Conflicto armado interno de Colombia en el siglo XXI
Parte de Conflicto armado interno de Colombia
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Carlos Castaño Gil † Vicente Castaño (Desaparecido) Ernesto Báez (C) Salvatore Mancuso (C) Ramón Isaza (C) Diego Murillo Bejarano (C) Carlos Mario Jiménez (C)
' Rodrigo Doble Cero' †
Don Mario (C)
Miguel y Víctor Mejía Múnera (C)
Cuchillo †
Diego Pérez Henao (C)
Dairo Antonio Úsuga "Otoniel"
Emiliano Alcides Osorio 'Caín'†
Álvaro Uribe Vélez Juan Manuel Santos Iván Duque Márquez
Comandantes de la Fuerza Pública
Nicolás Rodríguez Bautista 'Gabino'
Disidencia EPL 'Los Pelusos' 
Megateo†
Disidencias de las FARC-EP 
Segunda Marquetalia Iván Márquez
Frente Primero Gentil Duarte
FARC-EP (D)
Cuarta y actual etapa del Conflicto armado interno de Colombia en el Siglo XXI durante las administraciones de Álvaro Uribe Vélez (2002-2010), Juan Manuel Santos (2010-2018) e Iván Duque (2018-2022), que tiene como actores al Gobierno de Colombia, las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia - Ejército del Pueblo (FARC-EP) (desmovilizadas en 2016), las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC) (Desmovilizadas en 2006), el Ejército de Liberación Nacional (ELN) y las disidencias de las FARC-EP o Grupos Armados Organizados Residuales (GAOR), la disidencia del EPL o Los Pelusos (se le considera una Bacrim o GAO por dedicarse exclusivamente al negocio del narcotráfico) y las Bacrim o Grupos Armados Organizados (GAO) como el Clan del Golfo o Autodefensas Gaitanistas de Colombia, Los Caparros, Los Rastrojos, la Oficina de Envigado, el Cartel del Norte del Valle entre otros como los Grupos Delincuenciales Organizados (GDO).
En 2002 se registra la continuidad del recrudecimiento del conflicto armado interno desde 1994 con el accionar del gobierno, las guerrillas, los paramilitares y grupos de narcotráfico y delincuencia organizada, que habían roto el equilibrio impuesto en el desarrollo de la guerra, además se presenta un aumento de las masacres, desapariciones forzadas, ejecuciones extrajudiciales o 'falsos positivos' asesinatos selectivos, atentados terroristas, desplazamiento forzado, corrupción dentro del gobierno y la Fuerza Pública.
La estrategia del gobierno de Álvaro Uribe denominada Política de Seguridad Democrática y la estrategia militar contra las FARC-EP nombrada Plan Patriota, marcaron el recrudecimiento del conflicto, las FARC-EP incluso se enfrentaron con el ELN.
En el gobierno de Juan Manuel Santos se da una continuidad inicial a los enfrentamientos con las FARC-EP y el ELN, pero luego se llevan a cabo los diálogos de paz con ambas organizaciones y la guerra con las Bacrim y GAO.
Sin embargo en el gobierno de Iván Duque se registra un recrudecimiento del conflicto principalmente en los territorios dejados por las estructuras de las FARC-EP y tomados por el ELN, las disidencias de las FARC-EP que no se acogieron al acuerdo de paz o abandonaron el mismo, los grupos armados organizados como el Clan del Golfo o Autodefensas Gaitanistas de Colombia, Los Caparros, Los Pelusos (Disidencias del EPL) entre otros grupos que buscan controlar los negocios ilegales como el narcotráfico (incluso con la llegada de los carteles mexicanos)y la minería ilegal. Se presenta un aumento en las masacres, asesinatos selectivos de líderes sociales y ex combatientes y en los desplazamientos forzados.
Pero también ocurren hechos de paz que contribuyen en cierta medida al desescalamiento del conflicto como la desmovilización de las AUC entre 2003 y 2006, la desmovilización y el acuerdo de paz con las FARC-EP en 2016 y la desmovilización y el desmantelamiento de otros grupos menores, así como los diálogos de paz con el ELN en los periodos de Álvaro Uribe Vélez y Juan Manuel Santos.
Las víctimas del conflicto armado interno han realizado una gran movilización social en protesta por los hechos de violencia por los diferentes actores como las marchas en rechazo a las FARC-EP (Un millón de voces contra las FARC y el Gran Concierto por la Paz), la marcha contra los crímenes de Estado y el paramilitarismo (Homenaje a las víctimas del paramilitarismo, la parapolítica y los crímenes de Estado), la marcha del silencio por los acuerdos de paz, las marchas por los líderes sociales y ex combatientes acogidos a los acuerdos de paz con las FARC-EP, el Paro Nacional de 2019-2020 entre otras jornadas de protestas sociales.
Las víctimas y los movimientos sociales han tenido un papel fundamental en la construcción de memoria histórica, y reconocimiento de derechos como la creación del Comité Permanente por la Defensa de los Derechos Humanos (CPDH) en 1979, la creación de los Territorios de paz por parte de comunidades afectadas por el conflicto, entre otra gran cantidad de iniciativas. Tras varias iniciativas de movimientos sociales, es creado el Centro Nacional de Memoria Histórica que, junto a Organizaciones No Gubernamentales ONG's, fundaciones, lÍderes y colectivos sociales, grupos de estudio, artistas y universidades, se han encargado de llevar a cabo el trabajo de memoria, reconocimiento, reivindicación de derechos y reconciliación durante el conflicto armado interno. Algunos lugares de memoria son: la Red Colombiana de Lugares de Memoria, el Monumento a la paz elaborado con armas entregadas por el EPL en 1991, el Parque Conmemorativo Inflexión en Medellín, el Centro de Memoria Histórica, el Contramonumento Fragmentos de Doris Salcedo y mujeres víctimas del conflicto, la Plaza y Monumento de los Caídos en Bogotá, el Monumento a las víctimas del paramilitarismo en Puerto Boyacá.
Los avances para la resolución del conflicto y el reconocimiento a las víctimas lo marcan: la Ley de Víctimas y Restitución de Tierras (Ley 1448 de 2011), aprobada en el gobierno de Juan Manuel Santos para restituir, por medio de la Unidad para la Atención y Reparación Integral a las Víctimas, las tierras arrebatadas por los actores armados (grupos paramilitares y guerrilleros) a civiles víctimas de la guerra y reconociendo la existencia del Conflicto armado interno en Colombia. La creación de la Ley de Justicia y paz (Ley 975 de 2005) a partir de la desmovilización de las AUC, y Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) creada a partir de los Acuerdos de paz con las FARC-EP. La determinación de las Zonas Más Afectadas por el Conflicto (ZOMAC) y de los Territorios Programa de Desarrollo con Enfoque Territorial (PDET).
Se establecen los dos periodos presidenciales de Álvaro Uribe Vélez (2002-2006 y 2006-2010) como los años con mayor cantidad de víctimas: 3.633.840 de víctimas según el Registro Único de víctimas. Para 2017 según el Registro Único de víctimas se cuentan: 8.074.272 víctimas, 7.134.646 son casos de desplazamiento, 983.033 homicidios, 165.927 desapariciones forzadas, 10.237 torturas y 34.814 secuestros, entre otros hechos. En 2018 la cifra sube, el conflicto armado colombiano ha dejado 8'708.664 víctimas, según el registro Único de Víctimas (RUV), de los cuales 2.365.997 son niños.
Para una lista de los hechos del conflicto, véase: Anexo:Cronología del Conflicto armado interno de Colombia en el Siglo XXI
Álvaro Uribe Vélez fue elegido en primera vuelta de las elecciones presidenciales de 2002 primero y único desde la implementación de la Constitución de 1991. El 7 de agosto de 2002 se posesionó y las FARC-EP atacaron con morteros la Casa de Nariño:18 muertos en barrios aledaños. (En 2006 una investigación reveló que oficiales del Ejército Nacional habían montado los atentados para cobrar recompensas). El 11 de agosto, fue declarado el estado de conmoción interior o de excepción por un período de 90 días prorrogable. Al facultar al Ejecutivo para adoptar medidas extraordinarias por decreto y asumir funciones legislativas, la excepcionalidad constitucional reforzó los temores en sectores de la oposición de un debilitamiento del equilibrio institucional y del menoscabo de los derechos y libertades fundamentales. Se aprobó la aplicación de un nuevo impuesto sobre el Patrimonio para financiar la guerra y la puesta en marcha, con la creación de las primeras redes de cooperantes e informantes civiles, del programa de seguridad nacional llamado Política de Seguridad Democrática (PSD) y del Plan Patriota como estrategia de guerra, fue presentado por el presidente y la ministra de Defensa, Marta Lucía Ramírez, en 2003, siendo uno de los pilares del programa de gobierno de Uribe. La PSD, otorgaba en todo momento la primacía al Estado y negaba a los irregulares la posibilidad de negociar en pie de igualdad, permitió la desmovilización de las AUC sumidas en una crisis por las divisiones internas y la participación de sus dirigentes en el narcotráfico y la extorsión. La desmovilización de los paramilitares fue el primer proceso de paz finalizado con desmovilización del Siglo XXI en Colombia. Álvaro Uribe fue reelegido en las elecciones presidenciales de 2006, previa aprobación de la reelección presidencial reformando la Constitución de 1991 en 2005. Se desarrolló una guerra contra las FARC-EP con una nueva fase del Plan Patriota: el Plan Consolidación que daría avances sobre las FARC-EP, que implicó crisis diplomáticas con Ecuador y Venezuela en 2008 y 2010, también se adelantaron diálogos de paz con el ELN, además del surgimiento de las Bandas Criminales a partir de la desmovilización de las AUC. El escándalo de los falsos positivos o de las ejecuciones extrajudiciales de civiles presentados como bajas en combate, incrementados durante el gobierno de Uribe afectaría su imagen y la credibilidad en la Fuerza Pública.
