había fallecido en Mohács. Los hermanos Révay, que habían defendido la candidatura de Fernando en la frontera sur, fueron igualmente recompensados con feudos en la Alta Hungría como Turócszentmárton, Mosóc, Blatnica y Szklabinyaváralja. Se trataría de una política recurrente de Fernando durante todo su reinado, que resarció de sus pérdidas frente a los turcos a sus partidarios de Sirmia, Eslavonia y Hungría meridional con nuevos feudos en el norte.
Mientras Fernando pasaba el inverno en Estrigonia, sus embajadores, Georg von Reicherstorffer, Sigmund Gross y Martin Mauer estaban logrando a principios de 1528 con cierto éxito el apoyo de los sajones de Transilvania contra Zápolya. Fernando también concedió las propiedades de Bornemisza en Fogaras a Majláth. Otras nacionalidades de Transilvania mostraron menos apoyo a Fernando. Así, los serbios se mantuvieron partidarios de Zápolya bajo Radics Bosics, sufriendo un asedio por fuerzas fernandinas en Lippa. Igualmente respaldaban a Juan I los sículos.
Fernando intentó desde diciembre de 1527 desarrollar la estructura estatal en sus dominios, con una corte en Viena para el archiducado de Austria e introduciendo instituciones similares a las de Viena en Innsbruck para la Austria Anterior, Praga para Bohemia y Buda para Hungría. Fernando publicó la Hofstaatsordnung codificando su administración. Creó un Geheimrat o Consejo Privado para la política exterior común para sus dominios, separado tanto del Hofrat o Consejo de Gobierno preexistente, que permaneció como cámara judicial, como de los Regiments con funciones ejecutivas en representación permanente suya en cada territorio.
Igualmente extendió sus Cámaras de Cuentas (Reitkammer en alemán, Česká komora en checo, Udvari Kamarát en húngaro) a Viena, Innsbruck, Praga y Buda para gestionar las finanzas de sus estados, complicadas por las capacidades de veto de cada dieta. Todas ellas quedaron bajo el control de una nueva Hofkammer en Viena. Fernando contó para ello en Bohemia con Florián Gryspek, leal oficial de los Habsburgo en Innsbruck que pese a las reticencias de los nobles checos se convirtió en pieza fundamental de su administración en dicha corona. Con ello buscaba Fernando controlar las finanzas bohemias, identificando qué deudas y gastos realmente correspondían al soberano, y recuperar el dominium speciale o control de un patrimonio del monarca. En Hungría se apoyó en Nicolás Gerendi, parte de la corte de su hermana que Fernando designó obispo de Transilvania, así como sus fieles partidarios Nádasdy, Pemfflinger y Reicherstroffer, y en un antiguo funcionario de Luis II, Ferenc Kisserényi, que aseguró la continuidad de la administración.
Ese sistema permitió a Fernando mantener su control incluso pese a sus frecuentes desplazamientos. Para asegurar el funcionamiento de estas instituciones, Fernando prestó especial atención a la gestión documental, desarrollando un sistema de archivos basados en las innovaciones de la corte de Maximiliano en Innsbruck. Asimismo creó una cancillería ducal en Viena o Hofkanzlei encargada de los documentos y comunicaciones, solucionando las deficiencias de épocas anteriores en las que se dependía de la cancillería imperial. Aunque Fernando intentó centralizar la cancillería para todos sus dominios, hubo de sumar otra en Praga dado el papel del cargo como garante de que los procedimientos eran de acuerdo a la legalidad bohemia. En Hungría, Fernando nombró canciller a Tomás Szalaházi, con base en Presburgo en las cercanías de Viena. Todas estas instituciones se podían enviar correos gracias a la red que Gabriel von Taxis, maestro postal desde tiempos de Maximiliano, iba desarrollado desde Innsbruck al crecer los dominios de Fernando.
Fernando también reemplazó a Gabriel de Salamanca, su impopular favorito español, con nobles locales. Así, ganó notable poder Bernardo Clesio, obispo de Trento, como canciller y principal consejero de Fernando. También se integraron en su consejo miembros de la pequeña nobleza austríaca como su nuevo tesorero Hans Hofmann von Grünbühel o los landeshauptmann o gobernadores Leonhard von Völs, Cyriak von Polheim, Veit Welzer o Hans Ungnad von Sonnegg. Fernando heredaba de Maximiliano una administración donde, por la necesidad del apoyo financiero de los estados, se había llegado a un gobierno compartido entre las dietas y el archiduque. Pese al enfrentamiento que marcó el comienzo de su reinado, desde 1526-1529 príncipe y estados fueron desarrollando una colaboración para gestionar la complejidad de la política exterior y de defensa. Así ganaron peso político los comandantes militares Johann Katzianer, Wilhelm von Roggendorf (cuyo cuñado Nicolás de Salm también había entrado al servicio de Fernando) y Cristoph de Waldburg o la familia Khevenhüller. Carente de experiencia militar de primera mano, Fernando se apoyó en esos generales durante su reinado. Gracias a la germanización de su administración, Fernando logró que las dietas aprobaran levas y contribuciones para la campaña de Hungría.
En Hungría Fernando usó los títulos de barones del reino, que formaban la corte real y la cabeza de la administración del país, para recompensar a sus partidarios. Muchos de ellos estaban vacantes por haber fallecido los titulares en Mohács o haber tomado partido por Zápolya. Así designó como palatino o lugarteniente del monarca a Andrés Bathory, que había sido clave en la creación de una facción favorable a su candidatura. El tercer cargo en rango, el de juez real, fue otorgado a Elek Thurzó, el otro gran magnate que le había apoyado. También otorgó títulos cortesanos para consolidar lealtades, nombrando a Imre Országh de Guth maestro de las puertas o responsable de la gestión de los palacios regios, a Juan Lengyel maestro de los conserjes, a Antal Losonczy copero real y a Jorge Báthory maestro del caballo. Aun así el gobierno dependía en buena parte de un consejo de regencia dirigido por la reina viuda, María de Habsburgo, con el apoyo del ya mencionado canciller Szalaházi y del tesorero Gerendi. Fernando nombró ban de Croacia a Ivan Karlović, que había dirigido su partido en la región, reconoció a su también partidario Stefan Berislavić como déspota titular de Serbia (si bien la región estaba de facto en manos otomanas) y confirmó a Perenyi el título de voivoda de Transilvania que le había dado Zápolya. Una última parte de su séquito serían los húsares reales, que pagados por el rey mantenían contingentes en su nombre y que servían alrededor del monarca como distinción de honor.
En Bohemia, donde no había habido tal renovación de la corte, Fernando retuvo una administración en Praga alrededor de los doce grandes cargos de la corona. El primero de estos era el burgrave supremo de Bohemia o burgrave de Praga, título que estaba en 1528 en manos de Zdeněk Lev de Rosental, uno de los principales magnates del reino. Dicho burgrave hacía de representante en ausencia del rey de forma comparable al palatino en Hungría y de castellano de Praga. Lo seguían en rango sucesivamente el hofmeister o senescal Vojtěch de Pernstein, el mariscal Jan de Lipé, el camarero Jaroslav de Šelmberka, el juez real Zdislav Berka de Dubé a Lipé, el canciller Adam I de Hradce y el juez de la curia Václav Bezdružický de Kolovrat. Todos estos cargos correspondían a los señores del reino. Tras ellos se encontraban los dos burgraves de Karlstein, elegidos uno en representación de los señores y otro en nombre de los caballeros, que gobernaban el castillo en el que se custodiaba el tesoro y archivo real, y los cargos reservados a la pequeña nobleza, como el notario supremo, el vicecamarero, responsable sobre las ciudades reales y el burgrave de Hradec Králové, zona fronteriza con Moravia y con especial autonomía al ser la dote de la reina de Bohemia.
Fernando siguió sin embargo usando e integrando en su administración nobles españoles como el propio Gabriel de Salamanca, que nombrado conde de Ortenburg permaneció en el consejo privado y fue nombrado bailío de Ensisheim. También españoles eran sus embajadores en Bruselas, Madrid, Roma e Inglaterra, Martín de Guzmán, Martín de Salinas, Gabriel Sánchez y Luis de Tovar, que gestionaban su política en lo relacionado con Europa Occidental, su hermano y los intereses dinásticos. En algunos casos como el de Martín de Guzmán o el de Martín de Salinas, se pueden trazar su vinculación a Fernando con su antigua corte en España. Igualmente hispanos fueron muchos cargos personalmente cercanos a Fernando o su familia, como sus secretarios Cristóbal de Castillejo y Juan de Castillejo, sus camareros Martín de Paredes y Juan de Hoyos, sus caballerizos Bernardino de Meneses y Pedro Fernández de Córdoba, su falconero y cazador mayor Alfonso de Mercado, los miembros de la casa de la reina Francisco y Pedro Laso de Castilla y Alonso de Meneses o su boticario, Antonio Calvo. Aunque muchos de esos cargos fueran cortesanos, se trató del círculo de confianza personal de Fernando, que los usó habitualmente en misiones diplomáticas y los recompensó con nombramientos en órdenes militares, matrimonios con la nobleza local austríaca y títulos nobiliarios vacantes. Algunos cargos, como el de caballerizo mayor, fueron usados sistemáticamente durante su reinado para integrar a nobles extranjeros en sus dominios imperiales. Los españoles siguieron siendo así un grupo significativo de su administración en Viena y el italiano, el español y el francés eran idiomas habituales.