El gobierno inicia el proceso de negociación con los grupos paramilitares, para el desarme, la desmovilización y la reinserción de los combatientes a la vida civil. Acordado en 2001 en una reunión secreta el Pacto de Ralito en Tierralta (Córdoba), entre políticos y paramilitares para 'refundar la patria'. El gobierno concede estatus político a las AUC, con la prórroga y reforma a la Ley 418 de 1997, a través de la cual se determinaba el estatus político del grupo armado, y emite el decreto 128 de 2003, mediante el cual se extienden los beneficios jurídicos para la reincorporación socioeconómica de los miembros de las organizaciones armadas al margen de la ley que decidan desmovilizarse. Las AUC en un momento crítico, por la inclusión de las AUC en la lista de organizaciones terroristas de los Estados Unidos y la Unión Europea, Carlos Castaño intentó cambiar su estrategia política y organización interna, por los vínculos del narcotráfico con el paramilitarismo. Negociando con las autoridades estadounidenses. El 29 de noviembre de 2002, culminando la “fase de acercamiento”, Carlos Castaño y Salvatore Mancuso, jefes máximos de las AUC, declaran la tregua unilateral indefinida el 1 de diciembre. El gobierno creó el 23 de diciembre una Comisión Exploratoria de Paz para, encabezada por el Alto Comisionado, Luis Carlos Restrepo.
Las conversaciones formales inician el 22 de enero de 2003. Para el 15 de julio de 2003 firmado el Acuerdo de Santa Fe de Ralito, en Santa Fe de Ralito, en Tierralta (Córdoba), abriendo la etapa de negociación oficial. Acordando la desmovilización y la creación de “zonas de concentración” con garantías jurídicas temporales, con mecanismos de reinserción de los excombatientes en la sociedad civil. La verificación del proceso seria realizado por la Organización de los Estados Americanos (OEA). En agosto de 2003 trámite en el Congreso del proyecto de Ley de Alternatividad penal; este contemplaba beneficios jurídicos a los paramilitares por lo que fue criticado y obligó al Alto Comisionado para la paz a retirar el proyecto. El Gobierno presenta en el 2004 al Congreso un nuevo proyecto de Ley de Justicia y Paz, a través del cual se contemplaba el cumplimiento de unas penas mínimas de cárcel por parte de los miembros de las autodefensas y la creación de un Tribunal de verdad y justicia para que juzgará los delitos cometidos por los paramilitares. Las denuncias frente al incumplimiento de los paramilitares al cese de hostilidades acordado en Santa Fe de Ralito con asesinatos y masacres.Enfrentamientos entre las AUC, culminan con los asesinatos de Carlos Castaño, por orden de su hermano Vicente Castaño en abril de 2004 y de Carlos Mauricio García Fernández 'Rodrigo Doble Cero', comandante del Bloque Metro de las AUC en mayo de 2004. Varios jefes paramilitares implicados en el narcotráfico y narcotraficantes que compraron Bloques de las AUC, para acceder a los beneficios de la desmovilización, como:Hernán Giraldo Serna, 'El señor' del Bloque Resistencia Tayrona, Francisco Javier Zuluaga,'Gordo Lindo': del Bloque Pacífico, Ramiro Vanoy, 'Cuco Vanoy' del Bloque Mineros, Miguel Ángel Mejía Múnera del Bloque Vencedores de Arauca, Hebert Veloza,'HH' de los Bloques Calima y Bananero de las AUC, Carlos Mario Jiménez, 'Macaco' del Bloque Central Bolívar, Juan Carlos Sierra, 'El tuso Sierra', Gabriel Puerta Parra, 'El Doctor', Diego Montoya Sánchez 'Don Diego', Miguel Arroyave 'Arcángel' del Bloque Centauros, Guillermo Pérez Alzate, 'Pablo Sevillano' del Bloque Libertadores del Sur, Diego Fernando Murillo Bejarano, ‘don Berna’, de los bloques Cacique Nutibara, Héroes de Granada y Héroes de Tolová.
Con la muerte de Carlos Castaño, la negociación fue asumida por Salvatore Mancuso, y firman el 13 de mayo de 2004 un segundo pacto en Santa Fe de Ralito, el Acuerdo de Fátima. Un nuevo proyecto de Ley presentado por congresistas uribistas, que no fue aprobado, seguido de un proyecto del ministro del Interior Sabas Pretelt de la Vega. Se presentó otro proyecto por el Comisionado para la Paz, que también fue criticado por las ONG, la OEA y Estados Unidos que condiciona la ayuda económica con la extradición de miembros requeridos por la justicia norteamericana.El 1 de julio de 2004, un corto secuestro del exsenador José Gnecco por las AUC.Las conversaciones continuaron y el 1 de agosto asistieron Salvatore Mancuso, 'Ernesto Báez' y Ramón Isaza al Congreso de la República. El 22 de junio de 2005 fue aprobada la Ley de Justicia y Paz, criticada por los editorialistas del New York Times, la Organización de las Naciones Unidas (ONU), políticos de distintas tendencias, las ONG defensoras de los Derechos Humanos y las propias víctimas. Las desmovilizaciones se iniciaron el 25 de noviembre de 2003 en Medellín con el Bloque Cacique Nutibara y terminaron el 15 de agosto de 2006 con el Bloque Elmer Cárdenas. Fueron 30.688 los desmovilizados.
Muchos de los paramilitares no se desmovilizaron y continuaron con el narcotráfico y negocios ilícitos (extorsión, minería ilegal, contrabando, juegos de azar, etc.),conformando las Bandas Criminales (Bacrim). Los conflictos internos del Cartel del Norte del Valle, provocan su ruptura: en febrero de 2002, Iván Urdinola Grajales fue envenenado en prisión, varios de los capos negociando con la justicia norteamericana buscando delatar a sus socios. Diego León Montoya,‘Don Diego’ y Wilber Varela, ‘Jabón’, contra Luis Hernando Gómez Bustamante, ‘Rasguño’; Víctor Patiño Fómeque,‘El Químico’ y Juan Carlos Ramírez Abadía,'Chupeta’; estos dos últimos en libertad. Fómeque, fue detenido el 9 de abril de 2002, extraditado en octubre y en colaboración con la DEA. Represalia de 'Chupeta'. En diciembre de 2002, uno de los aliados de Don Diego; Miguel Solano, asesinado por orden de Jabón. Los Rastrojos de Jabón, liderados por los hermanos Comba (Javier y Luis Calle Serna), y Los Machos de ‘Don Diego’, dirigidos por ‘Capachivo’. Enfrentados inicialmente en Norte del Valle y Cali, pero se multiplicaron después del 13 de octubre de 2003,en la discoteca Grill Cañandonga: 7 muertos. Se extendió hasta el Eje Cafetero, Antioquia y Bogotá con masacres, desmembramientos y enfrentamientos por territorios.El 25 de marzo de 2004, asesinado el coronel retirado Danilo González. El 3 de octubre masacre en la Finca La Cascada, en Candelaria (Valle del Cauca):10 muertos; el 26 de diciembre por el control del Cañón de las Garrapatas en Chocó, entre Los Machos y Los Rastrojos:10 muertos. Los Rastrojos de 'Jabón’, formaron una alianza con las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC); inclusive, intentaron participar en su desmovilización, cambiando su nombre por Rondas Campesinas Populares (RCP). ‘Don Diego’ patrocinador de los paramilitares de la Masacre de Trujillo entre 1986-1994 soborna a mandos del Ejército Nacional. El 22 de mayo de 2006, el Ejército Nacional contra la Policía Nacional la Masacre de Jamundí (Valle del Cauca):11 muertos.Varela asesinado en Venezuela en 2008, Montoya, ‘Chupeta’ y ‘Rasguño’ capturados en 2007.