También fueron habituales los flamencos que habían venido con él de los Países Bajos, especialmente entre los músicos y artistas de su corte. Su maestro de capilla fue así el flamenco Arnold von Bruck, proveniente de la Grande chapelle habsburga de los Países Bajos. La etiqueta de la corte de Fernando, como la de Carlos, seguiría las costumbres borgoñonas. Así notablemente en 1526 Fernando empleaba a un Sumiller de Corps borgoñón, André de Douvrin. Fernando también usaría flamencos como embajadores en su política oriental como llegaría a ser el caso de Cornelio Duplicio Schepper, Gerard Veltwijck o Ogier Ghiselin de Busbecq, así como miembros de la administración imperial de Carlos V como Johan von Weze o de la antigua administración de Maximiliano como el ya mencionado Sigismund von Herberstein. Muchos de estos alemanes, españoles y flamencos alternaron su servicio a Fernando y a su hermano Carlos, con intereses repartidos entre todos los dominios habsburgo.
Sin embargo, en los comienzos de su reinado en Hungría fueron predominantes los italianos en su diplomacia oriental, como Jerónimo Adorno, Giovanni Maria Malvezzi, Niccolò Secco o Jerónimo de Zara, dada la preponderancia de estos en las rutas comerciales con Oriente, la importancia del imperio otomano en la política exterior de Fernando y la dificultad de encontrar agentes capaces dispuestos a asumir los riesgos del puesto. Eso le llevaría a veces a emplear incluso a embajadores de sus antiguos enemigos como Jerónimo Laski, cuya experiencia en Constantinopla era de gran valor. Con el tiempo, se irían incorporando a dichas misiones militares de la frontera y miembros de su administración húngara como Leonhard von Völs el joven, Antonio Verancsics y Ferenc Zay, que aportaban un conocimiento de la situación real sobre el terreno.
Fernando llevó a cabo una deliberada política de integrar a la nobleza en sus nuevos dominios, favoreciendo los matrimonios entre la nobleza austríaca y bohemia así como con españoles e italianos, la dispersión de sus intereses a lo largo de los diferentes territorios y el uso de comités y asambleas generales que reunieran ambas dietas. La corte itinerante de Fernando sería un punto de socialización común para todos esos nobles. Se preocupó también de que sus propios hijos, especialmente su sucesor Maximiliano, aprendieran diferentes lenguas de sus dominios incluyendo el italiano, alemán, checo y húngaro.
Sin embargo, y pese a que con las reformas fiscales de Fernando llegaría con el tiempo a duplicar la recaudación obtenida, los magros austríacos no daban para sufragar los efectivos movilizados para la guerra en Hungría. Fernando trató de introducir contribuciones excepcionales para financiar la defensa contra los otomanos (Türken Steuer, aprobadas en 1524, 1526 y 1529) y para cubrir el déficit, recurrió a la ayuda de su hermano Carlos, a fundir las joyas y tesoros que había dejado su difunto cuñado y a endeudarse con los Fugger. Buscando mejorar sus ingresos, Fernando expandió su monopolio estatal sobre la sal a Bohemia, que era uno de los mayores territorios de Centroeuropa sin minas de sal propias. Implementar este esquema impositivo le obligó a tratar de evitar las importaciones de sal desde las minas del sur de Polonia. También integró las actividades mineras en Hungría, Bohemia y Croacia dentro de los esquemas que ya había organizado en Austria. Aun así, las finanzas húngaras fueron complicadas dado que la cámara de Fernando necesitaba de la cooperación de las autoridades condales, que muchas veces podían quedarse la recaudación para costear sus obligaciones militares.