En agosto de 2006, los jefes paramilitares recluidos en La Ceja (Antioquia). Vicente Castaño,‘El Profe’, abandonó el proceso de paz, y ordenó a todos los mandos medios que aún estaban libres, regresar a las armas. Nacen las Águilas Negras, una federación de organizaciones neoparamilitares con poder regional. Ello provocó de inmediato el choque con los jefes desmovilizados pues, desconociendo el control que dichos cabecillas ejercían por medio de terceros en sus antiguos territorios, Castaño entregó los Llanos Orientales a Ever Veloza,‘HH’; el Urabá a Don Mario y Los Hermanos Úsuga David (Juan de Dios y Dairo Antonio); la Sierra Nevada a los Mellizos Mejía Múnera (Miguel Ángel y Víctor Manuel), entre otros. Las Autodefensas Campesinas del Casanare (ACC) al mando de los hermanos Buitrago, en guerra contra el Bloque Centauros de las AUC, desde 2003. La contienda que se prolongó por 15 meses y dejó 1000 muertos, terminó el 19 de septiembre de 2004 con el asesinato de Miguel Arroyave; ‘Arcángel’, por sus propios hombres como Pedro Oliviero Guerrero Castillo, 'Cuchillo’, y con la intervención del Ejército Nacional, en el sur de Casanare, como la Operación Astuto del 29 de agosto de 2004:21 muertos. Entre septiembre y octubre, la Operación Santuario entre Boyacá y Casanare: 42 muertos. ‘Cuchillo’, organizó con miembros del antiguo Bloque Centauros de las AUC, el Ejército Revolucionario Popular Antisubversivo de Colombia (ERPAC). ‘HH’ fue expulsado de esa zona a finales de 2006. Cuando ‘Don Berna’ y Carlos Mario Echeverry, ‘Rogelio’, de la Oficina de Envigado, asesinan a Vicente Castaño(según versiones de exparamilitares, su cuerpo nunca fue encontrado). ‘Macaco’, ‘Don Berna’ y ‘Jorge 40’ seguían delinquiendo desde La Ceja, forzó su traslado a la cárcel de Itagüí en diciembre de 2006. El 3 de abril de 2007, capturado Ever Veloza, ‘HH’. En 2007, el gobierno reconocía la existencia de 33 bandas criminales: ( Los Urabeños, Nueva Generación, el ERPAC, las Águilas Negras, la Oficina de Envigado, Renacer, Los Traquetos, Los Macacos, etc.). Operaciones contra las Bandas emergentes, por la Policía Nacional del General Óscar Naranjo. El 25 de agosto de 2007 ‘Macaco’ y ‘Don Berna’ fueron remitidos a la cárcel de Cómbita (Boyacá); capturados Mario Garzón ‘Mario Bross’, Hugo González ‘El Nomo’, José Yela ‘el Político’ y John Roima García,‘El Niño’. El 29 de abril de 2008, abatido Víctor Mejía Múnera y el 2 de mayo capturado su hermano Miguel
La extradición de paramilitares a Estados Unidos, comenzó el 7 de mayo de 2008 con Carlos Mario Jiménez, ‘Macaco' del Bloque Central Bolívar. El 13 de mayo, fueron extraditados Diego Fernando Murillo Bejarano, ‘Don Berna’; Rodrigo Tovar Pupo, ‘Jorge 40’; Salvatore Mancuso; Francisco Javier Zuluaga,‘Gordo Lindo’; Guillermo Pérez Alzate, ‘Pablo Sevillano’; Ramiro Vanoy, ‘Cuco Vanoy’; Juan Carlos Sierra,‘El Tuso’; Manuel Enrique Torregrosa; Diego Alberto Ruiz Arroyave; Martín Peñaranda, ‘El Burro’; Edwin Mauricio Gómez Lara; Hernán Giraldo Serna,‘El Patrón’; Nondier Giraldo Giraldo y Eduardo Enrique Vengoechea. Una vez muerto Vicente Castaño, Daniel Rendón Herrera, ‘Don Mario’, y los hermanos Úsuga David, conforman el Bloque Héroes de Castaño o Autodefensas Gaitanistas de Colombia (ACG), absorbidas por Los Urabeños, enfrentados a la Oficina de Envigado y Los Paisas.Las AGC paro armado el 15 de octubre, e incursionaron en el Urabá Chocoano, alcanzando la frontera con Panamá. El 15 de abril de 2009 capturado Don Mario el mando de la organización pasó a Juan de Dios Úsuga,‘Giovanny’, y su hermano Dairo Antonio Úsuga,‘Otoniel’, en Córdoba y el Bajo Cauca antioqueño entre 2010 y 2011, eliminando todas las bandas enemigas, esencialmente a Los Paisas y Los Rastrojos, que trataron de absorber a Los Paisas, pero fueron expulsados de la zona y la Oficina de Envigado, debilitada. En la Orinoquia se consolidó el Ejército Revolucionario Popular Antisubversivo de Colombia (ERPAC) de ‘Cuchillo’ quien, aliado con Daniel Barrera Barrera, ‘El Loco Barrera', en Meta y Vichada, eliminó a la banda de Ever Veloza, ‘HH’(extraditado en 2009), y luego a Los Macacos, dirigidos desde la prisión por Carlos Mario Jiménez,‘Macaco’. Entre el 10 y el 14 de agosto de 2007 Puerto Gaitán (Meta) combates entre ERPAC y Los Macacos:250 muertos. Los sobrevivientes, cerca de 200, se rindieron a mediados de septiembre al Ejército Nacional.
En 2002 la confrontación abierta entre el gobierno y las FARC-EP con el Plan Colombia, y el Plan Patriota que implican aumento en la erradicación de cultivos ilícitos, la recuperación de los ejes viales entre Bogotá-Medellín-Cali, la vía al llano y la estrategia de Vive Colombia, Viaja por Ella. La recuperación territorial también se debe a la ofensiva paramilitar de las Autodefensas Unidas de Colombia, se realizan operaciones militares en varias regiones buscando acabar las estructuras de las FARC-EP, que entran en un repliegue estratégico, abandonando la guerra de movimientos iniciada en la década pasada. Los avances militares y el mejoramiento de la percepción de seguridad se deben al aumento del pie de fuerza, la inversión y fortalecimiento de las Fuerzas Militares con el apoyo de Estados Unidos: compra de aviones Super Tucano, Casa C-295, Beechcraft Súper King Air, Cessna 208 Caravan, K-fir además de helicópteros Black Hawk, UH-1N, Mil Mi-17 sumado a la extensión de la Industria Militar (Indumil) y de la Corporación de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo de la Industria Naval Marítima y Fluvial (Cotecmar). La aplicación de nuevas estrategias como la coordinación de operaciones, mejoras de inteligencia militar y redes de informantes..A partir de 2005 el presidente y su principal consejero, José Obdulio Gaviria, se esforzaron por convencer a los medios de comunicación de negar el “Conflicto armado”, y de tratar a las FARC-EP de simple expresión delincuencial, narcotraficante y terrorista.
La guerra con las FARC-EP se recrudece con la aplicación del Plan Patriota y el Plan Colombia como pilares de la Política de seguridad democrática. Las Fuerzas Militares con apoyo del Bloque Cacique Nutibara de las AUC en la Operación Orión, retomaron las entradas a Medellín y la Comuna 13, a partir del 16 de octubre de 2002 y se extenderá hasta diciembre: 88 muertos y 600 desaparecidos en operativos de 'limpieza social'. El 25 de noviembre una emboscada de las FARC-EP al Ejército Nacional en Paz de Ariporo (Casanare):14 muertos. El 16 de enero de 2003 las FARC-RP ejecutan la masacre en San Carlos (Antioquia):17 muertos. En este municipio se ejecutaron 33 masacres en el conflicto armado por varios actores. El 7 de febrero las FARC-EP realizaron el atentado al club el Nogal de Bogotá:36 muertos. El 13 de febrero fue derivada una avioneta en Caquetá por las FARC-EP y secuestrados 3 contratistas norteamericanos y 2 muertos. El 14 de febrero, previo a una visita presidencial atentado con casa bomba en Neiva (Huila) por las FARC-EP:15 muertos. El 27 de marzo emboscada de las FARC-EP, al Ejército Nacional en Aracataca (Magdalena):11 muertos. El 15 de mayo mueren en un intento de rescate Guillermo Gaviria Correa gobernador de Antioquia, su asesor Gilberto Echeverri y 8 militares secuestrados por las FARC-EP en Urrao (Antioquia). El 24 de junio ataque a la Infantería de Marina, en la vía entre Carmen de Bolívar y Zambrano (Bolívar):12 muertos. El 1 de junio inicia la Operación Libertad Uno dirigida por el General Reynaldo Castellanos en Cundinamarca contra las FARC-EP:600 subversivos neutralizados y abatido Marco Aurelio Buendía. En otros intentos de rescate asesinados los esposos Bickenbach Gil y el empresario japonés Chikao Muramatsu en poder de las FARC-EP. El 17 de agosto las FARC-EP atacaron al helicóptero que transportaba al presidente Uribe en Granada (Antioquia).
El 2 de enero 2004 detenidos Ricardo Palmera Pineda 'Simón Trinidad' y Omaira Rojas Cabrera 'Sonia' de las FARC-EP en Quito, Ecuador, son extraditados a Estados Unidos a finales del mismo año por narcotráfico.El 25 de febrero de 2004, atacada por las FARC-EP la base militar de Santa María (Huila):12 muertos. El 19 de marzo el Ejército Nacional contra la Policía Nacional ejecutó la masacre de Guaitarilla (Nariño):11 muertos; En abril la Operación JM, nombrada en honor del Comandante de las FF.MM., Jorge Enrique Mora Rangel contra el Bloque Oriental de las FARC-EP dirigido por 'Mono Jojoy':328 subversivos neutralizados, ningún cabecilla abatido o capturado. El 10 de abril, la Masacre en Cajamarca (Tolima) por el Ejército Nacional: 5 muertos. El 16 de junio en La Gabarra en Tibú (Norte de Santander)las FARC-EP ejecutan masacre:34 muertos; El 10 de julio, las FARC-EP ejecutan una nueva masacre en San Carlos (Antioquia):7 muertos y desplazamiento forzado en Cocorná (Antioquia); el 21 de julio, en combates entre FARC-EP y el Ejército Nacional en Santa Rosa (Cauca):13 muertos; el 2 de agosto ataque en Trujillo (Valle del Cauca): 9 muertos; y el 11 de agosto masacre por las FARC-EP en el Catatumbo: 10 muertos. El 24 de diciembre, fue creado el Comando Conjunto del Caribe, con jurisdicción sobre 10 departamentos, con tropas de la Armada Nacional, el Ejército Nacional y la Fuerza Aérea. Las FARC-EP ejecutan la masacre en Puerto San Salvador en Tame (Arauca), el 31 de diciembre:17 muertos.
El 18 de enero de 2005, en un campo minado en Ortega (Tolima): 7 muertos.En enero de 2005, se dio inicio a la Operación Emperador, contra la “zona de retaguardia táctica de las FARC-EP”, una especie de triángulo entre Vista Hermosa, Mesetas y La Uribe (Meta), en la Serranía de La Macarena. Las FARC-EP contraatacan el 29 de abril. El 1 de febrero, las FARC-EP y el ELN realizan la Toma de Iscuandé (Nariño):16 muertos. el 8 de febrero la Emboscada de El Porroso en Mutatá (Antioquia) de las FARC-EP al Ejército Nacional: 30 muertos. El 2 de febrero, ataque en la vía Puerto Asís-Santa Ana (Putumayo),y combates en en Vistahermosa (Meta)17 muertos. El 21 de febrero paramilitares y Ejército Nacional la masacre de San José de Apartadó (Antioquia): 8 muertos. El 23 de marzo ataque en Puerto Leguízamo(Putumayo) 11 muertos. Las FARC-EP emboscada el 6 de abril al Ejército Nacional entre Tame y Fortul (Arauca): 17 muertos. Las FARC-EP cercaron Toribio (Cauca) desde el 14 de abril. El 19 de mayo el Ejército Revolucionario Guevarista (ERG), disidencia del ELN en el Chocó, emboscada a la Policía Nacional en la vía Quibdó-Pueblo Rico:10 muertos; el 24 de mayo, las FARC-EP realizan Atentado al Concejo Municipal de Puerto Rico (Caquetá): 5 muertos. El 25 de junio las FARC-EP realizan el Ataque a la base militar de Teteyé(Putumayo):21 muertos. El 17 de diciembre las FARC-EP y el ERG, comandados por 'Karina', realizan la Toma de San Marino, en Bagadó (Chocó):8 muertos. El 27 de diciembre: Ataque de las FARC-EP al Ejército Nacional en Vistahermosa (Meta): 33 muertos. Uribe aspiró a la reelección e incluso se propuso un diálogo para el intercambio humanitario: la entrega de secuestrados de las FARC-EP por guerrilleros presos, en Pradera (Valle del Cauca) en octubre de 2005. En diciembre de 2005 Uribe aceptó una propuesta conjunta de España, Francia y Suiza para un zona desmilitarizada en El Retiro, en Florida (Valle del Cauca). En enero de 2006 el Secretariado de las FARC-EP rechaza dialogar con el Estado porque Uribe solo pretendía “explotar electoralmente” la iniciativa.
El 27 de febrero, las FARC-EP ejecutan la masacre de 9 concejales en Rivera (Huila). El 4 de abril, las FARC-EP en combate con el Ejército Nacional:12 muertos en Puerto Rico (Meta). El 20 de abril, ataque de la disidencia del EPL en Hacarí (Norte de Santander):17 muertos. En mayo la hermana del expresidente César Gaviria, Liliana Gaviria muere en intento de rescate. El 28 de mayo en las elecciones presidenciales de 2006 fue reelegido Álvaro Uribe.El 31 de julio las FARC-EP atentado en Bogotá: 1 muerto; realizan la emboscada de La Carbonera en Tibú (Norte de Santander):15 muertos; y en la vía Tumaco- Pasto (Nariño):2 muertos.
En 2007, toman fuerza las denuncias de los mal llamados falsos positivos o ejecuciones extrajudiciales en Colombia (que se presentan desde 1978 según la Comisión Interamericana de Derechos Humanos y conocidos por los Estados Unidos desde 1994), incrementados durante la aplicación de la Política de Seguridad Democrática. Militares estimulados por los beneficios asignados a los que reportan bajas, u obligados a entregar resultados con bajas, jóvenes son engañados con promesas de trabajo y ejecutados para ser presentados como subversivos muertos en combate. Incluso los militares que se negaron a hacerlo fueron destituidos. Las cifras se estiman entre 4000 y 10000 las víctimas de los falsos positivos en el periodo 2002-2010. según la fuente. Hasta mayo de 2020 se estiman en 1.740 las condenas. La Fiscalía General de la Nación conoce 2.248 'falsos positivos' cometidos entre 1988 y 2014. En febrero de 2021 la Jurisdicción Especial de Paz reconoció 6.402 casos de falsos positivos, en el periodo 2002-2008.
Para 2006 empieza la segunda fase del Plan Patriota: el Plan consolidación que busca seguir debilitando a las FARC-EP, y atacar los cultivos ilícitos con el Plan Colombia. Liderada por Juan Manuel Santos nuevo Ministro de defensa en julio de 2006, y los generales Freddy Padilla (comandante de las FF.MM.), Mario Montoya (Ejército Nacional), Jorge Ballesteros (Fuerza Aérea), Guillermo Barrera (Armada Nacional) y Óscar Naranjo (Policía Nacional). En 2008 las Fuerzas Militares disponen de 428.000 hombres en armas: 282.000 Ejército Nacional, la Fuerza Aérea y la Armada, y 145.871 en la Policía Nacional. Las FARC-EP se enfocan en una reestructuración a partir de la novena conferencia 2007 y un repliegue estratégico, buscando un cambio de estrategia frente a la Fuerza Pública, además buscan realizar el acuerdo humanitario y fortalecer el Movimiento Bolivariano. Debilitadas las FARC-EP en Cundinamarca, Boyacá, Santander, gran parte de la Costa Caribe, el Eje Cafetero, el Oriente de Antioquia, Casanare; amenazadas en Meta, Guaviare, Caquetá y Putumayo; las zonas menos afectadas son Norte de Santander, sur de Bolívar, Arauca, Bajo Cauca Antioqueño, norte del Cauca, Nariño, Vichada y Guainía. El 19 de octubre las FARC-EP realizaron un atentado a la Escuela Superior de Guerra en Bogotá:23 heridos. El 1 de noviembre de 2006: las FARC-EP realizan la toma de Tierradentro, en Montelíbano (Córdoba):20 muertos.El 30 de noviembre ataque de las FARC-EP al Ejército Nacional entre Villa Caro y Ábrego (Norte de Santander):17 muertos. El 23 de diciembre en la inspección La Julia de La Uribe (Meta),combates entre FARC-EP y Ejército Nacional:54 muertos. El 31 de diciembre de 2006, en la Operación Linaje contra Martín Caballero de las FARC-EP en los Montes de María:6 muertos y fuga del exministro Fernando Araújo secuestrado por las FARC-EP.
El 21 de enero de 2007, atentado en Buenaventura (Valle del Cauca):6 muertos; en marzo, se conforma la FUCAD (Fuerza de Acción Decisiva) en la Costa Caribe y se lanza la Operación Alcatraz, en los Montes de María; el 9 de abril atentado a la Policía Metropolitana de Cali. En mayo con asesoría de las Fuerzas de Defensa de Israel (FDI), se crea la Jefatura de Operaciones Especiales (JOEC), y una nueva estrategia denominada Burbujas. En junio abatidos: Milton Sierra Gómez, alias ‘JJ’, comandante del Frente Urbano Manuel Cepeda Vargas de las FARC-EP y Luis Fernando Vanegas, alias ‘Cristian Pérez’, segundo al mando del Movimiento Bolivariano y cabeza del Partido Comunista Clandestino Colombiano(PC3). En septiembre en la Cuchilla de Las Camelias, entre Tolima y Quindío:11 muertos.; en julio asalto del Ejército Nacional al campamento de Carlos Antonio Lozada, comandante de la Red Urbana Antonio Nariño de las FARC-EP(RUAN), y abatido ‘Diego Cristóbal’, jefe del PC3 en Bogotá. El 2 de septiembre, abatido Tomás Medina Caracas ‘Negro Acacio’, en un bombardeo de la Fuerza Aérea (Operación Sol Naciente):14 muertos.El Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP) disidencia del ELN, se desmovilizó el 16 de septiembre en Sucre, Bolívar y Tolima. El 24 de octubre abatido Gustavo Rueda Díaz ‘Martín Caballero’ Comandante del Bloque Caribe de las FARC-EP en la Operación Aromo: 19 muertos. A fines de 2007, se ejecuta el Plan para la consolidación integral de La Macarena de las FF.MM. Entre diciembre de 2007 y enero de 2008 las FARC-EP liberaron a Clara Rojas y a Consuelo González de Perdomo en la Operación Emmanuel con mediación de Hugo Chávez y Piedad Córdoba.