Otro problema sería integrar a la nobleza húngara que por la competencia de la corte de Zápolya, la existencia de corrientes antigermánicas y por tener una mayor barrera idiomática mantuvieron una menor presencia en la corte vienesa. Aunque los húsares de su séquito fueron una imagen habitual de las ceremonias de la corte participando con la nobleza de otros dominios habsburgo, la presencia estable en Viena se redujo a una pequeña cancillería, especialmente en los primeros años del reinado de Fernando.
Sería en el reino de Bohemia donde primero intentó dar pasos para centralizar la administración. Desde 1528 trató de limitar la gran autonomía de los burgos y municipios en el reino. Contaba con el apoyo de pequeñas dinastías en auge como los ya mencionados señores de Hradec, pero también con los señores de Weitmühl, los de Pernštejn, los Popels de Lobkovicové y los Berkas de Dubá, que encontraron oportunidades de carrera en la burocracia real. Con ellos, fue limitando el poder de los municipios y de los principales magnates. Entre otras cosas, acabó con las asambleas de círculos locales como instrumento legislativo, requirió que el rey convocara las dietas y aprobara los acuerdos de estas como condición para que se ratificaran las leyes y se apropió para corona de la ceca de Joachimsthal, cuyo dueño, el conde de Schlick, había muerto en la batalla de Mohács. Extender esas medidas a toda la corona fue sin embargo problemático, y por ejemplo Silesia siguió manteniendo fuertes dietas locales para cada ducado durante todo el reinado de Fernando mientras que en Bohemia se ganó la oposición de muchos nobles.
Pese a esta centralización, la elección de Fernando supuso una complicación para la integración de las instituciones de la corona bohemia. Al aumentar la distancia a la capital, Lusacia y Silesia quedaron en una situación más periférica y más lejos de las prioridades del soberano, habitualmente ocupado con la política imperial, el conflicto en Hungría o la política del reino de Bohemia, lo que permitiría el desarrollo de las tendencias centrífugas lusacias y silesias y la preservación de la autonomía local de esas provincias. Fue habitual que los territorios buscaran guía política en Praga y guía religiosa en Sajonia.
Fernando también trató de evitar la extensión del anabaptismo en Bohemia y Silesia, donde se habían refugiado muchos predicadores tras las guerras campesinas. Así expulsó a Caspar Schwenckfeld y Jacob Hutter. En Silesia Fernando aprovecharía la muerte en diciembre de 1528 de Casimiro II de Teschen para tomar los ducados de Glogovia y Troppau.
Ante la neutralidad del rey de Polonia Segismundo I Jagellón el Viejo y la tibia ayuda de la liga antihabsburgo de Francisco de Francia, Venecia, el papa Clemente VII y Enrique VIII de Inglaterra, Zápolya acudió ante el sultán turco Solimán. El 27 de enero de 1528 firmó un tratado con él y lanzó un intento de retomar Kassa. Sin embargo fue derrotado por las tropas de Fernando en marzo de 1528 en Szina. Juan I hubo de refugiarse al norte entre sus simpatizantes en Polonia, lo que motivó quejas de Fernando ante Segismundo.
La batalla fue seguida por nuevos avances fernandinos en la región. Las fuerzas comandadas por Katzianer, Törok de Enying y Perenyi recibieron refuerzos de ciudades leales como Kassa (que celebró la victoria habsburgo) y Bartfa y empezaron una nueva campaña para expulsar a Zápolya de la Alta Hungría. Újhely y Sárospatak, junto a Kassa y en manos de un partidario de Zápolya llamado Simón Athinai, fueron sitiadas y tomadas pese a un intento de socorro de Dobó, así como el castillo de Szepes, otra de las principales bases de Zápolya en la Alta Hungría. Katzianer siguió hacia el norte tomando Bystrica, Likava y Zniót. Trencsén, en la frontera con Moravia, fue sitiada a continuación pero resistió un tiempo. Perenyi mientras mantenía la presión contra Transilvania tomando Dés y Déva e intentando infructuosamente asediar Lippa.
La situación no era sin embargo fácil para Fernando, rodeado de enemigos. Ese marzo una conspiración de Otto von Pack, basada en documentos falsificados que decían que la conquista de Hungría era un primer paso antes de volcarse contra los luteranos, estuvo a punto de causar una guerra con los príncipes protestantes en el Sacro Imperio. Al mismo tiempo Zápolya estaba a punto de abrir un nuevo frente en la zona gracias a un noble lusacio que le era leal, Nickel von Minckwitz. Fernando regresaría entonces a Austria y no volvería físicamente a Hungría durante años. El mismo mes de marzo, los turcos lanzaron otra incursión desde Bosnia contra Croacia y Carniola. Tras haber roto el año previo la línea de defensa croata en Bosnia, los otomanos tomaron ese año Gospić y devastaron Lika y Carniola. En abril otra razia turca asoló Szeged antes de ser derrotada por Hoberdanecz y retirarse a Sirmia. El parlamento eslavonio decretó una movilización contra los turcos ese mes mostrando su respaldo a la causa fernandina. Fernando sin embargo estaba endeudado y debía soldadas a sus tropas de la campaña previa, lo que limitaba su capacidad de respuesta.