El 4 de febrero de 2008, la marcha contra las FARC-EP: Un millón de voces contra las FARCEl 8 de febrero la Operación Fortín contra Iván Ríos en el Río Arma, entre Caldas y Antioquia. Entre el 16 de febrero y el 10 de abril la Operación Filipo en la Sierra de la Macarena contra el Secretariado de las FARC-EP El 24 de abril fallece en Roma (Italia) Bernardo Gutiérrez excomandante del EPL y exsenador. El 1 de marzo en la Operación Fénix en la Provincia ecuatoriana de Sucumbios, a 1800 metros de la frontera con Ecuador la Fuerza Aérea Colombiana con aviones Super Tucano: abatido Luis Edgar Devia Silva 'Raúl Reyes' y 23 muertos. Se genera una crisis diplomática con Ecuador y Venezuela El 3 de marzo, asesinado Manuel de Jesús Muñoz 'Iván Ríos’, por su subordinado Pedro Pablo Montoya ‘Rojas’, que le cortó la mano por la recompensa. El 6 de marzo Homenaje a las víctimas del paramilitarismo, la parapolítica y los crímenes de Estado. Los paramilitares de las Águilas Negras asesinan a organizadores:6 muertos. El 26 de marzo moriría de causa natural 'Manuel Marulanda Vélez' o 'Tirofijo' fundador y máximo comandante de las FARC-EP, que sobrevivió a quince presidentes. La comandancia de la organización recayó en Guillermo León Sáenz ‘Alfonso Cano’. El 8 de mayo capturado Gustavo Cardona Arbeláez 'Santiago', jefe del Frente Manuel Cepeda Vargas. El 18 de mayo se entrega Elda Neyis Mosquera 'Karina', jefe del Frente 47 de las FARC-EP desmantelado con la Operación Sonar (acrónimo de las poblaciones de Sonsón, Nariño y Argelia en Antioquia) por el Teniente Coronel Wilson Díaz:12 muertos. El 2 de julio, la Operación Jaque desarrollada por militares infiltrados como miembros de una misión humanitaria, liberaron sin un solo tiro a 15 secuestrados, Ingrid Betancourt junto a 11 uniformados y 3 estadounidenses.A fines de julio, otras dos operativos lanzados contra el Frente 6 de las FARC-EP en Cauca y el Frente 10 de las FARC-EP en Arauca abatidos los cabecillas ‘Dago’ y ‘Jurga Jurga’ y 48 muertos. El 21 de agosto, se desmovilizó el Ejército Revolucionario Guevarista (ERG) disidencia del ELN en el Alto Guaduas, vereda del Carmen de Atrato (Chocó), y llegaron a un acuerdo con el gobierno. El 21 de diciembre fue anunciada la liberación de 6 secuestrados en poder las FARC-EP.
Entre el 30 de enero y el 5 de febrero de 2009 se desarrolló la Operación brasileña para la liberación de seis secuestrados por las FARC-EP por mediación de Hugo Chávez y Piedad Córdoba: liberados el exgobernador del Meta, Alan Jara, el exdiputado del Valle del Cauca, Sigifredo López y 4 miembros de la Fuerza Pública. El 4 de febrero las FARC-EP, incursionaron en el resguardo indígena Tortugaña-Telembí, Nariño, y ejecutaron la masacre de indígenas Awa:11 muertos. El 27 de febrero la Operación Fuerte en Sumapaz (Cundinamarca): capturado 'el Negro Antonio' de las FARC-EP.y 11 muertos. En varios combates entre las FARC-EP y el Ejército Nacional: el 10 de febrero en Piendamó (Cauca): 6 muertos; el 7 de marzo en Vistahermosa (Meta): 5 muertos; el 30 de abril en Villanueva (La Guajira): 8 muertos.; el 21 de octubre: 6 muertos; y el 10 de noviembre las FARC-EP atacaron el Cerro La Cruz en Corinto (Cauca): 9 muertos. El 21 de diciembre fue secuestrado y asesinado el Gobernador de Caquetá Luis Francisco Cuéllar por las FARC-EP.
En enero de 2010, la Operación Dinastía contra las FARC-EP:25 muertos. El 28 de marzo liberado Pablo Emilio Moncayo por las FARC-EP en una Operación brasileña para la liberación de secuestrados donde fueron liberados junto al soldado Josué Calvo el 28 de marzo de 2010. Al obtener su libertad, el sargento Moncayo le quitó a su padre Gustavo Moncayo las cadenas que llevaba desde hacía cuatro años como protesta por el secuestro del militar.en mayo combates en Arauca entre las FARC-EP y el ELN, entre el 13 y 14 de julio, la Operación Camaleón el Ejército Nacional rescata a 4 secuestrados, en julio Crisis diplomática entre Colombia y Venezuela, por supuesta presencia de comandantes de las FARC-EP en Venezuela.
El gobierno realizó los primeros contactos con el ELN en junio de 2004, cuando el vicepresidente de la República, Francisco Santos, se reunió con el portavoz del grupo, 'Francisco Galán', encarcelado desde 1994. En septiembre de 2005 Galán fue puesto en libertad con carácter temporal para ejercer la interlocución con el Gobierno. Para el 16 de diciembre de 2005 arrancó en La Habana la fase exploratoria de las conversaciones de paz; el comisionado Restrepo y el jefe militar de la guerrilla, Antonio García, encabezaron las respectivas delegaciones. Durante 2006 prosiguen las rondas de negociación, que no llegaron a buen término.
Las FARC-EP y el ELN, se habían enfrentado desde el 2000, en el Oriente antioqueño, la Serranía del Perijá, la Costa Caribe y el Valle del Cauca, la guerra desactivada se reinicia en 2005, por las negociaciones del ELN con el gobierno de Álvaro Uribe. La guerra se reinició en Arauca entre el Frente de Guerra Domingo Laín del ELN y el Frente 10 de las FARC-EP, por el territorio y los recursos, esta guerra afectó gravemente a la población civil. En diciembre de 2006 ‘Ramírez’, cabecilla del frente 8 de las FARC-EP en el Cauca, fue asesinado por el ELN. Se desató la guerra en Cauca y Nariño:200 muertos. La guerra se extiende a todas las regiones. Las FARC-EP desviaron importantes recursos para enfrentarse al ELN, que se alió con oficiales del Ejército Nacional en Arauca, con Bandas criminales además de Los Rastrojos en la costa Pacífica. El 7 de enero de 2008, Carlos Marín Guarín ‘Pablito’ miembro del Comando Central del ELN y jefe militar de la organización fue capturado. Los diálogos de paz con el gobierno se rompen el 5 de diciembre de 2008, emboscada del ELN a la Policía Nacional en Fortul (Arauca):8 muertos. En octubre de 2009 ‘Pablito’ se fugó de la cárcel en Arauca, y en agosto de 2010 las FARC-EP y el ELN formalizaron el cese hostilidades. Dejando más de 1100 muertos.
Electo en la segunda vuelta de las elecciones presidenciales de 2010 Juan Manuel Santos, que venía de ser Ministro de Defensa, aplicando la Política de Seguridad Democrática (PSD) de Álvaro Uribe, este lo nominó como su candidato a nombre del Partido Social de Unidad Nacional (conocido simplemente como Partido de la U), contra el candidato del Partido Verde, Antanas Mockus. Santos empezó una política de acercamiento con gobiernos latinoamericanos de izquierda, con los cuales Álvaro Uribe se había distanciado y hasta enfrentado de manera verbal acusándolos de apoyar económica y logísticamente a las FARC-EP (Hugo Chávez en Venezuela, Rafael Correa en Ecuador, Fidel Y Raúl Castro en Cuba, entre otros), con el objetivo de conseguir apoyo y facilidad para iniciar un proceso de paz con las FARC-EP y el ELN, provocando la molestia de quienes lo habían apoyado en su candidatura presidencial empezando por Álvaro Uribe, convirtiéndose este desde el congreso en detractor y opositor de su gobierno. El éxito parcial de los diálogos de paz con las FARC-EP le permitió aspirar a una reelección en 2014 (la cual será la última para un presidente debido a que en 2015 se eliminó esta reforma a la Constitución aprobada en el periodo de Uribe), ganando en segunda vuelta frente al candidato del partido uribista Centro Democrático, Óscar Iván Zuluaga. Tras conseguir exitosamente la firma de la paz con las FARC-EP, pese a la estrecha victoria del NO en el plebiscito de 2016, inicia conversaciones de paz con la guerrilla del ELN, buscando terminar de manera definitiva el conflicto armado con las guerrillas. Al mismo tiempo que negociaba la paz con los grupos insurgentes, con las Bandas Criminales (Bacrim) o Grupos Armados Organizados (GAO) empezó una guerra logrando desarticular varios de estos grupos mediante operaciones de la Fuerza Pública, buscando que estos entren a un sometimiento a la justicia con la Fiscalía. Al tiempo que se firma la paz con las FARC-EP surgen las disidencias de las FARC-EP o Grupos Armados Organizados Residuales (GAOR), cuyo fin es controlar los territorios y negocios ilegales que las FARC-EP dejaron. En 2016 se presentó el escándalo de la 'Comunidad del anillo' al interior de la Policía Nacional ocasionando la renuncia del General Rodolfo Palomino.
El 10 de agosto de 2010 las FARC-EP hacen un atentado terrorista a Caracol Radio en Bogotá: 43 heridos. A finales de agosto las FARC-EP y el ELN acuerdan el fin de la guerra entre las dos guerrillas en Arauca, que dejó 1100 muertos entre 2005 y 2010. El 1 de septiembre las FARC-EP realizan emboscada a la Policía Nacional en El Doncello (Caquetá):14 muertos. El 19 de septiembre de 2010, en la Operación Fortaleza II contra el Frente 48 de las FARC-EP abatido Domingo Biojó
Entre el 22 y 23 de septiembre de 2010 abatido Jorge Briceño Suárez ‘Mono Jojoy’ comandante militar de las FARC-EP, en la Operación Sodoma, realizada en La Macarena (Meta):20 muertos. El 21 de octubre ataques de las FARC-EP al Ejército Nacional en Tumaco (Nariño):10 muertos. y el 22 en Tame (Arauca):10 muertos. En ese momento ya se habían iniciado contactos entre las partes para una fase exploratoria por parte de 'Alfonso Cano' máximo comandante de las FARC-EP, sucesor de Manuel Marulanda Vélez, muerto por causas naturales en 2008. Pero el 4 de noviembre de 2011 fue abatido Guillermo León Sáenz Vargas ‘Alfonso Cano’ en la Operación Odiseo, realizada entre Morales y Suárez (Cauca). Sería sucedido en la comandancia de las FARC-EP por Rodrigo Londoño 'Timochenko'.El 10 de noviembre de 2010 la Operación Némesis contra 'Fabián Ramírez' jefe del Bloque Sur de las FARC-EP: 6 muertos., el 16 de noviembre en un intento de rescate: 4 muertos. Las FARC-EP en marzo de 2012 realizan ataque en Arauquita (Arauca):11 muertos; el 15 de mayo atentado contra el exministro del Interior y Justicia; Fernando Londoño Hoyos, en Bogotá:2 muertos.el 21 de mayo ataque en Maicao (La Guajira):12 muertos; y el 18 de junio masacre en Cumaribo (Vichada): 5 muertos.
En septiembre de 2012, el gobierno de Juan Manuel Santos empezó formalmente los diálogos de paz con la guerrilla de las FARC-EP que se desarrollaron en La Habana, Cuba. Al no pactar el cese al fuego bilateral,los combates continuaron. El 1 de enero de 2013 en bombardeos de la Fuerza Aérea Colombiana:13 muertos. Las FARC-EP realizaron ataques:en Caranal entre Fortul y Tame (Arauca):15 muertos en julio de 2013; en La Montañita (Caquetá): 21 muertos en abril de 2012; en Montelíbano (Córdoba):7 muertos en septiembre de 2014;. el secuestro del General Rubén Alzate en noviembre de 2014; en abril de 2015 ataque en Buenos Aires (Cauca):11 muertos, y derrame de petróleo en el Putumayo en junio de 2015 poniendo en riesgo los diálogos de paz en La Habana. El 10 de julio las FARC-EP declaran cese al fuego.
Después de casi 4 años de negociaciones con altas y bajas, el 23 de junio de 2016 se firmó el último de los 6 puntos de la agenda de negociación prevista entre el gobierno y las FARC-EP (Política de desarrollo agrario integral, participación política, fin del conflicto, solución al problema de drogas ilícitas, vÍctimas y mecanismos de refrendación de los acuerdos), declarando el cese bilateral de hostilidades, el desarme, desmovilización y reintegro a la vida civil de los miembros del grupo insurgente, según declaraciones del Jefe del equipo negociador del gobierno, Humberto de La Calle. Todo se efectuará de manera gradual en un lapso de 6 meses después de la firma oficial. Pese a que en junio de 2016 se pactó el último punto de la agenda, las conversaciones se extendieron por 2 meses más hasta el 28 de agosto del mismo año, cuando quedan totalmente discutidos y aprobados por ambas partes los Acuerdos de Paz que se firmaron de manera oficial en Cartagena el 26 de septiembre para terminar la guerra entre el gobierno y las FARC-EP, sometiéndose a votación del pueblo colombiano por medio de un plebiscito que se desarrolló el 2 de octubre de 2016, siendo rechazados por estrecho margen. Por parte de las FARC-EP, en su Décima Conferencia Nacional Guerrillera, efectuada en zona rural de La Macarena (Meta), casi todos sus integrantes aceptaron acatar los acuerdos firmados con el gobierno con excepción de integrantes del Frente 1, quienes manifestaron que seguirán en armas contra el estado. El gobierno creó espacios de diálogos con los promotores del NO a los acuerdos,como el partido opositor Centro Democrático, para renegociar o modificar los acuerdos ya firmados en consenso con los negociadores de las FARC-EP en el menor tiempo posible para el pronto desarme de la guerrilla. El 12 de noviembre, mes y medio después del plebiscito, se logró la renegociación y la modificación de los acuerdos con las FARC-EP tomando en cuenta los argumentos y objeciones de los promotores del NO, firmado el acuerdo con estas modificaciones el 24 de noviembre en el Teatro Colón de Bogotá y radicado inmediatamente en el Congreso de la República para su estudio, ratificación e implementación aprobando el texto, tanto en el Senado como en la Cámara de Representantes, pese a las críticas y amenazas de demandar este nuevo acuerdo por parte del Centro Democrático. Con esta ratificación e implementación en el Congreso, inició el proceso de desmovilización de insurgentes y de entrega de las armas a la ONU en un lapso de 180 días desde el 1 de diciembre de 2016, desarme que terminó el 14 de agosto de 2017, mes y medio después del plazo pactado, entregando un total de 8.112 armas al organismo internacional, además de la destrucción de municiones, caletas, minas antipersona, granadas y explosivos. El gobierno, realizó la promulgación de leyes ante el Congreso que aseguró el proceso de paz en la constitución mediante la Vía Rápida o Fast Track (discusión y aprobación inmediata de leyes en el legislativo que implican reformas constitucionales, las cuales legalmente requerirían de varios debates que tomarían meses o años realizar), mecanismo aprobado por la Corte Constitucional del país. Por su contribución a la búsqueda de la culminación del conflicto armado interno en Colombia (tanto con las FARC-EP como con el ELN), el presidente Juan Manuel Santos fue galardonado en Oslo (Noruega) con el Premio Nobel de la Paz en 2016.
El ELN realiza dos emboscadas en mayo de 2013 en Chitagá, (Norte de Santander): 10 muertos, y en octubre de 2015 a una misión electoral en Güicán, (Boyacá): 12 muertos.El 30 de marzo de 2016, después de más de 24 meses de fase exploratoria el gobierno y el ELN anunciaron en Caracas (Venezuela) el inicio formal del proceso de paz para acabar el conflicto armado entre las partes, siendo Ecuador, Venezuela, Brasil, Chile, Noruega y Cuba, los países garantes del proceso.La primera ronda de los diálogos estaba programada para iniciar en mayo de 2016 en Ecuador, pero con los secuestros y acciones terroristas realizadas en ese mismo mes por el ELN, el gobierno se niega a iniciar la negociación hasta que liberen a todos los secuestrados; los cuales, son liberados, faltando el excongresista Odín Sánchez. El gobierno, a través del facilitador del proceso exploratorio con este grupo armado; Frank Pearl, deja en claro que, a diferencia del proceso de paz con las FARC-EP, este proceso se efectuó en medio del conflicto con este grupo armado sin cese al fuego.El ELN incinera 8 vehículos en la vía entre Pereira y Quibdó y 2 secuestros, liberados 10 días después. El 10 de octubre de 2016, el gobierno de Colombia y los negociadores del ELN anunciaron en conjunto el inicio formal de la mesa de diálogos en Caracas, Venezuela; programada para iniciar él 27 de octubre en Quito, Ecuador; pero como a esa fecha el ELN no había liberado a Odín Sánchez, el gobierno ordenó la suspensión del inicio de los diálogos hasta que lo liberen. Por su parte, el ELN manifestó que no liberará al excongresista hasta que sean indultados 2 guerrilleros presos, que desempeñarán el papel de “gestores de paz” en el proceso; los cuales, según el grupo guerrillero, el gobierno se había comprometido liberar antes de iniciar la primera ronda de negociaciones. El 7 de febrero de 2017, luego del cumplimiento de condiciones de ambas partes, se instaló en Quito, oficialmente, la fase pública de de diálogos de paz (con secuestrados por días, ataques al oleoducto Caño Limón-Coveñas en Arauca y combates con el Ejército Nacional). El 5 de septiembre de 2017 un cese al fuego bilateral entre el gobierno y el ELN, con la visita oficial del Papa Francisco a Colombia en esa misma semana. El cese al fuego provisional hasta el 9 de enero de 2018, el cual se prorrogará a medida que se logren avances en la mesa de negociación sobre los puntos acordados en la agenda de paz. El 10 de enero se suspenden los diálogos por los Ataques a estaciones de policía, enfrentamientos con el Ejército Nacional y la Policía Nacional 15 de marzo,el gobierno y el ELN reanudan conversaciones de paz en Quito para decretar un nuevo cese al fuego bilateral y la evacuación de los puntos de la agenda de paz. Cinco días después, el Frente de Guerra Nororiental del ELN, en la región del Catatumbo (Norte de Santander), es atacado por las disidencias del EPL GAO 'Los Pelusos': 13 muertos. Debido al secuestro y asesinato de 5 ecuatorianos, por parte de las disidencias de las FARC-EP o GAOR Frente Oliver Sinisterra, el gobierno de Ecuador anunció el 18 de abril que no continuarán los diálogos entre el gobierno colombiano y el ELN en Quito, retirándose también como país garante de este proceso.El gobierno y el ELN acuerdan continuar, el 10 de mayo, las negociaciones de paz en La Habana (Cuba). A pesar de los esfuerzos entre las partes para el cese al fuego bilateral y un acuerdo macro antes del próximo gobierno, no fue posible concluir exitosamente los diálogos de paz.