Zápolya, cobijado en Polonia, reorganizaba mientras sus fuerzas y logró retomar posiciones cerca de Kassa como Tőketerebes y sitiar Sárospatak, que cayó antes de recibir auxilio fernandino. Notablemente había mandado a su embajador Jerónimo Laski ante la corte de Solimán, cuyo respaldo contra Fernando logró. A ello siguió un sitio de Tállya por parte de fuerzas zápolya y preparaciones de otro contra Gyula mientras Katzianer seguía ocupado en el sitio de Trencsén. Dicha ciudad cayó finalmente en junio en manos habsburgo gracias a la colaboración de burgueses como Juraj Kupec. Fernando mantuvo a autoridades municipales como Pavel Baračka, lo que apunta a que muchas de ellas le eran favorables. El obispo de Nitra, Esteban Podmaniczky, contemporizaba con la administración de Fernando como tutor de sus sobrinos, los hermanos Rafael y Juan Podmaniczky si bien la zona montañosa era un importante foco de bandolerismo y los nobles locales aprovechaban la guerra para ocupar territorios como barones ladrones.
A finales de junio, Zápolya regresó a Hungría y obtuvo finalmente una victoria en la batalla de Földvar gracias a las tropas valacas y moldavas vasallas de los otomanos. A cambio de ceder las fortalezas fronterizas de Csicsó, Bálványos y Beszterce a los vasallos turcos, Zápolya aseguró Transilvania. Algunos nobles transilvanos como Matías Majláth, que Fernando había nombrado conde de Fogaras en el sur de Transilvania, pasaron a su bando. La victoria en Földvar y la represión subsiguiente en Transilvania acabaron en la práctica con el apoyo de los sajones a Fernando si bien algunos focos como Brassó, Földvar, Segesvár o Nagyszeben, siguieron resistiendo a Zápolya durante años y mantuvieron ocupadas a las fuerzas transilvanas de Juan I. Todo ello arruinó el plan de Fernando de zanjar las deudas generadas por la campaña entregando a sus acreedores las minas de sal de Transilvania.
Juan I se aseguró además zonas vecinas gracias al apoyo de la nobleza húngara. Pedro Perenyi, cuyas posesiones familiares en los condados de Temes y Abauj lindaban con Transilvania y que había tenido fricciones con los sajones, volvió al partido zápolya. Imre Czibak, obispo de Nagybánya, en el también vecino condado de Bihar, fue otro sólido respaldo de Zápolya mientras que su pariente Petrovics seguía controlando Temesvár. Con simpatías en Polonia y entre nobles magiares y eslavos como los Podmaniczky, los Kostka, los Drugeth o la rama de Somlyó de los Báthory, Zápolya también mantuvo localidades en la Alta Hungría en los condados de Zemplen y Ung o la región de Považie.
Siendo típico que las campañas otomanas empezaran en primavera, Fernando pasó el verano de 1528 explorando alianzas para contener la esperada contraofensiva turca. Su hermano Carlos, enfrascado en su guerra con Francia, rechazó invertir más recursos en Hungría y Fernando tanteó posibles alianzas con Polonia, Inglaterra, Escocia o el papado. Sin embargo, solo hubo otra incursión de saqueo turca contra Croacia y Carniola, mientras el obispo de Zagreb se convertía en el nuevo foco del partido zápolya en Eslavonia y buscaba el apoyo de potencias extranjeras como Venecia. En septiembre Fernando pudo reunir un nuevo contingente de cinco mil soldados contra Erdödy pero terminaron centrados en la amenaza otomana. En la Alta Hungría sus partidarios sufrieron mientras otro revés frente a fuerzas a leales a Zápolya en un combate cerca de Kassa. Fernando entonces fue fuertemente criticado por su ausencia en el país.