Desde mayo de 2016 las bandas criminales, a través de la Directiva 015 del Ministerio de Defensa, son combatidas por las Fuerzas Militares (Ejército, Armada y Fuerza Aérea) Apoyando a la Policía Nacional. Esta directiva también entrega una nueva clasificación de estos grupos criminales:Grupo Armado Organizado (GAO): Correspondiente a grupos delincuenciales con actividad a nivel regional y nacional (Antiguas Estructuras Tipo A y B).Grupo Delincuencial Organizado (GDO): Correspondiente a grupos delincuenciales con actividad a nivel local (Antiguas Estructuras Tipo C).Grupos como el Clan del Golfo (autodenominados Autodefensas Gaitanistas de Colombia) y la Oficina de Envigado quieren ser incluidos en un eventual proceso de paz con el gobierno colombiano; La Oficina del Alto Comisionado Para la Paz, dejó en claro que estos grupos no tienen estatus político, el único proceso aceptado por el gobierno con estos grupos es el de Sometimiento a la Justicia. Hasta diciembre de 2016, se han producido más de 22.800 capturas a miembros de Bacrim, e incautado 10.300 armas, más de 1.000 toneladas de cocaína, el decomiso y destrucción de decenas de máquinas utilizadas para la minería ilegal y la intervención de más de 1.000 puntos de explotación de esta actividad, además del desmantelamiento de las Bacrim Los Paisas y Los Rastrojos,.En diciembre de 2010, abatido el jefe del Ejército Revolucionario Popular Antisubversivo (ERPAC); Pedro Oliviero Guerrero Castillo ‘Cuchillo’, desmovilización y sometimiento a la justicia de 500 miembros del ERPAC. Debilitamiento de la Oficina de Envigado y los Bloques Meta y Libertadores del Vichada (los dos últimos creados por disidentes del ERPAC, quienes no se sometieron a la justicia en 2011). Detenidos en Venezuela Maximiliano Bonilla ‘Valenciano’, de la Oficina de Envigado, capturado en 2011, Detenido Daniel Barrera Barrera ‘El Loco Barrera’, considerado el último gran capo en 2012 y Diego Pérez Henao ‘Diego Rastrojo’, de Los Rastrojos en 2012en guerra en Medellín por el control de esta agrupación criminal con Erick Vargas ‘Sebastián’, capturado en Girardota (Antioquia) en el 2012. Se entregan a las autoridades estadounidenses en Panamá, los hermanos Javier Antonio y Luis Enrique Calle Serna, alias ‘Hermanos Comba’, en 2012.El hermano de 'Otoniel': Juan de Dios Úsuga David ‘Giovany’,abatido en enero de 2012 en Acandí (Chocó), durante la Operación Colombia 25.La Operación Agamenón, iniciada en marzo de 2015 contra el Clan del Golfo de Dairo Antonio Úsuga David ‘Otoniel’, este GAO realiza en marzo de 2016 un paro armado por 24 horas y un Plan Pistola contra la Policía Nacional: 30 muertos. El 5 de septiembre de 2017 el Clan del Golfo manifiesta su voluntad para someterse a la justicia, confirmada por 'Otoniel'. Abatido en Catatumbo (Norte de Santander), en la Operación Solemne de octubre de 2015 Víctor Ramón Navarro Serrano‘Megateo’, comandante de la disidencia del Ejército Popular de Liberación (EPL): GAO 'Los Pelusos' dedicada al narcotráfico. Darío Andrés León Humane ‘Jhonatan’, jefe del Bloque Meta, capturado en noviembre de 2015; Martín Farfán Díaz ‘Pijarvey’, jefe del Bloque Libertadores del Vichada, abatido en octubre de 2015 y Juan Carlos Mesa Vallejo ‘Tom’ de la Oficina de Envigado, capturado en diciembre de 2017.
Aparece la disidencia del Frente Primero antes de la firma de los Acuerdos de Paz. Secuestran un un funcionario de la ONU el 4 de mayo de 2017, mientras realizaba acompañamiento en la zona al Programa de Sustitución de Cultivos de Uso Ilícito del estado colombiano, liberado de manera voluntaria dos meses después. Aparecen grupos de disidencias de las FARC-EP en varios departamentos liderados por antiguos mandos medios de las FARC-EP que usan los símbolos de la guerrilla desmovilizada y sin reconocimiento político alguno. La Policía Nacional el 5 de octubre de 2017 masacre en Tumaco (Nariño):7 muertos. Las 'Guerrillas Unidas del Pacífico' (GUP) y 'Resistencia Campesina', en guerra con el ELN y con el Frente Oliver Sinisterra de 'Guacho', enfrentamientos con el ELN en Magüí Payán (Nariño) el 27 de noviembre de 2017: 13 muerto Los combates provocan desplazamiento forzado de más de 200 personas y varios muertos. Enfrentamiento entre disidencias en Suárez (Cauca), el 9 de diciembre de 2017:7 muertos, desplazamiento forzado de 470 personas. Otro grupo 'La Gente del Orden', en Buenaventura (Valle del Cauca), luego del desmantelamiento del GDO 'La Empresa'. La Fuerza Pública en 2018 desarrolla la Operación Hércules, contra las disidencias de las FARC-EP y el ELN. Desde noviembre de 2017, los grupos disidentes son considerados Grupos Armados Organizados Residuales (GAOR), combatidos por las Fuerzas Militares. El grupo de alias ‘Cabuyo’ en septiembre de 2018 en Antioquia: 4 muertos, ‘Calarcá’, ‘Rodrigo Cadete’ y ‘Gentil Duarte’, en el Guaviare, Guainía, Vichada, Caquetá, Vaupés y Meta.Otros como ‘Iván Mordisco’, ‘John 40’, ‘Giovanny Chuspas’ y ‘Julián Chollo’ están fuera del país, (Venezuela y Brasil), realizando negocios con grupos criminales. No actúan bajo un mando unificado, y se enfrentan entre sí por el control territorial y el negocio del narcotráfico. Con exintegrantes de las FARC-EP que desertaron de las Zonas Veredales Transitorias de Normalización (lugares constituidos en el marco de los Acuerdos de paz para concentrar a los guerrilleros que realizaron su proceso de desmovilización y reincorporación a la vida civil) debido a las dificultades atravesadas en la implementación de los acuerdos de paz en la parte técnica, jurídica y legal, además del asesinato de excombatientes y familiares de los mismos. El 26 de marzo de 2018, 3 periodistas del diario El Comercio fueron secuestrados y asesinados por el Frente Oliver Sinisterra de 'Guacho' que también asesinó a 2 ecuatorianos en Tumaco (Nariño), provocó el 18 de mayo de 2018 la suspensión, de parte del Ecuador de los diálogos de paz entre el gobierno colombiano y el ELN que se desarrollaban en Quito, y se retira como país garante del proceso. El Ministerio de Defensa reportó hasta mayo de 2018, 300 disidentes neutralizados y 80 entregados. Los grupos disidentes de las FARC-EP buscan reorganizarse para refundar la antigua guerrilla, para lo cual la Fuerza Pública lanzó la Operación Zeus desde 2017 contra las disidencias de las FARC-EP dejando, hasta julio de 2018, más de 500 disidentes neutralizados.
Iván Duque Márquez llega a la presidencia de la república gracias al respaldo dado por el expresidente Álvaro Uribe y su partido Centro Democrático, obteniendo mayorías en el Senado en las elecciones legislativas de 2018. Iván Duque gana en segunda vuelta presidencial las elecciones de 2018 ante Gustavo Petro. Duque propuso modificar los Acuerdos de paz del gobierno con las FARC-EP pero son rechazadas por el Congreso y la Corte Constitucional las objeciones de la presidencia a la Jurisdicción Especial de Paz (JEP), tribunal especial creado para juzgar y castigar a los partícipes del conflicto armado. Duque dejó de reconocer a Venezuela como uno de los países garantes en el proceso de paz con el ELN con el ELN y reclama a Nicolás Maduro por la crisis en Venezuela, además Colombia hace parte del Grupo de Lima que no reconoce a Maduro como presidente si no a Juan Guaido. En 2021 se anuncia la compra de 24 aviones de combate para la Fuerza Aérea Colombiana.