En octubre Fernando acudió a Presburgo a solicitar a la dieta húngara financiación para una nueva campaña. Aunque la obtuvo, su general Katzianer fue poco efectivo y no logró articularla durante las inclemencias del otoño. Ese mismo mes el ban de Croacia, Iván Karlović, derrotó en Belaj con fuerzas croatas y carniolas una tercera incursión de fuerzas irregulares turcas, que aún volverían a atacar en noviembre pero sin que hubiera intervenido el ejército imperial otomano. Pese a ello, la amenaza turca hacía poco fiable las lealtades de los nobles en la frontera. La asistencia turca sí devolvió a Zápolya el control de las áreas serbias alrededor de Becse y Becskerek al sudoeste de Transilvania. Fernando volvió a solicitar apoyo a su hermano y a las dietas austríacas en noviembre. Las incursiones turcas no solo motivaron la progresiva restauración y ampliación de las fortalezas en Carniola y Croacia, sino su dotación por tropas de todos los ducados austríacos y mercenarios españoles.
Fernando fue fijando su corte en Viena en una posición más alejada de la primera línea y céntrica a sus diferentes intereses, frente al mayor uso de Innsbruck y Wiener Neustadt en los comienzos de su reinado. Para Bohemia, Fernando designó capitanes y gobernadores que detentaban la representación del rey cuando no estaba presente. En Hungría, Fernando aprovechó la muerte del nádor o palatino Esteban VII Báthory para evitar de facto el cargo y nombrar un gobernador (locumtenens palatinalis) de designación regia pero sin el carácter vitalicio del título nádor. También volvió a involucrarse en la política imperial en paralelo a la húngara tras la crisis que había generado la conspiración de von Pack.
La dieta de Espira de marzo de 1529, en la que participó como representante de su hermano el emperador, fue un fracaso. Fernando, frustrado con el avance del luteranismo tras las concesiones de las dietas anteriores y receloso de los protestantes tras la conspiración de von Pack, mantuvo una línea dura contra los protestantes pese a las recomendaciones de Carlos, centrado en Italia, y Erasmo, que para enojo de su pupilo tenía puntos comunes con los protestantes. Sin este apoyo, Fernando no pudo dotar las fortificaciones en Hungría ante las noticias de un gran ejército otomano en camino.
Los protestantes sin embargo no estaban unidos, dadas las diferencias de doctrina entre Lutero y Zuinglio. Las tesis de Zuinglio no solo enfrentaron al predicador contra los luteranos sino que alarmaron a los cantones suizos católicos que temían una resurgencia de Zúrich y buscaron el apoyo de Fernando. En abril, Fernando llegó a una Alianza Cristiana con los cantones de Lucerna, Uri, Schwyz, Zug y Unterwalden. Ese mismo año, la primera guerra de Kappel terminó con una victoria protestante frente a los cantones católicos suizos que Fernando respaldaba, en buena parte por la falta de apoyo de un Carlos V ocupado con los conflictos en Italia. Más éxito tuvo Fernando en Zagreb, donde fuerzas hispanogermanas derrotaron al obispo partidario de Zápolya esa primavera.
En el verano de 1529 un numeroso ejército otomano, que según las crónicas alcanzaba el cuarto de millón de soldados y tres cientos cañones, invadió el reino húngaro y barrió a las fuerzas de Fernando en el sur de Hungría. En Eslavonia y el sur de Hungría, las promesas turcas de parar las incursiones de años previos y devolver áreas fronterizas causaron que la región volviera a respaldar a Zápolya si bien Croacia siguió respaldando a Fernando. Fernando mientras, siguiendo el consejo de su tía, evitó el enfrentamiento en campo abierto contra un enemigo tan superior en fuerzas. Fernando en cambio congregó en Linz a las dietas austríacas y a la dieta de Moravia, logrando la aprobación de levas generales. La dieta bohemia, a diferencia de estas, se negó a desplazarse a Linz por lo que Fernando se trasladó personalmente a Praga.
La capital de Buda fue tomada por Solimán a principios de septiembre y entregada a Juan I. El cambio de suertes en el conflicto trajo un cambio de lealtades entre los nobles húngaros, perdiendo el bando fernandino a Tomás Nádasdy, que fue capturado durante la toma de Buda y pronto se cambió al partido del rey Juan I de Hungría. Solimán continuó tomando la vecina Pest y avanzando a lo largo del Danubio a través de Visegrád, Estrigonia, Komárom, Tata, Gyor y Magyaróvár antes de llegar ante Viena. Al este del río, Gyula quedó aislada del resto de territorios de Fernando y terminaría siendo tomada por el partidario de Zápolya, Imre Czibak.
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