La presencia histórica del ELN en la frontera y en Venezuela El 21 de diciembre de 2018 fue abatido 'Guacho' de las Disidencias de las FARC-EP,en la Operación David en Tumaco (Nariño) responsable por narcotráfico y el asesinato de ciudadanos ecuatorianos. Presencia de los cárteles de la droga de México (Sinaloa y Jalisco Nueva Generación), en Colombia para intentar apoderarse de la cadena de producción del narcotráfico. El 17 de enero de 2019,el ELN realiza un atentado contra la Escuela de Cadetes de Policía General Santander: 23 muertos y 100 heridos. Por lo cual son reactivadas las órdenes de captura a los negociadores del ELN y fin del proceso de paz. Cuba y Noruega, dos de los países garantes del proceso, manifestaron que respetarán los protocolos pactados entre el gobierno y el ELN en caso de rompimiento de los diálogos y que no implican entregar a los negociadores de paz del ELN. El 3 de febrero fue abatido 'Rodrigo Cadete' de las Disidencias de las FARC-EP Frente Primero. El 29 de agosto, en un vídeo los ex miembros de las FARC-EP 'Iván Márquez', 'Jesús Santrich', 'Romaña' y 'El Paisa', entre otros, manifiestan la creación de un grupo de Disidencias de las FARC-EP llamado Segunda Marquetalia, debido a los incumplimientos del gobierno con los Acuerdos de paz y las investigaciones hacia estos por presunto narcotráfico. Son expulsados de la Jurisdicción Especial de Paz (JEP)y del partido político Fuerza Alternativa Revolucionaria del Común, reactivadas las órdenes de captura y de las circulares rojas de Interpol. Las Disidencias de las FARC-EP se enfrentan entre sí, en varias regiones del país como el Cauca, Huila y Nariño entre la Segunda Marquetalia, el Frente Carlos Patiño y el Frente Primero de Gentil Duarte. El 31 de agosto abatido 'Gildardo Cucho' de las disidencias de las FARC-EP y 7 menores de edad, después se establece serían 18 en San Vicente del Caguán(Caquetá), por lo cual ante las denuncias de la Defensoría del Pueblo y en el Congreso se lleva a cabo una moción de censura contra el ministro de defensa Guillermo Botero quien finalmente renuncia el 6 de noviembre. El 10 de enero de 2020 el ELN realizó un atentado a una base de la Fuerza Aérea Colombiana en Yopal (Casanare). El ELN realiza un Paro Armado a nivel nacional del 14 al 17 de febrero. Para abril el ELN anuncia un cese al fuego unilateral. El 26 de octubre abatido 'Uriel' comandante del Frente Occidental del ELN. El conflicto se mantiene en varias regiones del país, con secuestros, capturas, masacres y enfrentamientos. En marzo y abril se registraron enfrentamientos entre las disidencias de las FARC-EP y las Fuerzas Armadas de Venezuela, generando desplazamientos. Varios militares han sido secuestrados por las disidencias y el ELN entre ellos un coronel del Ejército Nacional. En Venezuela abatido Jesús Santrich, segundo al mando de la disidencia de las FARC-EP Segunda Marquetalia. En junio, las disidencias de las FARC-EP del Frente 33, realizan el atentado contra la brigada 30 del Ejército Nacional en Cúcuta y atacan helicóptero donde se movilizaba el presidente. El conflicto continúa en varias regiones del país.
En la región del Bajo Cauca en Antioquia y en Córdoba, desde 2018 una guerra entre el Clan del Golfo y su grupo disidente el GAO Los Caparros, sumada a la presencia del ELN y disidencias de las FARC-EP al mando de 'Cabuyo', contra los cuales se realiza 2018 la Operación Aquiles y reforzada la Operación Agamenón, contra el Clan del Golfo, la Operación Esparta contra el GAO Los Pelusos, el ELN y GAO Los Rastrojos en el Catatumbo (Norte de Santander). Los Pelusos como se conoce a la disidencia del EPL, mantienen una guerra con el ELN desde 2018. Otras operaciones que se llevan a cabo son: Atalanta, Zeus, Atlas, Pedro Pascasio Martínez, José Inocencio Chincá, Francisco José de Caldas, Joaquín París Ricaurte, Juan José Rondón, Horus de la Libertad, Francisco de Paula Santander, José Prudencia Padilla y Antonio Ricaurte. El 3 de septiembre de 2018 abatido Marco Aurelio Neira 'Gallero' del GDO La Constru en Putumayo. El 28 de enero de 2019, fue capturado Reinaldo Peñaranda 'Pepe', y el 26 de septiembre abatido Luis Antonio Quiceno 'Pacora' de Los Pelusos en Sardinata, Norte de SantanderEl 17 de junio de abatido en la Sierra Nevada Jesús María Aguirre 'Chucho Mercancía' del GDO Clan Pachencha. El 1 de enero de 2020 toma de Bojayá (Chocó) por las Autodefensas Gaitanistas o Clan del Golfo en combates con el ELN y las Fuerzas MilitaresEn noviembre de 2020 es abatido Emiliano Alcides Osorio 'Caín' de Los Caparrapos. En febrero de 2021 fue abatido alias 'Marihuano' del Clan del Golfo. Continúan los enfrentamientos y operaciones de la Fuerza Pública y entre estos grupos y las Disidencias de las FARC-EP con masacres, y 'Plan pistola' contra la Policía Nacional. La Fuerza Pública en sus operaciones ha debilitado las estructuras del Clan del Golfo y otros GAO.
Desde el 1 de enero de 2016 ha habido un aumento de la violencia contra líderes sociales, defensores de Derechos Humanos, indígenas y excombatientes de las FARC-EP luego de la firma de los Acuerdos de Paz quienes, según el Instituto de Estudios para el Desarrollo y la Paz (Indepaz), han sido asesinados por estructuras criminales organizadas y con conductas que se oponen a la implementación de los acuerdos de paz, a la restitución de las tierras, a la defensa de los Derechos Humanos, del medio ambiente recurriendo a la violencia armada y a la estigmatización. En hechos ocurridos en 29 de los 33 departamentos del país. Indepaz ha contabilizado un total de 837 asesinatos, hasta mayo de 2019, (702 líderes sociales y defensores de Derechos Humanos y 135 excombatientes de las FARC-EP). De los 702 líderes asesinados, 170 eran líderes campesinos y 146 líderes indígenas. En 2020 fueron asesinados más de 300 líderes sociales y en 2021 van 10 líderes asesinados. La violencia contra los excombatientes de las FARC-EP se hace extensiva a sus familiares, siendo asesinados 252 de estos desde la firma de los acuerdos de paz, hasta enero de 2021. Se registran 91 masacres en 2020, por parte de los distintos grupos armados en todo el país. Las masacres y asesinatos continúan en 2021.
El Paro Nacional iniciado el 21 de noviembre de 2019 por sindicales obreras, docentes, estudiantes universitarios, campesinos, comunidades indígenas y diferentes grupos sociales. Apoyado y con participación de personalidades del país. Con marchas y protestas en el país y el exterior, rechazando las medidas económicas del gobierno, el asesinato de líderes sociales, los incumplimientos a los acuerdos de paz y exigiendo una mesa de concertación o renuncia del gobierno, con jornadas nacionales de cacerolazos, manifestaciones artísticas, presentándose disturbios, enfrentamientos entre manifestantes y policías, dejando al menos 17 muertos (como el asesinato de Dilan Cruz por parte del ESMAD). El gobierno respondió decretando toques de queda en Bogotá y Cali y militarizando las ciudades.Las protestas tuvieron un receso a finales de diciembre por las festividades de fin de año. El 21 de enero de 2020 nueva jornada de marchas y cacerolazos en todo el país, el cronograma del Paro Nacional para el 2020 cronograma que se suspendió desde marzo por la cuarentena por pandemia mundial de coronavirus. Las protestas en septiembre de 2020 contra la brutalidad policial en todo el país, dejando 13 muertos en Bogotá,en octubre la Minga del Suroccidente Colombiano, jornada de conmemoración del Paro Nacional. y Peregrinación por la vida y por la paz realizada por ex combatientes de las FARC-EP. Las causas que originaron el Paro Nacional se han agravado y persisten los asesinatos y las masacres en Colombia.
Desde el 28 de abril de 2021 se realiza un nuevo Paro Nacional indefinido, logrando el hundimiento de la reforma tributaria (llamada por el gobierno como Ley de Solidaridad Sostenible) radicada en el Congreso, salarios mínimos y nuevos impuestos y peajes. Rechazo a las políticas de Duque frente al Covid-19, el asesinato de líderes sociales, las masacres, el aumento de la pobreza en el país, los gastos como la adquisición de tanquetas y mejoras de las mismas para el Escuadrón Móvil Anti Disturbios, de aviones de combate (reversado por las protestas) y el aumento de la corrupción. El paro se ha desarrollado con movilizaciones, bloqueos manifestaciones artísticas, derribo de monumentos, disturbios, vandalismo y enfrentamientos dejando más de 70 muertos y miles de heridos. Se han presentado casos de brutalidad policial, paramilitarismo, visita de la Corte Interamericana de Derechos Humanos (CIDH).